RNA id: TU168618


Basic Information

Item Value
RNA id TU168618
length 5269
lncRNA type read_through
GC content 0.38
exon number 4
gene id LOC113523823
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 2431145 ~ 3032526 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

agagattagagtctataatcacaccgagatcttttactgttagactacttgaaacagagagaccatctaaagtaacagtgtgatctctaaacttacttctagcggcttgtggtcccagtaccagaacctctgttttttctgggtttagcaggagaaagttgcttagcatccagtctcttatgtctatcgcacatgcctcaactttctttaactggctattctcatctggcctagctgagacgtataactgtgtgtcatcagcataacaatggaagctaatattatgtttgcggattatgttacctaaagggagcatgtataacgtgaaaagcagtgggcctaagactgaaccctgcggaacgccatattctactcgataacgtgctgagtggtcaccgtttaaatctacaaactgatagcgatcggttaaataagatctaaaccagtcgagggctgagcccttaattcctacgaccttttccagtctgtgaaggaggatattatggtcgatagtgtcgaacgctgcgctaaggtcgagtaaaattaatagactgatgcaaccccgatcagaggctaatagcaagtcattgactactttgactaatgctgtctctgtgctgtggtggggcctgaaacctgactgataaagttcatagatattattactttgtagatatgaaattagctgctgcgctactacCTTCTCTAGTAGTTTGAAATaggcctatagttagttaagtcgttagggtcaaggtctggtttcttcactagtggtttaataacagctaatttaagtgattttggaacatacccattgctcagtgaggagttaattattttaagcaggggttcagttacggttccaactatttgcttaagaagacgtgttggtaccggatctaatagacaggttgatgatttagcagaagagatgagcgagattaaatcattctcttcaagaggagtaaaactttctaagctctgacctatggttagtctatcctcccagtctattgtataatttggactttgggcctgtatctcctgcctaatgtttttaattttgctatcaaagaatttcatgaaatcgttacttttatatgctgttattgtggagatTTCTGTtgatgtcttattcctagttaattctgctatggtgttaaataagaatttaggattacttttattattttctataagcgttgataagtaagtggacctagcttgccttagagcttttttataggctaaaatactgtctttccatgctattttaaatgctaggagtttggtctggtgccatttacgctctagctttcgggcgttctgttttagagagcgggtgtggtcactataccacggagcgagtttcttatctttaattgtttttcttctaagtggggctacattatctaaggtgcagcggaatgtcgactctaaaaattctgtcgcctgttcgagttctaaagggtctgatggtgaccctatactagcggataattctggtaggtgattaataaagctctgcGCGGTCGCAGGTGTTATTGTACGGCTAATTCGGTAGCGcggttctgtgtgtacaatgctactgtgacgcacacaaaacgaaatcagactgtgatctgatattgcCTCAGACTGCGGGATTATCACTACATTGGTTATATTAACtccaaaagataatattaagtctaacgtatgacctgctttatgtgtggatcctacaacacactgattgactCCCAATGAGTCAAGTATGGATGTAAACGCTAAATGTAAaggattataaaaacatttagccTGTACACTCATAAACACtgaactgttgtgtgtttaatgtgaaacTTTGCGTGTTGAGTTCAGAGTCTGGGCTCATCTGCTTTGTCTGTATGtagtatgttttattaataaggtGTACACTGAATTTGCTCTTTTAATATCACTGTAGTGTTTCTTCTCGTGCAGTTTATCCAATAGACTACATACACGGAGAGTTATAACTCAGAACCACATGTTTCTTACAGAACACAAGCAGCTCCTGCTGCTAACCCGCTCATGCATGTCTCAGTCTAACTCATCTGACCCGGTAACCCCCTGCAGTCAACCCAAGGTGGCCCTCTAGTGGAGTCAATATGCAATTACATCATAAATGCATATAACACTACACCATATTCCCCTTTTTTCACAGAAAACAATACAAGCTATAAACAGGATATATGAACACTGAATATAGCTCTTAAAGTCCTCGTAACAGGgacattttctttcttatttatagCAAACATCTTATCCAATAAGCAGTTCAAAGCTTAAGCATGCTTAACCTTAATTACTAGGCAAATATAGTCAGTTCATACAGTAGTCCTGAAACCTGACAGGAACTTTCACAACCCGACCACTCCTGGTGGTACTGCTGTTATGTAAAGATTGCTCTGGCACACACTGTACAGACCGATCTGTCACTTCATGTGCGTCTGggatgtgagagtgtgtatcgTCATGGGTCTCATCCACTGGATCAGATGTTTCTGTGTGCTTGTGATTTGTTTTCCTCAGGTGGCGCCTGTTGCGGCGGAACTGTCGTCCTGCTTCagtagctgcgtttacatggacactaataatccgatcgtaattggactagaagcacaatcagatttaaaaagtcacatgtaaacacgtcagtcggaatgaattggccaaaaccgattaaaatttcattcggatcgtaaggggtggtttaaaccttttctaatccgatggagaggacatgtaaacacttcatcggattgaaaatgaaaccagatagttctgcgcatgtgcaatgacgtacaactcacgtaatgacgtatgacgcacggctgtcaaCGGTACTGGGGCTCTTTCTGCTTTCAGCGccattaccgctaagtgtctaaaagccgcgcccatTAAATCTCCCTACGGCTAGATGAACTGTGCTTTAAAAAAGCGGCTGTTTAACCGCAGTCCTCAGCTCATCAGTCAGCTGAGTGACGAACATAGAGCTATTAATGAGGTGTCTCGGGAAAAGCAACATAATTTTGGGGGCAGATGATCAAAAACTGGGACTTTCCCAGAAAAACCGGGCGGATAACAACCCGAGCAATGTCCCAGTCCAGCCCTGGTGAATTTAAAAGCATACTTACTCCCATAGCAGCTCTGGAACATTCCCCTTGTACTGGAAGCTGAAAGACAGATGGGTTTGCTTTCAAAACACTGCTTCCTGAAGCTTCGAAGCCTTTATGaggcaatatatatatatttttttatacacatataaaagAGTGCAGATCTACAGCTTTGAAAAATCCCTTACATTATAAGTACTTATAATATAATCACTTACAGAATAAGTACATATAAGCTCTATATGTTCAACAACAAAACAGTTTCAGTTGAAGTAACTCTAAATTGTTGAAAAACTTCCCAGTggatttccttataaaactgtacaacagGCAAAGGGGCAAAACTATGGAGCCTGATAGCTAATAAAAGTATGTGAATTTCATAGATGTTAGttatatacatttcaaatattaatcaaatatttaaattaaattaaatatttttctgtggtgtattttataaatgtacattttgtcagtggttttttctgtgttttaaatgaacCAAATATTGACTCTTTTGAGTTTATTACTagttgattttttatttttaaaagcagtttaaTATTTCTATACAGTATCTATACAGCACTGTCAGAGaccaccattttgttttcaatcaaATCGCCAATATCACTTGGTACTTATTTATGCAGgacaataataaagtaataataaaatatatatgtatataataactttacaaataaaatttttacagatttcataTTTCTTCTGTTGAAGAcctttgtgtgatttatgaacAATAAGAATAATGAACAGCAATCAGGGGAAAATgcatttaacagaaaatcacacaggtcttcaacagtaaaaacagtGCATTTCCACAGAGTTCCCTGAAAACATGCAGGTgtgtggactggctactctaaactgccccttggtgtgaatgaggATGTGAATGTGCTTCTATGAGGCTTTGTGAGGGACTGACATTCAGTTTAGGGTGTTTTCCTGCCTTGTGCTCAGTTTTCCTGGGaaagactctggatccactgcgaccctgaccaggaaaaaatgttcactgaagatgatgatgaatttAAAAGAGTCTAACAGTGATATTAGTGATGTAATTTAAGTTATGTACTTTAAGTGATGTACTTGATTCATGGAAATATAAATTCAGTATACATTCTCTTTTGAAGTACGAATATAAAAGGAGGAGTGTAAAGCTGGTGTGAGTAACATCCctgttgatattttaaaaatatggtcACATGTTGATTAAGCTTGCACATTATTCCTTGTTCAGCAAAGTGCCTTTATTAGCAAAAGTGATTATATACAGCATCAGTAACAATAACACTTACAGTCATGGATATCACTTACAGTCATTGCAGTTTAACAGCAAACCCTGACAATAATACTTCAACTGTGATGTAGGAAAACTTCTAACAGGTTAGCTTGTGTAATGAAGCTAATGAAATTAAGCGTCTATGTAGCTGTCGGACAGCACTGCCAAAAGCAATATCATCAAACCATCTGCAACAAAAATGTAACTTGTGTCACTACACCTTATTAAGCAGTACAGAAGATAGATTCAATATACATTCTTATATCTTCCAGTTATGTTTAAAACTGGTctaaatatatttgtgtttgtgtacaacTAATTGTTGTGCAGCTATGTAAAGAGTAGGAAGCTATTTGGGATTTGGCCTTAGCTATGTACACTTTTTCCATGTCTGAAATGGCATCCTACTCTTTACATAGCTGCACAACAATGAgttgtacacaaacacaaatttttTTGGACCAGTTTTAAACATAACTGGAAGATATAAGAACGTATATTGAATCTATCTTCTGTACTGCTTAATAAGGTGTAGTGACACAAGTTACATTTTTGTTGCAGATGGTTTGATGATATTGCTTTTGGCAGTGCTGTCCGACAGCTACATAGGCAGCTTAATTTCATTAGCTTCATTACACAAGCTAACCTGTTAGAAGTTTTCCTACATCACAGTTGAAGTATTATTCTCAGGGTTTGCTGTTAAACTGCAATGACAAGTGATATCCATGACTGTAAAGTGTTATTGTTACTGATGCTGTATATAATCACTTTTGCTAATAAAGGCACTTTGCTGAACAAGGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU168661 lncRNA upstream 541 2476434 ~ 2477958 (+) False LOC117598104
TU168659 lncRNA upstream 8317 2464284 ~ 2470182 (+) True G142441
TU168653 lncRNA upstream 44152 2417954 ~ 2434347 (+) True G142435
XR_004578831.1 lncRNA upstream 48584 2419974 ~ 2429915 (+) True LOC117598110
XR_004578832.1 lncRNA upstream 48584 2419974 ~ 2429915 (+) False LOC117598110
TU168740 lncRNA downstream 70893 3103419 ~ 3104643 (+) True G142502
TU168741 lncRNA downstream 71546 3104072 ~ 3104643 (+) False G142502
TU168743 lncRNA downstream 76991 3109517 ~ 3110320 (+) True G142504
TU168772 lncRNA downstream 126920 3159446 ~ 3193362 (+) False G142521
TU168773 lncRNA downstream 126920 3159446 ~ 3176981 (+) False G142521
XM_034307634.1 mRNA upstream 1117 2475158 ~ 2477382 (+) False LOC117598104
XM_034307635.1 mRNA upstream 1117 2475158 ~ 2477382 (+) False LOC117598104
XM_034307638.1 mRNA upstream 71667 2398813 ~ 2406832 (+) False LOC117598105
XM_034307639.1 mRNA upstream 71667 2398813 ~ 2406832 (+) False LOC117598105
XM_034307642.1 mRNA upstream 94706 2374715 ~ 2383793 (+) True LOC117598106
XM_026909910.2 mRNA downstream 23097 3055623 ~ 3061337 (+) True LOC113523850
XM_026909916.2 mRNA downstream 85762 3118288 ~ 3123714 (+) True rps18
XM_034307287.1 mRNA downstream 113512 3146038 ~ 3153846 (+) True slc39a7
XM_026909884.2 mRNA downstream 261273 3293799 ~ 3308324 (+) True cratb
XM_034307426.1 mRNA downstream 314046 3346572 ~ 3356643 (+) True ppt2b
TU168662 other upstream 541 2475204 ~ 2477958 (+) True LOC117598104
TU168604 other upstream 122267 2339449 ~ 2356232 (+) False LOC117595676
XR_004578865.1 other upstream 180793 2296293 ~ 2297706 (+) True LOC117598173
XR_004578867.1 other upstream 180793 2296633 ~ 2297706 (+) False LOC117598173
XR_004578866.1 other upstream 180793 2296959 ~ 2297706 (+) False LOC117598173
LOC113523831 other downstream 159414 3191940 ~ 3193368 (+) True LOC113523831
LOC117598030 other downstream 165350 3197876 ~ 3199324 (+) True LOC117598030
trnac-gca_1 other downstream 183451 3215977 ~ 3216048 (+) True trnac-gca_1
trnac-gca_2 other downstream 184892 3217418 ~ 3217489 (+) True trnac-gca_2
trnac-gca_3 other downstream 186623 3219149 ~ 3219220 (+) True trnac-gca_3

Expression Profile