RNA id: TU169408


Basic Information

Item Value
RNA id TU169408
length 6917
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G142999
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 3926059 ~ 3933020 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

aacacacacacacacacacacacataagatgTCTGCTAAAAGATTAACAACAGTGCCATGGTATCATGAAACATAGCTGCCTGTGGaggatacaaacacacaaagacacacaaacacacacacacacacacacatgtataatgATCACATTATGATGTATATGTTTGTcttatgtttctctctctgcttgtcCTTTTGTATTTCTCTCAAcatctttcactctctctctgtctctctctctctctctctttctgtctttctttcagctgtcttaatttctctcagtctctcacagacagacagaaaaacagacagacagacagtcacacacacacacacacacacacacactgaggtacTAAGTACCGTAATGTATTCTGGGAATTAAAACATAACTCTTATTGTTTTCTCTTATACACCACTTTCatgaaaaatatggaaaaaatatgGACATGTGATGTCATACCAAGATGGCTGATGAGTGGCCATGTTGATATGACATTACATGGAAATTCATTTTTACGAGTTTAGGTCAAACACAGCACTATCTCCTCTCTCAGCAAAGTCATGTGACCTCCCATGTGACCTCTGTCAGCCTCGAATATTCTAAAGAGGAATTCAATTATCGTCAATCACACTGGCGGTGTGTTTACCAAACAATTAGTGTCAGctcatacaaacacaaacacaaagaggcTCAGCAGGACACGTCAGGACAGAATGACACCGTGGACAAGGACGACGTGTAGAGGACGGGAGAAGAGAGAAGCGTGAGGATGGGATGAAAAGtagctaaataaaatgacagcGAATGTCATATCATTCAGTCAGGGGAAGTGAAACATAAACAAAGCCTATGTGAGTTATATATGttctgatataaaataaataagtaaataaacacacaggacgaGGCATGGGCATGAACACAGAGATAAAGTAATGTctggaaaaaacatggatgctaTACAAAACACTGGGTCTCATGTAGCATTAGCCAACATCTGGATCACTAGGTTCTGTTTCTAGATGCTATTCATCGAATGTTAATCCTACAGGGAATCGTAGCAAGTGTGAGTAGTTTAGTATGTACAGTTAGATACTGAAAACTGCCTTTAGTCATTGCTAATTCTCctaaattttatcatttaagGGAGAAAACCTGACGAGAGGCAACAAATCTCAGCATTATGAAGCACATATCCTTAAACGCGTAATACGACCATGTTTACAACAATGCGTTTtcccacacacacttaatataGACCATTAAAGAATGAAGCATCAAGTCAAGATAGCATCAAATCACCGTGAATAATTTTGTTAGCAGGTTGTAATTTGGGGCAAGTAGTACCATTGCCATCCATAATATTCCAGAGGCAGAATTAGTATGAgtagaaatataaatgaaaactCAGTGTAACAAATGACTAGACTACAACAAGACATTAGCCAGTGAAGACGTATTGTCTGGAAAATACAGATATGGAATGTGGTATGGAATGTAGATTGGAATGCTAGCCAACATTTGGAGCACAATGTTTTGTATCTAGAGGCTAGACTTCCAATGCTAAtacctgctgtgccacaggCAATGGTATAAGCATGATCAGTTTGGCCAACACACTTGATATAGACCATCAAGAAAGAAACATCAAGTCAAGATAGCATCAAAGCACCATGAGATTTGCTTTGTTAGCAGTTTGTGATTAGTCCGAGTTAGCAATTGGAGGCAAGTAGCATGATACCAGTGACTCAATTAGGATGAGtataaatagaaatgaaaacttAAATTACCATAACTTAACACCCAGACAAAAGTGCTAGACTAGCATTAGCCAGTGTTATAGATAGAGTATTCATCCAGTGCTACATGGATGGGTACAGTAGCTAGCATGATCAGGTGTGAAATCTGATAATGCTAATACAAATGCTTGGTCTCAAGCTGTGCTAACAGAAATTGTTAACCTGGGCATCAAATGTACATCACAAACAGCCAACAAATGCACTCAAAACAAAGGGCCGTATGCAGAGTTGAGTTACATGAGGGCActtcaaattaacaaaaaacttTCACAACTCAACAGCTCAAATAGTGAATAAATGTCTGACATAATCGATTACATTCCAcgcacacattatgatttcatgacctccaTTTAGTATACTGTATTATGGTTTCATTAAGTCGTGCGCACAATTAACTGTCGGAACATGGtatattttataagctgctgaataatgagtgtggaagccatagTGTTCAATTAAACCAACTTTgctgtgattaatgtgataattccatctaggactattcatgcagcaatacaGTATATTGGCAATGTATGAGAgtcctattagatttatttcaatgcatgaatgaactacacacagggaatttgcataatctgaatggtgCAGGTGGCTTATGGTcgtgcgtaacccgactctgaataccctGAACTTTCCCAGTATAAATACTGAATAACCTCTGGACTTATGTCatcgactctgaatacagccaaAAGTGTTGAtactaaagaaaagaaagttttcctttttttaaattctatatCAATGCTTCAACTCAGTCTAGCAATGTAGCAAAGCAAACTCATatgaaaagtaataaatgaGCTCCTCTTGTGGCTTTATTTGCAAGAAATCTGCTAAAGTTGCTGAGAGAAGTGTTGTGTGATTGGCACCCATTATTGTTCAATGTAAACATCTGTGATTTGAAATGAACTTTAGTACTCATTAGGGTGTTGTGGTTGATTGATGATAGATATCTAGACAAAACAATGACAAATGAAATagataaatacacacagtatatgaCGGGGAAGTTAATCGCGTGTGATGGTAGCCgtaaatgatataaaatcaatattaaaatCAAAATGGAGACCATAACACTGgacaaaataatgataaatgtgagcctttttttttaaagattaaggcATACTGTTAACACTTTACTCTAATTTCTGAGAACTTGACACATACGTGGACGTTTACTGAGTACACATGATATACTGCACAAGTAGCACTGATCTTTTGACCTGCTTTATGATGAGatgccacatttaaaaaaaaaaataatatgaaaatatttgctTCTTTGTAACACATAACCTACTGAATAAATGTATAAGCACACTTAAAGATGGATAAGGACCCTGATGCTTAATGGGGTTTCCTGAAGGGGAGACATGTTCCTGGATTTACAGGTCACCGTCTGATGTCATTAGTGTACATTTGTGATCAAAATGCTTCCCTAGAAACCTCTTTTGAACATCTGAGCTGGTTCTTAgcataaattcattcatctttagctTTATCTTGGCCAGTGGCACAGTTTAATGTTCTTTTTGATAATTTAAACTTTTGTTGCTCTGTCTGTTCCAACAGTGCATCAGTGTCATGAGTTTGCAGCCATTACGTTTAGATATAGCACCAAATCATGTGACTTATGAGGACCTTTTGGACCTTTGAGGTTATTTTCGCTAGTCAAAATATCACAAACCTTTGTCTGGTTTAGAACAAAATGACAATGAGCCATTTCAGAGACAAAAGAATCGACTCAACTTTTAATCCTCTTAATCCTTTCAGAAATATTCCCTTCAGACACATCAGGAACGCTACTGTGTCCCTTGTGTATTGTGTAGATTTTCTGTAGTTCACAAATGCTAAAATGATCATGACCTTAACCTTCAAAACTTTCATATGAATATACCTCAATTAGCAGCAGTTTTGCTAGTTGAACAGTATGTAGCTGGTTAGTTAGGCCATGAACGTGACAATGACTTATTGCCTATAAAATACAGACAATACGCTGGgttgcaataaataaatgtgtcatggCATGCAGAATGGGAAGCTAGACAAAGAATATTAGCCAACATTTGGAGCACTAGGTTCTGTAACTAAATGCTAGTCATCCAATGCTAATACCTGGTGTGCTACACAACATGCATGATTAGTTTGCAGCTGGTTAATTATAACGTATTTTTGTAGGCCGACCTGGAAGTTAGCATCACTCTGTTTCCCTCAACAAAAAGCCAATGGGATTTTTCCACTGGCTTTTGGATTATTGAGATAATAAACTCTGTGACCAACAAAAATTTATGATTCTTGTACGTTTTGTTCATCAAGATAATcttcacaaacaaacacaactttTAAGAGTTTTGAAGCCTAAATACAGAAGTAAAAAGCTAAAGTTAGGCTATAAATGAACTACACCACGGTTGCATAACTTCAACGTCACCACCACTAAGCTTCTGATAACTCTTTCAATctctatttaaaaacattttgtggaTGAATCTGCCCCCCAGCTTTTTTTGGGAATGcattattttggagaaaattctGAGAAAATTTGGAGAAAAGTTTGTTTATACGTGCATCTCTTTTGGATAGTTTTAATTTGTGGTATGAAGACGTTTTATTTGGCTTCTGCAGTTTTGataatttaaaagtttaaagaaTAAGTATTTTCTGATAAATGTGCCTGCAAGAACTGTAAACCTTTAAAATCCATCTCattgtgtaatgtatgtaatataatataaacattacaaTTGGAAAATACTATGAATTGGAATAGTTTGCAAGAGCATGAGTATAAACACAACGAGGCTGTAGTGTGTGAGTTTTCCTGTTCGGTGTGATGACATTTAATGTCCCAGACAACCTCTGTAGTCCCATTTAGCCACTTGTTAGCAACTGCCTTTACAAGACAcgtaaaagcttaaaaaaaatcacgagTGGGGTATTTTATGTCATAGAATAAAACGTGAAATTATCTTGAGCTTGTGTTAACCACAGACCTTATTTCAGTCATTTAACTAAAAACCGGAAATGCAAAAAATGCTAACTCATTTCCAGGCTTTAGGACAAATTACTGCAGCATCTATTTGTTGGGTTTGTTTGGGTTTAAACTCGTAGGTTGACTGTTGATAAATCACATTTGCAAATGTTTTACAATTTGCATGACATGAATTAAATAAGTTTCAAGGTTAATTTGTATGATAGAACAATAGAATAAAGCAAAATCCATCTACAGTGCATTAGCTTGTTCAAGTTTTTCCTGGGATCATGTTAGCAAAGAAATGTAGGCAATGTTTCAATATTTCCAACAAATAAACTACACAATACAGGATACACAGTAGCTTTCCTATCTTAACAACCGAATGTTGCGTTCTGAAGGGAATTTTCCTCCAGTGGCTCAGgcacactgatgacatcagACGGCACTGATTggttaaaagaaaaactgattCAGAAACATGTCCTACTTACAGAAATTACACACTTCTTCATTCAGTAAGTAGTGACAGACAAGtggcttttactttttttatggACAGTGATGAGAAAATACCTCCGTTATTTTATGATAAATACATTTAGATGATTTGGACATGTCGGTCAGTAGCACGTACATTCAAATGGAACATAAATGACACTGTTTAGTATTTTATCACAACGTCCCTTTGAAACTCACTCGGGATGCCAATATATTATCTTTATATCTCTATATACTTCTCACTATATAATTACTGTacattcatatatacatatatgcatacattgtttatatatgtataacaTGTGAATCTTTCCACCCTACTCATCCTTACTGGCTGCttttaagtcattttaaataGTCTAAATATGATTGGCTCTTTATCTCTACGGTACAGTCTGATCAATCATCTGACAACCCTAAGGTCTTGTATGATTGGCTATTTTAGAAAGGGCTCTAAGCTACAATCTAATTGGCCATTTAAAGCAGATGAGCCCTGATGAAACCTGTTTATCAGATTAGCTCAAACaactctgattggttggatgctACCCGTTGTGGTAAAGCTAACATATTTATTGGCCAATGAGATATGAGATATGACGTAATTGGTCGGCCAATTAGGAAATGCATATTTTCTCTCTGATTGGTTGGCTGCCACCTGTTGGGTTCAATCTGAGTGACCATCTGATGGTAGATGGCTTCTGTGGTGCGATTTACGACGTCCCATAACCTGGGgatattctgattggtcaatggATGTGGTCAAGGGCTCTGTTCTGATTAGCCATTATGATTTATGCAATTAGCATAACCCCTGCTTCCAgccaaatctgattggtcagttgtcACTTACTGTGTTTGATCTATTCTTTATTAAAGTGGCCATTGGGAAGTAAATGTTAAACTTAATCTAATGTGGCTTGATTTGGCCCAGATCAAggtgcaatctgattggctattTAAAGAAGACGAGCCTTGATGTAACCTGATGGATGTTTCTCCTTGTTATAAAAGTCTGTGAAACTGCTGCAGCCATGGAcctttctgattggctggttgaCATAGCAAAGGGCTCTGGGAACTTCCTGACTGGCCAGTCAATGTAGCATAGCCCTGAAACCTGCGGTCTAATTGGCTACTTGAAGTACTCAAGGCCGGCGACGAGCAGAAACTTCTCAAGAAAGAGCTCGGAGTCGAGCACAGCGATGTGAGCAGCTCGGCCGATTAGCGTGTTAGCCGTGTTGGGTAAGGCATGGAACACGTTGTGACGGATCACGCGACACTGCGGAGCGTCCATCAGCGGACGTAGGAGGTTGTTTATCATCTCCGTGTACACGGGACCTGATGGAggacacacatataaatacaacTATTAAAAGAAAACGATTTACATTGATGTCAATGCTGGAAAAACAAAGCATTCCCTAAgtatctaacacacacacacacacacacacacacacacacacaacagaacgTATTTTCTAATTTAAGTTACATTTCCTCAGCTGTCATACTGAGACACTGTGACTATATTCCTGCCTGCCTTTCAAATccgagtgaaaaaaaaaaatcagagcgTGAGATCGGATAATAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU169297 lncRNA upstream 301771 3617176 ~ 3624288 (+) False G142908
TU169296 lncRNA upstream 305397 3617176 ~ 3620662 (+) True G142908
TU168847 lncRNA upstream 490494 3415522 ~ 3435565 (+) False G142575
TU168845 lncRNA upstream 490494 3431123 ~ 3435565 (+) True G142575
TU168842 lncRNA upstream 492010 3415522 ~ 3434049 (+) False G142575
TU169457 lncRNA downstream 135338 4068358 ~ 4069576 (+) True G143048
TU169540 lncRNA downstream 193570 4126590 ~ 4126795 (+) True G143125
TU169600 lncRNA downstream 321412 4254432 ~ 4254668 (+) True G143185
TU169601 lncRNA downstream 321704 4254724 ~ 4254951 (+) True G143186
TU169735 lncRNA downstream 558077 4491097 ~ 4543484 (+) True G143312
XM_026909875.2 mRNA upstream 109436 3702496 ~ 3816623 (+) True khdrbs3
XM_026909876.2 mRNA upstream 109436 3702496 ~ 3816623 (+) False khdrbs3
XM_026909877.2 mRNA upstream 109436 3751967 ~ 3816623 (+) False khdrbs3
XM_034307220.1 mRNA upstream 530023 3384180 ~ 3396036 (+) False LOC113523845
XM_026909906.2 mRNA upstream 530023 3388263 ~ 3396036 (+) False LOC113523845
XM_034307337.1 mRNA downstream 76899 4009919 ~ 4046648 (+) True LOC113523835
XM_034307648.1 mRNA downstream 535102 4468122 ~ 4479494 (+) True rragcb
XM_026947326.2 mRNA downstream 551813 4484833 ~ 4508842 (+) True fhl3b
XM_026947325.2 mRNA downstream 592595 4525615 ~ 4530986 (+) False stpg1
XM_034307695.1 mRNA downstream 592949 4525969 ~ 4530986 (+) True stpg1
TU168849 other upstream 463888 3397670 ~ 3462171 (+) False G142576
TU168853 other upstream 529992 3388253 ~ 3396067 (+) True LOC113523845
XR_003402471.1 other upstream 557721 3368205 ~ 3368338 (+) True LOC113523858
XR_003402472.2 other upstream 559801 3366125 ~ 3366258 (+) True LOC113523859
XR_003402470.1 other upstream 561711 3364215 ~ 3364348 (+) True LOC113523857
TU169682 other downstream 551823 4484843 ~ 4505055 (+) False fhl3b
TU169683 other downstream 551863 4484883 ~ 4505055 (+) False fhl3b
TU170101 other downstream 1807938 5740958 ~ 5747944 (+) False gpx3
TU170815 other downstream 2654191 6587211 ~ 6593605 (+) True LOC113547098
TU170969 other downstream 2846969 6779989 ~ 6798904 (+) False G144353

Expression Profile