RNA id: TU344029



Basic Information


Item Value
RNA id TU344029
length 9041
lncRNA type sense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id G290417
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_047613.1
NCBI id CM018559.1
chromosome length 22090854
location 5544118 ~ 5599007 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence


TGCTTAATGGGTTTTTGGAAAACTTTAAAGTTTGGAAGGATGCTCTTCTGTTACTGTGTCTGACATTAAAACCCACACACtctcaagttttttttgtttctttttcctgtgCAGCCTACTTTTGCTTGCATGCACAGGCCAACGCTTTTCATCAGACACGCACCCGCACTGTCTACATTCTGTTTATATGGTGTGGGAACAGAAATGTGGCTTTGTGCATGCATATTGTGTCTCTGACTGCAGGACTGCCAGACTGGGGTGACTGCATCCATCAGTCAATTATCACTAAATTGAAAATTTTTAAGCGACTAAGCAAAACTACTACTATGATTCCTCTACCAGCACAGGAGCATCTTATCCCCTGTCCAGTAGGATTACAAATAACTCAAAAGGAATGGTAAATCATTTAGTCTGGCTGCATTTCAGGGGTACTCAGCAAGCTCTTTGGAGAGCGTTGATGGCCGATTTGCCTCGTTATTGTCTGAGTGCCTGAAAACCATCACAGTGCTGTAAGCAGTTCCCTAATGTCAGTCATCGTTCAGGACTCTGGGACAAACGTTACCCCAGAGTTAGACTATACATTCTGTCTTCCTCAAAGATGACTTTCAGCACATTTTCAAACTTTAACACAatgttaaaattgcatttagGATTGGGCTTTGGGATTACAAACATATTGTTTTGCAAATGTTATGCATTCACTGTGCTGCCCCAACATTATACATCCAAATCCAGCATTATCCAAATGCAAGTCAGGATTCAGAGCTCTGGGATTAGCAAACATGAGGCCAATGGTATACGTTCTACAAATCCCTTTCTTCAGCTGCCTTGCCTCTTTTCAAACCACTACACTGCATCATATCACGTTTCTTTTAGAGTGGAGACAGGCCAAGTGCCCTTCTGGCCTTTTTGTTTGTggaatgtgaggaaaaaaatgacataaatgtgtgtttttgagaagcagggaaacacttttttttagggGACTCATGCGTAAACCATCGCTGACCCTTCAGCATGCAACTGCTTTTGTACTCACAAAAGATAAGCCAGAGAGAAGAAGGATGGGATTTCTTTTGCATTTGTGCATTTGATAAACTGCTATTTGATGCACAAGCACCTTGAGATATTTTGTAATAGTTGCTGTAAGTCCAGGATATGGACACAACTGTGAACACAATGCACTAATCCCTCCAGTCCCCCCTCCTTTCCTCTTTTCCTAGCTGGAAGATAATGAAAACATAGACACAGTTTGCTTTACATGCACTTTCAAACAAGACTTTTATATGTGGTTCTTGTCAACGCAGAATGCCATAAAAAACATATGGAGTAAATCTCCTGTTTAAACGGACTTCCTTCTCCAATTAAGAGATGGCAGTGGCATCAACTTTGTGCATCAAAGCGGGATACAAACGAACATTCTCTTTGTGATGTTAAAGACAGGGCGGTTGCTCTCCTTTATGTTGTGGGGTGGAGGGTGTTGTGAAAGCGAGGAGACTCATTAAGATGGAGACTTGGGGAGGGGGGGATGCGAAGTCGTGGGCCACTTGAAGAATGTCTGATTGAATGGGCTTTGTTCGGTGCGATGCTGGATGCTTGGGGTTCCATCTGTTTAATGCTGCCTCGCCTGAATCTCCACTTTACTCTCACTCGCTACAAAATGCCTTCTACCTTGGGTATAGTAGTAGAGAGTCAAAGCAACTGTACTTGTGGTCAAATCTTGACTACATGACCAGTGGCAGACTGGAACTTACTGCCATTTATGAGCAGAGTGAAGATGAATCTGCAAATGCGAGCAGTCAGACAGATCACTGACTGAGAAGCCTCACCTCCCGCTGAGCTCCACTAGAGAGAGTGAAGCTCAGGCTGGCCCAATTAGCATACAGTAGTGCACTAAAGCACAGGAGATGCGTCCTTGGTGAACACTCCCATATTCCCCCTACCCCCAAGGGGGTCATAGTGGGGGGTGACACACATTTCGGTACATGCCACAGCCACCATACAGGCTTTcaccctctccttctctcattctttATTTTAGCTTTGGTGAGGCTTCTTAATCCCCTTTTACTCGAGAGGGAACAGCGTAATTGTGTGGCATTAGCTTATAATGCTCATGGCTGTGTAATTGTGAAAAACCCCATCTTGCTTATCGACCTTCGGTCTCCACTGTAACTTCCTTTGGGATATTTGTTATGGAGAGACTTGCTTGTTGGGGCCTTTCGCAGGAAGCCACCTTCTAAAATTGGCCCTCACCTAAGCGCCACTGTGCTTCAATGACTTTCCTCAAGCACACAATGGAGCCGGGATGCCATTCAAGGCAGGATGGAGCCCAAGCACGCTCTGTGCATTTTAAGATGGCTCACCAGAATACAACACGCATTGAGCCAACTTTTGCTCCAGTAAGCTGCAAGGAAATATGGAAGCGCTAACACTAACCGTTGGCTTGTTTATGCATGGAGATGGAAGGGGTGTCTGTATGCAATCAGTGGTGAAGAGTGCTCCAAGTTAAAACAACACCAGAACCACCTGGCACTCACTTTTTCATCCACCTGGCCTAGTGCATGATcaaagtgaataaaaaagagTTTGGCTCTCTTGATTTTGGCCATTTATAACTCCTCTCTGAAGTGTGGCATTCCAGAAAGGGGGCGGCCGACAAAGTTATAAAGCGTATTGGAGAACCCATGGGAGATGCACTCGTTTCGTGTACCTGTGTTAACCTCACGTTTCACAGAGGTGCACACATAGCCacgtatataaatattttccaaGATTTCTCAAATGCCTGGTCCCAGGTCAGCATAGCCCCTGCTCTTACTCTGACATCTGGTGTAATTTTTTGGCTCGGGCATCTGCAGAACCAAACTCAGGAAAGGGTGGGAAGAGGaaaaggtctctctctctctctctctctctccacccttTACTTTCACTCTTTGCCCTAGATGTGGCCAGCTGTGCTGTGAAACATAATCCCTCTCTTTTTCCAGACCATTTCCTCAAGTGTAAAGCCTCTCGGTCTCATTGACTGGGTCATAATTGCAACTCAAAGCTAACGTAGTATTCAGGAAAACCTACCAAGCCCAAGACTGATTAAATCCTCCTGCGCTAACACCGCACTAACGTACACTGCAGCAGGAATGTTTCGTCAGAGATCGCACTAATGTTACACTTCATAGTTAAAATGTTAGATGTATGTTTGACAAGCAATCCATCTTAATTTTAGACAGGTCTGGAGAAGTTCACTGCTAAGGAGTTTCACCAGCAGGCAAGCAaggcaggcagagagaggaGCTATTTTCCTCTCTATATAGTTATACATCTATTATATTCTCAGACATGGTGCCAGGATGTTTGGCGTGTTTACAGGCTAAGCTGTATGTTTGCAAATGTACACAGAGATTGCATGAGCCAGGCGCCAGCTGGATGAGCAGTGCTAAGGACTAGGTGACTCTCATGTGTACACGTCAGAAGCCACTATCCACTGGGGCAGGACAAAAAGCTGTGATTGTGGTCAGCTGAGTGGGCCGGGAGTGTGAGGGCCATAATTTACGAATGGGAAAGAACAGCGTTGTTTAGAGAGCACAAGAGAAAAGGAGCAGACGAGTTTCCTTCTGAGAAAGAAGCTGGAACACAATTGGCCATGACATCTTGTCCATGTTGTATGTCAGTGAGTAATATTGAATGGCAGCATTTCAGTATCCTCACATATTTCCTATTCAGCTGCACCAGTTGAATATAAATTCAACTGTAGCCCGGTCTGAGCATAAATATTAACTGTGGAGCCTGTATTGCCATCATTCTGTCATCCAGTTTACgaaaattaaattaactttGTCCTAATTTGTCATTATATAGCATCATATTAACTTGAGAGTCTGCAACTGAAGTTCAAaatttacatcaatatttatgaaTCAATATTTATTCTCTGTATATAGATGTAGGTGCTTaacttgaatttgaatttagattcagattattaaaactaGTTCACGTCATGAGACAGATGTTAATACCAAGTGTGAACCGTCTTAAATGTTGACGTCTCTGCAGGCAGTGTGTATTCATGGAAAAGCGCATGTAGATGGAGTCAAATTAGGTGATGCCAGTGATGGTTATGTgcgaactctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcttgtgtgttgGGATCAGTAGAGTCATTTAGTCTCccttctacacacactccataaaccACACCATCTGAGTGACACCCACAACCCACTAATGGGTCTGTCAAATTGTAGGGCTTAGACTCAGTTTGTGACTGCAGCAGTATACTGTCTGTATGTTTGTGGCTGGTTTCCAAGGTGGCTGGTCAGGTGATTTACTTATAGAGCCCGGGATTTATTAGACAAAACGTAGTGCCTGATGTAGCAATTAGAAGCAAATGGTTGTCTtacagctttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgtgtggtgatgttaTCAAATCCTATAACAGACATCAGGGAAGCAATGTAGTGATAACATGCCTCTGGCTTTTGTTAAATACGTCAGTGTCTGTTTTCTAGCGAGGCTGCGTTATCAGCCAACAGTTGACCAACACCATATGCATTTCTCTCCTTTTACTGCCATCTAACTGTATTCAAGAACAACAGGAACAATCCATGTAATCAGTTGTTCTGTTTAGGATGTACTGTAACAACCCCCTCCTAGCTTTGTTTGCAACTTTTCCACGGAGACACAAATAATTTGCTTATTTGCAGTgagatttattgcattttattttctctcgtTGGCCATCTATAATCCATTGTTTCAGCAAATGAggcattgtgtgtttgtttgtttgtttgtttgtgtgagtgtgggaTAGTTGGTTAAAGTGGTTGTTAGAAATAGTAACCATAGTAACCATAGTAAGTCCCTGCTTAACCCATTTAGCCCTGTATAGAACAATTTCTCTCAGATTCGTGAACTTATTTATAATTCCAGGGTGTTTTCAGGA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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_003404604.2 lncRNA upstream 237216 5302630 ~ 5306902 (+) True LOC113545370
TU343799 lncRNA upstream 290395 5253517 ~ 5253723 (+) True G290192
XR_004580165.1 lncRNA upstream 393193 5147185 ~ 5150925 (+) True LOC117599804
TU343587 lncRNA upstream 636306 4898967 ~ 4907812 (+) False G290030
TU343586 lncRNA upstream 643770 4898967 ~ 4900348 (+) True G290030
TU344031 lncRNA downstream 48370 5647377 ~ 5655687 (+) True G290419
TU344180 lncRNA downstream 133724 5732731 ~ 5734300 (+) True G290562
TU344187 lncRNA downstream 202791 5801798 ~ 5804340 (+) True G290566
TU344188 lncRNA downstream 205669 5804676 ~ 5805588 (+) True G290567
TU344190 lncRNA downstream 207999 5807006 ~ 5807916 (+) True G290569
XM_034313904.1 mRNA upstream 23485 5505839 ~ 5520633 (+) True LOC113545193
XM_034313588.1 mRNA upstream 41714 5327165 ~ 5502404 (+) False dab1a
XM_034313587.1 mRNA upstream 41714 5327165 ~ 5502404 (+) False dab1a
XM_026944630.2 mRNA upstream 41714 5342327 ~ 5502404 (+) True dab1a
XM_026944633.2 mRNA upstream 41714 5342327 ~ 5502404 (+) False dab1a
XM_026944585.2 mRNA downstream 136467 5735474 ~ 5801693 (+) False usp24
XM_026944586.2 mRNA downstream 136467 5735474 ~ 5801693 (+) False usp24
XM_034313451.1 mRNA downstream 245026 5844033 ~ 5856556 (+) False dhcr24
XM_026944360.2 mRNA downstream 245026 5844033 ~ 5856556 (+) True dhcr24
XM_026944357.2 mRNA downstream 245027 5844034 ~ 5856556 (+) False dhcr24
XR_004580098.1 other upstream 564718 4941951 ~ 4979400 (+) False dnm3a
XR_004580099.1 other upstream 564718 4941952 ~ 4979400 (+) False dnm3a
XR_004580101.1 other upstream 565263 4941951 ~ 4978855 (+) False dnm3a
XR_004580100.1 other upstream 570057 4941951 ~ 4974061 (+) False dnm3a
trnad-guc_22 other upstream 1194239 4349808 ~ 4349879 (+) True trnad-guc_22
XR_004580141.1 other downstream 136466 5735473 ~ 5801693 (+) True usp24
XR_004580167.1 other downstream 1413735 7012742 ~ 7019686 (+) False tdh
trnac-gca_25 other downstream 1990361 7589368 ~ 7589439 (+) True trnac-gca_25
trnaa-cgc_5 other downstream 2284211 7883218 ~ 7883289 (+) True trnaa-cgc_5
trnaa-cgc_6 other downstream 2285638 7884645 ~ 7884716 (+) True trnaa-cgc_6

Expression Profile