RNA id: TU345853


Basic Information

Item Value
RNA id TU345853
length 11356
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 5
gene id G291907
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047613.1
NCBI id CM018559.1
chromosome length 22090854
location 8309242 ~ 8321459 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU345697 lncRNA upstream 181344 8126021 ~ 8127898 (+) True G291769
XR_004580121.1 lncRNA upstream 361211 7945952 ~ 7948031 (+) True LOC117599748
TU345543 lncRNA upstream 472162 7833330 ~ 7837080 (+) False G291644
TU345545 lncRNA upstream 472162 7833330 ~ 7837080 (+) True G291644
TU345535 lncRNA upstream 527234 7777629 ~ 7782008 (+) False atp5mpl
TU345951 lncRNA downstream 143378 8464837 ~ 8465037 (+) True G291972
TU345955 lncRNA downstream 149488 8470947 ~ 8473728 (+) True G291976
XR_004580077.1 lncRNA downstream 167510 8488969 ~ 8534500 (+) True LOC113545369
XR_003404603.2 lncRNA downstream 167510 8488969 ~ 8534500 (+) False LOC113545369
TU345980 lncRNA downstream 189110 8510569 ~ 8510776 (+) True G291996
XM_034313589.1 mRNA upstream 3643 8296614 ~ 8305599 (+) False LOC113545195
XM_034313590.1 mRNA upstream 3643 8296614 ~ 8305599 (+) False LOC113545195
XM_026944397.2 mRNA upstream 8503 8296614 ~ 8300739 (+) True LOC113545195
XM_026944387.2 mRNA upstream 118661 8173162 ~ 8190581 (+) False esr2a
XM_026944385.2 mRNA upstream 118661 8173162 ~ 8190581 (+) False esr2a
XM_026944480.2 mRNA downstream 124857 8446316 ~ 8459728 (+) True clic5b
XM_026944651.2 mRNA downstream 228483 8549942 ~ 8557745 (+) True LOC113545337
XM_026944368.2 mRNA downstream 278952 8600411 ~ 8605983 (+) False wdcp
XM_026944369.2 mRNA downstream 279166 8600625 ~ 8605983 (+) True wdcp
XM_026944500.2 mRNA downstream 314991 8636450 ~ 8704985 (+) True atad2b
TU345691 other upstream 234805 8043399 ~ 8074437 (+) False nudt14
trnaa-cgc_7 other upstream 420406 7888765 ~ 7888836 (+) True trnaa-cgc_7
trnaa-ugc_18 other upstream 421162 7888009 ~ 7888080 (+) True trnaa-ugc_18
trnaa-ugc_17 other upstream 421643 7887528 ~ 7887599 (+) True trnaa-ugc_17
trnaa-cgc_6 other upstream 424526 7884645 ~ 7884716 (+) True trnaa-cgc_6
TU345969 other downstream 167188 8488647 ~ 8509483 (+) False LOC113545369
trnak-uuu_18 other downstream 570209 8891668 ~ 8891740 (+) True trnak-uuu_18
TU346212 other downstream 672054 8993513 ~ 8996996 (+) True G292216
XR_004580138.1 other downstream 752569 9074028 ~ 9160901 (+) False LOC113545247
TU347160 other downstream 1582291 9903750 ~ 9950731 (+) True G293016

Expression Profile