RNA id: TU73432



Basic Information


Item Value
RNA id TU73432
length 11594
RNA type TUCP
GC content 0.40
exon number 13
gene id G61972
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 9776278 ~ 9805318 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence


TGGGAGATTTTGGTTTTCATTTAGCAGTGGCAGGGTGAAAGCGAGTGATCATGGCGGTGAATGAGAGGATGTTGAGGGACGCAGACAGACAAACTAAGATCAGAGGACTGAGTTTTCagccacagagacacacacacacacagcagctcctGAAATTTACAGTCCAAGACTGCACAAGGCTGATTAGTTGCTGTACTAGATTTTACCCCATCATCATCTCAGATCCTGAATGATTATTAGCATTTTAAGGCCTAGTACAGTTCCACTTGCACTTGGGGCCAGATATATCAGACcctacttcctttttttttttattgaggaCCTTCCAAAATCTCTCACTTGATCAAACacatttcttctctctctgttttgctGCCTCCTCAATTCTGTCCCTTTAATTCCTCAGAAAATGTGGTGAATTAACACAGACAATGTTTACAGGGTTCGACCACTGAGCTCTCATAATTGTAAATCCCTAAGAATTCACTGAGTTATATAAAAAGTTGAGAATGTTTAAGATTAATGTATAAAGAATCCAACATCACTCTTGCTCAGTGGCATTCCTGATCattgtaggtgttaattcaacaggGGATTCTGTCGATGAACCAGGCAGACCAGGCAAGTAGAGCACTTAGCTATGAGTTGATAGAGCTATGACAATAATTTAATGACTGCTTTgatttctctgtccatctgtaaCCATGGCATTTTCTTCAGCTCTCTAACCTGGCCTAGAGTACACCTTTGTTGtgaattcagaaatatttttcacCCCAGTATCTCCGCATTCAATTACTACTGTTAACACCTTAAAATTCCCAAACCCAGattcctcactctcataactGCGCAATTATTCAGATATAATATctaaataataatcagtgagCTTAAGGGGTTAACAGTTGATTTTCTTTTTGCACTTTCACAGGAAATACATTTGAGAACTGACCAAATCAAGacatacaaaaaaagaagagtcTAAATAGAAATATAAGTGATAATGATTTCTACAGACATGACAAAAGCATGAGACTGTGAGAGCCCACAAACATTTTTACTGCTTCAATACATCTTAAGTAAGGTGAAGCTTAGAGACTATAACCTTGGGTGGAGGTTCGCTCTGAAAATCTGCTGAGTGTGACTTAGAGAAGATTACATTATTGATGTGAGTTCAGCAGCGCGAGGCACAGCGACAGCACCAATGGAGTTTAGATACTAGAGGCACAGGAGCAGAATTAGAGATTTGTGGAAGTCACATGACTTTATTGCGTCATTTGGATTGTATTTATGGTGATACTgaatttttaattcaaaatctGAACCTGATCAGACTTTAAGTGTACGATTCCAGAGAAGCAAAGCATCTTCCTTCGTTCTTCCTTTAGCTCGGGGCTCTGCGGCTTGGGGGTGGCGTGGGAGGAGGatcacagctcacacacataaatgagtttaggaggaagagagagagaaaaatagaaaggAAGAACAGGTCCAGGGAGGAGGATGACAAGGAGGTTTCACAGATTAAAATCTCCAGTCATGAATGAACACGTACAGTGGATTGGGGAGAAAATATTAAGACTGTAGGTGTTACATTAGAGCTGGTGATTCTGCTGTGCGCTTTCTCCTTATGAAACACTACAGCAAAAGAttaaagggggaaaaaggaGGGAAATAAAGCTATATGCACACAGGACACATGAAAAGGAAAGGGAGGGATTAAGAAGGTGGGGCCATTTGACATCACTTTCTTAGATCATGAATTCAGGGCAAGAAACAAGGAGAGTGACAAGAGGGTAAAGAAAGGAGGAAAGCAAGAGAAAAAGGAGATAAATGACAGTAGAGAAGAGGGACATTTATAAGTCGCTCTCGCCATAGAGGGCACTGGAGAAGGAGATGTAGTCGAGAGCGCCTGCAGGGATGTCCGGCCCGGTGTACTTGGTCATGCGGCTGATGCAGTACTCGGCCTGCTCTGGGGGAAGCTCCCTGCGCAACTCCTCCACCGTGATGTAGGgCTTGTCGGAAGCCAGGATCTTGAAGGAGGCCATCACTTGCTCGGCTGTGTCCGTCTCGGCTGTCTCGCGGGTCATGAAGTCGATGAAAGCCTGGAAGGTGACTACATTCGTGTTGTTGGGATCCACCAGAGTCATGATGCGGGCAAACTCCACCTCACCCAGATCGTAGCCCATGGAGATGAGACAGGCACGGAAATCGTCGGGATCCATCATGCCGTTTCTCTTCTGtcGAAGTGGTTGAAGGAGGCTCTGAACTCGTTGAGCTGCTCCTGGCTGATGCCCTTGGCGTCGCGGGTCAGGATCTGGTTCTCCACCTCGTTGATCGTGCGGGCGATGGTGGTGAGCAGCTGCTCCCAGCCCACGCGAATACTCCATGGTGTAGTTTGTGTGCTTGTTGTCGAAGATGAGTGCCTCCTGGATGAGCTGGTGGTCTCCCTCCAGTTTGTCGATGTTGGATTTGTAGTTGATAATGTTCTGCTCGTAATTCTTCAGGTTGTTCATCTGTTCCTCCAGAGAGCCGGCAATGTCCACAGACACGTGGCCGatctcCTCCATCTTGGTTTGAATCCAGGGTCCGATGATATTGGCCTGGGCAGCAAACTGCCGCCTCAGTCTCTCGTTGGCCTGCTGTCTGGCAACTTCCTCCTGAAGCATCTGGTCTCTGAGCGGCACCAGCTGCTTCACCTCAAAGATGCTCTTCTACAGAGGAATCATTCTCACAACATCAtattcttttttgtatttttctcccaatttggtaATTTCGCCCACTAGGTAGCGAGGGTGAAgcctaacacgtgcttcctctgggACACATGAAACTACTGCTCATGCTATTTCACAGACTAGCtcaacacactctgaggaatgTGCTagctgccctcttctgcatacttGAGCTCACAGGTGATTGGCTAGCGTTGttatgattgacaggagagataGAGTAACACcatcccacccagacagcacatcCAATTTTGGTCTTTTGGACCCCCGGCCATTGATGGCTGTTgtatcatcaggattcaaacacATCATCTATGTCCTGAAAATAGTgcaaaatgcttttctgttgcaccacatGGAAGCCTGCCATAACATATTCTCTCATAATTTTTTTGACTAAATACGTCTATTCCtcaatattatgaatataatagCAGTTAACATTGCTACCATCTCCAGTGAAGGCCACAGGAACTTACGGATTCTGGTACAAAATGGTTCAGTGTTTAACTCACTGTCTCCCACTTGTTGGTGATGTCCTGAGGGCTGAGGCTGGTGTATGGATTGATTCCAGACAGTTTGATGCCATAGGTCTGAGCAATCTTCACGATCTCATTCATGATACCCATGATGGCCATACGCTCTTTGTCTGCCTCTGGGAGAGTGGCCTTAAACTGGTCATGAGCTGTGATCAGACTATGGATCTCCTCAATGCTGTGCACGATGAACATGTCCTGCAGATCCTCCAtggctccatccatccagtTGTTAAATGGTGCCGCCCTCTTGGCGAACTCCAGGTACAGCTGGTCAATAGTTTCCCACAcactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagaccactcTACTGCAATACCACCACCATTTTAACAAATCAGGAAGGAGAAATGTCATTGGTGTCTCTGTCTCAGGAAGTTACTTTTCTTCACTGACTAGTTTAGCTCAGTAGCTTCCTCGAGTCATTACACCTCTCCACACTCTAGATGCTCAGGTATATGTGAGAGATTCAGTTTAAAGCTGGGATTCACTGATGCCTTATTTACGGCTTCCACCCCAGTCATGTGACCACAAATAAGCCAATCAGATTCTCAGAAGAACCACCATCTCTCATGGAGGGAAAGGTTACCATGGAAACCTGAAAGGTCTCTCTATCAGGAGTAACACACTTCACAATGAGTACAGCGATGGACAGTGAAGTGTGATGGAGCCTATTGTGGATCAGAATTCACCTTCAACAAAATACTTGTCATATATTGGATAAGAATCATGAAAATTTGTCCAGAACTATAGCGCTCTGCTGGTGACATCcctacttaataaaaataatgtgggaatatttttaaagcatgGGAACCATATCCTAATGCATGGCCACTACGGGTGGGAGATATgactataaaatattatatcaccattctcaaagacatttctCTGATACACAATAGGTACCACAATATATCGTTTTGTTAAAAAGCTACAGCAAACCTTTAGcattccattaaaaaaactgttaagAACTGTGATagatgatacttttatttaatgtccagaaaaaataaatgaacactgaaAAGGGGGAAAGTAAattcaaaatcaaaattttacaatttttaagaTTTAGTACAACATTTaataaatcagctgcttccaatctGTCTGtacttattaaaaaagaaaactaatttaaaatattacaataataatatatcacGATATCTGCGATATCTCAGTGTACTGTGGCATAagttatcacaatatcaatattatatgtCATATTGTCCAGTCCTAGTGGCCATAGCTTAGTAAGGCGTGAGAACGAGATAATTAAGCTGTGGGAATGAGATAAGTGTTTCCATGTTATAATAAGGTGTGAGAATTGTTTTGTGCCCCCAAACTGGAATGCGAGAACTTTACAGTAACCAGTAACAGTAGCATCCCAGTTCTATAATTTGCAATAACTAGATACACTAGATGATGTATTATTGCTTAGAGAGCTACTCTATTTTTATGACATCAGTTCATTGTGACACCTCTGAAAATTATGCAAGGAAACAAAGATCTCAATAAAGATGTGTGTTCAGTTTTGAGTCTGACTGTGAacaattaaagaaaacacaacaggaaatgtgttaatgctgtaaatgttatttacatgcCATTGAATATATGTGAGattttttacactgaaatattaaatgaaa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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU73421 lncRNA downstream 23993 9750821 ~ 9752285 (-) True G61967
TU73422 lncRNA downstream 23993 9750821 ~ 9752285 (-) False G61967
TU73388 lncRNA downstream 52326 9684030 ~ 9723952 (-) True G61934
TU73387 lncRNA downstream 52326 9694664 ~ 9723952 (-) False G61934
XR_003404080.2 lncRNA downstream 155359 9620713 ~ 9620919 (-) True LOC113540706
TU73489 lncRNA upstream 122015 9927333 ~ 9939105 (-) True G62023
TU73477 lncRNA upstream 189293 9994611 ~ 9995711 (-) True G62012
TU73344 lncRNA upstream 219380 10024698 ~ 10041766 (-) True G61900
XR_004578124.1 lncRNA upstream 221021 10026339 ~ 10026551 (-) True LOC117597218
XR_004577932.1 lncRNA upstream 221556 10026874 ~ 10037983 (-) True LOC117596979
XM_034303884.1 mRNA downstream 204814 9533997 ~ 9571464 (-) False capn1
XM_034303882.1 mRNA downstream 204815 9439350 ~ 9571463 (-) True capn1
XM_034303883.1 mRNA downstream 210927 9439350 ~ 9565351 (-) False capn1
XM_034303873.1 mRNA downstream 247453 8639468 ~ 9528825 (-) True LOC113526752
XM_034303879.1 mRNA downstream 291677 9474177 ~ 9484601 (-) False LOC113539885
XM_026936422.2 mRNA upstream 77393 9882711 ~ 9889757 (-) True zgc:101810
XM_034303449.1 mRNA upstream 87033 9892351 ~ 9896258 (-) False six7
XM_026937032.2 mRNA upstream 87033 9892351 ~ 9896256 (-) True six7
XM_026935933.2 mRNA upstream 102241 9907559 ~ 9911772 (-) True b4gat1
XM_026937084.2 mRNA upstream 108916 9914234 ~ 9919791 (-) True pfdn2
TU73323 other downstream 247475 9526574 ~ 9528803 (-) False LOC113526752
TU72884 other downstream 437533 9337826 ~ 9338745 (-) True G61537
XR_003403995.2 other downstream 448847 9314849 ~ 9327431 (-) False LOC113540087
TU72820 other downstream 791825 8983234 ~ 8984453 (-) True G61478
XR_004578041.1 other downstream 1197428 8575506 ~ 8578850 (-) False LOC113526753
TU73337 other upstream 222669 10027987 ~ 10037575 (-) False G61900
trnan-guu other upstream 669078 10474396 ~ 10474470 (-) True trnan-guu
trnan-guu_1 other upstream 670305 10475623 ~ 10475696 (-) True trnan-guu_1
trnan-guu_2 other upstream 671540 10476858 ~ 10476930 (-) True trnan-guu_2
trnan-guu_3 other upstream 673981 10479299 ~ 10479372 (-) True trnan-guu_3

Expression Profile