RNA id: TCONS_00000663



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00000663
length 738
RNA type processed_transcript
GC content 0.45
exon number 4
gene id XLOC_000390
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 33215241 ~ 33216718 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


GCACAGCATTGAGTTAAAGTGACCACAGAATAAAGTAAGCAAGTGTCAGAGGCAGAggagacacatcaaccagcaagtgtgtaactTATCAGgaaaatgactgactgaatggatGACTGTCTAGGTTGCAAGCAGGACATACTTGTTACAGTGAGCGCTGAATTGGAGAAGCCACTGTGTACCATGAATCTTTACAGCTGCTGAGGAGCTCTTGGAGTAAGACAGAGATCTGAGACTAAAGAACCGACAAGAACTGAACGGCTTGTGAGGGCAGTAATGTTGACCTGAGCAGGGGCCTTCTACAGGGGACCGCCTAAAGATActggcatcatcatcatcatcattgaagGTGTTAAAGTTCTTATAGACCTCATCTTTACCAGACTCAGGCAAACTCTGCTTTCACTCTGCCCAAAGCCCCAGCTGGACTGTTTTGGCCCAGGGTATccgatcaggccccggaagtgactgtGGAAACTTGACTGGCCCTGGCTCGCATTGGCACGCTAACTTAAGTCACGAGAGTGAAAACATGGCTCTTGACTACATTCCTAGAGCTTGTGTCCACCTGGGTTTGACCTATGCATTTTGACTGTGACAAAGAATGTTGTTTTTACAAGTGACTGTCTGGTTAACACTGAAAGATATTATAGGGTAGTATTCCCAAACTGTGGTGTCCTCTTTGCTTCAATGAATCTGCATTATTCTGGCAAATAATACCTTTCATGCATTAAATCA

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000135926

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000651 lncRNA upstream 1197126 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002849 lncRNA upstream 1202863 32011880 ~ 32012378 (+) True XLOC_000381
TCONS_00003083 lncRNA upstream 1203447 32010262 ~ 32011794 (+) True XLOC_000380
TCONS_00000637 lncRNA upstream 1694269 31519239 ~ 31520972 (+) True XLOC_000371
TCONS_00002848 lncRNA upstream 1855922 31356349 ~ 31359319 (+) True XLOC_000370
TCONS_00002850 lncRNA downstream 301084 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00000683 lncRNA downstream 480623 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00003084 lncRNA downstream 1014885 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA downstream 1015020 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00003085 lncRNA downstream 1233941 34450659 ~ 34454447 (+) True XLOC_000408
TCONS_00000662 mRNA upstream 421597 32791920 ~ 32793644 (+) True XLOC_000389
TCONS_00000658 mRNA upstream 521291 32521469 ~ 32693950 (+) False XLOC_000387
TCONS_00000659 mRNA upstream 521886 32521579 ~ 32693355 (+) False XLOC_000387
TCONS_00000660 mRNA upstream 523535 32528097 ~ 32691706 (+) True XLOC_000387
TCONS_00000655 mRNA upstream 829576 32341484 ~ 32385665 (+) False XLOC_000385
TCONS_00000665 mRNA downstream 1193 33217911 ~ 33283689 (+) True XLOC_000391
TCONS_00000666 mRNA downstream 105456 33322174 ~ 33324476 (+) False XLOC_000392
TCONS_00000667 mRNA downstream 105837 33322555 ~ 33334732 (+) False XLOC_000392
TCONS_00000668 mRNA downstream 112139 33328857 ~ 33332061 (+) True XLOC_000392
TCONS_00000669 mRNA downstream 166926 33383644 ~ 33487375 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000661 other upstream 509014 32706109 ~ 32706227 (+) True XLOC_000388
TCONS_00000657 other upstream 701137 32513989 ~ 32514104 (+) True XLOC_000386
TCONS_00000653 other upstream 1150211 32051613 ~ 32065030 (+) False XLOC_000384
TCONS_00000645 other upstream 1492366 31706669 ~ 31722875 (+) True XLOC_000376
TCONS_00000632 other upstream 2151391 31057240 ~ 31063850 (+) True XLOC_000367
TCONS_00000675 other downstream 185140 33401858 ~ 33455232 (+) True XLOC_000393
TCONS_00000681 other downstream 466513 33683231 ~ 33693904 (+) True XLOC_000398
TCONS_00000684 other downstream 518300 33735018 ~ 33735134 (+) True XLOC_000400
TCONS_00000685 other downstream 750439 33967157 ~ 33967273 (+) True XLOC_000401
TCONS_00000688 other downstream 906162 34122880 ~ 34122972 (+) True XLOC_000403

Expression Profile


//