RNA id: XM_026936510.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_026936510.2
length 4134
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 7
gene id zgc:153615
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 28814083 ~ 28823502 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

cactgtgtgtgtgtgtgtgtcttcaggaagcctctcacacactgcagtggaaAGCAGGGTGGCTGCTGCTGCACTCGGCCATGCACTGAACGATGGTGCAtcaggagaaatgtgtttaccAGGCCCAGAGGATCGAGAGGGAGTCCATCAGACAGAAACTGGCCCTCGGCAGTTTCTATGACGACGGGCCTGTTTTCTTCGCCAGCAACAGCTGCCCGTCCCCGCGGTTTCAGAATGGTGTGAACCTGCAGGTGTGCTTCGTGAATGACAGCAGCAGTGATAAGGACAGCGATGCTGAGGACAGCAGGACAGAGACGAGCCTTGATACGCCCTTGTCTCCTGTGAGTAAACAGAGCTCGTCTCTCTCggaagaggaagaggacggGGAATTTTGGCGGCTGCAGCGGCGGCTTGAGGAGGAAGCGCGCGGGGCTCTGGCTCTCGCTCGGCCCATGGCACGCATGCAGGTGGAAGTGGAGAGACATGTGCAGCTACACCGCAGGTCTCCGGTGGCCGATCTgTTGCCGCACATGCCACACATCAGCGAGAGTCTGATGAAGAGGAGTCTGAGGCCCGTGGACCTCAGAGACATGAGTCTGGGTCAGTTACAGGTCATCACCAATGACCTCCACTCACAGATACAGGGTCTAAACGAGGAGCTTGTGCAGCTGCTGCTCCTGAGAGACGAGCTTCATGTGGAGCAGGACGCCATGCTGGTGGACGTGGAAGACCTGACCAGGCATGCGCACAGTCAGCAGAGACACATAGAAAAGTCCAAAAGAAAAGGCGCCTGCTCCCTGTGACCTCCTGACCCTCTGGAGCAGTTCAAGGTCGTTCGACGATGAGCCATTAGTGTTGTGGTAGCGCTCGCAACTCAGCTTAACTAGACGTGTGTGTCTCTTTTCATGTGTTCCAAGCTTTGTATGGATGTTTTCAGTGTCAATCAGACATGCCGTGAGCTTTCGTGCTTGCCCACGCTAAAGCAGAGGAATGTTAAGGTTCTCGGTGTAAGACCTGCGGGCTCACGTGAGGCGTAAAACCGAAAAGCTCTCAAGCTGTCTGCATGTACTTACAGTTTACAGGGGTGccgtaattatatatatatatatctcagcATTGCTAGATATTGTTAAGCTATATGTGTGTAAGGCCTGCAGGGTGCTGAACGAAGCGGATCTCACAGAACATCTATAAGAAATGCAACATACTGCAGCGACCATAAATTGGTTAGGAAAATTCCCCTAAAAATCAAATACTAATTATAGAATTTTAATTATAGTTATAATACTATAATTCTagttattatatcattatagttatatttttgtaattttatagttatataatgTTTTGTTCTAGTTATTCTAGTTAATTACAGCTGTAATTCCATAAGTCTAGCTATTTCGTAATTGTAGTTATAATTCTATAACTCTAGGattatatttctattattatagTATTCTCTAATTCTATAATTTTATAGGTATAGTTCTATGATTATTGAATTCTAATTGTAGTTGTAATTGTGTAATTCTTGCTAGGCtataattatagttataattCTATAATGATATCATTATAATTACAGTTATAATTCTCCAATTTTGGCATTATAGTTATAACTCTACAATTATGAAGTTGTGGTTATAGTTCTATAATTCCATAGCTATCATTTTAGTTATAATTCTATCACTGTAGTTATTCTACAATTTTCGCATTACAGTTATAGTTCTATAACTATTGAATTATAATTCTAGTAATTACAGAATTTTAATTCCACACAAAAGTACAGAATTAGAATGATAGCAAGCCACTTTTACGATATGTTTTGAGAATTTGCAGCCGTATTAGCAAAGGTTGAACTGCCTTCTgttataaatatagtatattcTTAAATCTTTTGGCTTTATCCTTGGTTTAGTCGCCCTAAAGCATCGCAGCACACTTTGTCAAATGGTGGAGCAGTAAACGTGCGccttggtttattattttttaaatttgcactgccAGACAAATGTTATTGAAtttatgaagtttttttttttttacccattatTGGCAATAAGCGAAAATCGCTAAATCTTCATATTTAAGGACATCGTTTAATCTCAGTTTGTAATGAGACTCTAAATGAGTCTCAATGTTATTATACATTAATTTATGAGACAGTGTTAATAtcacatgtaataataatatatacattaaagtGATCTAGGTCAGCCTTTTCCAGTTAGAGCCAGATTTCTTCCcactaaaataaaaagtcacacATTGCTCAGTTCACTTAGACCTATTTCTTACTTAGATTTTCTGAACCCAGATTATGGAAGTTTAACTTGAAGTGTTTAAAACCTTTTGACCGGCAATGCATTGCTTCAAATGCTCATTTATCATATAATTCTAGCTTATAGTGTTCTGTGTTTGCTAATAAGCTTCATTTGTTAAGTTCGCTAACGTAGGTAACACAAGATTACATCCCAGTACTGAAGCAGGGTAAAGAGATTACTTttaagtaaattttaaaatgtttgaagcTTTTATTTCCATCTAAAATCACTGAATGTCATTATACAAGACATACTAACCACACTTACATCACCACAAaaaattttgtattaattatttaagaaCACTGTTGTCCTTGTAATGTTGTCCTTGTAATGTTGTCCTTCATGCTAACTCACACTAACCACAACCTTATACATGAGCTGGCAACTATGATACCAAAACTAAAGGTTGTTTTGCCACAATAGTGTCAGCAAGATTCCAGCTTAAAGTTTAACTGCCATCAGGTGTAAAAATAACCAAAGCAAGTTTTTGATTCTCTTGATGATATTAAGCAACATTCCCATTAATCATTAAAGATTCCAGCTTATAGCATTTTGTTTGCTAGTAAACAGCCTCCGTTTGCTAAGGTGTGCTAATGTGGCTACAGCAAGATTACATTCCAGTGTTGAAGCAGGGTAAAGAGATTATAGCTAAAGTGacaggtatttaaaaaaaaaaactacactatGGCTACGAACaaccttagaaaaaaaaagtaacacttAACATTATTTCTGGATCGTATACGATTTGCGCAAGAAATGTTAAGAGCACTTATCTTTTCCCTTACCATTAACTTTACTTAATCTCAACTACACACAAGCATATAAAGGTATAAAccatttctttcaaaaaaaattttaattacaacAAACCTTTTCTTGAAATAGTAACAGTGTTAGCAAAGAAAATTTTTAACTGCCATCAGGTGTAAATGTAACCATAGGACTTTgtcaaatttttaaattaatgcttAATTAAAGTAGCTAAAGCTAGCTTACATTCCAATAATGAAGCATGTTATGAGATTAtctaagtaaataaacaaaaaatgatgtAACGAAATAGTCAATAACCAACAGACGACTGTAAAATGAGCTGAAGTCGTAAAATGAGCTGTGAGTGCTGAGCTTATTCCTCGCCGCAAAGTTGAACTATTTGTAACTTTACTTCAGTTGGTTAGTGTGGTTTCTTATGAGAAGCTAATTTTCCGTTGGCCAacatcttttttgttgtttcttaaAGAAAGGTCCTGTTGCAAATGACTAGCTATAACTTCCATTTGTCCCAAAATGACAAATCTAGCCAATTTCGAATCGCAAAATAAACTGTAGTAGACCTGGAAATGAACCGAACTGGTATAAAGGACTTCATTATAGAAAAGTTCGTAAGTAAACTTCTTTCTAGCTACTTTTGGAAGAGATAGTTCTTATAGTTAACTGTGCTTTCCTAAATGATTATGGTTGAAAAGTCAATGTTTGAATGTCAACATTTAGCAGTAACTTACACAAAATGTTCCACGAAATCTGGTTCATTATTATTGAAGTTATGTGATACCTAGAAAAATCCATTTCCTGGCAGTGTGAGGAATCTTTgtatgaaagtgaaaaatgaactgaaatgagCAGATTAGCAGTTAGTGTTGCgctttcattttcatcatgaacatttaTGTGTAGAAtttcaagaattttatttttcaccctTTCAGACATGTGACAGGTTTACTGACTGGAAGATCAGAAGTCTGGAATCAGATAtgctaaaggaaaaaaaattgatcaaTAAAAAACTTACTTGCAGACA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU86346 lncRNA upstream 16946 28792847 ~ 28797137 (+) False selenot1a
TU85895 lncRNA upstream 22247 28787617 ~ 28791836 (+) True G72472
TU85891 lncRNA upstream 52632 28758555 ~ 28761451 (+) False gng5
TU85849 lncRNA upstream 155547 28658276 ~ 28658536 (+) True G72428
TU85843 lncRNA upstream 162462 28651414 ~ 28651621 (+) True G72422
TU86397 lncRNA downstream 38914 28862416 ~ 28901261 (+) True G72869
TU86402 lncRNA downstream 50101 28873603 ~ 28873988 (+) True G72872
TU86425 lncRNA downstream 91127 28914629 ~ 28915189 (+) True G72889
TU86423 lncRNA downstream 91281 28914783 ~ 28915258 (+) False G72889
TU86429 lncRNA downstream 94240 28917742 ~ 28918398 (+) True G72892
XM_026936511.2 mRNA upstream 16924 28792853 ~ 28797159 (+) True selenot1a
XM_026936491.2 mRNA upstream 29976 28779749 ~ 28784107 (+) True otol1a
XM_034303989.1 mRNA upstream 29976 28779749 ~ 28784107 (+) False otol1a
XM_026935934.2 mRNA upstream 52635 28758545 ~ 28761448 (+) True gng5
XM_026937212.2 mRNA upstream 68437 28739127 ~ 28745646 (+) True si:ch73-344o19.1
XM_026936513.2 mRNA downstream 4450 28827952 ~ 28831728 (+) True LOC113540201
XM_026936512.2 mRNA downstream 8871 28832373 ~ 28842762 (+) True txndc12
XM_034303521.1 mRNA downstream 39555 28863057 ~ 28868178 (+) True LOC117597034
XM_034303853.1 mRNA downstream 61649 28885151 ~ 28887556 (+) True LOC117597120
XM_034303522.1 mRNA downstream 78028 28901530 ~ 28906396 (+) True LOC117597035
trnat-ugu_8 other upstream 1192700 27621311 ~ 27621383 (+) True trnat-ugu_8
trnat-ugu_6 other upstream 1193406 27620605 ~ 27620677 (+) True trnat-ugu_6
XR_003404070.2 other upstream 1256181 27557765 ~ 27557902 (+) True LOC113540696
XR_003404069.1 other upstream 1257435 27556517 ~ 27556648 (+) True LOC113540695
trnat-ugu_5 other upstream 1324758 27489253 ~ 27489325 (+) True trnat-ugu_5
TU86406 other downstream 50854 28874356 ~ 28912104 (+) True G72873
TU86682 other downstream 796491 29619993 ~ 29623037 (+) False asip2b
TU87615 other downstream 1922629 30746131 ~ 30767132 (+) True G73944
TU87616 other downstream 1922629 30746131 ~ 30767132 (+) False G73944
TU87706 other downstream 2238228 31061730 ~ 31097888 (+) False spsb4a

Expression Profile