RNA id: XM_026936641.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_026936641.2
length 9747
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 22
gene id tnr
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 25707827 ~ 25881110 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

GAGTTCCTCTGGCAACATGGGAGGCACAGACTTGCTCGCCGATCGCAATCACGCTCTCTGGGTGCTCTCTACGTTTCTCAGCTGATCACCAAGACTGTGTGCAGCTCAAGGACTCCATTGTCACCTATCTGGAGCCATGATGTGTTGGTCCATAATGGCATTGTGTTCTCTGATGAGCTTGGCATTGCTGTTCCTCAGCATTAATGCTGTGCCAGCCCACAAGGACAAAATAGTATGGACAGCTAGGATCAAACGGCAAGCTACAGATGGTAGTGGCAACACCAGCAATCAGAGCCAGCCCATGATCTTCAACCATGTGTACAACATTAATATTCCACTAGAGTCCCTGTGCTCAGTGGATCTGGACTCAAAGGGATCCACAGGGAGTGATAAATCAGGTGAGGAGTATGAGGAACAATCAGTGGACTTGGACAGCCAGGTGACTTTCACCCACCACATCAACATCCCCAAGGCAGTGTGTTCATGCCCAGCTTCAACCATGCTGCAGCAGCTAGCCAGTCGCATAGAGATGCTGGAGAAAGAAGTATCACTGCTCAGAGCACAGTGTAGCGGTGCTTGCTGTGGAGATAACTTAGTCCTGGGCCAGCTGGATTTTGGCCCTCTCTGCAGTGGCCATGGCACCTTCAGCATGGATgtttgtggctgtgtgtgtgatgaaggctGGATGGGGAAGAACTGCTCAGAACCACAATGTCTGGGGAACTGCTCtggtcagggtgtgtgtgtcgaaggcgagtgtgtgtgtgacagtgattTCAGTGGAGAAAACTGCTCAGAGCCTAGGTGCCCTGGTGACTGCTCAGgccagggtgtgtgtattgctggagaatgtgtgtgtgaggaggccTACTCTGGAGATGATTGCTCCATGAACAGATGCCTGAATGACTGCTCTGAGCAGGGGCTCTGCATCAATGGAACTTGCCAGTGCAGACTGGGATTCCTAGGTGAAGATTGCTCACGTATCTCCTGCGCTAACAACTGCAGCCACAAGGGAGAATGTAAGGCTGGATTCTGTGTGTGCCAGGAGGGCTACATGGGAGAAGAGTGTGCTTCAGTGGCACCACCTATGAATTTGCGAGTGCGTGGAGTGACGGAACGTACTATTGACATAGAGTGGGAGGGGTCATCAGTTGTAACAGACTACTTGATTACTTACGTTCCAACAAGCCCTGGTGGAGTACAGCTGGAATTGAGAGTTCAAGGGAGTGTGACCAACACCACCATCAGTAAGCTGGAGCCAGGTCTGGAGTACAACATCAATGTGTACACTGTCATTGAAGATGTCATCAGTGTGCCAGTCAGCGCCACGGCCTCAACCTATCTCTCAAATCCTGATGGTCTACTCTTCAAATCTATCATGGAAACATCAGTGGAGGTTCAGTGGCAACCCTTTGACTACTTGTTTGATGGTTGGGAAATAAGCTTCATTCCCATGGACAATGAAGGAGGAATGACAACCCAGCTGCCCAGCACAATCACATCCTACCATCAGACTGGTCTAAGGCCTGGAGAGGAGTACACTGTGAATCTGGTGGCACTAAAAGACCAAGGCAGGAGCCAGCCTGTCACTGCCACTGTTACCACATTAATTGATGGACCAACACAGCTTATGATCCGGGATGTCTCGGACACGGTGGCATTTGTAGAATGGACTCTGCCCAGGGCCAAAGTGGACGAAATCATCCTGCGTTATGGACTCGTGGGTTATGGTGGACCCAAGACCACATTTCATCTGGAGCCGACTCTGAGTCAGTACTCACTACAAGTCCTAAGGCCAGGCTCCAGATATGAAGTGTTGGTTAGCAGCTTTCACAAGGGCAGTGAAAGTAGAATTGTCTCTGCTGAGTTTATCACAGAGATCGATCCACCCAAACACTTGCGGGTGCTCTCTAAGACATCCACATCTCTGGAGCTGGAGTGGGACAATAGCAAGGCTGTTGTGGAGTATTATTGTGTTGTGTACAGTACACTGGCTGGAGATCAGTACAATAAAATCGTAATTCCACATAGCAATGGAACCACAACCAGGATCACTCTCACAAATCTACAACCAGGTACTGAATATGGCATTGGGATATCGGCTATTCTGGGTAACAACCAAAGCAATCCAGCCACAATGAATGCCAGGACAGGTCTGGATATCCCCATGGATCTGATGGTCACAGCTTCCACAGAGAACAGCATCACTTTACTCTGGGGCTCTGTCCAGGGACCCATTGAGTATTACAGAGTAAGCTACACCTCAGCTAGTGGTGTGACCACTGAAATAACCATACCCAGAGATATCAGCAGCACCACACTGAGTGGCCTGGAGCCTGGTACTGAGTACACCATCACTGTCATGGCTCAGAGGGGCAGACAACAAAGTGCTGCTGCCACAATTGATGCCTTTACAGGCTTCCGTCCTGTGAGTCAGCTCTACTTCTCAGACATCACAGCTGACTCCTTCGCCATAGCCTGGAGTGCTCCAGCCCCACCTGCTAATAATTTCAAGCTGCAATACTCTACAGATGATTCCAGTGAGGAGTTTGAAGTTGTTCTGGATGGTTCCAAGACAAGGACTGTCCTTTCAGGCCTCCTGCCTTCCAGAAAATACATTGTTACTCTGGTTACCATGCATGGAGACACAGCTTCAGAGCCAGTTACAGGCACCATTGTCACAGGTATGGACCCTCCCAGAGAGATTATGGTATCATTCATCTCTGAGGATTCAGTAACCGTATCATGGGCTCAGCCGCTTGCTCACTTTGATTACTACAAAATGTCCTACCAGTCTGCTAGAGGTCAAGTGGACAGTGTGTTGATTGACAAGGATGTGACAAACTATACTCTGACCAGACTCCATCCCGCGACAGAATATGACATCAAATTAAACACTGTGCGTGGAAGCCAGGAGAGCAAGGTCATCAGCACCAGTGTCTTTACAGCCATGGACATGCCAATGGAACTGATGGCCCTGAATGTCACACCACAGGGAGCATTGTTGCGCTGGACTCCTCCACTCTCTAACGTGGATAACTATGTACTCACTCTCACCCGTAGCCAAGTGACAGCAGACACATTTCTAGTGGAAGGGAACAAGCAGGAACATCAGCTGAGTCAACTTCTCCCCAGCACTCCTTATTCCATTGGTCTCTATGCCACCAAGGGCCCTTTGACCAGTGGCACTGTGATCACCAGCTTCATCACACCCATGGACGCTCCCCAGAATCTGACTGCTAGTGAGGTCAACCACCGTAGTGCCCTCATCTCATGGCAACCGCCCATTGCAGACATCGACAACTACATGCTGACCTATAAGTCAGCTGATGGAAGCCGCAAAGAGCTAATTCTGGATGCTGAGGACACATGGATCCGTCTGGAGGGACTGGCTGAGACAACAGAGTACACAGTGAGATTGCAGGCAGCCCGAGGCCTTGAGACCAGCGCCATTGTCTCTACATCCTTCACAACTGGAAACCGGTTGTTTGCTGTGCCGCAGAACTGCGCTCAGCATCTGCTAAATGGTGAGCTCGTCAGTGGAGTTTACACTGTCTACATCAACCGTGACCCCAGTCAGGGTGTACAGGTCTATTGCGACATGACTACTGATGGTGGTGGCTGGATTGTGTTTCAGCGTCGCCAGAATGGCCTGACTGATTTCTCCAGGACATGGAGTGAATATAGGACTGGATTTGGGAATCTGGAGGATGAGTTCTGGCTAGGTTTGGAGAATCTTCACAAGATTACGGCTCAAGGACGCTATGAGCTGCGCATTGACATGAGAAATGGCCAGGAGGCAGTATACGCCAACTACGACCGGTTCTCTATTGGAGACTCCAGAAGCCTCTACAAACTAAGGATAGGGGAATACAATGGCACTGCTGGTGACTCTCTGAGCTACCACCATGGTCGACCTTTCTCCACTAAAGACAAGGATAATGACAACGCTGTAACTAACTGTGCACTTTCCTATAAAGGAGCCTGGTGGTATAAGAATTGTCACAGAGTCAACCTAAATGGCAAATATGGAGAGTCCAGACACAGTCAgGGTATCAACTGGCACATGTGGAAAGGCCATGAGTTCTCCATCCCGTTTGTGGAGATGAAGATGAGACCTTATAATTATCGCACCATCAGTGGCAAGCGAAGGAGGTGCACTCCACATTAATCAGCTGTTTTGGCCCATCTTACTAGCTGTTcctatttttacataaaaagaaaagtaaggctgtgttgtttatttgatCTCTTTTGAAGAATTGCATTTAGAATGATAAGCCTTTTGGATTGTTCCTTTCTCTGTAAAACTTTTGATCCCtgaaggtgtaaaaaaaaaatgctcccaGGTACAGTATGGTACAGTGTTATTTACCACAAGTGGTTTGGGGAAAGGACatgaataaaaattacatacatGACAATGttactttaagaaaaaagattttagaaaaaaactacacagaaaaataagagaattatatttttataactgaaaacaactgtaaaatatgATTGAATGGTTTACATGCAAGATTTTGGGACTGTTGGgactttcttttaattttgctatTTGACATATACATAGGGTAACTAGGGAATCCcaaaaatgacattaatatgTGATCTAGACTATATGGGCTATCTGATAGTcaaaaatataactgaatacaaaaaattaatatagagtgagttttaaaaaacaacttaatttttatttttattatttattgttttattcccgtaaccattttatcctggtcaggggtgCAATAAATGAGGAGCCTATGCCAGGAACATTGTGTCACAATACGGTGCAGTGGCACcacagtggttaaggctctgggttactgatcagaaggttgggggttcaactTCCTgctactgttgggcccttaagCGAAGTCCTTAACCCCATCTGTTCCAGGGGTGCTGTGTCATGGCATGTTCttaccccagcttcctaacaagctaggATATGTGAAAAGGAATTATTACACTGTAGTGTAATCTTTCTTCTTtctaaacattcacacacatattcatgcTTAGGACAAGTTACTGTAGCCGGTCCacctactgtcatgtttttttgaacctggaggaaactcacgCAGACAAGGGGAGTACAGGGGCGGAAACTCCACCCAGACGATAACCTCAGCTCAAGATTGAACAAGTGACCTTGGAGGTGTGATGCAGCAATGCTACAGCTTCTCAATTTTTGGATTATTATTGATTCCAGCAATATCCAGATATTTATCTATTTCCTATTTTACTGATACTGAATTTTTAATGTCCTCACCACTTATATTATAATTAGGgggttgtgttttattcaccCGTGCAGTATCTTGTGcatccctggaacactgggcatgaggtgggaatacaccttgaatgggacaccagtccattgcagggtatgatgtacatacacattcacagcCTCATTCATGCCTATGGACAATTTATCTTAGGCAGTCCACCTACtcgcatgtttttgggaagtggtaGGAAACTGGGGAACCTACAGGAAAcctacacagacacagggagatcATGCTCAGAAACTCCACgaagggaccctggagctgcgagGCAACAACGCCACCGTGTTACATtgtgccactgtgccacccCTACTATCAGTTTGTGCAAAATCAGCTAAAGCAGCCAAATGCAATAAGTGGAGAACATCAAGTCTGTGTACATATGAATTATTCCAATGTATTATCAAATGCTGGTTAGTAATCCCACAGAATTACTAAAGCATGACATTAAAACACATTCACTTCCAGTTCTAATGGGTCAGAAATGGAATAGATACACTACCACTGACACAGAGCCAGTATCGCTCAACAGTTTTATTAATGCTGTGCGATTGCTAACCAGCaattaataatatactgtaatgctCCATATAAGTACAAGCTTTAAGTTCTCCAACTACTTTGTTTGTCACCCTATGTTTGTACAAACAATTATCTATATGATTTAAGGATAAAGCTTGTTGATTCCTGTAGCAACTTGAGGCTAGGCTCTGCGTTGACCAGGAGCATGGTCTTCATCACTGTCTGCAGTTGCTAtgtgaaagggagagaaagggatCAGCATTTCCATCCAGACCAAACTGGCTAAGCTTATTGTTCCTGCCACAcccttttatactctcctgCTTTCTCCACACAATGTGGTCAACACTTTTGATGGATTGTTCTAGTCCTCATTACCATCAATATCAGATTCTAACCCACTGAACCAGTCTAACACCTGAGTAGGTTTGGACATGCCACTCTCATTATCACATAAGAGCTGAGGAGATTAGGaaatgatgtgtaaataaaataggaaatacataaataactaAACATGCTGTaatcagtaaaaatgtaaaagtgagAGTGTTTAAAAGGTACagtaaatgataataatataatgtgattttttattGACTGTTTGATACTTTAAGAAATAATTGAAGGCATTTTTAACTTAACTCTATAATCAGTTAGTATTCGATTAAACTGTATATTTGACTCACTAGAATCAGTGGCATGTTAATGACTTGTCATTTTGGAGATTTCATAGGTAAGTTGCCTTTGAATGCTTAGAGTGGAACATACCATTTCATTACATATGGAGAATAATCATGTCTCATTCTTTATAATtactgattatattttttttatattttatttaatcactGATGGTATTTTTGAAACCAAAGATGTATTGGTTGGAAAAGTCTGCACATATAGACTGAATTTCATAGAGgatttcaaaattaaattagcTTACATCTTGATAGTTTTTGATACAGAAATACCATCATTGCAGCTTATAAAGCATCCCAGACAATCCCAGATTATTGCAGCAAATTCAaaactctttttaaaaatccattctTGAACTTATtgatttatatttgcattatttCTCATACTCATGTGATTTAAATGTTCATGTAACTTGTCATGTCATAGTGTGCGgtcagttcagttttgctgtaGAATTAGTTTCAGTGTAAGAAATGAATGACCTCAAAAATGGTGATACGTTAACTCTTTCAACAGGATTGGGTCAGATGCATACTGAATTCAGAATAACACCACTCAAGTGTAAAATCTACTGCTTTGAAAAGTTTTTGCttcctcttttttaaaatttaattttcagtGTATGGTGTTGTTTAATTTGTAGTGAATAAATTTATCTAACtgaatgttgaaaaaaaatttgacaGGTCAAACTGTTTACAGAAttgggggggaggggggtgtTCTGGAGTCAGTATTACTTCACAAGTTAACCTAACTAGACAGCTTTTAGATTTCTTGGTACATCTATTTCTACATCTATTTCTGTTGCACATTTATATTTGTGGGTAGCTTTACAAGATAAAAGATTGTACTAATCTAGTAATTGCAAAtgcaatttaaattaaaacGCAAATTCAAGTTAAATTGTtgctctttcggctgctcctgttaggggttgccactGCAGATCATttggtccacgtatttgattgtgcacagtttttatgctggatgcccttcctgacgcaaccctccccaattttatctgggcttgggatcGGCACTAAGAGTGCATGCAACCCtgggctggggttggttccctggctgggagaATCAAACCTGGGCCGCAGTGGCGAGATCGCTGTGGCCTacccactagtcctccagggacccacaaATTCAAGTTAAATTAACCAAGTTAATATTATGTCTGTAATATTGGAATATCTTTCAATTTAGTctgatattaaattattataaccACATtattggtgcaaaaaaaaagtgcatgtgtataaaaaagagcatataatagaaaatattttgaCTTATTCAACCcattgaagtaaaaaaaaaaaaagaagaaaaagaaaaaaggaagtaacattaaaatgcaaaagttGATGTAGCCAGTAATGAAGATCAAAGTTCACTCCGGAGAGCAGAAGTTCAAGGCCaaagactttattctttcaaaaaataaagccGAGCTACCCAACTCTTCAGAGGGccattcttttttcatttacatgaaaaaaacttCCACATCTGGTTTTTCACAAGACCCAACATTCCCATATATGCTTATGTTAGTGTTTAAGGCAGACTTtctcacttaaatttacagcttattCCTGCTTTCCCCATTtgcctatgtaaggtcatatagaTCATGTTCAGGCCTAGGATACAGATGCCTATATAAGGTCATAAAGATCACTTTCAGGCCTCCCTGTCACCTTGTGCACTATACCGGTTCCATACATCTATAACATTGAGGATTACATGTtatcaaatatgagtacacatttcatggttaacattttatggttacaatatttctataaagtGAGACCTGAAACATGACAAAAGTAATTATTGAAAAAATTGGTTGTACTTCCCTTCATTCCAGACCACCAAAGTGGTTTCCTTCAGAACCAGCTGAGTTTTCCCCATTGTATGTGTCCTTGCCAAGTACTAATAGCAAAGACATCATCTTGTGACAGTGGATCTTAAAGAAAACAGTagcaaaaagtaaaatattaaaactaccATCACCAGTGGTACGCCTCAGTGCACTCTGTCTGAAggtgaaaatttaaaaatacaaagattACAAAAATCAAAGTAGTCACGCTGCTATACTCAGTATCTTGTTGAAGCGTTTAGGAAGTGTATTCAAAGACAGTGTGTCAGTATTGGTGACAAGAACATTGGTACATACCCCAAAGCATTGGGCAAGGAAGCATTTCACCTTCAGGTTATTAGGTGTTCTCCCTGCATAACAATAAATGCTTCATAATGcagctataaaatataaatgacatCCTGTTTTTTAGGGAGAACTGTCTCAGTCCTGTTCTCATGATGCAGTTCAGTGACCCCTGTCATATTGACCAGCCACTCTCTAATGAGCCTTTTCTCGCTGGCTGCACTGTAATGTCTTTATCTGCTCCTTACCTTGGTAACACACCATAGCGGTGACAGCACCTGACACACCAGGCTCAGTGAACATACTATTTAAGAAAATACCGACGAGAATGTGATCAGTGGCACTCTACAGTGGATCAGAGACTTATACATTTgaaggtgtattttttttttctattttactgGACTTTCTTAAGAAGATTAAAGCTTTGTTTTGTTAATgctaatgtaattaataatatttcagcAATGACAGCAGCACATTACCATCCATTTATTGGAACACGAGAATTTGCGTGTTAAGAAGAGTGTCAGTGTTCTTGACATTTcagacttattattattaattatcctgttatcattattaaatgaattatCCAGTTCATTATTAATACTGTCATTTCTTTATTATGGGCTTCTTTTTGTCAtcatgtataatatattttctGCAAATGTGAAACAGTAGATGAGAGAAGATGATGCACATTAAATTGTGTATTCTTTTCCTCCCTGGCTCTTGCTGTTTACTGAGAGAATGGATATTGCATGCGCTGAAGACAAACTTGATGTGGTAAAAAGATGGACCTgtggaaatactgtatatgcctCTGTAATAGCCTGAAACTTACAGTTGAATAACCTTGGATATTAACATGACTAATTAAATTAGCCCTAGTTTGACTTAAACATGCTGTATAATTCCTTTTTAATACCTTTTgtacacattaataaaatattataaatatgaatttgttttttctgcctcttcatg

Function

GO:

id name namespace
GO:0007411 axon guidance biological_process

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU83953 lncRNA upstream 94812 25653438 ~ 25690117 (+) True G70813
TU83942 lncRNA upstream 157992 25626713 ~ 25626937 (+) True G70808
TU83932 lncRNA upstream 171253 25613444 ~ 25613676 (+) True G70798
TU83916 lncRNA upstream 194742 25589967 ~ 25590187 (+) True G70782
TU83914 lncRNA upstream 198471 25586253 ~ 25586458 (+) True G70780
TU84208 lncRNA downstream 17025 25898135 ~ 25901959 (+) False LOC113539772
TU84210 lncRNA downstream 17025 25898135 ~ 25901916 (+) False LOC113539772
TU84212 lncRNA downstream 17025 25898135 ~ 25901916 (+) False LOC113539772
TU84214 lncRNA downstream 17025 25898135 ~ 25901843 (+) False LOC113539772
TU84331 lncRNA downstream 42842 25923952 ~ 25928740 (+) True G71163
XM_026936709.2 mRNA upstream 120519 25643402 ~ 25664410 (+) True cop1
XM_026936708.2 mRNA upstream 120557 25643402 ~ 25664372 (+) False cop1
XM_026936669.2 mRNA upstream 232090 25270222 ~ 25552839 (+) False astn1
XM_034304136.1 mRNA downstream 15907 25897017 ~ 25902006 (+) False LOC113539772
XM_026935816.2 mRNA downstream 16917 25898027 ~ 25902006 (+) True LOC113539772
XM_034304137.1 mRNA downstream 17335 25898445 ~ 25902006 (+) False LOC113539772
XM_026936184.2 mRNA downstream 70044 25951154 ~ 25953899 (+) True mrps14
XM_026935822.2 mRNA downstream 73846 25954956 ~ 25964158 (+) False cacybp
XR_003403979.2 other upstream 913666 24859026 ~ 24871263 (+) False kif2c
TU83028 other upstream 1675040 24108795 ~ 24109889 (+) True G69971
TU82445 other upstream 2464586 23318504 ~ 23320343 (+) True G69509
XR_004578016.1 other upstream 4022628 21756781 ~ 21762301 (+) False LOC113540377
TU84209 other downstream 17025 25898135 ~ 25901843 (+) False LOC113539772
TU84572 other downstream 347654 26228764 ~ 26229191 (+) True G71385
XR_003404061.2 other downstream 407180 26288290 ~ 26292784 (+) True zgc:66427
XR_003404062.2 other downstream 407180 26288290 ~ 26292784 (+) False zgc:66427
XR_004578101.1 other downstream 407182 26288292 ~ 26292784 (+) False zgc:66427

Expression Profile