RNA id: TCONS_00000664



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00000664
length 395
RNA type processed_transcript
GC content 0.39
exon number 3
gene id XLOC_000390
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 33215241 ~ 33216718 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


ACAGCATTGAGTTAAAGTGACCACAGAATAAAGTAAGCAAGTGTCAGAGGCAGAggagacacatcaaccagcaagtgtgtaactTATCAGgaaaatgactgactgaatggatGACTGTCTAGGTTGCAAGCAGGACATACTTGTTACAGTTAAGTATTTCagctacaacatactgttaaatCACAATAACCATCTTGCCATTAATTGTAACTTCACAGTAAagtatagttaattctacaagagaATAAGGTGAAATCACAGAAATGGGCCTTACTATATACCTTGAAGTCACATAtggctgtaatttcactGTGAGCGCTGAATTGGAGAAGCCACTGTGTACCATGAATCTTTACAGCTGCTGAGGAGCTCTTGGAGTAAGACAGAGATCTGAG

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000149792

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000651 lncRNA upstream 1197128 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002849 lncRNA upstream 1202865 32011880 ~ 32012378 (+) True XLOC_000381
TCONS_00003083 lncRNA upstream 1203449 32010262 ~ 32011794 (+) True XLOC_000380
TCONS_00000637 lncRNA upstream 1694271 31519239 ~ 31520972 (+) True XLOC_000371
TCONS_00002848 lncRNA upstream 1855924 31356349 ~ 31359319 (+) True XLOC_000370
TCONS_00002850 lncRNA downstream 301719 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00000683 lncRNA downstream 481258 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00003084 lncRNA downstream 1015520 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA downstream 1015655 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00003085 lncRNA downstream 1234576 34450659 ~ 34454447 (+) True XLOC_000408
TCONS_00000662 mRNA upstream 421599 32791920 ~ 32793644 (+) True XLOC_000389
TCONS_00000658 mRNA upstream 521293 32521469 ~ 32693950 (+) False XLOC_000387
TCONS_00000659 mRNA upstream 521888 32521579 ~ 32693355 (+) False XLOC_000387
TCONS_00000660 mRNA upstream 523537 32528097 ~ 32691706 (+) True XLOC_000387
TCONS_00000656 mRNA upstream 872292 32341734 ~ 32342951 (+) True XLOC_000385
TCONS_00000665 mRNA downstream 1828 33217911 ~ 33283689 (+) True XLOC_000391
TCONS_00000666 mRNA downstream 106091 33322174 ~ 33324476 (+) False XLOC_000392
TCONS_00000667 mRNA downstream 106472 33322555 ~ 33334732 (+) False XLOC_000392
TCONS_00000668 mRNA downstream 112774 33328857 ~ 33332061 (+) True XLOC_000392
TCONS_00000669 mRNA downstream 167561 33383644 ~ 33487375 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000661 other upstream 509016 32706109 ~ 32706227 (+) True XLOC_000388
TCONS_00000657 other upstream 701139 32513989 ~ 32514104 (+) True XLOC_000386
TCONS_00000653 other upstream 1150213 32051613 ~ 32065030 (+) False XLOC_000384
TCONS_00000645 other upstream 1492368 31706669 ~ 31722875 (+) True XLOC_000376
TCONS_00000632 other upstream 2151393 31057240 ~ 31063850 (+) True XLOC_000367
TCONS_00000675 other downstream 185775 33401858 ~ 33455232 (+) True XLOC_000393
TCONS_00000681 other downstream 467148 33683231 ~ 33693904 (+) True XLOC_000398
TCONS_00000684 other downstream 518935 33735018 ~ 33735134 (+) True XLOC_000400
TCONS_00000685 other downstream 751074 33967157 ~ 33967273 (+) True XLOC_000401
TCONS_00000688 other downstream 906797 34122880 ~ 34122972 (+) True XLOC_000403

Expression Profile


//