RNA id: TU46931


Basic Information

Item Value
RNA id TU46931
length 5453
RNA type TUCP
GC content 0.37
exon number 5
gene id G39603
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047597.1
NCBI id CM018543.1
chromosome length 33776708
location 1871933 ~ 1877583 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

aaagctgtaacatcttcaagacagaggagtttctcggtaacaggacaagctgcTACTGTCATTAACACATAACagaaaatgtaactaaaaatggataaaatgtatgacgtgtcgttctttaataaataagaaattgtaatcattggtaaattgctgtggtgtaagaggaataaaacacgtggggacgtgctattattggaaaagaatcaatttcAGGGTGGAAACAGTGACTATTGTCCTTATTTATTccactattatttatttgtaaacatcTGTCTTGGTGttgaaaacacaacaaaagtacacacagtaaacacacacacgacacagcacatgatttttgttctttttttactcAAACTACAGCCACAAAtggaatgaataaaaacagattcGTAACATTTACCATCCCagattaattaaaacatttttcctgAATGTTTTTATGATAGTGCAAACCCAGCCACCGACAGTTATCCGACAGGTAAAGACACATCAGATAAGAACAAataatcagataaaaaaaaaaaaatacagcaaggtGCAACGTCTGCTCTTACAAACGCAGTGTCCCTCTCAACCTAACAGCATGGAAACGTTCACATTTCAGTACACgcatattatttttaacagtcCACAGTCCTGGGTGTCTGAAGGCTGCTTGAGTTTGTGctggagtttgttttttttattatttgtagcTGAAATGTTTCTTTAACTAATCAAATGCATTTGTGGTTCAAAACTCTGTCATGGATCTTCAAATCCTGCTGGTTTCATGTACATTTAGTgtcttataaaataaaactgtcacTTTAAATCACCAGACCTGAGAAAAGCTTTATTCTGAAGCTATGACATTAGTAGTAGTGTTTTCTAACTGCTATTAAAACATTACTTTAACAGAAAATGATAGCCGAGTGTATGTGTTTAATAAGGCATGACGTCCTGAGCTAATTTTCACACTTACAGGAGCAACATGTGAACATTTCTTATTGAATACAGCAGGGCTCAGCAATATGGTAATATAACTAATACTGATCTGAGTTATGTTTTGTGCCTTTCGCTTGTTGCTGTGATGAACAGTGGAGCTGTTTTGTACTAAATGTGAACTGTTTTCATATTAAGATCAATAACAGACTAAGGCTATGTGCACACTGAATACAAAGATTTCTCTTACTTCGCTACCTGGATGGAAGAATTAAAAAGCAGATGTGTTACTTTAATTCTGTAAAGCAGTTCAGCTGCTACTCACTTCTAACTCACTGAGAGCGCTGACAGTTTGAAACCTTCTGCCAGATGACGTttctttagtttatttttaatctctACAACTGTGAAGATCGGGGTCATACATTGCAGAGGACCTAGATACTGCTATAAATATCCTTTTCTGCAGGATTTTCTATTTGTGTAAGGCTAACTATGATACTACATATGGAACTATCTACAGTACTATCTACTGAACTATCTGCTAAACTATCTACTGAATTATCTACTGTACTATCTATAAAACTATCTACTGAACTATCTATGGGACTATCTGCTGAACTACCTACTGAACCATCCACTGAACTATCTATGGGAATATCTACTGAACCATCCACTGAACTATCTATGGAACTTTCTACTGAACTATCTATGTGTATACCTATGAACTATCTACTGAACTATCTGCAGGACTTTTATACAGAACTATCTCCAGAATTTTGCAGGTGGACAACAGTACCTTGGATCCTGAATCATGATTGGTCAGCCCCACGTGGCTGCCACGACTAACCTGCATAAAGGCAGAGGACACCCTGACAGATCAGATCcctaaaaatgtattaaaaatcagCTATTATTTAACATcaaacagaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgttttaaaagtGTGCTTTCCTTGTTGTTGCATTGACGTATAAATGTAACAACTCTACTGTTTAATCACAGAACAAGCAGCTGATTGGAtgataaaaatctattttttgtaCCAGTTGTTTAATTTCTCCTCCTCTTATAAAGCAGATAAAGCATATTCTcttaaataaagataaagcatatcttataaagttataaagcaGCTCCAATCAgatcaaataaaaatgtctactACTGAACCTTGTTAAAATGTAATCGGTCTAGTCTGAGAAAATCCTATTTTTTATGATTCGCAAATGTTCCATTccaagacaataaaataaaaaataacactaaGACTTTCCACAGAAACGAATGTTTTATATGTgggtgaaaatgttttaaacagtcatataatggaagtctattaAGACTTTGGTAGTGTTTCGTCTGTTATGTTCTGATATTGTGACGCCTGATTGGACGTTGTGTCTTTGATCCCACCCACGTCTAGTATACGGAATACGCTATTCACAAACTTGAGGAACAGAAGTTTCTGCTACAGCTTTTAAGTGCTGGTGTACGACTGGTAAATGCATATGCAgcttaataaaacatttcattaataagACAGAGCGAGACATGAAAACATAGATTCCCTTTTCTTATAAACAAGAGATCGGTGTACAAAAGTGTGATTTCATCTCAGATTGTGAACGGaaatcaataattaattatCAAAATGTTAAACAAGACTCAAATATGCCTAAAGAaacataatatatatgtaaatgtgtgcgGACAGATATTGAGAGtcttattaggggtccaagcaccaaaggaaACCCAGTCATCGTTAAAAATCCACTTTTagcatacattttatattttatactttttgcTAACTAGTCTGACAATATGGCTACCAAATCACAATAAATCCTTGTGGGGCGGAGTTTAAATTTACTCAAACAACTGAAACTCATGATTGATTGTCGGTTAAGTttaaatagctgtttctcaggaactgtaAGTGGAATGAAGCTAAAATTTGGCGTATTGGATCACTTTTCTAACCTCTGAGTGGATTTCTAATGAGGTCTAAGAAACTTAAACAGGATGTTCATCTATGGACTCTTTAGTGTTCAGGGTAATTTGGGAAGAACTGGTCAGTGGGAATGCTATTTGCAAAGGGAGCTTGGACCCCGCTgatcgctgcttgcagctatattaaGAGGTTAGCAATACTTTACTAGCCTTAATGCGCTATTCTGATATTGTGCTCAAAtaagatcagatcagatctaTCAGGCTTGCCAGGAAAAATGCACATGATTGTATATCTTGTAGTTTGAGgtatgtttttgtgttcagTGAACAAACAAAGGTGTTGTGCAGGTACAGTTTTGTTCCCTGTGGAACCCTTAAAGGCAAAGCAGTGGTTACTTTACTTATGTATCTTAAAtaggtttttaaaaatcaactaTTCTGAGAAGCACAGACAGATTGACTTCTGCTTCACTTCTCAGTTCTACACAATGaatagatgtaaatataaatgcagaAATTACTCTTTGTTCTGCGAATTCAATTATTCCCATGTCTGAGAAATCCCCAGTAAATCTCTCCTCTTCCCTTCTGCATTTGTTTCCTCTCAGAGCACAAAACTTCCAGCTTGTTAAACAGGTACTGGCTGTAATTCCACCGATGTGTTCGTACTTTACTAGCAACATACTTTACTAGTCAGGGAAATTCGCAGGGTATGATGAGGGAAGTGAAACGAACAAGCGTTTTCACAGCTGCACTGTTCGagctgttttaaataataattacagaaacCGCAGCACctgaaggaaaggaaaggctcTGCTGCTGAGACCAGTGGAAACTTTACTGACCTAgacctctgaaaaaaaaaatttaagtggTTTCCTGAGGTAACTATCTATTGTTTATTGGTTCTCAAACCTAAccctttgttgttatttatatcTCTCGTCTTGACATGACAGTTGCCCTGGCATAATCTTCAATTTTATTGGTTCCTTTACATAATCCTTTATATGATAATTGGTTCCTTTTTAAAAACCCACTCTCAGTGGATCCCTGAGATATTTTGTTCCCCAACCTAATCCTTTGTTTAAGTCCCTGAAATTAAACCCTGCATTTTAATTAGTTACCTGGTTTTAGCTTCCATTTACATTGGATCCTTGATAtaacagccattttaaaaagtgGTTTCATGATTTAACCATCAATTTCCATTGGTTCCTTGATATACCTGCCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAGTCCTCTATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAGTCCTCTATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCTATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAGTCCTCTATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCCATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAACCCTCTATTTTCATTGGTCCCCTTTAGATAGTCCTCTATTTTCATTGGTCCTCTGTAGATAGTTCTCTATTTTCATTGGTCCCCTTTAGTCAACCCTCCATTTTCATTGGTTCCCTAATATAATCCTATGTTACTGGTTTCCTGATATAAGGTTCTACATAAGGTTCCTTTTTCACAGAACTGCCCTAGTTAGATTGGTTTCTGGACAATCATCCATTTTCCATGGAAGCTTGAGATAATGCACCATTTTTCCTGGTTCCCCAACCTAaccctttatttttattcatttcctgCATTTGTTATTAGTTACCTTGCATAACCACCGATTTTCACTGGTTTCCCAACAAAGCCTTGTTTTCATTAATTCCCTGAGATAACCCTCTATTTCATTGGTCCCCTGATACAGCCCTATATTTTCATTGGTTCCCTTCCATAACAAATTATTCTCATTGGTTCCCTAGTAGAGctttaagaaagaaaatctCCCATGAGTCCGAGTGTGAATATAATTTTTGTAAACCCCGTGAGCTTTTGTAAACATTGCGGCTGTTCATCTGCACCTCTATCTCCTGCTGTATAAACTCCATCATGGCTTTAAGGTGAAAGATAAATCAGAATCCCtgactgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggacgagAGTGTCTACACGTAGTTTCCTCGCTTGGACCTGAAGTAAAGCTTCTTGGTGAGCATGGAGGCGAAGCAGGGCACCTGTTTCTTGCCGATTGCTGAGAGGTCTTTGCACCTCCCCACACTGCGATGAGACACTTTGCGGTTGACGAGTGTGAGCAGCTCGGTGAACTCCAGCCTGGAGCCGTACTGGTGCAGCAGCTCACACAGGTCCTGAACAAACCAGGAACCGTTCAGTGTCTCCCTGTGTGAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU46910 lncRNA downstream 18295 1852013 ~ 1853638 (-) True G39596
TU46903 lncRNA downstream 25571 1844765 ~ 1846362 (-) True G39589
TU46882 lncRNA downstream 47337 1823848 ~ 1824596 (-) True G39570
XR_004577896.1 lncRNA downstream 180939 1686729 ~ 1690994 (-) True LOC117596905
TU46836 lncRNA downstream 192130 1583988 ~ 1679803 (-) True G39533
TU46970 lncRNA upstream 61097 1938680 ~ 1941389 (-) True G39624
TU46965 lncRNA upstream 62401 1939984 ~ 1941748 (-) False G39624
TU46966 lncRNA upstream 62401 1939984 ~ 1941748 (-) False G39624
TU46967 lncRNA upstream 62401 1939984 ~ 1941748 (-) False G39624
TU46968 lncRNA upstream 62401 1939984 ~ 1941748 (-) False G39624
XM_034302862.1 mRNA downstream 51088 1810150 ~ 1820845 (-) True snapc3
XM_034303177.1 mRNA downstream 502921 1270445 ~ 1369012 (-) True cntln
XM_026910962.2 mRNA downstream 718583 1146129 ~ 1153350 (-) False anp32b
XM_026910961.2 mRNA downstream 718583 1146129 ~ 1153350 (-) True anp32b
XM_034301860.1 mRNA downstream 802118 1065387 ~ 1069815 (-) True ints12
XM_026911038.2 mRNA upstream 16003 1893586 ~ 1895099 (-) True si:ch211-113e8.11
XM_026912185.2 mRNA upstream 69792 1947375 ~ 1964907 (-) False ccdc149b
XM_026912184.2 mRNA upstream 69792 1947375 ~ 1964907 (-) True ccdc149b
XM_026912183.2 mRNA upstream 92180 1969763 ~ 1979549 (-) True lgi2b
XM_034302863.1 mRNA upstream 123866 2001449 ~ 2007253 (-) True aip
TU46700 other downstream 570430 1293044 ~ 1301503 (-) False cntln
TU46693 other downstream 582118 1285808 ~ 1289815 (-) False cntln
TU46718 other downstream 591598 1270541 ~ 1280335 (-) False cntln
TU45475 other downstream 1556405 314981 ~ 315528 (-) True G38400
TU45455 other downstream 1604134 263486 ~ 267799 (-) False LOC117596825
TU46993 other upstream 99743 1977326 ~ 1979531 (-) False lgi2b
TU47094 other upstream 295775 2173358 ~ 2173751 (-) True G39720
trnae-uuc other upstream 1155149 3032732 ~ 3032803 (-) True trnae-uuc
trnah-gug_2 other upstream 1156283 3033866 ~ 3033937 (-) True trnah-gug_2
trnah-gug_3 other upstream 1156899 3034482 ~ 3034553 (-) True trnah-gug_3

Expression Profile