RNA id: TU55862


Basic Information

Item Value
RNA id TU55862
length 10026
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id G47265
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047597.1
NCBI id CM018543.1
chromosome length 33776708
location 16192695 ~ 16203524 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

GTGGTGCAATGCATCTGGTAAGCACTTAATGCCAAAATGTCAGTGTCTTATAAATTTTCTCTTTGAATGAACGTGGGTCATTTAAGACTGGGGAGATTTGtgagatatttacatgttattataatttatgtCTAAAATGGAATGCATATCtcctttataaaataaatagcacTTCTTATCTTATAGCAAAACCGCAAAGAAATATTGCAGCTTAAAAACAAACCTTAAAATCATTCTCAAACAGCATGTATTTAATGAATCCTTAAATAAGTTCTTATTCACAAAGTCagatatacatttattcatgtgtACATCAGTCAGGTGTTCTCCACTGCAAAGTCCTCTAATTCACTCATTGTTATGATATGTGTTTGTCTTGGAGtcattctgacattttcagtgcGCAAAAGTTCCCTGCCAGTTTGTTCACGTGTCCTATACACAGGTCTGTTGTGCTGCTGGACATTTCTGTGACGTTCTGGTTCACAAATCTCCTGTTCACTTGGTTCTTGATTTGCTTTTAGCTGGTTCGGTTCCTCTGTGAGCGTGGCTGGTGCTGACATCTGGGATGATGACCTTACAGAGGGTAAGgatgagacagaaacagacatgGGCAGAAAACCAGGGTACACCACATACGGGTGACTCAACACCTCCACAGATGCTGGTTGTGACAAGGTGCCCTGGGCCCTCTGACGCACATTGAGCTGGAGATATTTTCCTGTCTCAGGGTCAAAAAATGTCTTCGTCTTGACCTGCACTGGCATGTCCACCATGAAGATTTGCCCAGAGTTTGGATCTTGTAGGAGCTTTCTTTGGGTCATTGGGAAAGAATGAGCCACAATGCTAGGTGCAGGAGGTGCATAATTTGGTTCAACATGATAGTGTGATATCAGAGGTGAGGCCTGTACTGATTGAGGTGTTGACATTTGCACCATAGGTGAGGCGGGCAAACTGGAGACAGTTCGGGTGGACTTGGTCTCAGGTTGTACTGGAGTATCAGATTTCAGGTGGTCCTCTACCTTTTTGATTCTCCTGCTAGTGAGTCTTTTTGCACGACGAAGGGCTTTCTCTGTTTTAGGAGGAACAGCAGGTGGCTTACTTGCTGGTCTCATGTCTAATATGTTCAGTCCCAAAACATCTACTGTCTGTCATTACTACTGAGCTAGCAGCTAGACCCTCCACATCCTCAGACACTGTGCTGATGAGTGATCGGGATTCATCCTCTTCAATCATGTGGTTTCGTCTGTTGTAGATCCTTGGTTCTTTTGGTGCTATGAACCCTGGGGACAACATTTTGTTTCGAGTCTGGATTTCTTTTGCTCCAGGGAGTCGATGTGATGTTACTGGCTGCTCATGCAAAACTGGAGAGTTAGCAGACTCTTTTGGATCAGTCTCATGATTGTATTCAACTTTGTCTTTTTCTGAACAGATGTCAAGTGGGGAGCCAATTCTGAACTCCTCGGAGAATGATCTGTGAAAGCGTGGCCTAACAGTTTTAGTAACTGAGGAAGTTTTGCCTGTGTTATCTTTCACTCTGAACATGATGGGCTTCCCCATGGCTGGAGAAGAAGTGTTGGACCGTGACGCTGTTGCATGAATTTCAGTTAAGTCTTTGTTTGAAGTAATTTTGTGGCTTGATGAAAGTGGTTCGTGATTATTTTTAGGTTTTGTCTCACTTTCCATAGCATTGACAATGTAGTATTGTAGCTCCTCTGTTGTTTCTTCATCTTTCACTTCCTCctttatttggttatctgcatGTCTATTTGCATTATTCAGTTCAGTTCCAATTGACACTTGTGGTACTGATTGTGAATTTTTTACTTGAGGATAAACCTTCCTTTCTACCATGTTTGCATTAACTGGCTGTTTTAGCTTGGGGTCATTTTTGCTCTCAATCTGTGTTTGTACAGGATGAGTAGCTCGAGGATTTTGGGATTGATACACTTCATGGCTTCTTGAATATCCATAGTCTTGTGCAGTCAAAGATTTTTTAGTGTTTGACTGCATGTGGTTGGTTAATGTCTTTTCTTTGGtgctttctttatcttttacaGCAAATACTCGATCATCTGGGCTTTTAGCCAATGATCCAAGTTTTGGATAAGCATTGCTCTCACTCCAGGTTGAGGACTGATTATGTCCCGCAAGTATCTCATCTGTAATTTTGTATGTTCGTCGTTCCTGGACTTGTAAAGGCATTGCTGTTGCATTCAAATTCTCAGACTTCTTATTTACAGACAGCTGCTTGGTTTGCTCTGTATCACCCACAGACATGGAAACATTTACTTTCTGTGGCTCCACAGCTGATAAATTATACTTCTGATATGTGTTCATTTTTTGAAGTAAATCCTTTTCAGTAATGGTGTCATCTTCAGCAGAGATAACCCTCAGCCTAGCATAGTCAGCTAAAGCTGATATTTCTGGCCTAGTCgttttcttctccttctgtGGAAcctcagtcttagtgaaggttCCCACTTTTTTTGTAAGCACTGTATCATGATATTGACTGTTTTGATTagattcaaatgtgttttttccatCATAAGtatttccctttctttctggAAGAGCATCTTTCTGTGGATGGTACACATTTCTATGTTGATCGTGTTTGTCTCCTAAAACCTTCCCACTGCTTTCCATATCCCATCTAATGATATCACTACTCTCTTTAAATGTCCCAATGCCAGCCTTGATTTCTTTTTGTCCATTGTTTTTTCTAGTGTTGTCAGTTATGAGCTTCTCAAAGTGATCATCTTTTTTGTCTTGTGGCTGAGCTTTAGCCACTTTTAGATTTTTATCACTCTTACTGGATTCATATTCTGCATCTCTGAGACCTTTAATTACAGATGATGCTGTCTTGGGATCTTTATTTAATGGTGTGATTTCATCTTTTatgatttctctttctttttgtgcTGGTTCCCTTTTCCATTTCTCATTTTCAAGTCTTTCTAAGTCAACCTCTGTCATGCCTGGAGCAGATGATGCTTTTGTTCCTGTGACTGTTGCAGGTGTTATGCTTTGAGcattttcacttacattattaGGTGGCACAGGCCCTCTGGTACTCACAGTATCTGCCTTTATTTGGTTCTCTATGTCATTTTTATGCACTTCTTTAGCTTCCAGTGGAATATCTGgcactgtaaatacactctgatctgtctTTCCAGcagcatatttgatttgattctgattaacACTACCATTCTCTTTGGTCTGTTCATTATTGAAGGTTGAAACTTCTTTCTGTGAATCAATCATCCTACTGACTTTTACTTCATTGcttttcatgaatttgacttCAAGTTCTGGGAATTCGCTTTTGCAGACCAactcttttctgttgttttgtaaAGCCTTATTATCTCCGGTTTGAAgactttctttgctttctttctcttgtttgaGGGCATCTCTTTCACATTCTTCTTGTGTCCTGTATTGCAACATGAGGCTTTTTGTATTGCCTGTTTGATTAACTGCACTCTGACTGTTCTGAATTGAAGATACTTCTGTGTCTTGGGCTTTAATCCTGATCTGATAATCATTTGTAGAGATTTTAGAACCGGGTTTTGGTGAATCATCgcgtgagtgattgagtgactTATTGCTGCTGTTAGCAGAACTAAATCCAGCTGTAAGTTGTGTATCATTCTCACATTTCACTCTTACCATCtcagtatttttgttaactacatcatcatcattttctttCAGTCCTGTCTCCATTGTTTGTACTTTCTGTCCGACTTGCTTGTTTTCCTTCAGTTGAACATTTCCATTTGCCATGATTTGCTTTGCTGACTGAGTATCCACAACGTCTTCACAAACTGGTACAACCTTTGACATCAGgatttcttgtttttctgcaaCATCCTGTTTAGTGTTTCTATCAGTGTACACAATTCCATCAGCTCTTTGTGTGGCTCCTCCATTAGCTGTCTGATGCTCTTGCTCAGAGTGAGTAACACATTGCTCATGGTTTTCCTTAGTGTTCCTCAAAAGTTCAGGGGAGGCTTCTGGAGGCTTTGGTTTTCTCAATTCTGGAGAATGCTTTTTAATGAAATCAGCTGATGTCAACATTTTCTCAACAGCCACAGGGTCATTATCTTTTgtattattctgtattttttgtaaagAGTTATGAGTAgattcttccttttcatctccATGCTTTATATCCTGCTCCTGTTGGTCTGACTCCAGATGAATTGTATCTCCATTAGGAAGCCCATTTTTGGCCAAGAGACTCTCATAAGATGAACTAATATTGTCCACCTCTGTTGATCTATAATAATCAAGTTTATCTTTGCTTGCAGGGAAATCATATTTTCTTACCACAGTTTCTTGTTCTGCCATATCGTTGTTTAAAAGCAATTTTACCTCTTTACTATCCTCTTTACTTTCATGGAagtcactttctttatttttattgccgAATGTTTCTTTGTCATCTTTCTCTACTTGCTCTACTGAAAGCTGTTTTTGACTATTTTCTTGGTTTTCTGGACCAGTTGTCATGGAAGCATCAGATAAGCTTGACACAGAAATGCTATAGATTATAGGTTCATCCTCTGAAACAGCTTCTGATGTGCTTGaaacacatatactgtatattacaggCTCATCCACTGGTGAACTGTCTTGCTTGCTTGCAATGTGAATGACGTGGCTTTCAGTTGCTGGATTAGTAAAGTCAGCACTTTTGTCTGGAGCAGCGTGGCTACTGAGCTGTTGCTCTTTACTGTTTATCGTATTGATTGGCATGTAAAGCTTCTCTTCTGACTTCTCATGTTCAGTGCCTGGGGACTTTGAGCCATTACTACTATGTGTTCCTATGTCATCATTGGACTGTTTCTTTTCCGTAGGTGTATTTTCTATATGTTCATGGAAATCTTTTTCCTTTTGGTTATGATGTTCAGTGTCTGGGGATCTTTCACTGTCTTGTAGTTGCTGATTGTCATTTTTAGTTACTTCTTTATCCC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TGCAAAAGGTGAACAGGTTGTGCTTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU55827 lncRNA upstream 59414 16124666 ~ 16134002 (+) True cxcl12a
TU55821 lncRNA upstream 89366 16103836 ~ 16104050 (+) True G47224
TU55664 lncRNA upstream 158077 16033304 ~ 16035339 (+) True G47084
TU55651 lncRNA upstream 297337 15893581 ~ 15896079 (+) True G47071
TU55615 lncRNA upstream 477892 15711137 ~ 15715524 (+) True G47043
TU55957 lncRNA downstream 102944 16306468 ~ 16308843 (+) False arhgap22
TU56057 lncRNA downstream 191481 16395005 ~ 16397038 (+) True G47406
XR_004577907.1 lncRNA downstream 238538 16442062 ~ 16451765 (+) True LOC117596920
TU56095 lncRNA downstream 255721 16459245 ~ 16459911 (+) True G47431
TU56133 lncRNA downstream 262448 16465972 ~ 16467346 (+) False marveld1
XM_026943611.2 mRNA upstream 4483 16183009 ~ 16188933 (+) True drgx
XM_026943279.2 mRNA upstream 12261 16163098 ~ 16181155 (+) True ercc6
XM_026934386.2 mRNA upstream 59697 16124627 ~ 16133719 (+) False cxcl12a
XM_026940430.2 mRNA upstream 117766 16072735 ~ 16075650 (+) False cxcl18a.1
XM_026940448.2 mRNA upstream 136158 16056384 ~ 16057258 (+) True si:ch73-6k14.2
XM_026932409.2 mRNA downstream 7036 16210560 ~ 16219838 (+) True vstm4a
XM_026935874.2 mRNA downstream 30990 16234514 ~ 16237542 (+) True lrrc18a
XM_026941903.2 mRNA downstream 67773 16271297 ~ 16279590 (+) True si:ch211-223a10.1
XM_034302718.1 mRNA downstream 81598 16285122 ~ 16308898 (+) False arhgap22
XM_026945426.2 mRNA downstream 83315 16286839 ~ 16308247 (+) False arhgap22
XR_003404341.2 other upstream 120349 16070714 ~ 16073067 (+) True cxcl18a.1
TU55689 other upstream 121496 16070759 ~ 16071920 (+) False cxcl18a.1
TU55629 other upstream 396212 15793428 ~ 15797204 (+) False eif4ebp2
XR_004577898.1 other upstream 1825970 14361367 ~ 14367446 (+) False cgas
XR_003404567.2 other upstream 1910248 14213402 ~ 14283168 (+) False slc24a3
TU55884 other downstream 31011 16234535 ~ 16236648 (+) False lrrc18a
XR_003403773.2 other downstream 3137826 19341350 ~ 19356098 (+) True sfxn5a
XR_004577568.1 other downstream 3137826 19341350 ~ 19356098 (+) False sfxn5a
XR_004577569.1 other downstream 3137826 19341350 ~ 19356098 (+) False sfxn5a
XR_003403774.2 other downstream 3137826 19341350 ~ 19356098 (+) False sfxn5a

Expression Profile