RNA id: TU59831


Basic Information

Item Value
RNA id TU59831
length 5274
lncRNA type sense_over
GC content 0.34
exon number 3
gene id prkceb
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047597.1
NCBI id CM018543.1
chromosome length 33776708
location 21387743 ~ 21478705 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

ctgtcttcatATCCTActggatttttctttctcttcacatTCAGACTGTTTCATGTTCTTTGGTCCTGCTAATGGGCGCATTAGCCTCGTCTTTGCTCTGCTCTAACACAGGCGATTGTTGTGGGCCTTACATAATGGGCTGCTGATCTTTATCAGCCCTAATGTGTATTCCATATGCTGTTTGTTTTCCCAAAACAGCTATGCCTATCTACCCCTAAATCACCCCTAAATTACCCCTAAAATAAGGAGAGTGAAAGCTATTGTTTTATAGctacagtgtttaattaaaccaaatttgcagtgattaatgtggcAACTACAACCAGGCCTATTCATACAGTAATGTACTGGCAATATACTAAATTAATATTACATGTTGCTTACCATCTTCTCATTTACATGCCACTGTATTAGTCTTTTTTCCGTTGCACCCGTtttccgttgcacccagatgaggatgggttcccttttgagcctggttcctctcaaggtttcttcctcatatcttctcggggagtttttccttgccaccgtcgccactggcttgctcattagggataaattcacagttataaattcaaatatttacaatatatttttgtgaatccatttatttctgtaaagctgctttgtgacaatgtccattgttaaaagcgctatacaaataaaattgaattgaattgaattttttgttttTTTTTTGAGTTACAGAAtttaggatttttattttaaagatcaCAAAGAGTCTTTCAGCTGAACAAGTCAATGCAAGTCAATAcgatcatatacacacatattacacacatacaaacacagtgATGGAAATGTGTGCCGCCGCAGAAACCCTGTTCAGaatctaaattaaaaagaaCCCCATGTACTTTACTctaataatgattataataataactttgtttattattatattatcagccAAGCAGATTCTTGGAGGTGTACTTTGCATTCATTTGATGCTAGTTCATTTTTCATACGAGTGCATGCTCATTTTTCAAAGTCagagttcacatttaaaaatcttttttttttttttcatttaaaattggaaataaacagaaggttttttagcaaagaaagcaaagaaagtaGATGTTcagtatcttgaatatttacTATTCAATATTCTGAattatttctaggtccctatttggCTAttaaaatgtaagcaaatttgtgatattgaccatgttaactgctttgtaaaaaaggtcagattttcctcatgcctaatctcttccatcgaagcatgtgttcagacaacactccAATGGATTCTACTTTTGGCTCAAGTTGTTAggttaaatttataaatatatatatgtactgtgtaaaagtcgaAGGCAccctattttcatttttgttgtacaaactttgttatagatttttattttatgacttctacattatcagtacattttagatttccaagcattagttttccagcagcacaaaattaaatgttacagagaaagttTTGTATGTTAGTAGAGAAAGCTGCATATtacgtaagagacacttttcagataaaaaaacataatgaaagctgctgggttttgctgcaaaaataagaagcaaatgcgacagtcaaagtctccagaagaactgtggctggttctacAAGacgctcagtaaaacttacagctcatttccttataaaactgcacaaattgtacctaagactacaaatgtttttttaaagcaaaggatcgtcacaccaaatattgactttgcttcatttattactgtttactgctctttatagtattttataaatgtagaaacattaaatttcattatttttgaagtcgcccttgctctacagcatttcttcgtgtgtgcctaagacttttgcacagtactatgtgtgtgtatatatatatatatatatatatgttttttttaaattgttaaaatgttACATACTTTCCCCtacagtgtgtatacagtgggaGAAAGAACTTAACATGtcaatagtttttttaaaaaaaaaaaacatattcacaAAACATTCACATAACATTTAGACCAGACATTGGTATTAACTCCATAAAACTACACAGTTAAAGAAATTGTAATATTccataaaaaaagaatgtatctataaaaacatttatgtgcAATAGAGTGGAactacaaaaaagtaaaaagaaaaaagtactgCACACTAAACTAAGAGACTGTGTCTATGTAGAAGAATGGGCCAAAATCCCACCCGAAGACTGTGAGAGATTAATTTCTTCATACTAGAAGCATCTTGAAGCTGTCATTGCAAACAAAAGCTTCTCCACcaagtattaaataaatttcagttaGCATGTTCAGTTTTTTTCCTGTGCCATTCCACTTTATTGCACATAACTTTTTTATGGATTGGAGTGTTACGATTTCTTTAGCTGTATAGTTTTATTGCATTAATACCAATGTCTATTCTACATTTCATGTGAATAGCTGCATTGgaaacatgtttaataaaaaaaaattgttgacgTCTTCAATACCTTCGGAATATTCAATACATgctgaatatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactacatggaCTACATCAGACCAGTATTCAGACTCCTGGTCCTGGTACAATTGGAATCGAGTGTTGAATCAGAGGCTGTATTTGACTTCTTTGGAACGTCACATCTGCAGTGTAGCCCTTTCCTTTCTCTATTAGaacaacaaaaccaaatgtAGGCAAACTACAATTAAAGGTGTAGCTTGTTAGCTTGTTTTAAATTCAGGGGGATGAATCCAAAAGAATCCAGAAAAGTCACCAGTGGTGTTTGATTCACTGGTAGGAGAATTTCTGAGCCGCCTTTTGGATCACCTAGTGGTTTACCTTAGAAGTGTTGTCTTTAACCCATGCCATTCAGAGTGTTCgtggaaatgagtgtgtgtctgtttttgggGTTTGTGAGAGTGATGTTGAGAGGGAAAATGTCTCATGAGTGTATTGagtgtattaaatgtatttatttttttaattattattactgggCTGTCTTATTGTCAGTTGAATAAATTTTCTTCACTGAACCAAGGCTCAGGATTGTGAATGAGAGATCAGTACCTATTCACATCTATCTATAGAACATGTCCTGTATATAAGTCCAAGGCCTAAATAATGGCCTTATCTGTTGCATGGTCATGAAAACAACAATATAGTACTAGAATATGAGTATGAGTAAGTTACTGTCCATGTGCAATAAACTGTCTATGTGTGTCTCATTTGCATATGACAATTATAgttttctcctctttcctccttccttctcctgttctttgttctttttctcagtTTCATAAGTTGATGATATGCTGATTATTCTTTATTGGTGGCTTTTTCAGTTGGCCAATGCAGAGGGTGCTTTTTTTGTGCTGGTGCAAGTGTACCTAGACTAACATCAGTGTATTTGCTCATTTATTTGGGTGTAAGACAACTTTTCCAGTTTGCACTCAGTTGCTATATTTAGGGTCATAAATGAAGGCATCTGTGCTAATGTGGGTGGAGTGGTGCAGTTGGGGGTGTGACTTTTAAAATCTAGTGACACTGGTATTTTCAAACTCACTTGGGTCTAAAATTGCACTTATATTACGAAACGTTCAGACAAGTGCTTTAAATGTGGGTCCTGTTTTTAGAACCTGTTTTTGTTGCTGAACACTATAAGTTACTCCACTTTAACCTAAACATGATACGTCACCCAACGATTACCTAAATACAACAACCTGAATGACTTTATACTCAAAAATGAACAACTTAgctattaaatgtaaatttggcAGTTGGCCAGAATTACACACAGAACATTATATAGTCAAACAAAACTTATTTTTGAACATCAAACAAAAGTAATTCTTCCCCAAACAAATATTACTGCAGTCATAGAGATGAGGAATTGGTCAATAAAAAGCCACAGAGTGGTACAGGTGTGAGTGAGGTTCTGTCAGCCAGTCTAGTATTCTATGAATTAATTCTTCTATtattaagaaaatgtttattgttcTGGGCGCATACTTGGATTTGAAAGTGAGTGAGGGTTGATTTGATTGAATGTTGCCTATCCACTCCTTTTGACAATGTATTCATTGTACTCCACACCCACTTTTTCACAATAATGCTACTCTTCACTAGGttacactataaatatataaataagtaataaattaaaagcatAAAGATTAAAAGGCCGTAACATCGCAATTTTAACCCCTTAAGTTTTTACAGTATCATGAAACCTATCATGCAGTATCCACTAGAAATTATTCAAAACTAATATTAAAAGCTGTGTAATTAAGAAAGCATAAGCTAGTGGGTCCTGGGAGTTTGAAGTGTTGAGCCGTTTATTTGAGCTTGCGCCATGATCACAAAAAAAAGGTGCCAGTGATTGTAGAAGTGTTTACAGCACAGCATTACTTACTTACAAACTTCTTACTTACTATTTTATTGCCGAGCTCAGTAGTCTTTTTCAGATCTATTATTTTGAGGCTTCTTTTGAAGATTTCTTGTTCCACAGCAAAGACTCCCACTAGACTGGCTTTAGCCAtactctttctccttttttgacACATAATAAAATTGCATGTGGTTCATCAGTGGGCTGTCAGTTTGCGTGTCTTTGCATTGCTTTGCTACTTCTTTCACTGCAATTCTGCAAAAGAGTCCTCACTACTTCCTTGCCAACTTTGCCTAGGgtgttacacattttaaaatgttatgataaatgttttatatatacagatgACTCTAAATAGGAATCACGTTTAGGCTGTTGTACACATTAACAAGTACaaacaaaatagcaaaataagcATATATATACATGTCTACAAGAAGTACCTCTTGGGAAAATGCAAATCTATCTCTGTCTGATTGCGTATTATGTATGTACAAACAGAGGTACAGTGCAAATTAATGTAAGTTATGTGTATTATATCACTGTAAGTATCATACATGTGTATGTAAGCATTTTCTTTCATTGTATTGTGTTGTGAAACTGTACAGTGTGtcacataacttttttttaaatgtttttttctctggcCTTTCATCATTGCCATGTTTATTGTATGCATTTTACTGTGCCAATTGTACTGTACTCAAAAGATGTGAATGTGGATTGTTTGTTTTGGAGCCTATTAAATAAGATGGTCTAAAATCTAGTTATTGTTCCACTTGTGAAGACTAGTGTGTTTAATACTGATACACACTCTTATTCACATCAAAAAAAGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU59640 lncRNA downstream 2246 21346142 ~ 21385497 (-) False G50433
TU59644 lncRNA downstream 2246 21346142 ~ 21385497 (-) True G50433
TU59513 lncRNA downstream 170857 21216658 ~ 21216886 (-) True G50318
TU59503 lncRNA downstream 181782 21204676 ~ 21205961 (-) True G50309
TU59489 lncRNA downstream 197001 21190535 ~ 21190742 (-) True G50295
TU59853 lncRNA upstream 90476 21512605 ~ 21512822 (-) True G50619
TU59858 lncRNA upstream 93023 21515152 ~ 21515642 (-) True G50624
TU59860 lncRNA upstream 95686 21517815 ~ 21518078 (-) True G50626
TU59884 lncRNA upstream 184299 21606428 ~ 21610897 (-) True G50647
TU59895 lncRNA upstream 237529 21659658 ~ 21737394 (-) True G50656
XM_026939881.2 mRNA downstream 3627 21349757 ~ 21384116 (-) False epas1b
XM_026939875.2 mRNA downstream 3627 21349757 ~ 21384116 (-) False epas1b
XM_026939868.2 mRNA downstream 7265 21348210 ~ 21380478 (-) True epas1b
XM_034302815.1 mRNA downstream 7335 21349757 ~ 21380408 (-) False epas1b
XM_026943393.2 mRNA downstream 56685 21276785 ~ 21331058 (-) True srbd1
XM_034302943.1 mRNA upstream 100079 21522208 ~ 21526777 (-) False mcfd2
XM_034302941.1 mRNA upstream 100079 21522208 ~ 21526755 (-) False mcfd2
XM_026934302.2 mRNA upstream 100079 21522208 ~ 21526722 (-) True mcfd2
XM_026934294.2 mRNA upstream 100079 21522208 ~ 21526712 (-) False mcfd2
XM_034302942.1 mRNA upstream 100079 21522208 ~ 21526684 (-) False mcfd2
TU58946 other downstream 1018314 20357988 ~ 20369429 (-) False gng2
TU58944 other downstream 1018646 20357934 ~ 20369097 (-) False gng2
TU58943 other downstream 1018646 20357988 ~ 20369097 (-) False gng2
XR_004577815.1 other downstream 1720082 19635838 ~ 19667661 (-) False atrn
TU58169 other downstream 2068010 19316487 ~ 19319733 (-) True G49195
TU59887 other upstream 189645 21611774 ~ 21614267 (-) False plekhh2
trnai-uau other upstream 474055 21896184 ~ 21896277 (-) True trnai-uau
TU60082 other upstream 527726 21949855 ~ 21950189 (-) True G50837
TU60345 other upstream 613156 22035285 ~ 22101383 (-) False LOC113540944
XR_003404067.2 other upstream 1352226 22774355 ~ 22788783 (-) False znf318

Expression Profile