RNA id: XM_034302544.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_034302544.1
length 9584
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 3
gene id sertad2b
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047597.1
NCBI id CM018543.1
chromosome length 33776708
location 12809083 ~ 12844674 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU53604 lncRNA upstream 9317 12820856 ~ 12821389 (+) True G45360
TU53595 lncRNA upstream 19456 12810919 ~ 12811250 (+) True G45351
XR_004577841.1 lncRNA upstream 91480 12733432 ~ 12739226 (+) True LOC117596851
TU53325 lncRNA upstream 156083 12674408 ~ 12674623 (+) True G45170
TU53285 lncRNA upstream 182300 12647895 ~ 12648406 (+) True G45153
TU53620 lncRNA downstream 25329 12870003 ~ 12870223 (+) True G45376
TU53723 lncRNA downstream 115416 12960090 ~ 13031136 (+) True G45453
TU53729 lncRNA downstream 167272 13011946 ~ 13017600 (+) True G45459
TU53744 lncRNA downstream 207566 13052240 ~ 13052529 (+) True G45473
TU53786 lncRNA downstream 250997 13095671 ~ 13095881 (+) True G45508
XM_026937247.2 mRNA upstream 48012 12774422 ~ 12782694 (+) True rab1ab
XM_034302928.1 mRNA upstream 56619 12769003 ~ 12774087 (+) True zgc:153169
XM_026942309.2 mRNA downstream 10327 12855001 ~ 12861968 (+) True lgalslb
XM_026932482.2 mRNA downstream 19236 12863910 ~ 12868452 (+) True echs1
XM_026944741.2 mRNA downstream 26398 12871072 ~ 12874985 (+) False fuom
XM_026944749.2 mRNA downstream 26632 12871306 ~ 12874985 (+) True fuom
XM_026941862.2 mRNA downstream 65049 12909723 ~ 12911614 (+) True msx3
trnat-ugu other upstream 162820 12667814 ~ 12667886 (+) True trnat-ugu
TU53286 other upstream 187511 12639836 ~ 12643195 (+) False LOC117596823
trnay-gua other upstream 194300 12636320 ~ 12636406 (+) True trnay-gua
XR_004577785.1 other upstream 1064292 11745749 ~ 11766414 (+) False LOC113544122
trnag-gcc other upstream 1123701 11706935 ~ 11707005 (+) True trnag-gcc
XR_004577802.1 other downstream 84885 12929559 ~ 12936802 (+) False spef1
XR_004577803.1 other downstream 84885 12929559 ~ 12936802 (+) False spef1
XR_003404144.2 other downstream 137732 12982406 ~ 12999962 (+) False col17a1b
TU53738 other downstream 187605 13032279 ~ 13033248 (+) False si:ch211-223p8.8
TU54033 other downstream 653418 13498092 ~ 13501046 (+) False pcbd1

Expression Profile