RNA id: TU200109


Basic Information

Item Value
RNA id TU200109
length 8949
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 3
gene id G169046
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 20832846 ~ 20842174 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

CTGATTCTCATTACTACAAGCCTaaacaagagaaaaatgtcAAGATGGCTGTTGAGAGACATTCCATAGCTGTTGGGCACAACGTTGCCTGTAATCAAACTGCACAGATATCTCAGGTCAGCCAAGTGAATTAAcgttttggggggaaaaaaatgtgtgaacaaGACCTGCAGTGTTTGTTTGAAAATCAACAACGTTGCGCAACCACCCAATTCTATTACTTAATTTACTTCAAATTAAGAAACTGTAAATAACTAGCAAAAACAACTAGTCTCCAGTAAGGAATCACCTATTCTTCACAGAAAGCTAATAAAGTGCAATGTAAAATGGAATGTCaccattaataaatataaatcattaatttaaaaacaggtCAGGAAGATAACTGTACCAGCGTTCTTGGCCTTTGCATGTGGGgacattttttttgctagttttaaaaagtaattaactGTGTCAGGAATGAAGAGAACATTAAATGTGATACACATCAGGAATGCTATtttagggcaaaaaaaaaaaagagagagaacgtCTTATTTTTAGCAAATTTCTAACCAGTGTCATGAGTCTGCTTTTTCTAATGTTTGAGTCCATCACAGAAATCAGTGCATCTTGTCCAGTTCACTAATGATTGATTTCCAGGCATGAGGGCTGCTTTGCATTTATATGGCTTGTAggatatttttacatttgatcTGTGGTTTCAGAGACCCAGGTTCAGACCTGGTATTAACATCTGACTCAACTGATCCAGTCACAAGCGAACAGTCAAATCTCAGCCATATATCTGGTATTTTGAATGCACCTCAAATGTTTACTTGTGATCAGATTTTCTACATCTTTTCTGCTGAAGGAAGGCTGTCGTGCATATTTATATACGGCCAGTCTTCTGCTGAATatgttttcaggcagaaatgtcccGTGTCTCGTGTACCAGTACGAGCTATCTGAAAAGTTTCAATTGCGTGGTCTGCTAATGAAACGTATAAATGAATGGGAGATCGGACGACAAAGGAAGCTACGAAAAGCAGCTACTTTCTTCTCTGCTGTTTTAGCCATAAGACCCCACAGAATCCTATGGGTGTGTAGCAGAAATACAGACTGATGGGTGCTTGGGACATTCACTGATTCAGCACAACTTCCAGTCTTgcaatgattacatattttccagCTAGGGCAATGACACAGCTGATTAGGCAGCCCTTTGTCGCTGTCTGGCATGCGTTTGCATTCATTCTACAGAAGTTGTGTAGTCATATGCAGCCACAGACCACGTCTGAAAGTGTTTCGAGTGATCAGATCACAGCATGTCTCCGAGACACAATAGACTGcgttcacacctgtacttagtCCTGATGCCAGGTGTGAACGCCACTCTGTGTGATGACTGAGGTTTCTGTCCAAGTGTGACCACAACAAACAAACTCAGACTCCTCTAAAACAGGTCACAAGCAAACGGCACTCAAATCACCTCTAGAGATGATCTCAATGTGGTTCATTATTTGGTCCAATGGATTCGCGTCATGAGAAAACAAAGTGGTCCTAGTCCATTTCATGCTTTTAAAAACCAGGTGAAATACATTAATGGCTGCCCGTAGGGTCATGTGGTCCAACAACAAGGTAAGTAGTGTTTGCTAGAAACAGGACACAGACTAACAGGCTAACGGAGGCATTGTGGAAGTAATAATTATACTAGTGCTTGCCAAGAACCAAAGTAGGTCTACAGCATGAAGCAGGAGTTGGTTTTGCTGGTTCTGCACAAATAAATCCCTCTCCTTGTTGATCACAAGCTTCAACTTCCTGAAATGGGctctacataaagtgcactgGCATAATTACACTTTTGAATCAAACCAAAACCTCTCTCAAATCATTCACCTCAGCCTCCTCGTGTATGAAGAGCTAAGCAGGAAACTGGGCAACATTTCCTGATTTGGTGAGAAACAAGCTGAAGTGATTTGCTAAATaactcacaccacacacatacatcacacacacaccacatgatGAAGTGTGAGTGAAAACCTTCTGTGATTTCTGAAAGTGTTGACCATTAAGTCTAAAGAAAGAGGTACACAGTGTTCTACAGCTCAGTGCTGGCTGTTGTTCCTCACCCCATTGCCTGCTGTAGACTTGCTGCTTTTGCATTTGTTCCAGTTCTTCGTCTTGATGGCGAAAGTTGCACGAAGATGCTGAACTACTGCAAGACGCACCACATTTCTCTCTGCAGTCTTCATACTGCTGctgcttcctcttcttctttttgaaTTGAACTCACTTGCCTAGCTTCTTATTTAGGCTAGATTTAGCAAACAAGGTGCTCAGAGACGTCTATAGAAAACAAACGCCTATATCACGTACACTGCACAAGTGTGCGGTTTTAGCTAATCTTACTCCCTTCCCATAGACTGCAAGAAACTCTTCAACAAAACCAGTAACGCTAAACAAACGTGTGTGCTCTCAGTTGATACAGCGAGCTATATTCGTCTTTCACTGCATAACCATAACCCGGCTAATCACCTGGAAAAGTGGTGCTACATACAGTAAGCTATCTCGTTTACGTTAACGCTATGTTGCTATACAGTCAATATGCGCGCTATTAGCTAACTAGCCCGCCTACCTGTTCAGCATTTTGACGCATTTAACATTCCTCCGTCTGCATTTACACATAATACGAATTATAACCGTCTTCTATATGAACAACATTAATGTTTCCGTTCCAACGCACCAGTTAGCTAACTTCTAGCTCTCTAACTACTTCCTTTGTGGACGTGTTTCAAACGGCAGCGCTGCCCCTCAAACACGACGCCATTGGCTGCACAATAATGTTCAAATTTCGTAGCGCTGCGTCACTAcggtctgattggttaatctCCGGTCACGTGCTTCTGCATTGGGCAAGCGCTAGCCTGTGGCAGAAAGCCGTTAGGTAAAGAGTTAAACACAAAACAGCCTACTAGACTGGCCATTTTATCAGCTACGTCTACAACAGAGGTGCACGTCGTAGGTATACGGTTACTGACTGTAGTCCATCTGTTGCTAAGCGCTATTTGTCAGCACCTCTGTACCCTGTCAATGGAAAGAAACCAGCACAGACCACGAATGTCTGTAATGTCTATCATTCACAGTaatgtcatatacagtatacccTTAGGAAAATTTACTATGGTTACCCATGGTTTTACTATGGTACCTCGCGGTAACCATGATACAACCACAGTTTTGCCATGGTACTCTTTGGTAACTATGACACCACCACAGTTTTACTAAAGTCCTTCAAGGTAACCATGACATTACCATGGTTTTACTGTGGTACACTATGGTAACTATGTCACTACCACAGTTTTACTAAAGTCCTTCAAGGTAACCATGACATTACCATGGTTTTACTGTGGTACATTATGGTAACTATGACACGACCATTTTTACTATAGTCCTACATGGTAACCATAACATTACCATGGTTTTACTGTGGTACACTATGGTAACTAAAATTCCACAGTTTTACTAAAGTCCTTCAAAGTAACCATGTCATTACTGTGGCTTTACTGTGGTACATTATGGTAACTATGACGCTACCAGAGTTTTACTAAATTCCTTCAAGGTAACCATGATATTACCATGGTTATACTGTGGTACATTATGGTACCTATGAAATTCCACAGTTTTACTAAATTCCAACCAAGGTAACTATGACACTATCATTTTTACTAAAGTCTTTCATGGTAACCATGATATTACCATGGTTTTACTATGGTACATTATGGTAACTATGATGCTAGTAGGGTTTTACAATAGTACATTATGGTAACTATCACACTGCCAGTTGACGTCATTCATGGTAACCAAGACATGGTTTTACTCTAGTACTTCATGGTAACTATGATGCTAGTAGGGTTTTACTATGGTACTTCATAGTAGCTACAATACTACAATGGTTTTACTATGGTAGTATAGAGTGGTGACTCGGTGGTTAAGGCTCTAGGTTACTGATCCAAAGATCGGCGGTACAAGCCCTGGCACTGCCatgctgccactgttgggcccttgaggcCCTTAACCCTGTCTTTGGGGGCACCATATCATGGCTGCAGTCTGATCCAATGTTCTAACAAGCTGGGATTGCGCcagtgaattattactacagttccagtactttcacaatatgttttgtactctttccaccactgATCTGAGAACAGCTCTCTAGACCAGAGTTCTTCTTTGAATGAGATGTTTATGCTTAACCGCAACCCTACTATAAAATCCCTGTCCATGTAATGCACaagcatcacatcacatcaggGTCTTTGTCTTATCCATGGAGCTAAATGCAGATGTCATTTTAGTTACTGTTGAAGTAATAGCTAGTTGAGCAATCTGAATCTCATTTCATCCATGCATCAACAATGAACCCTTTTTCCAAGTGGCTTAGACCTTTTACTCTTGCCATCTTGATCCAAATTCAAGGTCAACATATTTACACATGCCACAGGGTAAGATGTTCACTTCTTAGTTGTATAATGCAATACACCTGTCTGAAAGCTTCTGCAGTCATTATGTCTTTTCTTTAATTATGTCtattctttaattttatatatatataatgtatatacacagGCATATTTTTTAGGCATAGGCATATGTTTATCTTTAatcatatatattaaaatactatATTAAAATGGGTGAAGGAGCatataaattcatataaatataaattataagcatataaataaacaagtctATAGTTCAACACTTGTGATAGCAAGAATGCAACCTAGTACCTCTCAATATAATTAATCTGTTGCTTcatacactttgtatttatcagGGCAGTTTGAATTATTATCATGCTAgttaacatttgagagattagaaaTTAAGCTGTTGTAGAATAAGACTATGTAGAATATGGTTAAACTGATTTAATAGTCTGAAACTGGGAGATCATTTCAGTGAAAATACTCTTGAGGTTGGCATACTTGATGTTGTAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU200100 lncRNA upstream 9463 20741344 ~ 20823383 (+) True G169045
TU199993 lncRNA upstream 259568 20573032 ~ 20573278 (+) True G168940
TU199991 lncRNA upstream 260283 20569876 ~ 20572563 (+) True G168938
TU199853 lncRNA upstream 379041 20444244 ~ 20453805 (+) False fsip1
TU199855 lncRNA upstream 388913 20443790 ~ 20443933 (+) False fsip1
XR_004579003.1 lncRNA downstream 262769 21104943 ~ 21107399 (+) True LOC117598333
TU200384 lncRNA downstream 339683 21181857 ~ 21183778 (+) True G169287
TU200432 lncRNA downstream 348992 21191166 ~ 21196292 (+) True G169320
TU200673 lncRNA downstream 697076 21539250 ~ 21539498 (+) True G169543
TU200723 lncRNA downstream 809467 21651641 ~ 21651902 (+) True G169575
XM_034308304.1 mRNA upstream 19117 20738919 ~ 20813729 (+) True LOC113529967
XM_026919861.2 mRNA upstream 288334 20540898 ~ 20544512 (+) True zgc:194887
XM_026919862.2 mRNA upstream 292548 20535056 ~ 20540298 (+) True LOC113530108
XM_034307746.1 mRNA upstream 305992 20521595 ~ 20526854 (+) True LOC113530103
XM_034307748.1 mRNA upstream 388374 20400010 ~ 20444472 (+) False fsip1
XM_026918989.2 mRNA downstream 1624 20843798 ~ 20896411 (+) False eif2ak4
XM_034307769.1 mRNA downstream 2929 20845103 ~ 20880665 (+) False eif2ak4
XM_026918986.2 mRNA downstream 2930 20845104 ~ 20896411 (+) False eif2ak4
XM_026918987.2 mRNA downstream 2930 20845104 ~ 20896411 (+) False eif2ak4
XM_026918988.2 mRNA downstream 2930 20845104 ~ 20895605 (+) True eif2ak4
XR_004578912.1 other upstream 301624 20528519 ~ 20531222 (+) False LOC113530103
XR_004578913.1 other upstream 301624 20528525 ~ 20531222 (+) False LOC113530103
XR_004578914.1 other upstream 301624 20528527 ~ 20531222 (+) False LOC113530103
XR_004578905.1 other upstream 304895 20521595 ~ 20527951 (+) False LOC113530103
TU200725 other downstream 827733 21669907 ~ 21674461 (+) True G169577
TU200872 other downstream 977107 21819281 ~ 21820059 (+) True G169692
XR_004578924.1 other downstream 2019633 22861807 ~ 23022395 (+) False LOC113533992
XR_004578925.1 other downstream 2019636 22861810 ~ 23022395 (+) False LOC113533992
TU201530 other downstream 2019853 22862027 ~ 22890770 (+) True LOC113533992

Expression Profile