RNA id: TU202677


Basic Information

Item Value
RNA id TU202677
length 10701
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 7
gene id G171256
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 24781282 ~ 24926224 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

AGATAGCCAATCTTGGGAAGATCAGATATATTGTGACCAATTTCTGAACCAGTGTAAGGCCGAGATTCTCAAAGTCATGTCCGTGAGCCAGAGCCAGAGCCAGTGTGTCCATGAGCCATGGTCtgagagtttttattttatttcagtagtGGAAATAACAAATctaaatgattatatttattactgcattattatCCAGTTTAACACTTCCCCTGAATAGGATTGATCCAATCCTGTATGCAATGTCAATTTGACTTAAATGTGCTCTGTTGGTGGAAAGGAATAGAAAACTCTCTAATAATTAGACAAAATATTGTACAGTAGGGATGTACCCTGATACAAAGATGAATAGGAggcacattatttttttttaaccagaaaaGATTACGTGGTATCTGGTTGAGACTGGAGGTgttcatttaatgttttaaactagctAAAGGAAATTAAACCTGCTATATGAAACATATCTGAATAAAATCCTTACCTTCCAGATTTATGAAAAACATCTTCCCAAATTTCAGTCTGAGAACTCCAAATACAGCAACCACAGAATCcagttgtaaatattttattgcacaCATCAGTTTTCTCTTTTCCGCCAACACGAGCAacttatcacatttttttctatatataaaacaagGCAACAACAAAGATTTAAAAACGACTTTACATATTGTCTTagaacaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagcgatGTAGTGCACTTTTATCGCTTTCCACGCTTGGACTTCAAACAACATACAAatgatgagaaagaaaaaaattatgcataaaaaacaaaagtaaaagctccagtagATTATTAcgcccagattttttttttttttttttaaataccattAAAAGATTTGGTAAAAGTAGTAGTTTGTCTTTAACCCCCTGAGTGCCACGTTGGCAGAAGCACTACAGTTTGCAGTCCATGGAGGAATGTTTTCAAATGAAGTAATTATCATCTGATGATTAATAAAAGCAGATTAAAAGGCAGCACTTCCCTTTCAGAGGTCTGTGTGTAGCACACAGATCATATAACTATCGACTGTCGAATGGAACAGCCACTAAAGGCACTTTATGGTCCAATCATTTTTTGAAACACCGCCTCTGTGTTTCAGTTCAAAGCACAAGACAGCGAAAGCATAAGCAATTTAGAGaaagagaactttttttttcttaggattTTAGAATGAACTTTAAACTCAACATCCCCTGATCGCTGACTATTTATGGCAGATAATCAATGGGCCTCGTTTATcgatcttttagtaaagttgtgtatgAATGTTTGCGTAGACCGAACTGAACAAAACCATTCCTGTCAGATTTACAAAAGATTCAGTGACAGCTATAAATGATCGAATGCTTTCACGCAAAAGCTTTACATTTATTGATGCTCAtgaaaggcaaagctcacagtaagctaaagatgaaaaaattacaattaaacgATTAAAGTGAAAGAGCACCTCCGAAATGTTTTGctctaaatcttccagtaatgcagctcagctaCTGTAGCgagtcacagacacacactaactcttcctcaTGTAACAGGGCAcaattacttttgtcctaattgaataaCTATTCAATTggaataagtgatttaaacttgtCAGTGTATATTAATATCCTGTATATTAAATCCCAATAACTCGTTGTCAatcatctgacttctgaagccgATCAgttgaggttcacattagtAGAGAAGCCCTGAACTGCAAGGTGCGGAAATTGTTTTATAAACTGCTATAATCATTATATTGACTTATcaagtcattattttgacttcgTAACACAAAATTTTTGACTTAGGATCACATTATTTTGAATTAGTATCACGTTATTTTGACCAAGTCATTAATTTGACTTAGTATCTCGTTATTTTGACTTagcatctcattattttgacgtAATATCTCGTTGTTTtgacttaataagacaaaatagaGAGTCAAAACTAATGACAGAAATTGAAGAAAAATTCACACCTTGAGGTCTAGGGCTTCcacacattagtgagtctccttatatgtaaatttacacaaactcaggagcgaaACGCAAGATACCAACATTTCAGCCAACGCATAAATACGGCATTTCTtgtttatctcattatttcatctTACTAAGTGAATATTCTGACTTGGTATCTCTATTTTGACTTATTATCTTGTTAATTTGACTTATCATCTCATTATTCTGATTTAGTATCTCTTATTtttgatttagtatctcattattttgacttactaaGTCATCATTTTGAACATCATTTTGACTTAGTACTGTATCTCATTTTTTGactcattatctcattatttcgaCTTAGTATCTCATTTTTATGTAGGATCCTGTAATTTTGATtagtatcttgttattttgacttattaacttattatttttaattagtatcgttattttgacttagtaattaaaaaaaaaatccacacctTGAGGTTCAGGGCTTCCGTGCATTATTAAGTCtccttatgtgtaaatttacacaaactcctttgtgtaaatgttcctACGAATAAATCATCCAgtctgataaatgaggcccagtgtgtgAACATCTATGAAAACCACAACAACAGAGGAAACACTTTTTCCAGGTATTTCAAGGAGCAGTATGGCAGTGCTTGAAATTCCTTATGTGCTTTCTTATTCCTTAATTCCAGCCagtaaagaaatattttctttttttttcttcttcatctgaATAGTAACACAAAGCCgctataaaaatacagtaaaagagAAGCTTATTTTTAAGtacattacaaaaaaaggaatataCTTTTATAGTTTAGCTTAGGACGTACAAAAAGACCCAACATATTgaatcaataatataaaatgattctTTTGAAGCTTTATGTGTATTGTACATTCAAAAACGTGAAAACGTCTCcctcacaaaaaaaagagaaaaaaagaatgtcaATCATGACACCAAAAACCAAGAAGCTAATGAGAAGCTAATGGGTGACTTTTGATTATGAAGAGCATTAGAACAAAACTGACTCATTTGGTGATgaaaatttttttgtgtatttgcatcACTCAGTGGGTTAAAGTGGGTCTAAAAACCAGATTAATGAAAGTTAATGTTTGCATGTGCGTCAGTCGCGACAGCTGGTGAATTAGTCAGAGAACAGTTTAAAGAGtttaaaggaaaaagagaaactaATGTCAGGATTAGGAGAACCAAACCGAAAAATTAGTACGCATTATTAATTGTGCTTGAGGTTTCAAATGAACAGGAAAAGCtgtcaggcaaaaaaaaattaaaataaataaaaaatcgaTTTCAACAAAGGAAGAAAATATTCCACAAATGTGTTGGGCTTCGATGAGACTATCGTTCAGTCTCCAAGGCGACGAGACGAGCAGCTCTTGCAAGTACagacatgtttatatttatttatatatttatttattggcagCAGTGAAGGAGCTGAAATAGACTCTGCACTGACGGAAGGCACTTCCACGGCACCAATGGCCTGTGAGTACACACTGCACTCAAAAAGCAGTGCTGAAACATTAAACGCACCTGGGATAAATCGAGGGGATTGTTTAAGCAGCGCCCTGGTGAGGAAATTTCAAATAGTGTGAAATCAGACACAGCTGTAAAATTTGCCACGCTGAAAATATTCAGTATATCAGCTGTAAAATCTGTCCCAGTTTAAAGATGGCCATGTTTGATTACGACAATGCCGGCAAATTTCCACTGATGAAAAGATACCTGATTGCTTTAATCAGAATCAAACGAatcggtcagaaggtgttgattcatttcctagaacagcacggCTATGACGCAGTATCGagccacaggtttatattaacacgctcGTTTTGAGACATTATTTCTTAACTCACACGGGCTTGTTTGGTGGAAGTTGACAATTTAATCCCTTCAAGAAACGGATTTTAAAAGCTAAACGTGTTGACAGAGGAGAATGTATCATTGTTGCTACGGTAAAGCTTTCTGCCGAGTAAAGcagacgtttatttaatatttatgctaGGAGACTCAGACAGCGCTATGCAACCTTCAGACGTAAAAGCTGCACCTAAAGCCTAAAGTTTTCTGCCATGCTGCATGTTTTCATCCTATTAACCTTGAGAGATAAACTATAGACTGATACGGGAACGATTCTTTACAGCTTCTAtagcgtaagtgataacatgaactaacttgttttgagaGATTCCACAACGTTATTGTAGCAGTAATTGGATAaaaagtcattctttaataaaaaattgtaatagctggcaaattgctgtggtttaaaaaaaggaatagaacgtgttattggaaaataatcacctccAGGATTCTTGACAGACTGtttaattctggattctgattggtcagaaagtgttacctgtctattacagcagctctgatagtagttcctgatgcaaggcaaatcagatttacattaatacattatataatatagtaacaaCCTATGAAGGGACAGAAACAGatctaaaaatgtttgtaatcactgatatggtgacgatttcattttctttggaaggagtctccagtgccagtgctttgaaACAGCACAGTCAGAACTAAAGCTGAAATGTTTACGTTTCCAACACGGCAAAATTTTCAGGacagtgttttaattttatataatttatttatttttttggtatcatgagaatttttgttttattcatttctagAAGGAGGagataaaaagtgaaagaaggacagtttatagctgctataatctaagtgataataggaactaacttctttcgcagatgttccacaacattatatgtaactataaatggataagtatgacgttctttaattaataatgattgTAATTGTCGGCAAATTGTTTTGGtataagaggggaaaaaaaaatcatacactgtttttgattattttcctgtaacagaattgtgttttattccctacat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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU202651 lncRNA downstream 126029 24598275 ~ 24655253 (-) True G171232
TU202589 lncRNA downstream 237308 24514909 ~ 24543974 (-) False luzp1
TU202594 lncRNA downstream 252586 24528327 ~ 24528696 (-) True G171184
TU202554 lncRNA downstream 286492 24418931 ~ 24494790 (-) True G171160
TU202841 lncRNA upstream 140082 25008099 ~ 25009389 (-) True G171381
TU203040 lncRNA upstream 393591 25261608 ~ 25262527 (-) True G171542
TU203043 lncRNA upstream 396351 25264368 ~ 25265970 (-) True G171545
TU203041 lncRNA upstream 399885 25267902 ~ 25271762 (-) True G171543
TU203078 lncRNA upstream 418025 25286042 ~ 25286781 (-) True G171572
XM_034308381.1 mRNA downstream 237203 24490238 ~ 24544079 (-) False luzp1
XM_034308380.1 mRNA downstream 237203 24490238 ~ 24544079 (-) False luzp1
XM_034308379.1 mRNA downstream 237203 24490238 ~ 24544079 (-) True luzp1
XM_034308382.1 mRNA downstream 243447 24490238 ~ 24537835 (-) False luzp1
XM_026926874.2 mRNA downstream 318346 24454401 ~ 24462936 (-) True tmem30b
XM_026926062.2 mRNA upstream 106022 24974039 ~ 24991828 (-) True cep295
XM_026926064.2 mRNA upstream 106022 24974039 ~ 24991827 (-) False cep295
XM_026926447.2 mRNA upstream 141766 25009783 ~ 25046786 (-) True si:ch211-266o15.1
XM_034307977.1 mRNA upstream 188347 25056364 ~ 25106759 (-) False nid2a
XM_034307978.1 mRNA upstream 188347 25056364 ~ 25106759 (-) False nid2a
TU201673 other downstream 1917515 22855494 ~ 22863767 (-) True G170435
TU201211 other downstream 2665406 22115565 ~ 22115876 (-) True G170023
TU200304 other downstream 3964066 20814561 ~ 20817216 (-) False grem1b
XR_003403127.1 other downstream 4048230 20732930 ~ 20733052 (-) True LOC113530231
TU200198 other downstream 4215483 20564929 ~ 20565799 (-) True G169119
TU203072 other upstream 390822 25258839 ~ 25259209 (-) False G171569
TU203074 other upstream 390822 25258839 ~ 25259362 (-) True G171569
TU203284 other upstream 710922 25578939 ~ 25582527 (-) True G171734
TU204658 other upstream 3031474 27899491 ~ 27910890 (-) True si:ch73-204p21.2
TU204659 other upstream 3031474 27899491 ~ 27910890 (-) False si:ch73-204p21.2

Expression Profile