RNA id: TU251291


Basic Information

Item Value
RNA id TU251291
length 5676
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 2
gene id G212174
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 16578414 ~ 16584331 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

GAATAGAAGGTGAACCACTAATCTTGATGTTCTCGTTGGTCCGGTTAACCATTTCTTTGAACTGAGGGTCACTGTATTGAAACCTGCATCCATACACAATGGCTGAGATGACATTGGAGGTGGCATAATTTAATGGCTGTGAAGTATCAAATGGTTTCCCTGTAAAGTAGTAAGCAACAATTAATAGTCCAAACATTCCCTTTGTAGAAATGCTATTTAAACTTATATTATGTACACATTCTCTATAAAAATGTTAAGGGAAAATGTAAGTAAAGTTTCTAAACTAAACTTAAATTTACTAATAGTTACTACCGCGATACAATtgtctttaacaaaaaaaaaaaaaaagtgtccctTTTTCATCAAAGTTGcataaaaaacagaattgaGTGTAAAGCGTGACATACAAACAGAAAGGGGAGAATATAAAATTTCAGGGATGATGAGTTAGAAGTGCTTATATCTGAGGCTGCTAAAAATGTTCTTTTGGTATCTTTGAAAATGACATAAAGGTGCATACAAAATGAAAacctgaaatgaaataaaaacgttttgtctttgttttgtttttttaaacaaaggaaAGTGTGGTCcaatagttttgtttttagcaattctttgtttttcctgAAGTTAATGGTATCATATAGGAGTATATAAACAATTATGAGAGTGTTTAAGGCCAAAATCCATTACAAATTTGCAATGGTTTCCAACCTTGCCAGTGGGTAGTTACGTAAACTGTACTTATACTTATATTGTACTTACATGTTAGAATTTGAATAGGTCAGATTTAACAGAAGTCTGTTTACTTAAAGCTTTTGATATAAATATAtggtcaggtccataaatatttgggcAATGACAAATTTGTTGTTATTTGAGCTGTCtactacagtatattggagGTGAAATTAcatgttaatttaattaattaaagaagttttttcttctgtcatccaccacagtttcCATGGTCTtctgggccttttggtgttcctgagctcaccagtgggttctttctttttaagaatgtatcaAGTAGCTGATTTGGCCACGCTTAAGATTTTTGCTATCTCTTTGAtaggtttgttttgattttcatcctaatgatggtTTGCTTCACTGACAGTGACAGCTCTTTAGAcatcatattgagagttaacagcaacagattctaaatgcaaatgccacaatcaactctagaccttttatctgcttacttgtaagtgaaataattgaCCATGGAACAGATGCGCAGccaactgtccaattacttttggtccactaaaaagtgctgtaattccttgATTGTTCACCCAATTtgaatgtaaaaattaaatctgtaagttcattgtttaatttcaactccaatatactgtggtagacagctaaaactACAATgtctttgtcaatgtccaaatatttccattctgaacaaataaacaaaactttattttatacaaataaaacactgcatcCAGATCAGCTTTTCATGAAGTCATTTGTTACAAATGCACCTATTACTGAATTGTAGGACTAATGAGCTGACAATGATCCACGTCTTGTTATTACTGGTAAGGATACTCACATTGATTTTGCTGCAAATCatggatttatttacacacGCACAGGTTTGAATTTCATTTTACAGATAATCCAAAGATAAAACCTGATGAACAAGAAAAACAgcaactttgatgaataatggCTATAATGCTGataaaactaaaacacactGTCTTTGATTATACGGTCTAAAATAGTTACATATTAATTCTGTATTTGCTGTTGTTAATtcaatacaattttaatataCATGAAATCTTTCTTTTGACCTTTATGCAGCAATAGGAGCATTCCTCGACAGTGAATAATGAAATTCTAGGCTTAATTACTTAaagaaaatagtaataaaaaagtgaaatagtGACTACATTTTGACTGTAtattaatgtcattttattgtAATAAGATTTTACCCCGAAATTCTTCAAACACTTCCCTCAAATAGTTTGTTTCTTCAATGATTTTCTCCTCACTCCTTTTTTTGCCCATCCCAAAGTCTCGAAGGTTGCTGAGGGAAAATCGCCTCATTTCTTTCCAGTTTTCACCATTGCTAAACAGAATTCCTGAAGTTGAAAGAGAagttaataaacagaaaacctgAAAGCTCTTCTAATGGTAAATATCCTGataaatcagaaatgagaaCCAGAATGAGTGTTCATATACTCGATACTGGAATGATAATCAGCATTCACCCACCTCCTCTGCAATTAAATGGGAAACTTTGAAGGCCACCTCAAGAGGCCATCTTACTGTCTATGCATCATTACAGGTAAAAATACAGGCACAAAAAGGCTGAGGTTATTCATTTAGAACAACAAAGTAATCATAACCAACTCAAACTAATTGGaacttattaacaaatacaaaataaatactgcatttaaaacacataaatcatacaaaaaatatattccttagaaaacaaaaatatgaatttgGAATATCTCTTAGAATATCAGTAGAAATCAATGCAAAATGAAAGATAAATTAAGGCAATAAAACTGTTATTTGGTGCCATTACATATGACcttcttttgttttataaaaatctTTATGAATATGTTATTAATCACTTTACACCTCTAAATGTTCTGGTTCAGATGATGACATATCGTCTTATTTGGCAGAGATCTCCCTACCAACTATTTCAGAGGTGGATCACAATATTTTGAATGCCTCTTTTACCCATGATGAGGTGTGGGAGGCTATTAAATCAATGTCTTCTGGTTAATCACCAGGCCACGATGGATACTGAACTTTAAAAAGCATTCTGGCCTGAACTAAGTCCCATATTGATGCCTGTTATCAATGATgtgtcaaaataaaacataattcatGAGACATGAAAAATGGCTTCTGTCAACTTGGTtttaagaaaggaataaaatccACTGGATTGTTCTTCATACTGGTGATCAGTTTACTCACTGTAGATTTTAAGATTATTGTGAAAACACTGACCTATAAATATTTGGGCATTGAcaaagttactgttattttaGCTATCTACCAAAGTATATTGGAGGTgaaattatgtttaaatgtatttaatttaaggatatttatttaatgaattaatttaaaggTATCGGGTAAACAGTGTAGAGCACTTTTATGAGTAATTCAACAAACTAACACATTATATATCCATAGATTTCACATTGTTATTGTAACCCTGTAAACCTAAGGTTAGGGTTATTTACCCTACCTTTACTGCAAtacttttactttacttacttttacATTACTAAATTAGAtatagtattattttaattatctaTTTACTCTATTTTTACTactgcttattattaatttatttttaatattttgtactGTTTACTTTTGTACTGTTATTTTCGTCCTTCACTactataatttatttcattattatttgcctattttattattgactatattttctttctttatttctatttttacttCACACTTTAGGCAcattgagctgcattttaaaatatctaaatgGTGCTGTCTAAATagttatttgtaataataaaaacctcTAGGACTACTGCTACATTATAGCTACATAGGCGTCCACATCACAAGTTTGTTTTCACAAAGATGATCAATGAATCAGTGTTTCAGAGATAAGTGGTGCTTTACACAATACGGAGGAGTAACTGACAGAACCCACACTGCATTTGTTGCTTCATTAGACAGCAATTTATTACAATCATTTATAAGAGAGTTTATTCAGTCCTATTGCAAGGTGCATGGTACTAGagatgtttacagtgttttgaGTGGTGCATGTGCCTATAATGTTGCACAAATTAAGTCTATGTGAGTATGCATACAATTTGCACACTGCTACCCTGCTATAAACACTTGTCAGAACCACCTTGTAgctccatatatggactcaaagacacacccctaaaacatttctaagtAGACATAGTATAGTGATTGTATTCaaagtttttctttctgaaatatCTTGTtatatgttaaaaatgtatatgtctaatttattttagttagctggctaaaattagcagtgaagattatgaacatttatgaacaaATTCTCAGAAATTCTGTCAGGTTACCTCATGTTAGCCATCTAATGTTAACAgtaaatattttgaacatttatgAGTAGGTTATGACCTAAAGATCTTTTAGGTCAAAGAAATCTCATCATGTAGGCTAGCTAATTTAAGCAGTTATCTGAAGTATGCTAAAGCATAGAATAGCAAGAATAGAATGTTAGCAGTAAAATTTGTAAGGTTAGtgaatgctagctagctggctaatgtaATCATTATAATctgtaaaaattattaaaatcatctcGATTAGCAAACATTAGTGAACTAGTTATCTATGAAATTAACTGTGAAAATTTAATAGTATACGTATGTAAATAACTACTTGAAAACGCCTATAcaatcatgggaaaaagaaagtacgctctcctttaattctgtttttatttatcagagtctaaataacaattgtgtggtcctcaccaacttctttaaataaacaaataaataacctcaggtgacaaaaaaaagcagatttcaatatgtagtcattttctaGATAGAAACctggtgggggaaaaaatcacaatCATTAAAAGAGTAATTAGTAgtcaggtgttactaatgaaatgcacaggAGTAGTTGATCATCAAGAattgtgactacctctataaaaacagaactttttgcagtttggtgttctgaaGCAGTCAGGTATGTGtgtacatcatgccaagaaagGACATTAGCCATGATCTCAGAGAAGCAGCTGTTGCTGCTTATCAATTTGAGAAAGGTTATAAGGCCATATCCAAACAATTTgtaattcaccattctacagtgagaaggactatttacaaatggagaaccttcaagacagaatatggcagcatgacttgcaaaattgcatc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Function

GO:

id name namespace
GO:0016740 transferase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko00140 Steroid hormone biosynthesis
ko00340 Histidine metabolism
ko00830 Retinol metabolism

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU251138 lncRNA upstream 424164 16153616 ~ 16154250 (+) True G212030
TU251137 lncRNA upstream 424861 16152255 ~ 16153553 (+) True G212029
TU251141 lncRNA upstream 429872 16146379 ~ 16148542 (+) True G212033
TU250953 lncRNA upstream 738414 15839772 ~ 15840000 (+) True G211856
TU250935 lncRNA upstream 872413 15705749 ~ 15706001 (+) True G211838
XR_004579398.1 lncRNA downstream 27866 16612197 ~ 16613446 (+) True LOC117598846
TU251289 lncRNA downstream 27922 16612253 ~ 16613345 (+) False LOC117598846
XR_003402954.2 lncRNA downstream 63030 16647361 ~ 16649303 (+) True LOC113528544
TU251333 lncRNA downstream 86328 16670659 ~ 16688548 (+) True G212210
TU251321 lncRNA downstream 92132 16676463 ~ 16695790 (+) True G212201
XM_026916132.2 mRNA upstream 28500 16545642 ~ 16549914 (+) False LOC113527936
XM_026916115.2 mRNA downstream 195445 16779776 ~ 16808650 (+) True cfap70
XM_026916118.2 mRNA downstream 195445 16779776 ~ 16808650 (+) False cfap70
XM_026916116.2 mRNA downstream 195445 16779776 ~ 16808650 (+) False cfap70
XM_034310078.1 mRNA downstream 195445 16779776 ~ 16808650 (+) False cfap70
XM_034309870.1 mRNA downstream 224544 16808875 ~ 16819268 (+) False hmox2b
TU251142 other upstream 433030 16140330 ~ 16145384 (+) False LOC113527983
TU251011 other upstream 609655 15918217 ~ 15968759 (+) True G211913
trnar-ucu_8 other upstream 765083 15813242 ~ 15813331 (+) True trnar-ucu_8
XR_004579399.1 other upstream 3085564 13475828 ~ 13492850 (+) False zgc:158403
XR_003402925.2 other upstream 4389825 12158706 ~ 12188589 (+) False arhgap17b
TU251743 other downstream 502960 17087291 ~ 17109275 (+) False srl
XR_004579361.1 other downstream 1599688 18184019 ~ 18341937 (+) True LOC113528485
TU252614 other downstream 2330395 18914726 ~ 18919872 (+) True smim22
TU252615 other downstream 2330395 18914726 ~ 18919872 (+) False smim22
TU252829 other downstream 2559743 19144074 ~ 19145240 (+) True G213491

Expression Profile