RNA id: TU134699


Basic Information

Item Value
RNA id TU134699
length 4018
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id G114103
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047601.1
NCBI id CM018547.1
chromosome length 30450434
location 12518655 ~ 12522672 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

aaaaaagtatggaatcactcaatgttgaggaaaaaattatggaatcatcaacaaaaaaacacaattagtactttgttgctcctcctctggcttttatgaCAGCCTGAATTCTGTGAcgcatagacctcactaatgaaaaacaatattctccatcaatctggttccaattttctcgaatagcagttgacagatcagctttgcaggatGGAGCCTTATCATagaccagttttttttaatatccaccataaattttcaattggattgagatccggactgtttgctggccatgtcactgagttgatatgcctttcctgtaGAAAAGCTTTAACACtctttgctctgtggcaagaagcattgtcatcctgaaaaattagtTCATCACCAAActtattttctatggatggaatgagaaaagtgTCCAAAATTTCAATGTACACCTGTGCAtagactgctgaggtaatgactgccatctcccctggtcctttactTGACATGCAACCCCATATCATAAaggagttgggaaatttgattgttttcttcaggcagtcatcttcaTATGTTTCgttagaacggcaccagacaaaagttccagcatcatctccttggccagtgcagattcatgattcatcactgaatatcactttcatccaatcatccacactccatgactgcttctccttagcccattgtaaccttgttttcttctgttttggtgttagtgctggttttcgtttggcttttctatatgtaaatccCATctcattcagccggtttcttatagttctgtcacaaacattgactcctgtttctGCCCATTTGTTTTTTCAAGGCATACTGCTTTCAGTTTTCTATCCTGACGCTTTGACgtcttccttagtctgcctgtatgttttccttttataaccttcccattaagtttatatttgcaccaaattttagacacagctgactgagAGCAACCAACTTATTTGGCCACACTCCGcattgaaattccttgttgaaggagttttataatccgttccattgtttcaactgacaactctctcgttggagccatgtttcctttcaaatagccaagtccaacagctCGTTAaggtgtgtaagcactcccttttaactgctgactaaTTAGCATTTTAAGACTTGTCCCGGTATTTGTTTTAGAAGTGGAAATTAAGAAAGGCATGAAAATTAAGATGATTCCATAAtattttcctcaacattgagtgattccaatGCTGATTCCAagttttcctctacttgatttggaaaaagacatgccattaataaaaaaactgaatttgtcagtgaatttttttgatgtatgtttcacaaagccagaatgttaagctattgaacaaaacctttctgtgtcatatctgtgatttatttgtttgctataaagtaaaaaagctggatgaacatcctctaagtgtggtgattccataatttttgccaggggttgtaatCATTCCACTTCCTGACTTCACTGACGCCTTCACTGACCAGCTGGGGTGTTGGTTTCCTGAGCCATCCTGCCTGGGTGACCAGTGTCTGGCTCCTGACTCTTCAGAGGATATCACTATAACTCCTGGCACCACAGGCACCACATTCCTCTGTCTGCTGGCTCTGCAGAAGATGTTGCTCTGTCTCCACAGGAAGTGGTGGCTCTGCTGCCTGGGTTTGCAGAGGGCATCAGTTCAGTTTCAGTCACCAAGTTTTCAATTCCCCTCTCTCAGCGAGTACACCGCACACTCAGGGATGGAAAATgcactgagaaattatacttataagtgaaaatattatatataagaattataaaaattatatatatgtgaaaGTATAGATCATGTGTCAAAATCCTAGTAAATCAAAAGTGGAATcagttgctacttttaaatgggCTGTGTacttttgtgttcattcattatcatatttttaaactgaaatgaaaaaccaaaaatgatttttaaaaatggtataatagcaattattaaaataataaaaaataataataactaaaaattaaaaataattgtttgtttttcaaaatatttggaattttggaaattcattattcattatctcctttctctttattaattaaattaatttgctGAAATCATAAattgcaaaaatgaaaatgtaatgaaaaatattgaatCTACAAATTGTCAAGAGTAGGTCTATCGCTAGGCTGGCTAAATTTTCAGATGAAAGTATGAATGCCAGCAGCTAGAGATCATGGCTTCACTTGAATCATATTAATGAAAACCCCAGTGGGCAGCCACATGAGGCCTTTTCTGGTTCAATATGGGCAGCCCACACAGGACATTTGGTGATTTTCTCATTGGTGTCACATTGGCCTCATGACACTGGCCTCATGTGGGCTGCCAACAATGGTTATGCTCCAGCATACGCATTTACGCAGTCAGCTGACGTTCTGCATTTTTCTATGTTATTACAAATGACCCTCAAAATAATTTGAGATAACCAACAGAATATAAGtaaattaatacacacacacaaatttgtgGGATGGGCTACAGCCTGTGGAACCCTCATGGACGGTCATCCAAGCCCAGGTTACTCCAGCAAGAGGACGACTGGAgacaaattttatatatatgtatgtatatataaaatgtaggTAAGTGCACCCACTAAGCCCATTTACTCTTTAAGACCTCTTTCAATGTTGACAaagtttaaagaaagaaagaaagcaaacgTTGTTTTAGCCAGCTTTGCAATTTGTTACTAGATTGATGTTTTTGTTGCATGCAGATATCAGATTAGCCAGTATTGAGTGAAGACATGCAATGTGCATGCAGTCCCTGGTGATCTTGAAGAGAATAACAAAATCTTTGCTGTTTAGCAGCTACctaaaaaaagtgcattttcagCTATTCCTGTGGTAAATAATGTAATGGCATGTAAAATAGGGAGATTAATGCTTTGGTTTATGTATATGatgtaatgcttttaaaaataaaataattaacgatTTAATACTATTTCTTGTCAAACAGAAAATGAGGCCAGAAAATGCTAACTTGTTTTCCAAGTTAGCTAAGACACTGGAATAATGTCGTGTACAGTCTAATTTGTTTCATATAACTCTAGTTAGAAATAAACTATAATGTTTCTATTATGTttgatttaaacaaatatttttataaatcagcattttttttcccacgtGGGCTTAAATGGTACAGTGGTACATGAAGTATGCTCTATTTAACTGACTttaaatgagaatttttttttttttttcatattatttggAAAATAGTTAATATGTTTCAGTCCCCCTGGTAAATGTGTGCgcttgaaatgtattttttaaataactttcaCAGATAAAGTAGTATTATAACTTTTTCTCTAATTATTATAGCTGTCCCATTTAAGCCTAGTTTGTTCCTTTCAAGCCCACTTGAGCCACTTCCTTTCAAACTTCTATGCATTACTGTATAGGTGATGTTAACATCACCTAATGTGCACTATTCCTTTACTTACAGAGAAATTATAGTAGCTGTCTAAAAATGGTAGAAggcgtaataataataatagtaaaaaaaaaactttagacccttgcaaaaaaatatgaagaaaataaggAGTCAACAGGAAGTCATTTAGGGCAAGAGTGAAGGTGTAGAGAGGCATTGCAGGAAATGGAGACCTGCATATGCTGGTATACCTCCTAGCTGTAAAAAGGGGAATTTCAGACTGTCTGGAGGtggtctgtaaaaaaaaacaacaaaagttgAGCTTTGTTGTGATTTGCTGAACGTAAAGTTAactaaaattaattacaaaaaatggAAATACTGTAGTGGCCAAATGGACtgattttccttcttcttcttgattATACTGTAATGTTAACAAAATTTTTGACAAAAAATGCAGAAGATGAGAAAAGAAGGTTCATTCTCTTCAAgtactggaattttttttaattcaagtgaaatttcacacacaacagtctctagagtttacgcagAAT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU134689 lncRNA downstream 4033 12512829 ~ 12514622 (-) True G114096
TU134688 lncRNA downstream 6302 12509870 ~ 12512353 (-) True G114095
XR_004578438.1 lncRNA downstream 14685 12501180 ~ 12503970 (-) True LOC117597691
TU134584 lncRNA downstream 139162 12379277 ~ 12379493 (-) True G114001
TU134537 lncRNA downstream 140875 12377313 ~ 12377780 (-) True G113961
TU134774 lncRNA upstream 42076 12564748 ~ 12564968 (-) True G114169
TU134781 lncRNA upstream 49675 12572347 ~ 12589625 (-) True G114176
TU134788 lncRNA upstream 142082 12664754 ~ 12665071 (-) True G114183
XR_004578426.1 lncRNA upstream 154296 12676968 ~ 12689365 (-) False LOC117597685
XR_004578431.1 lncRNA upstream 155173 12677845 ~ 12689354 (-) True LOC117597685
XM_026940609.2 mRNA downstream 13845 12500940 ~ 12504810 (-) True timm8a
XM_034305792.1 mRNA downstream 25856 12437839 ~ 12492799 (-) True btk
XM_026940795.2 mRNA upstream 4819 12527491 ~ 12549282 (-) False atoh8
XM_026940794.2 mRNA upstream 9966 12532638 ~ 12549281 (-) True atoh8
XM_034305621.1 mRNA upstream 13013 12535685 ~ 12549293 (-) False atoh8
XM_026940457.2 mRNA upstream 58784 12581456 ~ 12662949 (-) False spdl1
XM_034305918.1 mRNA upstream 58785 12581457 ~ 12662947 (-) False spdl1
TU134690 other downstream 461 12516358 ~ 12518194 (-) True G114097
TU134687 other downstream 13854 12500971 ~ 12504801 (-) False timm8a
TU134600 other downstream 94598 12423728 ~ 12424057 (-) True G114013
TU134534 other downstream 156383 12332756 ~ 12362272 (-) False G113959
TU134531 other downstream 168127 12321331 ~ 12350528 (-) False G113959
TU134829 other upstream 172099 12694771 ~ 12695509 (-) True G114215
TU135100 other upstream 1024840 13547512 ~ 13550775 (-) True G114460
trnae-uuc_1 other upstream 1686244 14208916 ~ 14208987 (-) True trnae-uuc_1
TU135547 other upstream 1697644 14220316 ~ 14221855 (-) True G114873
trnav-uac other upstream 1945881 14468553 ~ 14468625 (-) True trnav-uac

Expression Profile