RNA id: XM_026940478.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_026940478.2
length 8632
RNA type mRNA
GC content 0.45
exon number 26
gene id LOC113542752
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047601.1
NCBI id CM018547.1
chromosome length 30450434
location 10175648 ~ 10223540 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

tccttcctcctaCTATGGGAAGACCCTGGTTTAGGCTGACGGAATGTGGCTGGCATTGCGCATGCGCGCGCAGAGCCCCTGATGGCGATGTAGAACGGCGAGCTCGGGAATTCACCTCAGATGTCCCCCTGTTTCAGCCGAGCAGAGCTGGTGCTGGGGATGAGCGCAAACCAGCAGGCGTGCGGAATGACGAGGATCTCGGGGACGCATTAAAATCTGGGAGTGGGGCTTCATCAGCAGCTCGTCTAATCACATGCGAGCTGCGTCGTCCATGTCTTCTCCGTTCCGGCACTATTGCGGAGTTGATGTCAATGAACGCTCTCTTCAGCTATGATGACAGATCAGCACCTCCCACTTTTGGAGGCCACGCCCATGTTGGCTGAAATGCCCCTCCACCCGCACATGCTCAGCCGAGACGGCATGCAGCAGATGGTCCTGGTGCAGGTCAATCCAGGAGAGACATTTACTGTACGCACAGACGATGGCCAGATTCAGTGCAttacaggtccAGCGCAGGTGCCCATGGTGTCCCCTAATGGCACCGTGCCTCCCATTTTTGTGCCTCCAGGTTACATATCTCAGGTGGTGGAGGAGAACGGCATGTGGAAGGTGCTGGTTCTGCCTCATACGATGGAGTTTCATCCCTCGTTACCCCCTGTACCTCCACATCTCCCACTGTACACCCCGCCACAACCAGCCATGCTGCACCACCCACACTTTTACCCCACCGAGCTCTCTCCTCACTACATTCACCAGCTGCCTGCGCTTCCTGTCTACACTGAGCAGGACATGATGTGCCACAGTGTGTCAGTGCCCATTCGTGAAGAACGTGCAGTGAAAATGCAGGAGCAGCTACAGCGGAGGCTGAAAGGCGGACATCTAGGTGCTGCTAACGGCATGCCACTCACCCACAACGGACATGGCAAAGTCCGGACAGGCATGGCTGCCTCTCCTACACCACCACGTCTTAAACACTCAGTCCGGAACAGAGGCTCCCCCCCAAGTGACTACGAGGTTAAAGCTGCAGATCCAGAAGAGGAAATGAGGCGAGTGCAGGAGCTGCTATCTGCTGTATGCAAACCAGCAgTGGGCAGTGTCACGTCACACTCTGCAGTTCTCTCCTGGCGTCCTCCACTCCCTATACTGTCAGAAGCAgaaacacacttacactcacaccCTGCTCTGCCGCTCAGCTACGAGCTGGCCTTGTCTCAGAGTGGCACAGAGGGAGATTTCAAACTTGTGTACCAAGGGAAAGACACTACATGTACACTGGGAGAGCTCAGACCTGCTACACACTACTACGCCAGGGTGTGTGTGGCGTGTAGGTCGATGAAGGGAGCCCCATCAGAGTGTGTAACTTTCACTACACTGTGCAGCGTCCCAGACACTCCTGCAGTCCCCCGATTTATCCAGCACACCAAGAGCTCCATAAGCCTTCAGTGGAGATCACCCAATGACAATGGCTCAAAAATCACTGGCTTTTGCTTGGAGTACCACGAACAGGGAAAACAAAGTGCATTTAAGGAGATTTACAGTGGCCTTGCCAAGCAGTACAAAGTTGTGCACCTCATGCCTTCAACAAAATATGCCTTCAGACTTGCTGCTAAAAACGATGTAGGAATGAGTGCCTTCAGTGCTGTTCTGAGTTGTTGCACAGCCAGCTGTGTCAtgtctcctcctgctcctccacctccacctcgtCTGGTGGAGGCTGGCGTAACATGGCTGAGTCTAGAGTGGAGCACCCCCTGTGGGACAGCCAGCCGAGACACACTCTCTTACATTCTGGAGATGGAAGAGATTGGATCGgGGTGTGGCTTTCAGCCAAAGCATAGAGGAGAGGAGCAATCATGTATAGTGAAGGAGCTCAGGCGATACACCTCCTATCGATTCAGGGTGTCTGTGGCTGGACCAGAGGGTCACACTGTGTCTAGCGCAGTAGTGGACTACAGAACACTGCCAGACCAACCAGGCAGCCCAGGAAAACCATCACTGCAGGGTTCTGTACAACCGCACAGCCTGCATGTTGTCTGGGAGGCCCCAGAGGATGACGGAGGCTCGCCGATCACTCTATATATACTGGAACTCAGTCAGAGTGaccaCCAGTGGGATGTCGTGTACCGTGGGCCTCTCagacagcatgtgtgtgagggGTTGCAGGAGGGGAGATGGTACAAACTGCGGGTGTACTGTGAGAGTTTGGGAGGTCAGAGTCAGGTGTCGGAGAGTCTCTGCGTGCAGATGGCTCCTCTGCCTCCTGGACCCTGCCAAGCCTTGCACCCTGCAGAGGGAGCCACATCCTCAGAGATTTCACTATCCTGGGATCCTCCAGCGTGTGACGGCGGGGCAGCAGTGTCTCAGTACTGTGTGGAAATGGCTCAGTCAGTGGGAGACTCTCAGCAGCAGGTTTTCCAGGGTTCAGATCCCTTCTGCACTGTGGGCCAACTTCTTCCTGGCACAGCGTACCTGTTCTGGGTGAAAGCCTACAATGCAGCAGGGtggGGTCCCCTGTCAGATGTGTGCCAGGCTTCCACGACACCAGGAGCCCCAGAGCAGTGCAGTGTCCCAAATCTTACACTAAGCACTTGCAGCAGTGTACTGGTCACCTGGGAGAGCCCAGCCTGTAATGGGTCAGAGGTGTATGAGTTTCAGATGGAGTGGGGTGTGGAGGAAAGTGCTCTGGAATTACTGTACTCTGGTTCTTCATCTCAATATGAAGTGAGAGAATTGCAGCCAGCCACACAGTACTACTGCAGAGTGCGGGCAGTCAATGCTGTTGGGGCAGGCCTCTTCAGCGATGCTGCCACAGTACAGACCCCAGCCTCAGTCCCAGCAGCTGTGGAGCATGTGGAGGAGATTGGGACAGACTCCCTGGGTGCTGGGACAGCTCGCAGTACTGCTACCAGTCTGGCTCTAAGGTGGACAGAACCGAAGTGTCATGGAGCAGAGATTTCGGGATACAATATAGACTTTGGAGAGGAGCGCCCTCTGTCTGTAGGGAGGACTAACTACCACGTACTGGAAAATCTTCATTCAGACACTACATATAGGATACGAGTGCAAGCGGTGAATAGCATAGGTGCTGGTCCCTTTAGCACAGTGCTAAAGCTCAGGACACGACCTTTGCCTCCTGAACCCCCAGTGCTGGAGTGTGTGGTGGCTGGACCTCAGAGTTTGAAGCTGAAATGGGGAGACAGGCTTCAGAACAGTCACGGCACACACTACTGTTTGCACATGCAAGCCGCCACGGACAGGTTGGTTTGCATCTACAGCGGCCCTTGCCATACGTTTAAAGTGCAGCGACTGTGTGAAGCTACCGAGTACCAGTTCACCATTCAGGCTCACAGTGCAGCAGGAATGGGCCCCCTCTCTCCTCCCTACATATTCAGCACCACCCGCTCTCCACCACCTCAGCTCAAACCACCAAAGGTTGAACTGGTGGAGTGGAATAGGTATACAGTCACATGGGAGGCGCTTCAGGCAATGAGAGGAGACCCAATTGTTTATGCACTGCAGCTGCTGAGGGGCCGTGAAGTGGAGCAGCTGTATAAGGGCTCTGGAACCTCATACACATGGCATAACTCCACAGCGAGTAGCATGTGTCGCCTGCGTGTGTGTGCCGGTCGTCGGAGCACAGACGGTGGAGAGCTGTGGGGTCAGTGCAGCCTCAGCACGGCCCTTCCTGCGACTGAGCCACCCAGAATCACAAGCTCCCACAATCCCCAGCCCAAGAGGAGTTGGTCTCTTGCTGATGAGCGCTTTGCAACTGTTCTGCTCCTCGGCTTTGTCATACTGGCCATCCTGTTTGCCGTGTTAATCCAGTACTTCATCATCGAGGTGCAATGAGGGAAGAGGAAAGGGATTAGGTGGAGGAagggaagaaagaaataagatagaggaaggagaaagaaaaaagcggCGTGTTAGAGCAGAGCAGGCCTCGTAGCACATAGCCGCCCTGGCTAGCACAGAACATTTTGCAATGGTCAAAgcccaattattattattattattattattattattattattattgttctttttttaatgactatTAATGCATGGAGGAAAGAAATCTATATATGGCATCAGTAGGTACTTTGTTGTGTAAACTGTGACGAATGGGACTTCAGTGTGCCGTCTGCGTACTTTTTAGAAGGTTACTTCACAGTTTTGgccagattttattattatttcatatgaaTTCGGATTATTTTTAGATCACAGAAACTTCTCTAGGCATGGCCGATCACTCAGTGCTTTGGTGAGCTTGGCTGGTATTCGGTACACAGCAGCCTTATCTGAACATTAAAGGACCTCATTCTCAGTCTGGAAGTCATGAGACACCCTGAAACACCCCTGAGGATTGTTACGTCACTGAGTTTATGTTGCTTTATAAAAATGAAGTCTTATGGGCTGAGTGCTTTTCACTGCCTTAGAATAATacgagggttttttttttttttttttttttgcgcataTATCATGTAGGCAGTattccaatttttattttatttttttccagtatCACAAGTGTTAAAAGGGAGACAGTGCCAAAGCTTTCATAGACATATACAAAAGAGCATACTCATACATGACTGGAGTCTATTGTACTCTCATTTGCagataagaaatattttttatgttaaagaATTCATAACATCATAACCACATTATacataataattcattcatttagctGAGACATTGGGAGAGCTAGATTTTTACGTTCTGCTATCACCAGTGTGTTCTTATATGATAGACTATACATGCATTCTAGCTATGTTCATGTACATACAGATATGGCAGTATTGCTTAGATAGCCTATATGGATATGCATTTGTTATAAATGTCTCTATTTAGCTCAAACTGAGCAGTGTAGTCCCTTTCTGATTTCTGCTTTTGgtgaagagttttattttacaggTTTCGTTTAACAGTATATGTTCTCAGTTAATTTGTAATGAATTCTCATAGTTATCCAGCAGTTACAGATG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU132886 lncRNA downstream 172656 10002779 ~ 10002992 (-) True G112473
TU132869 lncRNA downstream 204999 9970377 ~ 9970649 (-) True G112459
TU132863 lncRNA downstream 208205 9965785 ~ 9967443 (-) False LOC113542827
TU132864 lncRNA downstream 210310 9964707 ~ 9965338 (-) True G112454
TU132856 lncRNA downstream 211669 9959642 ~ 9963979 (-) False tmsb1
TU132995 lncRNA upstream 404 10223944 ~ 10224651 (-) True G112569
XR_004578481.1 lncRNA upstream 11279 10234819 ~ 10241509 (-) True LOC117597733
TU133096 lncRNA upstream 130165 10353705 ~ 10353904 (-) True G112651
TU133142 lncRNA upstream 222109 10445649 ~ 10445952 (-) True G112689
TU133143 lncRNA upstream 224859 10448399 ~ 10448613 (-) True G112690
XM_026940637.2 mRNA downstream 3678 10158692 ~ 10171970 (-) True rraga
XM_026940573.2 mRNA downstream 45332 10120276 ~ 10130316 (-) True LOC113542803
XM_026940644.2 mRNA downstream 70416 10093796 ~ 10105232 (-) True sybl1
XM_026940606.2 mRNA downstream 100033 10072171 ~ 10075615 (-) True rhogd
XM_026940551.2 mRNA downstream 182916 9981134 ~ 9992732 (-) True prps1b
XM_034305889.1 mRNA upstream 1581 10225121 ~ 10233471 (-) False cysltr1
XM_026940480.2 mRNA upstream 1581 10225121 ~ 10229783 (-) True cysltr1
XM_026940490.2 mRNA upstream 103241 10326781 ~ 10334540 (-) True LOC113542757
XM_034306187.1 mRNA upstream 160771 10384311 ~ 10397034 (-) False LOC113542679
XM_026940344.2 mRNA upstream 160771 10384311 ~ 10397034 (-) True LOC113542679
XR_003404336.2 other downstream 582323 9587828 ~ 9593325 (-) False si:ch211-153b23.4
XR_003404370.1 other downstream 1693585 8481995 ~ 8482063 (-) True LOC113542950
TU130424 other downstream 4347090 5826230 ~ 5828558 (-) True G110290
TU130314 other downstream 4377712 5793847 ~ 5797936 (-) True G110204
TU130235 other downstream 4486809 5687579 ~ 5688839 (-) False zgc:113229
XR_003404347.2 other upstream 1036569 11260109 ~ 11325468 (-) False LOC113542749
TU133937 other upstream 1135598 11359138 ~ 11359579 (-) True G113398
TU134062 other upstream 1388433 11611973 ~ 11612569 (-) True G113516
TU134224 other upstream 1595338 11818878 ~ 11858016 (-) True G113674
XR_004578392.1 other upstream 1885304 12108844 ~ 12112201 (-) True LOC117597634

Expression Profile