RNA id: TCONS_00002850


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002850
length 266
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_000394
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 33517802 ~ 33518823 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTTCTCTTTAATCAACAAATGGTCCATACATCAGGCATTTTAGGTCCATACATCATGCTCAGTGATAAATGACCTTATTTAATGTGATACATTGATGTGCTGGGAAAGAAATATGTGGATTGATGTACGACTGGCAGACTGGCGTTAATTAAGATGTGCTCCCATAAATCCTACTCGGTCCTGAACACACTTCAGAGCAGCGGAATAACCCTAGATTTAATGGATTTAACCCATGCATGATGCAGAAGCACATACATTTATACTGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000651 lncRNA upstream 1499687 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002849 lncRNA upstream 1505424 32011880 ~ 32012378 (+) True XLOC_000381
TCONS_00003083 lncRNA upstream 1506008 32010262 ~ 32011794 (+) True XLOC_000380
TCONS_00000637 lncRNA upstream 1996830 31519239 ~ 31520972 (+) True XLOC_000371
TCONS_00002846 lncRNA upstream 2158483 31354585 ~ 31359319 (+) False XLOC_000370
TCONS_00000683 lncRNA downstream 178518 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00003084 lncRNA downstream 712780 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA downstream 712915 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00003085 lncRNA downstream 931836 34450659 ~ 34454447 (+) True XLOC_000408
TCONS_00002852 lncRNA downstream 1338545 34857368 ~ 34859323 (+) False XLOC_000414
TCONS_00000669 mRNA upstream 30427 33383644 ~ 33487375 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000673 mRNA upstream 31868 33401774 ~ 33485934 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000670 mRNA upstream 31870 33383971 ~ 33485932 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000672 mRNA upstream 31870 33401774 ~ 33485932 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000674 mRNA upstream 49410 33401830 ~ 33468392 (+) False XLOC_000393
TCONS_00000676 mRNA downstream 39732 33558555 ~ 33569245 (+) True XLOC_000395
TCONS_00000677 mRNA downstream 115363 33634186 ~ 33635304 (+) True XLOC_000396
TCONS_00000678 mRNA downstream 128859 33647682 ~ 33663705 (+) True XLOC_000397
TCONS_00000679 mRNA downstream 149413 33668236 ~ 33684216 (+) False XLOC_000398
TCONS_00000680 mRNA downstream 149421 33668244 ~ 33694795 (+) False XLOC_000398
TCONS_00000675 other upstream 62570 33401858 ~ 33455232 (+) True XLOC_000393
TCONS_00000663 other upstream 301084 33215241 ~ 33216718 (+) False XLOC_000390
TCONS_00000664 other upstream 301719 33215243 ~ 33216083 (+) True XLOC_000390
TCONS_00000661 other upstream 811575 32706109 ~ 32706227 (+) True XLOC_000388
TCONS_00000657 other upstream 1003698 32513989 ~ 32514104 (+) True XLOC_000386
TCONS_00000681 other downstream 164408 33683231 ~ 33693904 (+) True XLOC_000398
TCONS_00000684 other downstream 216195 33735018 ~ 33735134 (+) True XLOC_000400
TCONS_00000685 other downstream 448334 33967157 ~ 33967273 (+) True XLOC_000401
TCONS_00000688 other downstream 604057 34122880 ~ 34122972 (+) True XLOC_000403
TCONS_00000695 other downstream 881417 34400240 ~ 34400354 (+) True XLOC_000407

Expression Profile

//