RNA id: XM_026944750.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_026944750.2
length 8008
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 14
gene id sugct
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047595.1
NCBI id CM018541.1
chromosome length 35600603
location 27445558 ~ 27553506 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

GAGAGGACCGCTTTGTGGTAAACATGTCGCTGCTGTCTCGCTCTAAATTGCTCTTCAGTATTAAGAGACTAAGACCCTGTCTTCTTGACATGAAGAGCGGCTGTTCGTATGTCTTAAGGCGTTTCACGTCCGAGCTGAAAGGTATGAAGCAGGTTAAGCCACTAGATGGCATCAGAGTCTTAGACCTCACCAGAGTCCTGGCTGGTCCTTTTGCCACAATGATCCTGGGAGATTTGGGGGCAGAGGTCATCAAAGTGGAGCGACCAGggacgGGAGATGACACGAGAGCATGGGGACCTCCGTATGTATGTGAAGAGAGCGCTTATTTCCTGAGTGTGAACAGGAATAAAAAGAGCATTGCTGTGAATCTTAAAGATCCAAAGGGGACTAAACTGATTACAGAGCTCGCCAGAAATTGTGATATACTGCTGGAAAACTATCTTCCCGGTAAACTGGATGAGATGGGACTCGGctataaggatctgagtgaagCAGCTCCGCAAATTATCTACTGTTCCATCACAGGCTATGGCCAGACTGGACCCAAGTCACACCAACCGGGATATGACTCTATAGCATCTGCTGTGTCTGGGATGATGCACATCACAGGTCCTGAGGATGGGGATCCAGTGAGGCCTGGAGTTGCCATGACGGATCTGGCCACTGGACTGTATGCTCAGGGAGCGGTGATGGCTGGCCTGCTGCAGAGACAGCGGACTGGACGAGGTCTTCACATCGACTGCAACCTGCTCTCATCTCAGGTGGCTTGCCTCACTCACATTGCTGCGAACTACCTCAACGCTGGACAAGAGGCCAGAAGATGGGGAACGGCTCATGAGAGTATCGTCCCATATCAGGGCTTCAAAACAAAAGATGGATACATTGTTGTGGCTGCTGGGAATGATCAGCAGTTTGTCAAAGTGTGCAAAGTCCTGAACCTAAACAAGCTGGCAGAAAATCCGAAGTACAAGACCAACGCATTACGGGTTCAGCACCGCAAAGAGCTGCTGCAGCTTCTGGCTGAGAGgttctctgAGGAGTCCACTGCTAAATGGCTGAGATGCTTCGAAGGCACCGGAGTCCCCTGTGGCCCCATTAACACCATCCAGCAGGTGTTCTCCGACCCACAGGTTGTTCATAATGGCCTAATTGTGGAGATGGACCACCCAACTTCAGGAAGGATTGCAGTGCCAGGTCCTGCTGTCCGATTCAACAGTTTTGAGTTTGACAAGccagctccaccccctgtgATTGGTCAGCACACAGTCGAGGTCCTGAAAGGTATCCTGGGCTACAGCGATGATGTCATCAACCAGCTGCTGACTTCACGGACCGTCACTCAAAATACAGTTTACTAACGCCAGCGAACAAGGCATGGCCGAGTCCGCTCCCAAAATATGATCATACAGCCTCCTCTTACCAAATAAACACACTCGCACCTtaatgcacacgcacacacatatgcacaccgACATGACAGTGTGGGAGAAATATTGTTCCACCTCCCCAACTCAGTGGTTATGTTTTAGAAATTACTCGGCCAAAAAGGCCAACCGAAAGCAAGCCGCAAATGTAACATTAACAACAGAATGACGCATGAGGAGGCTCGGAGGGTCTGGCCTGCCAGTTGGCGTGTCCAGTGGAATGTGGTCTGGCTCCGTGACCTGCGCTCACATTCACATCACCTCACACTCTTCTTCCTGTTTTATTGATCAATAACGTATGCAGACTCCCTGCTGGATAAGCTTTCAAATCAAACCTTCAgtaatggaaagaaagaaaatctatTTCTCAGCTCTTTGGGCTGCCTCTTAAACTTCTAAGCTCAGTTTGCATCACCGTTTTGGCTAAATTTACAATCTTTGACTAAACATTGAGTCTAGAATGGAAATACCCTACAGCACATGTGGAAATACCCAACGGTAAATGATACACGGCACACCTCATACTGTTTGCCTAGTCTGAATTAAAGTGAAATTGAAATTGATAGTTTAGCACTCCACAAATTTAAGtggaccaaaaaaaaccaagcaGAGGACCATCTGTGACTGGAAACATAGTTTAAAAAGCCTTTTATCTGTTGATCACTTCTTGTAATTGGGTAAATCTCACTATAATAGAACTGCACTATGGTTCTCTTAGAAGCAGACAAAGATCACCTCTCATAGGAAGTGTTGGATTATGTCCAAGTGTGATTGCTGTTTTTATACCTCATTGAATTCATGGTTTAATTCAAACAAAAGAGTCATCTTAGTCATATGCTTTCGTTTACATTCAGAATTATTCCATGATTTAATCCACAAAACGTTATTTTAAAGCCCCTCTTAACTTTTTCATAATTAGTTTCTTATTGTTAGCTACAGCTTCTGTAGTGAATAtaccacaacatttttttttctgttaaatatttgGAGTTATATGCAGGACTATGTTTAGTAGAGGCGACGTCAGATCTAGGAAAGTACCAAATTAAATTTGGCCGAAAGCTTATGTCAGCTACCCTTTTACCCCACCTGCTGAAACTGAACTGACTGCTTTCCTTCTCACACAGCCTCTTTGTTCCTGAGTGTGAGCAAAACTGCATCTAATTCAAATTGTTTACCATTTTATATGCACTATTTTGTGTCATTAGCTTATGTGTggtaatagttttttttttagttaaacagTGAAAGAAGTGAGAATTAGCACAATGACTACAACTGAGATTCGTTATATTGTTAAATCTAAATTAattgtctgtctatttaaaacatttttataatactCATTACACGTGGGCACATTGAAAACCCAAGAGTATAGTTTCtggcaatgtttttttgtgattgtATGATAAAATCTCACAATGTTATAAATAGATCTTTGTTGATTTGGGTTAATTTGGTCTGCTACCAAAACTTATAACAGTCAATTATGAACAAGCCACTCGCCACTGCGTAATACTATAATCACAAGTTTAGTAATTGGAGCTGAGTGCACACTACACGATTTAACCTTGACTTCCCTGGTTTCCCAGTCCCCTAGCCAAGCAGCATGTAGTGTGAGTAGTTGACCAGCATTTTCTCAGCCTAAGGCGCcaatattttcaagcatgtttAACATTCTCAGCAAAGAATCACTTAGTGTAAATCCATCTGTGACTTGTTGCAAGAAGAGCAATGAAAAACAGCTAACGAGAGTCCAAGAGGAAATCAGATTCATCTGCTCCCATATACAGCGGATCAAATCCAGTTTATCAGTCAATTTCTGTAGGTGAGGACAAAATGTAAGCACAGTAATATAGCTTCTATAAGAACTTATTTGCCATGTCCTACTCAAATGGTTGTtaggaaaagcaaaaaaaatggcgTAATTCCTGCTGGTCCACAGCATAAAAATAGCTCCTTTTTTTGCACTGTatctccagttctctttgcagaacagacaatcctcACTGCCTGCATCTTCCCAACCAATATTTCCTccacattttctcttatttctcttttgtCTTGTTTCCACACAAAATATTGACAAAGTCACAGTCACATGTTGGACAGTTCTCATGTTTATTTTCCATGAGAAAGCAGGATTTGAGGATCTGGCATGCTTCAGAAGGGATCTTTTCAGCTAAAAGATTTTGTACTGTGTGCGTGCCTCGTCAGACACCGATCATGTAGTTTGCATACCACAAAACTATTTCTGagattctgagattttgaaagtCTGAAAGTCGTGTAGTGTGCACTCAGCTTTAGACTGACAATTTTGGCAGTTCTGGCCCGGGGGGGGGGGAGAGAGGAAGCATTTATCTGAGCTCATTGCACATCCCGGAGACTGAAGAATGCAGCATTTATGTAAGAAGTGTCAATGCAATAAAATGATATCGTGTCTTAACTTTTGCACTCTCACTACATCCAGATGTTTATGAACTGAATGAGCGTTGTTTGACTACACTTCACAATGATGAACTCAACAGGTGCAAGGTCCAAAAACACAACTCTGTTTGTTCAGAGGTTCAGTGGCTATAGTACCTCAGAGTAGAATGATTCAGTCCCTCAGGGGAATTAGGGTTGTTTCGGATGTCAGTAATTGCCAGATATTTTTCACGTCTGATTTCTTCCCGTCTGTTCTGCACAAATGACTTGATGTCAAACACAGACTGGGTCACGGCAGGACAGCATTATGAGTGTGACCACTATAAAGGACACACCACagaaaaagtttatttaaatccAGCCAGGAACTGTCATgtgattttattacatatgcAGCATGATTAGTCTTAACATGTGGTTTTGACAGAATTTTGTTTAGGCTCCACGTTGAAAGCTTTGAGTGGCTGAGTTTTGCTTTTAGACACCGTGAGAAGCAATTCTGCTCTGTCGAGAGCTAAAAAGGGAGTTTTCCTGAATGAGTCATCTGTTTGAATGGTTCCAGATCATTTCACTGGAATCACGTTTTAATAAGTACCCCGGATGAAGTACAGGTCAAATCATTATACGTCTACAGACATGTTTTTGCACTTTAAGAttctttaatgtaattttattggGCAATTATAAGAGATAGGTCCCAGATTCTGGCTGTAAAatattgtgtttaaaattaaaagtaaaaagttatgaaaataTAACTTTGcatattcttaataataatagtatagaGATAATAATAGTATGTACTCTACTTTTGAGACTCGgaccctacattcacactagtaAGCAACAAGTTGCATGTAGCTTGTCTACTGTTATTGCTTGTGGGCGTGACCTGTCCAGAGATTTCTTTTAGTTCCGATGAGAAATGGTAgtagctatatacagtataatgtagCTACTAAAGTATACTAGTGTAACACAAATTAtataatgcactaatcagtgtgtaAATTGGTTATTTGAATCATTCAAAATAGTTGTTTTGATTTGTCACTTTGGTGCATTATACTTAATTCGCTTGGAATTGAGAATCTAATTTCAACTGTTTGTTGCgctgtcactgaaatcacaggACTT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K18703 SUGCT; succinate---hydroxymethylglutarate CoA-transferase

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU18373 lncRNA downstream 56749 27386291 ~ 27388809 (-) True G15528
TU18346 lncRNA downstream 67398 27377345 ~ 27378160 (-) True G15506
TU18263 lncRNA downstream 324056 27121186 ~ 27121502 (-) True G15438
TU18178 lncRNA downstream 609080 26823235 ~ 26836478 (-) True LOC117598133
XR_004578839.1 lncRNA downstream 609080 26824042 ~ 26836478 (-) False LOC117598133
TU18705 lncRNA upstream 497302 28050808 ~ 28051046 (-) True G15840
TU18707 lncRNA upstream 531755 28085261 ~ 28086818 (-) True G15842
TU18720 lncRNA upstream 622178 28175684 ~ 28176846 (-) True G15849
TU18723 lncRNA upstream 652651 28206157 ~ 28206600 (-) True G15852
XR_004579059.1 lncRNA upstream 863610 28417116 ~ 28434542 (-) True LOC117598396
XM_026944823.2 mRNA downstream 126109 27309016 ~ 27319449 (-) True rmdn1
XM_034307628.1 mRNA downstream 424783 26850710 ~ 27020775 (-) False LOC113545483
XM_026944859.2 mRNA downstream 429373 26850710 ~ 27016185 (-) False LOC113545483
XM_026944860.2 mRNA downstream 429727 26850710 ~ 27015831 (-) True LOC113545483
XM_026944861.2 mRNA downstream 565136 26850710 ~ 26880422 (-) False LOC113545483
XM_026944835.2 mRNA upstream 238602 27792108 ~ 27795840 (-) True LOC113545464
XM_026944809.2 mRNA upstream 252308 27805814 ~ 27873609 (-) False ccny
XM_026944808.2 mRNA upstream 252308 27805814 ~ 27873609 (-) True ccny
XM_034308766.1 mRNA upstream 607171 28160677 ~ 28201075 (-) False pfkpa
XM_034308748.1 mRNA upstream 607171 28160677 ~ 28201075 (-) False pfkpa
XR_004578761.1 other downstream 933261 26466811 ~ 26512297 (-) False LOC113545420
XR_004578410.1 other downstream 1855855 25547034 ~ 25589703 (-) False cadm4
XR_004578411.1 other downstream 1855855 25547057 ~ 25589703 (-) False cadm4
TU16933 other downstream 2041252 25400756 ~ 25404306 (-) False G14258
trnar-ccu other upstream 691836 28245342 ~ 28245414 (-) True trnar-ccu
trnam-cau other upstream 692384 28245890 ~ 28245961 (-) True trnam-cau
trnar-ccu_1 other upstream 697550 28251056 ~ 28251128 (-) True trnar-ccu_1
trnar-ccu_2 other upstream 701989 28255495 ~ 28255567 (-) True trnar-ccu_2
trnar-ccu_3 other upstream 702739 28256245 ~ 28256317 (-) True trnar-ccu_3

Expression Profile