RNA id: TU117117


Basic Information

Item Value
RNA id TU117117
length 5903
lncRNA type intronic
GC content 0.40
exon number 3
gene id G98776
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047600.1
NCBI id CM018546.1
chromosome length 31307711
location 13129200 ~ 13135173 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

gccacatcacatacacattgAGATGGCTTATCCTGGGTGAGCTTTGGTAGGTAAATGGGTATACCGTTTTCCTCACTGGTGTGGTAGACGTTTACGGGTGAAGCCGCGGTTGGCACAGACTGCCCCTATGGCAAGCAGATGGGCACTGGGGTGGCCATGTGGCCCAGTATGAGGAGCCCTCCCCCCAATTAATAACTCGGGTTTTGTTCTAATTAATGGACACAATCTGCGGTGAGTTACAAAAAGGGTGTGTGATTGGTTCTTAAAAGACACAACATTTGTAGTCCAATTTTTGTTAGCTAGAACAGACTTTAATTTaattggtgtgtgtatgagagagagagagacagaaatagttgctgtttttttaatgccagtCCAACTCAATGTTCTAGTGACTAGTGACTGGTCATaagaaataatacattataacatcaatttttttttttttttttgagtgttacCTGGATTATGACTTGTGATCCAGATCAGTGGATCTGAACATGGGGTCCAGAGACCCCCAGGGGTGCATGAAGCATAgccaagatttttaaaaatttatttacagtggtgTTAATCACAaccaaagttattatatttatcattgagttttatagttattagcctttTTGGTTTAATTCAAACCTCACTAACTCAAAAACcagtagcctataaataatatcaggttggacctaatgtgttggACCCTATTTAAAAGAAAGCTCACGCGCgccaataaatagccagaatatttcAGTGCATGGATTATcttcataaattaaataaactctGTACTGAGGGGGgccatgaaatttattttaaagttaaaggGGTCCTGGCTCCAGAAAAGTTTGAAATCTAGATGACTGGATGAAAGATGGAATTGTCATTGTTTTTGCTACAGCAGATGTTAGTTATATGTGGAGCGTGCCTGTTATAACATAacctacacacactgacagtcaAAACCTGCTGTGCACTGGACCAAGAGCTCTTTGGCACTGTAAATGTGTTGGCCTGTTACAGTGAGTGCTTTCGAATAAAACCACACTTATGTCGACTCAGTGAAGCACATCAGTCATAGGCTAATTAAATATGTAGGCCTAACTGAGGCATGATGTGTCCCTATCTCCTCCAAACACCTTTCCTAATGTCTGGCAGCATCAGAGGTTAGAGGAGCACCAGAAGCTCTCCTCAAAAGATGGAGGTCAAACAGCAATGAAggttctgggttttttttttttttcggttgaATTCATGCTGACCTAAGAAAACAGTTCTTGGTTCATTTTAACAGCGATTATTTCTTTTGTGGCAAGTCATGATCTCAGTGCAAATAGCATTAAAAGCTATGATTATCAGTGCTAATGAGACAGATTTTGCTGCTGGGctcagagagatggagaaaagtAATAGAATGAGAGAGTACATGTTAGCGAAAGGGGAGAGAGCGAGCTGTGCTtatcaaaatattatttctccCAATTAATCCTGTTTTAATGTGTACGCGTGCAGCGCTTGGCCGGAGCATTGCTGTTTCATATCTGCGCTTTTCCCCTGAGTGTTTCATGCATTATGTAGCAATGATTATTACttaattacacattaataaatCCGCTTTATTTGCAGGACATTAAGGGAGAACGGGTGCACATGATGGTATAAAAGACACAGAGccctcctttcctttcctttccacAGTGTTGTTTACACTCGTTGAGATCAAATTATACCTTTAACCccataaagaaaaacagaagagtgGGGTTTGTGCTTGTCTTGACAAGGGATGGACAGGGATCATTTCCTCCTCATCTCCACATCTGTCTCCTCATATAGACCGACTCACTCAGTATTGAGtgctgaaatgtgaaaatgtaatcTCCAGCTTGTTATATCTCATTTACAAAGATCACTGCTTTAAGATGATGTGATTTGTGAGTAGATTTCCTATTTTGGGGAGTTCTCTCATGTTGTTGTAGATACCATGACAGGCATAGAGTTTGTGATACCGTATTTATCCCTGTTTCAAATTTTATTCTCTATATATGTTTTTGTTCATATGTCAAAATTGAATTCACAAGTATTTCGCTCTAATAGATACTATTTGTAGCTTGAAGCATAACaaacaaGACAAAAATTCTGCTATACTATAGTACAGTTCTTGAATTGACCCCAAGAAGAGGTTAAAAAAGACTCTTCAATTTGATGTCAGAAGTGTAGAAATGGTAAAAGTGATGCTGGTTTGTGTTTCTGGAAACATTTGGCTGTGATTAGTAAGAGATCTGTATCAACAAAAATCAAATTACAAAGGCTAATATAATGTCAAAGAGTTTACATCTGTTTTCTagttttgtagtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgagctgaagtGTAGGGCCATCTGGTTTTAGCATTAAATGGCTTTTTTATTGTCACCTAGACTTTTGCAGCCGTGCAGGACTTTCATTGGTCAGTGGGCTGTTATAAAACGCTGAAGTGAGTTAGCATGGAGCTGCATGTCCATAGCTGCACAGAGCAAGGAGCAAAAAACCTCCTTCCTGTTTTTAACATCATTATGGagtcccattttttttttcagcacgtGTGTTTTCCATTTTGTGCACTTATTTTCTGTTTGCCTTTATGTTTGCAAGTTGATCATAATGTAAGTCATGCATAATTCTACAAAATATGTGATTACTTTTGACACCgatcattaattaatcaaaatgatTTTTGGTAATGTGTCAATTAAGagattataatgtttatttgttattttgttctTCTTAaggttatgtgtgtgtatatatatatatatacatacattattttatttttgtttttttgtgtaatgGCCAACATAGgttaaaatacagaaatgttgCGGAAGAACCTTAAACATGAATTAGAAACcatttttattaatcaatttattcttttattgttcatttattaGTACCTCTTTGACCAGGCGTTTTTGCTTTCTCACTGTTTCCCTGCAGTGTGCCAGACCTAATTAAAAGCAAACCTAATTAAGAAACAGCAattcatttttgcattatttacatCAGACATGGCTCATCTATTTATTTAGGATGATAGTAATTGCATACATGAGCAGTTTTACATAATGTGTAACCTCCATAAGTGTTAAATTATGAAACGTAAATAAAGTCACTTACTCAGGAACAGAAAAGCgccaaaaaataaactttttggTTATCCATAATAAGGTCTATATAGTGTCAGATCTGAATCACAGTGATGTCACTGCGGTAAATCACTGTAGAAAGATTGTTAGTATATTATATGAATGCGAAGTTATTACTTCATTAGTTTTGGTATTGGTATCTGCCTGCATGAGATCTATACATATCAATATCTATCATAGCAATCCGAATATCAATATCTGTAATGTAACATTTAAGCATGGAGTGATTAGTCACAGTTCAGCAGATTTTCTATTAGCATAATTACATTGTCCTCTgtgaacattttagattttgttaTATCAGCATGTTACTATACATTATGTACATTCAGGTAATGAATTAGTGGCCTTCAGAGATTTTCTACTGACACCGATACTGTAGCCTAGTTTCTGCTGTAATGGAAGATGAACAagaaagttgatttttttaattttcactgaGTTCACAGCATGAGCCGTTTGTTAAACAACTCTTAAAAGTATTTCATCAAGACCAGGAGAAAATGTAATTATGCACAGTTTGACAGcagtggtgtttttttctcGCCATTACTGTTGCAATCATGATGAGTGGCACTGTTAAAAGTACAACTCTCTCCTTTGCGTTCTCTCAtgcacaattacacacacacacacacacacacacacacaaaaccacactgCAGCCTTACCCTTTTCCCCTTGCTGAATATGTGCCCAGTGTCATTAGCATTGTGGGGTAATTATGTTTCTCTTCTTGTACTACTTTTTCTTCTTAGTCTGTGCCATGTATAAAATACATTAGCTGTGTAACGTAGCATATGCTCCAGCTCAGGCTGTGTTTCTCCGCTGCTACGTCACCGAAGGCTGCTCCATTTAGAAGCCAATAAATGCAACGACATTCTAATAGTTTTTGAGAGGGCAACTGGCATAGCCAATCTTTTTCAACCTTTAGCAGCTGAAATTCTCTGCAGCTGTCTGAAAATTGGCAGAAAATGTTGGAAAGCGAAGACACAGGTACATCAGAGATCGAATTAAAATGTAAGTcgaattaaaattcaaatcatGAATGTTGAAATTAGTAGCTTTTGGTCATAACATAGTGATTAGTAAGATAAATGAAGTGCTAGCTGGTGATTGTCTATTTCAGTTAAACAACATTAAGCTTAGCAGTGTGATTGAGGAGCTGGAGCTTTCACAATGGCTTTGTTGTTTCAGACAGTCTTATTTCTTGTGAATAAATATTGCAGAGTAGCCTATAATTTGTCTCCATCCTTTACGTACTTTTATGTAGCTGTTGTTTTACAGTGACCACTTCAGGTTGGGAGGTTAGAGCATCAGACACTAGCTTGTACTGGAGGTACGAAAGGAGGGGGTGTCATCTCCCTGGTCTGTGGTATGTCTGCCAGTCACAACTCCTTATCTGCAGCTTGCCGGCTAGTTTTTTGTGCAAGGATCTGTCTTAATATAGAAGCTCAGCACAATGTGCCATTGCGACAGCTTAACTGTGCTTTATCAGTGAGCCTGGACTCAGTGGCCTGGAACCGTGGACTCGCTCAGGATCTGCTCTGCGTTTCTAAAGAGGAGGTGCCACTCTGGCGAGACTCGCTATTAATTCTGTTTGTACCCCCTTCTTGCCTGCCAACCATTGCTTCCCTTGTCCGAGGCTCCCTGAGGAGGCTGGCCGCTCTAAGACTCCGCATGCTGAAACCCGGATTGGGCTGCTGCATGGGGCAGATTAAAATGTGCTGGAACACCACTCAGAGAAAGACTCTCACAAATCTGCTCAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU117108 lncRNA downstream 100603 13027458 ~ 13028597 (-) True G98767
TU116922 lncRNA downstream 290658 12838220 ~ 12838542 (-) True G98607
TU116902 lncRNA downstream 325592 12802798 ~ 12803608 (-) True G98588
TU116852 lncRNA downstream 354993 12763899 ~ 12774207 (-) True G98552
TU116862 lncRNA downstream 354993 12773138 ~ 12774207 (-) False G98552
TU117133 lncRNA upstream 47170 13182343 ~ 13182550 (-) True G98790
XR_004578307.1 lncRNA upstream 176222 13311395 ~ 13312346 (-) True LOC117597528
TU117412 lncRNA upstream 176232 13311405 ~ 13318008 (-) False LOC117597528
TU117519 lncRNA upstream 510402 13645575 ~ 13647786 (-) True G99118
TU117536 lncRNA upstream 597778 13732951 ~ 13768470 (-) True G99134
XM_034305410.1 mRNA downstream 144555 12952550 ~ 12984645 (-) False si:ch211-212o1.2
XM_026927394.2 mRNA downstream 144561 12948587 ~ 12984639 (-) True si:ch211-212o1.2
XM_026927455.2 mRNA downstream 214955 12904033 ~ 12914245 (-) True psme3ip1
XM_034305370.1 mRNA upstream 239686 13374859 ~ 13395693 (-) True lonp2
XM_026927072.2 mRNA upstream 263102 13398275 ~ 13404730 (-) False il34
XM_026927073.2 mRNA upstream 263102 13398275 ~ 13404730 (-) True il34
XM_026927304.2 mRNA upstream 276187 13411360 ~ 13440802 (-) True sf3b3
XM_026927145.2 mRNA upstream 340358 13475531 ~ 13491284 (-) True aars1
TU117111 other downstream 76889 13045823 ~ 13052311 (-) True G98770
TU116638 other downstream 705222 12421102 ~ 12423978 (-) True akip1
XR_003403510.2 other downstream 723919 12397687 ~ 12405281 (-) False znf143b
TU116624 other downstream 814675 12312082 ~ 12314525 (-) False admb
XR_004578339.1 other downstream 1518236 11588001 ~ 11610964 (-) False arntl2
XR_003403539.1 other upstream 301728 13436901 ~ 13436975 (-) True LOC113534846
XR_003403499.2 other upstream 415507 13550680 ~ 13562574 (-) True c6h15orf39
trnaq-cug_10 other upstream 510236 13645409 ~ 13645480 (-) True trnaq-cug_10
XR_003403538.1 other upstream 629753 13764926 ~ 13765056 (-) True LOC113534845
XR_003403544.1 other upstream 648382 13783555 ~ 13783624 (-) True LOC113534852

Expression Profile