RNA id: TU122929


Basic Information

Item Value
RNA id TU122929
length 7442
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G103889
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047600.1
NCBI id CM018546.1
chromosome length 31307711
location 23729878 ~ 23738753 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

TAAAAGGATCCTTTTTTGAGCCAgggaatataataatattaatataacacaATTATACAATATATCGTTTATAAatagaatattatatattatatattgtacaatatattcattatattgttATCTTGATTGTTCAGATATATCAACACTACCATCATTACCCCTGCAATCCATTGGGAAAGTGGTTGCCTAGGttggcagcatttttttttttttttttttttttgcaagcatAAAGACACCTAAGTCTAGTTTCCAAAATTTTCCAGAACTCTGGCTcaaaaatatctatatatatctaaaaaaaagaagtttgtCCCATTTGGATGGCAGCAGAAGCACAGATGACTTATAAAATACCATCTAACTTGTATCTTTCTCAGCCcaaatgttacaggaaaatgtgttttttattattttttaaattgaatttaattttattttattagcacAATAATGCTGCAAGTCATAGGCTCCGTAACATAGACAcctgactactactactactaattataataatatctgAATATGGATTAATTTAGAATTTTACTGGTGGTAGAAAATCTGCTCTTTATCGATTTCATAGTCACATCTAGCTGGTTGACAAAATCCCCAAAATATTCAGCACATTTCATTTAACTCATTAATATCTAGGAGTGTTTAGAGCAGGGGAAAAAATTCCCCAAACTGTACCGATGTCTgatcacacagaaacacaccgCAGTGATCTCGCCCGAGACCACAAATAtgtcctgttttctttctccttcctacattacagtatttaatgaCATCCTCTGAGGCCCACCAGGACAAGCGTCCAAACACGTCTGAGGGGAAGTTCCTACAGAGCATGGACGAGAAACCTATACTTCCTCATTAACTTTTCCCATCACATAATACACTGCTCTGCTTAATGTCTGATAGAAAGTGTCTGATGTAAACACCTGTAATCTGATAATCTGCTAACTAGTAATAAGGTTGAACTTGACTTTGGCTGTTCACCTCATTTACTGATAGGTAAACAACATGATCATGACCAGGAACACACTAAGATGATTCTCCATGGCACCAGTCAGAGAAAAGGCAAGCTTTTACATgaagaaatgttattttttaaaataattttatatattataggcATCTTGAGGGAAACTGGTTGTTTTGGCTACATCACTAGACAATCAGCAGTTTATACTAGACAAACCTCAAATGCCtaaaatattgatatatatatatatatacagagttATATAATCATCTACTGTCATACAGCTGGTTATTTAATTCCAGTTACATTATTCGTTTTTTTTAACGCTGTCCTTTTAAGTTTACATCTAAAACCATTTATTTCACTATTGACTAATTTCACTATTGACTACTAAAACACCTTTACCGAGGAATCGGTATCGTTAAACGCTTATTTATACAGTTTCACAATAAGAAAGACAGGATTCAGGATAAGTTTACCTGTGAGCTTCCTCTTGACGATCTGCAGATTTcgaacagcagaaaaaaaaaacaaaaaaacaactcgCTTATGAAGCGTCCTAGCGGCGCTGTGAGGGCCACAAgcatgatgggaaatgtagtttttgTTACTATGGGCTCCGCGTAAAGTTCGCGCTAAAAGACTACAATACCCATGAAGTACTAAATACAGGAATTAACGCGAAACAAAAAAAGGACCGTAAACAGGATGGGCTTGTATTACACAAAACATCTTCCTATTATCTTCTGtcttttcatgtattttatctTTGCAATGTTATTGTCCATGTTAGACATAAAGAAAATACGTACTTCCGGTTACTGACGGTGTGTACACAGTATATGGTGTAAATCAGCTTCTTACCGCTTCTGTTCCTCTGGATTAACACTTTAACTAATCACCAAGTCGTTTTTTGCCATAAAAACTGATcaaattattgtgtgtgtgtgtttatgaacaaagaaacaacaaaacagactcCACAGAAAAATGCACTTGACCAACAAAGCACCAAAGATTAATGGCTAGGcctatttaatttacattttattactcaAGACTAAATTTTGCTTGAACTATTAAGTGCAATGTTCATAGCTGCAGGTGAAGCtggcagatttatttatttttttttgcattcaaaCCAGATGCAAACATTGCATGTTAAATAACCAGGTACTTTGgttaaccttaaaaaaaaaaaaaacacacaaaaaaggccTTGGGATAAATTGTCCCAAAACTGTCAATAACCTCACACACAACATAAGACTGAAGTTCCTCCCAGcctaaatgtgtaaatattatgtCCAGACCCATGTGAACACCAAAACGTGAGCACTGACTTCACTGTTTGACATCTATGCAAGTGCCAGTGATGACTGCAAAAACTATATCTGACCTTTTCTGGGTCTTCTTCAGCCATGATCAAACAGGGCACAAGCTCAGACATCTTTTTCATTGCTGGAATCACTCACAAACGTTGTGATTTTTATTCATGACACATggattcattatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtgcttgtgGGTCATTTCAAGAGAGGTCTATTACCATCTGTCTCGTCATTTGTACTACCAAGGTAACTTGCCTCCTTGCACATTACTAATTACTACACATACCTCCTAtatttgcactgagctggtctctacTGTGTCTACCTCATACcttgcacgtgtgtgtgtataaaagcatgtatgcatttatatatacacacatacactgctatttgcacttctggttagatgctaactgcGTTTCATTGACTATGTACTCATACTCTACACGACGccaaagttgaatctaatctaataccATTAATGGGTCACTTCCAAACCTGGCAGaagaatgaaattaaaagcagtTGTATTGTGAACAATGGATGTAATAAATGCTGTATTGAGTTCAGTTTCCACTGGAAGTTTTaatacaaaaaggaaaaaaaaagggagcaaGTTTGTATCAAATTTATGACTTTCATAGGCCTTTTCCCTTTTTCATATGAATCTGTATACTAACTGTTTCTCTGCAGAACTACTTTATCATTCTTGAGCAGTTTACTGGTCTGCATCTGTCCTCTGTGATATGGATTTCACTATCAAAAATGACACCGGACATTACCACTCTTGCAAAATTGTTTACATGAATTGTTTACTGAGAATGGTGCAGATATTTGAAGCCTTTTCTTTAACGGTCCACTGTCAATCTGTTACGAGTCCTAATTCCATGTACATCATTAAATGTGTGCGTTATTTTGTTATAATTGTGCTGTTATTCAGAAACACTGTCTTAAAATCCAATATACCTACAATCCTCAATTTATTTCCCTTTTACATTAAGACAGTTGTCAGTTTTTCAGCCTTACAATACCCTGTAAATTGTAATGCAATCTGTGGTTTGTCTATGGTATCTAGTATGTAAttcaatacaaatacattttcatatttatcatCAGTATGTGTGGCCCCGGCTTACTTTACTGTAATCAGTGCAGCCTTTGGTCCAAAATGTTTGAACTAGATACGTTTAATAGACAGAAAACAGGCAGAcaacaattattaattataattatatttaattaccattaattataattataattaattcagGGGCAGCCCATTATACACGGGATGGGTACAGCatctgaaacacaaaaaaggaTATTTTAGTGTTACATTCAAGAGCAATAACAAGTGATTGCAAACCACAGAATagaaaaagataaatataaattatatgtaataaaatagtCTATCAGCTAAATTAATAAGATTAAACTATAGCAAAATCTACTTCCTTAGAGCCAAAAAAACTGTTGTATACAGAAGCAGCGTTACTGTATCCTTTTCCTCTATTCAGGCACAACATTTTGTAACACATCCTGATCTAGGTGCTTATATCCTCAACAGCCTTCATTAAATATTGTTCCCAAAACTTGCAGAGCAAAAATGGCCTATGCCTTTTAAGCAAGACCAGAAAAGAATAAGTAGATAGAAAGCCCTCACATAAAACCTGTATGTTCTAAGATCAGTCTGCATAAGACGGACATGACTGACCATCTTGATGGTGATTAAGATAGATGATTTAAATGTTCGTCGGAAAATGTGATGTCTGCAGCTTCAAGAtcgacaaaaataaattgtgttttctTATTACACGTTTCCTTTTCGCTCATCTCCTTCTCTGACAGCCCCACTCCTTAACCAATCAATGATTTTTCTTAATAGGATTAATGATGCTCCATGAGATGTTTGGgatatttactttaaaaccaAACCTTCCAGAACTTTCCATGGCTCATTTGTCTTCATGTGCTGCAAGCTACATAGACTGCCTGCTACCCCACTTCATTTGTTTACCTTCAAACTAAAAATGCAATAGTACAGCAGTCACAGCAAAAAATAAGCAGGAAAACCACCAAACATATGACTACCTGGCTCTTATTGGCACCAATTTTGCCACgggaaaaattttaaaatttaatgagCCTGTGTTTTGTTCTGCACTTTGCATCTAACTGgaggtaatatatatatatatgaaagctCACTGGTGAATTGTCCCTCAACTGTGTGAAAAccacctgaaaaaaaatctttggttAGACACATCAAATGACACGACAATCCCCAAAACTGCCTGTTATTTAGGGATTGATATGATGAAAACTGTTGTGGTGACAGAACCTATCCATGAATTTAATGCACCCATAAAGCTGAATGGAATAATACTGGCACACATGAGAAGTATTCCTATAAAGCTCTTATGTAGTATGCATATGGtggcaaataaatatattatacccTAGAACACCAATTAGCCCCAAAGCAAGCTGTTTTTCCTGTGCTGAGGCAAAACAATCAAAACTCCTATTAAACATGCACGATgagttgaaaaagaaaaatcattattattagtgacATTTCGATACACAAAATGTATCAGGCTCTCTAGACACTGCTAAAACACAGCTGGCAAAACAGTGGTTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU122868 lncRNA upstream 24650 23703588 ~ 23705228 (+) True G103832
TU122863 lncRNA upstream 26914 23698852 ~ 23702964 (+) False G103828
TU122862 lncRNA upstream 26914 23701590 ~ 23702964 (+) True G103828
TU122709 lncRNA upstream 154262 23572551 ~ 23575616 (+) False serp1
TU122692 lncRNA upstream 183488 23546117 ~ 23546390 (+) True G103688
TU122936 lncRNA downstream 898 23739651 ~ 23742260 (+) False cstf3
TU122937 lncRNA downstream 935 23739688 ~ 23742315 (+) False cstf3
TU122944 lncRNA downstream 10310 23749063 ~ 23754260 (+) True G103896
TU123375 lncRNA downstream 741612 24480365 ~ 24484022 (+) False G104257
TU123377 lncRNA downstream 741612 24480365 ~ 24484096 (+) True G104257
XM_026913979.2 mRNA upstream 138097 23582140 ~ 23591781 (+) True pcyt1ab
XM_026913467.2 mRNA upstream 154165 23572558 ~ 23575713 (+) True serp1
XM_026913507.2 mRNA upstream 184007 23541234 ~ 23545871 (+) True LOC113526461
XM_026913999.2 mRNA upstream 207622 23521335 ~ 23522256 (+) True ompa
XM_026913323.2 mRNA upstream 277318 23429156 ~ 23452560 (+) True gdpd4a
XM_026913970.2 mRNA downstream 876 23739629 ~ 23763045 (+) True cstf3
XM_026914406.2 mRNA downstream 117685 23856438 ~ 23876045 (+) False wt1b
XM_026914405.2 mRNA downstream 117685 23856438 ~ 23876045 (+) False wt1b
XM_026914404.2 mRNA downstream 117687 23856440 ~ 23876045 (+) True wt1b
XM_026914329.2 mRNA downstream 584967 24323720 ~ 24335065 (+) True pex16
TU122865 other upstream 100155 23615103 ~ 23629723 (+) True G103830
XR_003402830.2 other upstream 455369 23274359 ~ 23274509 (+) True LOC113527008
XR_003402831.1 other upstream 456420 23273308 ~ 23273458 (+) True LOC113527009
XR_003402832.2 other upstream 457670 23272058 ~ 23272208 (+) True LOC113527010
trnak-cuu_22 other upstream 566699 23163107 ~ 23163179 (+) True trnak-cuu_22
TU122935 other downstream 749 23739502 ~ 23742315 (+) False cstf3
TU123976 other downstream 1556146 25294899 ~ 25306811 (+) True G104781
TU123982 other downstream 1556146 25294899 ~ 25315213 (+) False G104781
TU124829 other downstream 3092225 26830978 ~ 26833427 (+) True G105569
TU125244 other downstream 3472636 27211389 ~ 27214570 (+) True G105898

Expression Profile