RNA id: TCONS_00000685


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000685
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_000401
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 33967157 ~ 33967273 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

agccacagccatgtcaccttGCAGACCAAGACtggttacttactgaagctaatcagggctgagtctggtcagtacctTGATGTGataccacatgggaaaactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000175840

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000683 lncRNA upstream 265241 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00002850 lncRNA upstream 448334 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00000651 lncRNA upstream 1949042 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002849 lncRNA upstream 1954779 32011880 ~ 32012378 (+) True XLOC_000381
TCONS_00003083 lncRNA upstream 1955363 32010262 ~ 32011794 (+) True XLOC_000380
TCONS_00003084 lncRNA downstream 264330 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA downstream 264465 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00003085 lncRNA downstream 483386 34450659 ~ 34454447 (+) True XLOC_000408
TCONS_00002852 lncRNA downstream 890095 34857368 ~ 34859323 (+) False XLOC_000414
TCONS_00002853 lncRNA downstream 890095 34857368 ~ 34861057 (+) False XLOC_000414
TCONS_00000682 mRNA upstream 244377 33697170 ~ 33722780 (+) False XLOC_000399
TCONS_00000680 mRNA upstream 272362 33668244 ~ 33694795 (+) False XLOC_000398
TCONS_00000679 mRNA upstream 282941 33668236 ~ 33684216 (+) False XLOC_000398
TCONS_00000678 mRNA upstream 303452 33647682 ~ 33663705 (+) True XLOC_000397
TCONS_00000677 mRNA upstream 331853 33634186 ~ 33635304 (+) True XLOC_000396
TCONS_00000686 mRNA downstream 1742 33969015 ~ 34200954 (+) False XLOC_000402
TCONS_00000687 mRNA downstream 1764 33969037 ~ 34201195 (+) False XLOC_000402
TCONS_00000689 mRNA downstream 214308 34181581 ~ 34195689 (+) True XLOC_000402
TCONS_00000690 mRNA downstream 236544 34203817 ~ 34232249 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000691 mRNA downstream 236585 34203858 ~ 34233938 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000684 other upstream 232023 33735018 ~ 33735134 (+) True XLOC_000400
TCONS_00000681 other upstream 273253 33683231 ~ 33693904 (+) True XLOC_000398
TCONS_00000675 other upstream 511925 33401858 ~ 33455232 (+) True XLOC_000393
TCONS_00000663 other upstream 750439 33215241 ~ 33216718 (+) False XLOC_000390
TCONS_00000664 other upstream 751074 33215243 ~ 33216083 (+) True XLOC_000390
TCONS_00000688 other downstream 155607 34122880 ~ 34122972 (+) True XLOC_000403
TCONS_00000695 other downstream 432967 34400240 ~ 34400354 (+) True XLOC_000407
TCONS_00000699 other downstream 718172 34685445 ~ 34688642 (+) False XLOC_000410
TCONS_00000704 other downstream 728241 34695514 ~ 34706470 (+) False XLOC_000411
TCONS_00000714 other downstream 1527631 35494904 ~ 35515273 (+) False XLOC_000418