RNA id: TU166319


Basic Information

Item Value
RNA id TU166319
length 4039
lncRNA type sense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id slc7a4
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 28748834 ~ 28803174 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagtgacagagcaGGACAAGGCCTTAAGGTCTCATTTTTTCAGGCATTCAGTCATgtggaataaaatgtaattaagaaaAGGAGTTGAAATCGGATTAACTCTGTCTGGCCGCTAGGAATGTTTCAGTCACATGACCAACACACTCACatgacacatacatacacacacacagtaactgaAAGATATTGATACATATCCTTTCCAATGTAATGATGTTTTGCCCCAGACACCAATCTTAGGAAGCTAAAAGTTTTGATAATTATTGGATAACACCTAAAAATGTGGAAGGCTGTCAAGAGGTATGGATTAAAGTCTCTGAAACTCtatctattatttattcattttttagtAATCTCCTTCAGCCAAATCTCATCTAAAAACTGGTacgtgtttaaaaataatacacattgttaaacatcattaaaatcaAGTGTGTGTCAAGCAATCACACTTTACAGATAACTATGTATAGCTGTGATGTCATCACAACAGAACCATGCTTTTGTACGTGCATATCAGCGATTGCTGTGAAGAAAGATTTGGGTccacaaaatgtgaaaaatatttttatagaacCACCAATTGTTACTTATTGGCTTGTCTAATTATGGAGATGTTGTTTATAGCTCAATGAAGTTCTagaaatatttaagaaaagCACATCATTTCCACACAGACCATCCTGTGTGATTGTTTATCACTATAATACTGTCACTTTTTACTACAACAGCCTCTGCTGAacacatttacatgtttcccatgTTGCACTGCTGCATATAAATACATAGTACAATAGTACACTAAAGTCTGAGTCCACAACTAAGaacttattattaattattaaacagtaGTACAGTGCTTTATGTTAATTATCAAAGAATGCTGTTATCATTTTCACATTGTGAAGGTTACACACTCAGATGCTCGACCCCTTATGGTATGAGATTTGGATGTATCAGTTGAGTCAGTCCACTGTACAACAGCACACTGCGCTAGTTTAATGTCATGAAAATGAGCATGTGTTAATTTCTGTTTCGTTTGAACTGCTACTGTATATCCTCTTATCTCCTCTTATCTACTTTATATCCTCTTATCTGTTGATTAAATGATGGCACGAATCATTATGTGATAAGATTAGAAAGATAGAGTTTATATCTCTCTTGACACTCCTGCGTTAGAAAGGCACAAACATTTGCTggcctgcatgtttttattttataccattACAATGCTGTCATGTTGAAGAAATTGTTCAGCAAGaaatttcatttacacaattttccacttTGCACAAATTTTAGTCGATgtgccaagacatgtttggtgtcccAAGTTTGCATCTTTAGCTTTGTACTGAAGATAGAAGTGTGAAGTAGCAAAAAaataatggaagtctatctcAGCCAAACTTTTTTCCATATATACACGTCCAAATGTTCATATACTTGCTTCAAATGACATTGTTAAGATACATAATCTCATTCTAAAAGGTAGagctgtaattttttaatttgttcttagacctgtaataatcacattttaaatatggcttagaattaaaaaaaatattccaattGTACAAtgaattttgcacatttttttggcttctttttaaattattctggCCCGGAAGTGAGCTCCACCCCCATCCAGTTCAGTCCTGCCTCTTTTTGTTAACCCAAGAGCCACACTTGTCAGAATTTTCATTGAAATTGCAGTTCACCTCCATGACTGCAGAGGGCTCCAAACATTACAAACCACCcctttaaataagtaaaaataaataacgcTGTTGCTAGCTGCTAGTCACTTTCAACTGACAATTATAATTCGGTCTTCAAATGGCAAACTCTGGGAGGCGGGGTCTTTGTGGGCGGGGCCTGGTTGATTCTGGTTGTACAAAATGGCCACCACTTGTATTACAGATTAAAACAAATCACAGTGTCCTAAAACCATCAGCATGTGTGAAGAATTTTAGCAATATTGCTTAAAGTATGTAAAGGTACAGTGCAGTGTATTGATatgattttgggtgagatagtCTTCAATAACTTGTTTAACTCTTAGCTACGGTGTAACTAAATAAACTAAAGGTTATACACTAAACATGTCATGGCTGACAGACTATATTTGGGATAAGTGGAACATcggtacattttttttttttgtcgaaCCATCCCTGATGGTAACAGATGTTATAATGGAGGTTATAGAGGagtttttaatttacattttctgtctgtatttagTTTGTTTATCTGCTGTAAAGGACATCACGTCTGCTGCTAATCATTCCCAGTCTACGCTGAAATCCTCTCCGCATGGTAAAAGCTGCAGCTCTGAACATGCGGTGTCGATTTCTGAATTTCGCAGATTTTAAGAGCCAGACGTAGACGTGAAGTCCATCGCTGATGTAAATACCTGTAtctgtgtatgtaaatatgcCACAATAATATAACCGATGGCcttaaaaatgctatttataCTCAGACCATTCCCAAAGCCGTAAAGatgtatgaaaacatttttaaagtctGTTCTGCTATTAGATTTGTATCATAACATACCTTTAAACTGTTATCACAGTGGATTAATTACAGTGTATATGTGATCGAAATATAATCTACAGTATGTACAAGGAGGGATGTTCTTAAAAGTTTTGTAAGAACCAAATAACCCTTTTCTGTTAGCTGTTATACAGATTTTGCACAGTCGAAAGATCCTcggtttatttctttttgtcttcctcttttctccattttcttttcttttaaatttccCAACTGGCTCTGACTGCAGATCACAGAAAGCAGAATGAACCTGCTAACGTTTTCATgttcactagctagctagctatgtgaagctaacctgacaggatttctgagaagattttagatatatttaagACTTATTTATGATAAAGCATGTTCATATGCTTTACTGGAAATGTTAGCAAACTAGCCAACAcatgctaacctgacaggatttctcagAGAATTTAAGACTTATTCATAAatacttttactgttttttcagcttttacCAATTTTGCTTGCATTTCATCAATTGAAAGTCGCTTTGGAAAAaagcgtctgctaaatgaataaatgtaaatgtaaatactcATATTCTTGACTGACacaaatcctgtcaggttaggtAATATTAGATAGGTAGCATTAGCAGGGAACATAATtaatcaatttcattttaaaatcctttCTGAAATGCCACTATATCAGTCAAAATCAGTCAGGTTAGCTCACATTAtctagctagtgttagcagtgAAGACTTATCAATTTGATTTAATAATCCTCTCACAAATACTATCAGGTTAGAttctgttagctagctagcattagcaagaAAAATCATTAACTTTTGTGAATTTGAGTTTCTGCAAATTTTCTGCAAGGTTAGCTCATATTAACTAGCTAGCGTTAGCAGTTTGCATTAGCCGTGACAaaaatctgacaggatttctgagaggatttttactCCAAATTTATAAACATTCAATATCTTCACTGttcacactagctagctaatatgagCTAATGTGAAAAGATTTCTGAAAGaatttttaagtcaaaagtttaTCTTCACGgttaacactagctagctagcacatagcTAACCAGCAgcatttctgagaggatttttttatCTCACATTCAATTTAAACTCTTCACTGCTAACActgccagctagctaacatgagcttaCCTGACAAGAATTCTAAGaaacctacttttttttaaggACAAGTtgctgtttataaatgttttaaagacaTATCTGAGTTTATATATGGACTCAAAAACTTGCCCATTACCCTGTGGTCTGCACACAGATCCTTTTCAAGTCTTCTGTCTCACTTGTTTatctttgctgttgtttttttttttcttcagctctGTTTATGGTGTCTTTGTTGTTAGGTCAGTTTATGAAGAACAGTGTTTTgtgattaataaatgttttgaagCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU166294 lncRNA upstream 379 28582894 ~ 28748455 (+) False G140759
TU166296 lncRNA upstream 379 28640639 ~ 28748455 (+) False G140759
TU166297 lncRNA upstream 379 28640639 ~ 28748455 (+) False G140759
TU166299 lncRNA upstream 379 28640639 ~ 28748455 (+) False G140759
TU166293 lncRNA upstream 379 28726487 ~ 28748455 (+) True G140759
TU166398 lncRNA downstream 355560 29158731 ~ 29166206 (+) False G140830
TU166396 lncRNA downstream 355958 29159129 ~ 29166131 (+) False G140830
TU166397 lncRNA downstream 355958 29159129 ~ 29166131 (+) True G140830
TU166461 lncRNA downstream 436311 29239482 ~ 29246316 (+) True G140884
TU166491 lncRNA downstream 493879 29297050 ~ 29297797 (+) True G140910
XM_026945691.2 mRNA upstream 253801 28468419 ~ 28495033 (+) True glt1d1
XM_034306294.1 mRNA upstream 335675 28325481 ~ 28413159 (+) False si:dkeyp-14d3.1
XM_034307003.1 mRNA downstream 350375 29153546 ~ 29164988 (+) True sf3a1
XM_026945780.2 mRNA downstream 364309 29167480 ~ 29178413 (+) True pold2
XM_034307006.1 mRNA downstream 364447 29167618 ~ 29178413 (+) False pold2
XM_034307008.1 mRNA downstream 503840 29307011 ~ 29313313 (+) True bag4
XM_034307010.1 mRNA downstream 503846 29307017 ~ 29310787 (+) False bag4
XR_004578633.1 other upstream 721384 28019471 ~ 28027450 (+) False arpc5la
TU165116 other upstream 1319357 27428727 ~ 27429477 (+) True G139781
XR_003404685.2 other upstream 2019003 26626053 ~ 26729831 (+) False rimbp2
TU164841 other upstream 2182071 26563235 ~ 26566763 (+) False LOC117597788
trnaa-agc_2 other upstream 2271375 26477387 ~ 26477459 (+) True trnaa-agc_2
trnag-ccc_1 other downstream 684802 29487973 ~ 29488043 (+) True trnag-ccc_1
trnar-ucg_2 other downstream 685378 29488549 ~ 29488621 (+) True trnar-ucg_2
trnar-ucg_3 other downstream 686171 29489342 ~ 29489414 (+) True trnar-ucg_3
trnag-ccc_2 other downstream 686349 29489520 ~ 29489590 (+) True trnag-ccc_2
trnar-ucg_4 other downstream 686944 29490115 ~ 29490187 (+) True trnar-ucg_4

Expression Profile