RNA id: TU166461


Basic Information

Item Value
RNA id TU166461
length 6733
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id G140884
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 29239482 ~ 29246316 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

AGGCCAGCACAGGTTTTATTCAGAAGGACTTTGACAGGTTCGGCTTCACATGCAATCAGCGTAGTATGACACCTCTCTCTTCAAATCACATGtgcgtatatgtgtgtatatgactgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaagtgtatggaagtgtgtgtaagtgtgtgtcaCGCACACAGACAATGGACAGAAGTGACACACAAAGTGCAAACCTTGACGTGGGCACTACCCGGACTGCACGGCTAAAAAGGAGGCACTTCGTTTGGATTTGACTCTCGCGATGAGAAATGAGAAACGAGAACCGTGAATCCCGTCGTCTCCTGcggttgaaatgaaaaaaaaaatctcctcgTCGTATCGAGGGACGacggggaaaaaaatccacttcggttcctttttttttttttaaatttttttggtcATTGTTTAAAAAGAAGGCAATGTCCCTTTAATGCAGCATATTAGCTATGTCACCGCTAGGCACGTGCTGATAATCAGTGTTTCATTAACGTCAAAACTAGCTAACGTTTATTACAAATTTGTCCgccatgtttttaaatgcattttgtaacacagcaaacacaagaCTACCTTTCCAAATTGCGCACATTTACGTTAATCCTTAGCCACATAGCTAGCCAGGTTtataacaagctagctaacgttagctagacTACTTTATTGTCTAAATAAATTTAAGTGTGAGGTTTGCTAGCGTTTTATATTGTCTAGCCAAGTTTGCTAGCATGAGATCTCATACTCCGTTGCCTACACGGCCAGCCTCCATCCGAATCGATCACGATTTAACGGattatcggcacatgcctaGTCACAGAACAAATCATTTGTCATATCGCATATGGAAAACatacattattcatattataataCATCGAGTGTACATGTGTAACGCTAATGCATTGAAATAGAAATTCATGCTCCAAATAAGACACAGGGGAATGACGTATTAGCAAATAGAATCAACATCGTTATGTCGTCATCAGGCCCTCGCTATGAAATGTCACGAACGGTTAATAAATCATCAGCACGCCATAATGCTCAGGATGGAAACACTCTACGAAAATACAGCAACACCTAACACGACAGCCTAGTCAGTCTTAACCAATCACGATGTACGGTACTGCATCTACTATAATGCTAAAGTCTTCCTTCCAAATAACAGAAATGGGCCATtcgcagaaagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggattcagcTCTCTTCAAACGACTCATATAAACGAATCAAAATCAGGTGAATCAATTCAATGATTCATTTGAATCAGAATGTTTAATGTTACGTTGCCTGACGTTAACTAGCAAGCCATGTTTGCTAGAACATTAGGTAAAGTATTTTGGTGATGTCATGCCATCAAGATTTCTATTGGCTAATCACATGTAGCTTAAACTCTGCCCATGTTGACCGTCTTACTGAGCAAAATCAGGACTCTGCGCGTAAAATAACATTAGCGGTTTAGCATTATTTGGTACAACCAGCACATAATCTGCAACATTGTTCAGACTTCTGGCATTAGGAGGCTCAGAGTTAGCTAAATTAGACAGCTAATCTCTCAGTAATCGCCTCTggtaaatttagctagctagctagctaactctgTTCTGACGTTTACCAAGAGGAGGCTTTGCTTAGAAGAGTTAGCCAGCTAGCGGCAAGCTCCTGTGTTAATGTCCACGTCAACGGAACTTGGCTGCGTGTTTTATCCAATTCGtagctgtttatttataattatagaaTAGAAAACTGACGCAGGATCAATGTGCTTTAAGCTATGCTCAACTATGTCGACTTGAGCTCAGCCTAATATGGatgtttattttgatatttctcATGAAAATGTTAAgccaagttagctagctagcaaaaaccTCTCATGGTGAttgtaactagctagctagctgagtaACCAATGTCAGTCAGCGTAACTTAATGGATTGTTACTGCTataatctttttctttctctttttaagaATTATCTTAGGTAACGTTGCTAGCTGCTAGCGTTTCTATGTTCTTGTTTGTTCTTACAAGATAACTTAGTGAGACAAGGTAACTTAGACACAATCTGCGAAATAAGAATCATAAAGCTTGAAATTGATTCACTTAAATGAGTCGTTTGAAAGAATCAAATCACTGCAGTGAATCACGATTCTCCGTCACTACATATTAACAGACCAACACGACACAAGGCAGTAacggcaaagaaaaaaaaaactcccggGTGTTTCCGATTTCCCCGGTAAACTCCCGACGTGACTCCCGGGAGAGAAACGGGATTTATAaattctatattaaaaaaaaaacaaacactaaaaatTCTACCATTAACCCTGATTGTGGCACGACAAAGTTTCTCAGCACTGCTAACAGCTACGTGACACAATCCTGTACACGCTCGCACCGGCCACTCGGCTATCGCGTACATCTTCCCCTCCGCACACACCGGGGGACGACTAGAGAAATGTTCATGTCTACTAAACGGTACTTATAAGAAACGCAACTGGAAATATCTAGCTTATCCGAAGAGAACTGGCTCTTTGTCCCTATACAGTTTTCATAACGGAATATTTGTATACGAATGATTAGAAAAAACTGGACCCGAAATGTTTTTAGTGAAATCACAACAATTCCCTGTTAACGTTTATTATAAACATCTAGGCTTTTTCGCACTAATAATACACAACTCCTCAGCAGGCATGTGCCGATGTTAACCTTCCATGTCACGAATATTAGCATAAAATTTGTATGTTAACTTACGTTTTGCCTTTCACGGACTAAAATGGTGGACTTTCGCCTTCTCCAAAAAAGGACGCGCCATCAAATTTACCCAAAATAATCAACCTTACAAGAGAGTCACCCTTCCCAATAggactttagctagctagcttgctagctaggtTAGCATTGTCAGTGATGGATAATCTGGCTCCACCTAGCTAAACATGTCTAGTCTGATAAATATTGCAGAATATCATACAACCTaattatcagcacatgcctactTTGACATACGTAGACTGAAATCTAAATACTTAGATGTTTATCGAGAACAAACATGGCACAGTTTCACTTCAGGCACCCTATTTTGAAGTTTAACGTATAATCTGATTCACTAAAGAAATGAACTGCGTGCTTTGACTTTACATTTGGCGAAGTTCTCGACATTCCAGCCAAAGTAACCTTTCCGAAACACGCCACGACCGTGATCATAACGACTGATCGGTTCAGTAATACATCGCAAACGCCCATTCCTTACACGGTACTTAAACCGTTTATGATTTCTTTtcgctttaataataataataataataataatattaataatattaataacaataatgttaaaaagcactgaaatgCTCCGTCCGGTTGACATTCAGTCTAAATCCATGATACTTGTCCACGATACGTCTGAAGCTAGAAGAATGCAGCTGTTAGCCACCGCGTGGAGTGTCTCAACGACACGAAGTGGTGTAAAACTGTAATGCTGTGGAAAGTAGATGAGTGAAGTGGTGTGTTGAGGTATGCTGGTTTAAGGTGAACCTGCTTTACTGAGTGTAAACAGTACGGTGAAAACGTCTCGGcttcggaaaaaaaaaacagccgaGACTGGAAGGAGAGCTGCGTTTGTTAACGCCGCGTTCGTTAACGCTGTGTTCGTTAACGTTGTGTTCGTTAACGTCACGTTTGGCAACGTTCTGGAGATGAGTGCAGTGGAGATGAATATGtctgtgaaggtttttttttcagtcacgCAAGTCACTGAGAATCTCCAAGGAGTAAGACGAGGTGACCGGACTTGTGTCGTCGCTTTCAAGACAGTATGATACGATATTTCTTCTCGACAAACGATCCGAAGTTTGAAATGTCTATTTAAAGCAGCTAAAGGTTcaatattatatgatataatgCAATATGATGTGATGCACTTTACTGTCAAAGAAGCACCACGATAACACAAGTCTGGCTGCTTCGACTTCGACTTACAAATATTCGATGAACAATCAGCGTCTCTTTTCAAATTCCACTGTGACTTCTTCGACTGTTGATggatttaaaaggaaaaaaaaacatacaacaaaGAAAGCCATCAACTGGTTTTCCTTCATGTTTTGGCCAGCAGGTTTTGGCACATACAGCATTTCTTCGTTACCCTGCGTTCACACCGGCAGTGAGACTCGGTCATTTGGAGCGACGATCAGCAAAgagaagtgggcggggctaaggGACACGACAAATGCTTCCGAAAGTTGCAAAGTTGTAATTACGAAGTCATCAGAGTGCACCGTTAACATAAGCTAGCTTAATCAACTTTGAAATTTTTCCTAACTACGTACATCCATGATGTAATTGAGTTATTTAGAAATGTAGAATTTAgaaaaagaattatttaatttttttaatgtgaaccAGCGAAATAAATCGACAAAACTTAGTAACCAATCGGAAACTCGAGTATTACGACGGTTCCCGGAGCTCTTCTTCTTGTAAATGTGTCTTTAACGGACGTTTATGTGCAGCCTTTAGGTTGCGAATTCTTATTTACGATAAATCCGATAGAAAGTAAAGATGCAAATGAGAAGAAAAGCGTTAGCCAATAGGAGTGAGGCACAGTGGGACTATTTTTCTGTCGTGATTTAATGCTTTGAAATATATCGGAATGTacgaaatatttaaaaaatgtttggagaaattttttaaaatgaagctagctagcttaaatAACTGTGTGAATGACGACATATGCTTTGTTACTAAAACTGTCTATTAAttaagatttttattatttatatatatatatatatatatatatatatatatttaaataattctgTAAATATTAGTCGCATTGATTGTGCAATGCAGCTAAACACTATACTTCTAAGAAAATTTGTGAAGGCGACCACTATATTATCTAGGTGCTAGCATGGTTACCACGGCAACCAGGATTAACGTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU166398 lncRNA upstream 73276 29158731 ~ 29166206 (+) False G140830
TU166396 lncRNA upstream 73351 29159129 ~ 29166131 (+) False G140830
TU166397 lncRNA upstream 73351 29159129 ~ 29166131 (+) True G140830
TU166319 lncRNA upstream 436311 28748834 ~ 28803171 (+) False slc7a4
TU166297 lncRNA upstream 491027 28640639 ~ 28748455 (+) False G140759
TU166491 lncRNA downstream 50734 29297050 ~ 29297797 (+) True G140910
TU166505 lncRNA downstream 86098 29332414 ~ 29351756 (+) False LOC117597881
TU166544 lncRNA downstream 174564 29420880 ~ 29421294 (+) True G140935
TU166562 lncRNA downstream 257367 29503683 ~ 29504872 (+) True G140943
TU166938 lncRNA downstream 673416 29919732 ~ 29937740 (+) True G141242
XM_026945780.2 mRNA upstream 61069 29167480 ~ 29178413 (+) True pold2
XM_034307006.1 mRNA upstream 61069 29167618 ~ 29178413 (+) False pold2
XM_034307003.1 mRNA upstream 74494 29153546 ~ 29164988 (+) True sf3a1
XM_026945841.2 mRNA upstream 436308 28788408 ~ 28803174 (+) True slc7a4
XM_026945691.2 mRNA upstream 744449 28468419 ~ 28495033 (+) True glt1d1
XM_034307008.1 mRNA downstream 60695 29307011 ~ 29313313 (+) True bag4
XM_034307010.1 mRNA downstream 60701 29307017 ~ 29310787 (+) False bag4
XM_034307007.1 mRNA downstream 60702 29307018 ~ 29313313 (+) False bag4
XM_034307009.1 mRNA downstream 60702 29307018 ~ 29313313 (+) False bag4
XM_026945870.2 mRNA downstream 69503 29315819 ~ 29318495 (+) True LOC113546128
XR_004578633.1 other upstream 1212032 28019471 ~ 28027450 (+) False arpc5la
TU165116 other upstream 1810005 27428727 ~ 27429477 (+) True G139781
XR_003404685.2 other upstream 2509651 26626053 ~ 26729831 (+) False rimbp2
TU164841 other upstream 2672719 26563235 ~ 26566763 (+) False LOC117597788
trnaa-agc_2 other upstream 2762023 26477387 ~ 26477459 (+) True trnaa-agc_2
trnag-ccc_1 other downstream 241657 29487973 ~ 29488043 (+) True trnag-ccc_1
trnar-ucg_2 other downstream 242233 29488549 ~ 29488621 (+) True trnar-ucg_2
trnar-ucg_3 other downstream 243026 29489342 ~ 29489414 (+) True trnar-ucg_3
trnag-ccc_2 other downstream 243204 29489520 ~ 29489590 (+) True trnag-ccc_2
trnar-ucg_4 other downstream 243799 29490115 ~ 29490187 (+) True trnar-ucg_4

Expression Profile