RNA id: TCONS_00000688


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000688
length 93
RNA type miRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_000403
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 34122880 ~ 34122972 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGATATTGAGAGCTGAACCATTCTGCAGCATGGCTGCCTGTGGATCCTCTGGGGAAAGGTAAATGCTGCAGAATCGTACCGTTCTTGGTATCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117082

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000683 lncRNA upstream 420964 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00002850 lncRNA upstream 604057 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00000651 lncRNA upstream 2104765 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002849 lncRNA upstream 2110502 32011880 ~ 32012378 (+) True XLOC_000381
TCONS_00003083 lncRNA upstream 2111086 32010262 ~ 32011794 (+) True XLOC_000380
TCONS_00003084 lncRNA downstream 108631 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA downstream 108766 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00003085 lncRNA downstream 327687 34450659 ~ 34454447 (+) True XLOC_000408
TCONS_00002852 lncRNA downstream 734396 34857368 ~ 34859323 (+) False XLOC_000414
TCONS_00002853 lncRNA downstream 734396 34857368 ~ 34861057 (+) False XLOC_000414
TCONS_00000682 mRNA upstream 400100 33697170 ~ 33722780 (+) False XLOC_000399
TCONS_00000680 mRNA upstream 428085 33668244 ~ 33694795 (+) False XLOC_000398
TCONS_00000679 mRNA upstream 438664 33668236 ~ 33684216 (+) False XLOC_000398
TCONS_00000678 mRNA upstream 459175 33647682 ~ 33663705 (+) True XLOC_000397
TCONS_00000677 mRNA upstream 487576 33634186 ~ 33635304 (+) True XLOC_000396
TCONS_00000689 mRNA downstream 58609 34181581 ~ 34195689 (+) True XLOC_000402
TCONS_00000690 mRNA downstream 80845 34203817 ~ 34232249 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000691 mRNA downstream 80886 34203858 ~ 34233938 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000692 mRNA downstream 101388 34224360 ~ 34232238 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000693 mRNA downstream 120678 34243650 ~ 34261993 (+) True XLOC_000405
TCONS_00000685 other upstream 155607 33967157 ~ 33967273 (+) True XLOC_000401
TCONS_00000684 other upstream 387746 33735018 ~ 33735134 (+) True XLOC_000400
TCONS_00000681 other upstream 428976 33683231 ~ 33693904 (+) True XLOC_000398
TCONS_00000675 other upstream 667648 33401858 ~ 33455232 (+) True XLOC_000393
TCONS_00000663 other upstream 906162 33215241 ~ 33216718 (+) False XLOC_000390
TCONS_00000695 other downstream 277268 34400240 ~ 34400354 (+) True XLOC_000407
TCONS_00000699 other downstream 562473 34685445 ~ 34688642 (+) False XLOC_000410
TCONS_00000704 other downstream 572542 34695514 ~ 34706470 (+) False XLOC_000411
TCONS_00000714 other downstream 1371932 35494904 ~ 35515273 (+) False XLOC_000418
TCONS_00000717 other downstream 1667920 35790892 ~ 35803084 (+) True XLOC_000419