RNA id: TU206969


Basic Information

Item Value
RNA id TU206969
length 3966
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 3
gene id G174877
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 2918458 ~ 3004354 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

GTGGGAATGTACTTTTAATAGTCTATAATCGGAGCATAAATTACACTACATCAGTGATTACAGACCGGTTAAATCTCATTTCACTCCCAACATACACTTCACTGAATTTATGTCAAGGTATACAGGGAGCAAACATACCGAATCACAACATAAACTGTAACTAGGTAACATCTTTTACAcaatgataaaacatttaacCACCACGTGAGATAGGAAATCGAACATGGAATATGGAGAAGGCAGGAACGCAGCTGCTTTGCATGAAGAGGAACTGCAGGTCTGGACGTATATATAACTTAAAATGTTTCCTTGGAACAGGAAAGCAATTTAACCGAACATGAACAAGTGTTGAAGCAACACATTACAAGTGCCAGTGATTTTgtaatggaggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaacaatgaagAAATGCATAGAATATTCAGCACATGAATGTAGATCTTATGGACTGCTTGAGAGTTCAAGTATTAAAATGCTCAGGACCTCGCAAATCTGTTTCTCAAGagacatgtttaaaaaagaaaagaaaagagaagacaaGAAAAGGGGGGTCGAGTGTTAATCACGTCACACACCTTCACGCAGAAATCCGATCCAAGATcagaactttttaaaatgtagaccTTTGGACTATAAATGACAGGAGACTGCAAAAACTGGAGAGAAAAAATCATTAACATTGCTAACATTAACGCTGTCTGATCTAAAATTACTTACACGAGTCGTTAACTTTTACACACTCAGCTAATAATTAATGCTCGTATTCACTGGTGTTTTAAAAACGATAAACCAAATAATAAACCCATTCATTCACGCACAGTGTTTATTCCAGGTTCtgagtaaaaataaatccaGTAATGAGGCCGAATTGTGAGTCTGAGTTCAGCTaaacattccacagcattaattTTTCCCATTCCACAATTTAATTATGctaatttatgcaaatttacaCGGTCGTACTTATAGTCATAGAAGGAATATACATTATCGCGGTGTTCATTCATTAGCTAACGTTTAAACAACTAGCAATTCATACACGTTAGCTTACTGTCACTGGCTTTGCTTATTAATATAACAAgcaacactttacattaagttTCCCTTAAATAACATTCACTAAACtcatttactgcattagttaaTTAACATTCATAAATTATAAAGACTCAGCATTAATATACAGAAGTAATattaacaaagaaacaaagttGACACCTGTTAGTTGACTGTTGATGCAATCCAGgaatacatttctaaaatattcTAATTTCatacattagaaaaaaattttttttttctaatttctacACCCTTTCACGTACAGAGTCCACACTCAttttcagaaaatataaaatgtaaatcacttCTGAATCACTCGAGATCGTTCCTGTAAATGAATGTAAACTTCTGTAGCTCTCTAGACCGTTTGTCTTTCCCAGGTTTTACTAACTTCctacataaaacaataaaaaagtagaaatgctttttgtgccagactccactgaacactttagatttttaaaaactagcTTATGTTTGTTTAAACTAGTGGGTTTTTGGGGGaagatgggattttttttttttttttaactctttgcATCATGCAACAGTGCTGAAATGttcagaaattatatttttttaaaaaattgtcttACATGTTAAAGTTTTGTATATTGgaggatttattattattattattattattatttcttcagGTATTCTGTTTTAGCCTTAactcatggacaatccatttacctttttaatatttgatatttagacAAAATCAAAATTCATACATGATTCCATattaagtagaaaaaaaaggaaaatctaaagaatctggatatgcGTATAAACAAATTCTGCACAAAGAGGTTTAATAAGCACATGTTCCTAGATGTTGAGAATTTCCTGAAAGCTAACTACGCgtcaaaaaagtgaaaaagtgcgacataaattagaatttttttgtaGAGGAATCTGGACGTTCTTTAAGCGCTGGAACACTTGCATTGAGCGAAATGAAGAAGATGTAGAAGAGTGATATATTTCTGTGACgcctaaaaaaaattttaaagtcTCATTCGACTCAAAACTTGCTTTCCAGCCTCAGGTCCGAATTTTGCCAGTTAACGTTTTGCCACACACGTTCATTGAgactttcattttattcagcGATGGTATGAACACTGCTTAATGCAGATGCTGATTATTtggcttatttttaaaaaatatatattattaaacaataCGAGTGTTACTCACTTCAGTGTTACTGATGATGTATTAATGACGACACTCTGGGTTTTTTCAGGGGATGAAAAATCTGCTCAATAATTTACTAATTATTAGTTGTACAGTCACAGGGTTGGGCAATATGATGACATAATaccaatatcatgataaattacgTCGCGATACACTTTTGAGATATCGCACATatgattcaaaaaaaaaaaaaacaattacaaagtGAGTAGAAGGCAGCTGATGTATAGaaactttaaaactgttttttactgtaatttatttgattgaatttataaaaatatattattttcttgCTCCTTTTCGGTTTTAAGCATttcatattttgtaaataatccacatttaaaaaaagcagactCAGTTTGCACTACTGTTGTCTGTATATCGAGATTCGTATCACGTATCATGCATCGTAGAAATGTTTAAGTATCGCGGTATGATTACGATTTTTGTCGTACAGCTCTcgtgtagaatttttttaattgcatctTTGACGCAGAGAGAGAACGCACATTCACTCACAGCTGTGCATTTTAAACAAGCACTGTGGGgaatttttcaaatttaattttgaaaactGAACTTGTAGATGTACTATAAAtaccaggattttttttttttttcttttgcatttgtACTGGTTtagcttttaataaaataacctGACACGCTTAAAACTACCGCAGTCACACAGCCCTATTTGTGCTGGAAGAAAACTGATATAAAAGGCTGCATATCTATACAAAATAAGGGCATTTATATTAATCTTATTCATccaaaaaggaaacaaaagtCACATGCGGGTTAAATGATGTCAATAATAATGTTAACTAGTGCAGTAAATAATGCAAGTTATTAAGAGAAGTTTAATATAAAGATTTTTACTGAGTGTGTATGTTGTTTGATTGCATAAACCTTCGACCAAACCGATTAAAATAGTCACATGTTCATAAGCCATAATCCTGAAATCCCTCTGCATAACACTCACGTTCAATCAGAGCAAAGAGGGGACAGAAATGAGAAACAGAAGGTggcatgcgcgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagctctacgTACACCACGTTCCTATTCAGTGCTGCGTGTGAACTGTTAAAGGGGCGAGTCTGAAGAGGAGCCGGTCCAAACCGAGGCACGGACTGACCTCATCCTGCACTAATCCTCTTCCTAATGCgcacagagaaaacagagaaaaacaggaagtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacaagaaagcGTAATTCTGTGATTCCTCGCGTTCCTGGTAAACTCGCTGGCATGAGAAGGGCAGTGATGGTCAGacattgtgttgtgtgtgtgagagtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggatcaGAGAGAGAAGTTCAAGGCCTctggatgaaagagagagaaaagcgcTGCGCTGGCCTGGATCCTGATCCCAAACCAATCAGACTGTCAGGTACTGCTGGGTAATCTCGTACCGGTAAGCGCTGTGCTGAGACACTTTCAGGAATCCAGGAGCTGCTGAGTCGTGCTCAAGATGATTTGTGCTCTAGCATGTAATAACGATACATAAAGCCTACAACAGCCACCGCTACGGCAGGAATCAGCCAGGTGCTCCACGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU207009 lncRNA upstream 4721 2993975 ~ 2995614 (+) True G174907
TU206914 lncRNA upstream 279188 2715244 ~ 2721147 (+) True G174831
XR_004579089.1 lncRNA upstream 405103 2534115 ~ 2595232 (+) True LOC117598418
TU206880 lncRNA upstream 500312 2499813 ~ 2500023 (+) True G174798
TU206852 lncRNA upstream 549976 2450153 ~ 2450359 (+) True G174770
TU207362 lncRNA downstream 130698 3135052 ~ 3137164 (+) True G175241
TU207378 lncRNA downstream 159889 3164243 ~ 3198520 (+) True G175256
TU207386 lncRNA downstream 174428 3178782 ~ 3180554 (+) True G175263
TU207407 lncRNA downstream 208141 3212495 ~ 3212911 (+) True G175284
TU207410 lncRNA downstream 214654 3219008 ~ 3219259 (+) False G175287
XM_026930716.2 mRNA upstream 28643 2799395 ~ 2971692 (+) False LOC113536638
XM_026930803.2 mRNA downstream 222294 3226648 ~ 3233940 (+) True psmd7
XM_026930336.2 mRNA downstream 249802 3254156 ~ 3263298 (+) True znf143a
XM_034308873.1 mRNA downstream 249802 3254156 ~ 3263298 (+) False znf143a
XM_034308869.1 mRNA downstream 278756 3283110 ~ 3352779 (+) True LOC113536476
XM_026930488.2 mRNA downstream 560760 3565114 ~ 3572263 (+) False LOC113536513
TU206600 other upstream 921708 2078077 ~ 2078627 (+) True G174546
TU206587 other upstream 940052 2058970 ~ 2060283 (+) True G174536
TU205870 other upstream 1635404 1361782 ~ 1364931 (+) True G173898
TU205778 other upstream 2257625 742021 ~ 742710 (+) True G173819
TU205686 other upstream 2430009 568813 ~ 570326 (+) True G173748
TU207714 other downstream 643016 3647370 ~ 3658276 (+) False btbd10b
XR_004579071.1 other downstream 1276890 4281244 ~ 4297247 (+) False nadsyn1
TU208265 other downstream 1652251 4656605 ~ 4661136 (+) True G175977
XR_003403680.2 other downstream 4118031 7122385 ~ 7131506 (+) False LOC113536390
TU209855 other downstream 4263530 7267884 ~ 7271320 (+) False rpl37a

Expression Profile