RNA id: TU208292


Basic Information

Item Value
RNA id TU208292
length 12209
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 3
gene id G175999
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 4787742 ~ 4860943 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

AATTATCCCCTCAACTGTCAGTCAAGAGTCTGAAACTGAGATACTGCTGTATGCAAACTGGTGGTCATAAGTGCTATAAGATCTGAGGTGATTTTATGATGCCTCCCACCATCGTAAAAACACTGAGCCTTGTTTTGTCACACAGATTCAATACTGCAACTACCCAAGTCTAGTCTGGATACCTGCAGGAATAtgcaaattcaaatttaatGCCTCACTGAGACATGTTAATATCTAGACATGAGTCTGAGGTTTACCACCGTGGTGCTGTGGAACCAAAGCTATCAAGCAGAATAAAATACTAGGTTTGTTGTTAGCATTATTAGGAAATAAGAAAAGAACACCTGTAAAATTTGCATTTTCCTACTCCTTCCTCTAATAGGGGTCTTTTTAGTTAATGGTTGTTAATAAGCTGGCTTTTACATCcatatttccattttcattcACACTCTCTGAGCTCACAAAGACCAAACAGACATCACAGAAGAATCTGCATGAGGAAACCAGGCGATGTTTTCCCAATCTCCAACCGTCTAGtttcagtgtgcagtgtgctTGTTTGTTAATtgctttttgttaaatattaataaacattatttgtgCTTTGGTATGTGGTACATTTCAGGTCTCCAGGCAAGCGTGCTTATGAATTCTTCACAAGGAGGACAAGGATGTTAACTTTCTCAGGCTTAAGCTGAGAGAGTGATTATAGTCCCCGTCGATACTTGGCTCCTCTTCatatagatttatttcagctgtatCTCACTGCTCTTCATTGGCATAGacctgtatcttttttttttttttttttttttttttcgTAATTGTTTTGAAGCAATATGAGATTTTAGAGGTACGCCATATGGAAGGTAGGCACAAAAACAGCTTGTTTTTGCTGTGAACATAAATTCATAGAACATATACTGTCACATTCTGTAATTTCATCACTCTTTATGGTAAATAGCTAGAAAATATACTAAGTCTGTTGGAGACCACAGACTTTCATAAATAAGAGGCTTCAGGTGTGTGACAAAGCCTAGATCAACGATGGCGCCGCCGTGGCCAGACCAATACAATTCAACACCCTGAGGTTTGGGCCGGTGACACCAGATGATGAAGTGATACAAAAACACAAGATGATAGATGCAAAGCAAAGCACTTAGCAAAGCAGAGAGGAGGAACAGGTAAAATATAGACCGTGCCGGATCCAGTCCGAGACTTGATTCACGATGTAACAAATTGAATGCTAGCCCAGCAGGCAGCGGGTTAAGATGTGCCCCCTGGGACGTCAAGAGCACATAAACGAACCCCAAATGATCCCCTGATTGGTCATGCTGCATATTCCATCCCCCAGTCTCCTTCAGACAAACATAACACATCATCAACAATACAACAAGCACAGATTGAAATTCTGCCCCAGAGGACACACTTTCTGTTACACCTCAGGGAACTTCCCAGGCCAGCACACGTCCCAAAATCACTTAACTGCAATTACACTTACAGCAGTTACTCTAAATTAACGCGTGGTCAGTGGCAGTGATGAAAAACGCACAGGGTTCCGGCCAGAAAAAATGAATGCACCATGATCTATTTCCATTAAATCCCAAAGAATAGAACCTTACCATTTATTCCTGGTCAAGAAAACTAGGCAAAGCTGGAAATTACATTAAGAAATGTTTATCTTGCGTAATTCAATTGCAAGAGCTGATAAACCTCAACTTGAATGGGCTCAAGCGCTCTTGAAAGGTCTGTTCAAAGCAGTTCTTATaaggaagaaaaatgaaatgggTTATACAGTTTCATAGAGCGAGTTCAAATGATATGCCTTCTGTTTCCAAGAAGTTATTAAACGACACACAATGCTGAATGAAAAGAGAAATCCAGCCTAACCCCCGAAGATGGGGCCAAATCGGACGTACCTACCCGAGGCGAACCTACAACTCACTCAAAATACAGGTTAATATTTGGAAACCTTTCCCCAATGGCCAAAACAAAACCAGAGAGACTAGTCCATGTGCTTCCTTTAAATCAATGACAAAAGCCTGACACTCTTCTTTTCCAGTAATTTGATctgtaggaggaaaaaaagattgaCATCGTCTCCACTGTTCACTCAACAGGACTTTGTTATTTTAGTCCCGAGACAGTCGCCTCTTTGGTAAATGTCAGGCAAAGTCAGTGTGCGGCTTCTGGTCGGCGAGTGCTCATTTCCTGCCGTTATTATCATTACCACTAAGCCCATTCATGCTGGTTAAGAAGGAGTGGAGGGGAGTAGTATTTGCACAGCGGCGAGAGACATGGGGCCGTGGCTTACTAATGGCTTCCTGCTTTTCACACAATTGTCTACCCTTTGGGAAATCTTATCAATATGAGCCACTGCAGCGCTGACCAAaaaccacaaagaaaaaaagtcaccaacttttaattaaatacgAGTGAAATGGGTCCTGCTTCCCTTCTCAATACCACTTCACAAAGACTGCATAGAAGATTAAAAGTAATGAACCAAAACTGTAATGGAGCATGAAACTCTTCACTTCTAGATAAACCCCACCATCTATATTTCAACAACAGGAGATATGGTGGATGCAAAATAACTAATTGCGGTGATTACACATGAGGAATAACCAAGAAAATGTCCAAAGAAAGGGCAGGTTCCTTGAAGTCCTGGAAGCTGGAGGTCAAGGCCAGCTACAGAGGACGTGCAGTCTTTGTTTCATTGGAAAGTATTACTGGAGTCAGTATGGACTCACTCACAGTCAGTGTGTCTCTTAGTCTTTCCCCAGGGAAAGCCCTTGAACCCTGACCCCTTTGACTATCCAACCTGGTTGAGAATCATTCAGGTGTGGGCTGATGTGGGCGGCCCTCCTCAACCCTACCCATCTCTACCCATCTCTACCCATCTATCATGTCCTTGGATTGGATTTAAATCCATTATGTATTCTTTTACAATTCAACATAGGAAATTTATAGCTGACACCCTGAACACCAGCTCACAAGGTGTAAGTGCCTGAACTTAAACCATTCCAGGCTCTTCCATCAGGAAGGATGGAAGTTTCTATTCTGCTGCAGCACCAAAATTGCTTTGAATTAAATACTGGAAGCATCAAGCTCTTGGGAGAAATCGCCATTTTGTCACTACATGAATGACTAATTATGTTAATGATGTAGCCATATATAAAAGACAAATAGTGCTGAGGGTTCTGAAGATCATAgcttaaaaaatattgaaaaatactAAATTTTGCCATAGTGATCCATCAGCTACAACCTAAACAGGAGCTACACTAATAATGCAAATGCTAACAACATTTTCTTTGAACAGCTACACACTGAGAACGAATAGCTAAAATTGATACAAACATGCATCTGTTATGTTGGCAACattttgttttgcctttttttaataaaacaacactGCATTTCGTTAGTAATAGAAAGCTGAAATATGAAActattttaaaactattaaagGCAACTgtaagagaggaagaggagaaggaaataaataagaaataaaatgtaaagaaagaaaagtagaagaaaaattatttaaaaaatttaaaatatttttaaaggcaatttaacttaaaaaatttaaaataaaaaatgttaaaaaattaaaaaaatttaaaactttgGACTGTAAAATTTGTAGAACTGCAAAAAGGGGAAAACGGTGTGGCCGATTCTTTAAAAACACTCACCATTTCCCTGGCAGTTGTCAGTGGAAAAGTAGTACTTGTGGTAGGAGAAGAAAGGCAGAGAAAGGTGTgatgggtatttttttttaacatatctCAGggtcacaaccttctgatctgcCGTATGGAAGTAAAACAGTTTGCACTAAGATCCTATTTGTGCTCTTTTCAATATGGGTTAACTCAAGAAAGATGGTAGTAGATGAAAAGTGAATTTGTGTTGAGATCTTGTACAAAAGAAACTACACCGAGGAAACTGGATAGAATATTTCGCCTCAAAATTTGACACTATTGCACCAATCCTTATAATCCAAATCAAGAGAGACATTAAATCACGCTTACTTATTAAATTATTCAAACTCACTCCAAATAATGTTTCACCaatcataggaaaataataagaaCTGAACATCAGGTGTCATTTCATTCAATCCATTTGTTCAGCATATTAAAAAGAATTCTGTGTAGGCTTCAGGTAGATAAATGCGTGTGCTCGAGTCTCTTTCTGGCAAACTCATTAAGCCTTTACACTCACAGCTGGCTTCCCGCCTTAATGGCATTTCTGCTCATCAAAAACACGTCTCCCTGAGGTCCTGGGACATGTGTCCATGGGTCCAGCGCTGGAATGCCAAGTCCACTCTGTAGGTGTTCGATCTGGCTTTGTCCCCTGCATCCTTACTTTCCTGTGGTTCAAATCTAATCCATCACAGGTCAGAGGTCGAGGTTGTGGGGTCAGATGctgaggagtgagagagagtacGGACAGCTGCTTTCCATCACGCCTTTGCTTATGCCCTTAAACCAAAGGAAACTCTTTGGCTCTCATTGTGTATGCACAGCAGAAGTATGACCCCCAGCCCACCACAGACACTAAACCAGGCCCCCTTGACAGTCCCATAAACACCAATGAATAATGACTTGGAACGCTTTGAACAACCCCCGGGGTCACATATATGCATTTACATACATTGACGATCACCCACAGAAAAACgtcctgggtttttttttaatttgctaatAGAAGCTATATAGAGGTGtgtattttggtcattttcacaTCTCAAATGCTGGACAGACAGAATGAGCGAGTCCATTAATTCCCAGGATCTCATCACAAATTCATGAAGCCTGTCACCCCCTTGATTAACCTAAACctggctggcttcacgtttcccagaggaagcacatgttagccttcagcCTCCAGGGTTCTTAGTTGCTGTATGATGGGGAGAGCCGGCTGGTGGGTGAGAATTAACAGGTGACCAAATTGTGggaaaaatggggggaaaaaac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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU208284 lncRNA upstream 48076 4737251 ~ 4739666 (+) True G175991
TU208281 lncRNA upstream 58695 4694919 ~ 4729047 (+) True G175988
TU208270 lncRNA upstream 122390 4654967 ~ 4665352 (+) True G175982
TU208224 lncRNA upstream 142544 4644585 ~ 4645198 (+) False ano1a
TU208223 lncRNA upstream 142724 4644585 ~ 4645018 (+) False ano1a
TU208344 lncRNA downstream 32199 4893142 ~ 4893357 (+) True G176041
TU208361 lncRNA downstream 51135 4912078 ~ 4960526 (+) False G176056
TU208360 lncRNA downstream 55832 4916775 ~ 4922054 (+) False G176056
TU208359 lncRNA downstream 58825 4919768 ~ 4922054 (+) True G176056
TU208784 lncRNA downstream 559944 5420887 ~ 5424095 (+) True G176384
XM_026930739.2 mRNA upstream 51338 4730499 ~ 4736404 (+) True rps17
XM_026930608.2 mRNA upstream 61992 4692533 ~ 4725750 (+) True csnk1g1
XM_026930609.2 mRNA upstream 61992 4692533 ~ 4725750 (+) False csnk1g1
XM_026930359.2 mRNA upstream 136650 4647397 ~ 4651092 (+) True fadd
XM_026930514.2 mRNA upstream 142719 4613406 ~ 4645023 (+) True ano1a
XM_026930338.2 mRNA downstream 172296 5033239 ~ 5035405 (+) True senp8
XM_026930743.2 mRNA downstream 447078 5308021 ~ 5310159 (+) True rxfp3.3a2
XM_026930920.2 mRNA downstream 453524 5314467 ~ 5355290 (+) True drd4b
XM_034308471.1 mRNA downstream 481859 5342802 ~ 5355290 (+) False drd4b
XM_026930350.2 mRNA downstream 505918 5366861 ~ 5377891 (+) True LOC113536448
TU208265 other upstream 126606 4656605 ~ 4661136 (+) True G175977
XR_004579071.1 other upstream 490495 4281244 ~ 4297247 (+) False nadsyn1
TU207714 other upstream 1129466 3647370 ~ 3658276 (+) False btbd10b
TU206600 other upstream 2709115 2078077 ~ 2078627 (+) True G174546
TU206587 other upstream 2727459 2058970 ~ 2060283 (+) True G174536
XR_003403680.2 other downstream 2261442 7122385 ~ 7131506 (+) False LOC113536390
TU209855 other downstream 2406941 7267884 ~ 7271320 (+) False rpl37a
trnae-cuc_24 other downstream 2741283 7602226 ~ 7602297 (+) True trnae-cuc_24
trnar-ucg_6 other downstream 3382479 8243422 ~ 8243494 (+) False trnar-ucg_6
trnar-acg_6 other downstream 3384009 8244952 ~ 8245024 (+) True trnar-acg_6

Expression Profile