RNA id: TU208332


Basic Information

Item Value
RNA id TU208332
length 6239
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 3
gene id G176029
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 4840748 ~ 4847141 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

AAAACTTTGAAACACTAATATGATATTTCTGTACTGAATCAGAAAGATTTAATTTTTCCCCagtttttagtgtttattttttttttatctattattatgtatgaatgtaaagttgtataaattttatttatttatttatttatttatttatttcaaaaaAGGTACTACTGTTTATACTTTGTACTACTGTTTTGCCAGCAGTTCGTTAGCAAGCCTGTTTATATCGTGATACATATCATGCATTAtagaaatgtcttgaaatattgtgatatgatatttttgtcatatcacccagccttATATAGAAGGTTTTAGTCAAGAATTTCACCTTCTGGCTTTATATCATTGAGTCTCCTTTAAAAGATTGAATGCAACATCAAATCGTTTTAGAGCCGTTGAGAAACTATAAACCTGAACCACCTGAATCTTGATTAATTTCTCTGGCTATTAATCACTGTGTTGTAATGGTGACTTCCGACTGCGACATAACAGCCCCACTGTCAGCCGTTAGGATTAATGTGGAGCTCATAGTTACGGTGTGATATATGGATACTATATGAAAGTGGAAAACATTGCAGCAGGATGTTTTGAAAGCAGTATTAGTTTTTgtcattaatattacatttactcattttatttatgactGATGAACAAATAATTGCAGCATACAAATGAGGGATGACATCTTGCATCTCCTGAATGCAAATGTGTACAGAAATAACATCATTACAGATTGACTCAGAAAGAAAAAGCAGCCGATATTGCTGTAGTCATCAGATGTGTGGTTTATTTCCACCCGAGGGAAATACTTGAAAGCTGCCGAGAAACGCTTTACGAATACGGCATTTCGCACGGTCTCACAGGGTCGAAGTGTGGCTTGAAAAAATCTTTACCTGTTCGATgaaaattacattaatttttttcttttggaatgATTATATCCTTTTTCTTGGAAAGGGAGAGGTTTGGAGGAGGTGTAACGCTTTTAGCCGAATTTTAATCACTGTGGAATGTTATGCCTTTTAAAGAGGTACGTCACTGGGGAGTGCGGAGCTTTATGCTCTCTAATTAAATCAGCACTCTGTGGTCGGGGATATCTTTACATATGTAATGTGATACCTCTcaatgtatctttttttttttgcagtttggcATCTGCTGCTTTTGGATGTACCAATGAGGTTGAGATATGagctctagttttttttttccccaaattacCAAAATATGTGGTGCAAAAAGCCTTGAAATGCATAAACGGACTAAACAAGCAGTGATGTGTGAAAGTACTGCTGtaattaaatttctttctttttttttccctccctttcTTTTGCTGAGCTATGGGAATATCATGAACATCTCATGAAAGTAAGGTTTTCCATGTAACCTGCAATATTGCTGTCTTTGCTGCTGGAAAATGAATtctgaatatgaaaacagattTGTGCTTGTCTTGCAGCTTTCGTAAAACATACCGTCCATTATTTCTGTGCTAGAAAAACAAACCGGTACTCATTAGATCAGGGGTTCTGAAACTTTTTGCAGCCTTGATCTTTGCCACAGACATTCTCACTTCCTCATGCAGATTTTCTCTCTGCTGAACACTTGTCCTCCTGCGGGTATTTACATCActacatgttttattataaagCAGGTGTTTATAGGTGATGACTTAAAAAGCCTCACTGGGTTTTCCTTTTCAGTTtcatatgatttaaaaaaaaatgtgtcaaattGTACTGATATCGGGTATCGGTCCCGTGCTGTGATCATCAGTATTGTCCCGAAACCATGTGATACTGTGTGACGTAAGCCTAGTGTGTGTTGTTGGGCTAATGAACAGACGCCGTGAAATGACAACAATCTGGACTTCATGAGAGCACTTCATTTatgcgagcactgagacacgtgCTCTGCTTTTCATTCTGCTCATGAGTCAAGATGCAGTTCAGTTTTTATTTGCGGCCGTCCCCTGCACTAAATGCTGCTTAAACGAAATAACGTAAACTATAAAACTTTGCATGAGGAGTTGCATGGCAACAACCAACATAAACATTGCTAAGTACTCAATTCAGTATTCAAGCCCAAACAATGTACTCATACTTCTACTCggtttgaaaaagaaaaaaaaaatagatccttcttaataaatataactttattaaTAGTAGGCTGGAATTTCCATCTCTGTAACtgcaaaaaaatcacatgacatGTTTTGAGAACCTGTTTGCTCCGTGCTGCACATCTGAACTGGTGAACGTACGGTCCTCTCGTTTTCCTCTTGTTGTTTATGGCCCCTCTGTCATTCCGACATGCCTCAATCTGTGGCTTGTTCTCTTTCTGTAGTGCTACCTTGCGTGTGTGAATGGCCCCGCCCATGTCTCACTCTTCCTTCCCCTCTTTTTAACCGTCCTCCGCCCTGCCCATGGGGCTCCATAAATATCATTTCATCCAGTGGAGCCGCTGACATGAACCAAAGGGTCACCATAAATAATTCATCCTCAGTCCCAGCTCCCTGTTTAGGAATTCATACCTCGTGGTCTTTACTGTCCAGGCTTGGGGCCATGTATGAGAATCTTCAGTGTGTATTCGCGTGTGCGCTCCTTATAGCATGGCTGTACACCTTGGCTGCAGAGAAGCCTTGATCTTTGCCGCACACTTTCCTCTCACCTCGTCATGCAGCTAGTCTCTCTGCAGAAACCTTGTTCCCCTGCTGGTATTTATCTAGCTAAGTGCTTTCATATCAAGCGGGTGTTTATAGGTAACCACTTCAAAAGCTGTACTGGGTTTTCCTTTTTgctttcatttgatttttttttttttaaaatcagttctATTTGGTGTGTCAGATCGTCTCAGTAATTGTCTGGGGATCGAGTGGCAGTCTCAGGTATGCGAAGTATTTCTACTGACGGTGCACAGCTAGCAGGCGTGCTTTGCTTTGCTGAGGAGGAGGGGAGCTTTGTGGCTAATTTCAAACTCGCAGAACCGCACTAGTGTTTCTGTGATTCCTCAGTACCAGCACTACATTAACTGCTCCTAAAAATTGCCAGTGTAAATAGAAAATAGTAAGCAATAGTTCAATGAGTGaagattaattaatcattttccaataacagcttaTTGGAgcttcctcttctaccacagcgaTTTAGCAATGTTTGCaagttttcatttattagtgaatgacatgttgtactttttatccatttatagttatgtttactgttgtggaatgtccatgaaacaagttagtttctgttattacttacatttgtAGCATTTATAAACAGTcagaatctctttttttttcttctgtcacctgaaattaaaaaaaaaacaaaacaaaaaaacacagcttgtcatgttaccaagaaaatggaaatgttattaagaaactgttacaaaacactgacaccggagactcctttcgtaaatgttacataaacttcactttacagaaaccttcatgattaaaatctttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatttaaaatctgttttattaaaCTTGGATTACATGAAGTCTAGCGTACAGGTTCCTGTGttaattgttactatagaaacgatattgaccaatcagagctgaGAATTTAACTTTACAATATcagtattattataaatgatctTACAGTGTGCTTTTCTGAGATTGCAGGTTTATttatatcaatttttttttaaaaatgtgttttgaatatattttttatttaataactaaaatTGATTGGAAGCTGATTTCCTGTTCAAATTTTgcactgaatctttaaaattgtaaaatgttactaTTCACagaattagattttaaaaaaaaagaatttttccttcttttcgatgtttaataatttttgtaCCCATTAAATAACAGTATTATTGAACTTGGTTATGATGCAATGCTACCATGTTGCTGACAGTTTTATGATATTTTAGCAAACTTAGTATATCATGATCTATATTGTGTGTCAGTAAGTaatgcatgcacaaaacataGGACAATGTAGATGAAGCATATTAACtgataaaacatttccaaataaagattacatcatcattattttttgtaacTGTTTTAAGTCATCAATGCATTTAATACTGTTCTGGAAAATAAACAAGGTCAAAAAAGgtcaataaaatttttttttaaaaataaattaataacagtaatagtTATTGTCTGACAGTAGGcccatttttcactttctaaaGACCTAGTCTTGATGTTTCAGTTGGCTGTAAATGGGGTTTCAAACATACCAGAGCCATGAACAAAACCACCATATTTACATGTGTGAGGCCGGTTATACCGGCTGTGTGTAAGTTAGTGCTAAGCGAAGTGGCTGAGTTACAACTCACACACCAATATTACTGTTACACTGCAATGCGGTTACTAACAGTAGCATGATGATTGATCTAGTATTCCTGTTGTCATCATTTTTAAGGTACAGGAGTTTGTCTATACCTTTATAtcgatatgaaaaaaaaaatctgtcagtaAATAAGGTCCTTTAATTCACGTCACCAATCCTGTGATGTATACCAATCCCGTGAACCTATATACGTTTTATCATATCAAATTTTTGGCCAATGCACACATTACTCATTCCTAATAGATCTGAATATAATTATAGTAGATGAGATTGTTGCTAATGAGCCTCATGTCTGGTGACACATTTTCATCACCAGCTACACTCCCTTAGCATTATTCTCCAAAGTGTGAAAGTTTACACACCCAAAtgaaggacaaaatgaagaagacagACATCTAGTTCATATAAGACATGTAGGTTTAGGTGTGGTAGTTTTCAAAGATTTTCCTATATCATCACACAGCATAACAATGGCTTAGTGCTGTTTGTTAAGATATTaaaagtggatttaaaaaatgaaccaaaatcATCAGTTCAAAGGGTTTAATGTTTTTCAGTGagaagtagtgtgtgtgtaaatttttacACTAAAgattctgtgttgcagtgatgc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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU208331 lncRNA downstream 55 4839988 ~ 4840693 (-) True G176028
TU208311 lncRNA downstream 104332 4732382 ~ 4736416 (-) True G176015
TU208248 lncRNA downstream 207963 4630348 ~ 4632785 (-) True G175967
TU208239 lncRNA downstream 217761 4622128 ~ 4622987 (-) True G175963
TU208186 lncRNA downstream 336427 4499478 ~ 4504321 (-) False lto1
TU208726 lncRNA upstream 262973 5110114 ~ 5113268 (-) True G176336
TU208744 lncRNA upstream 457473 5304614 ~ 5407099 (-) True G176354
TU208989 lncRNA upstream 784685 5631826 ~ 5715020 (-) True G176556
TU209305 lncRNA upstream 1235687 6082828 ~ 6167802 (-) True G176817
TU209304 lncRNA upstream 1325057 6172198 ~ 6176354 (-) True G176816
XM_026930525.2 mRNA downstream 152170 4656606 ~ 4688578 (-) False pacsin3
XM_026930523.2 mRNA downstream 152172 4656606 ~ 4688576 (-) False pacsin3
XM_026930522.2 mRNA downstream 152172 4656606 ~ 4688576 (-) True pacsin3
XM_026930524.2 mRNA downstream 170517 4656606 ~ 4670231 (-) False pacsin3
XM_026930626.2 mRNA downstream 242975 4587003 ~ 4597773 (-) True zgc:153993
XM_026930860.2 mRNA upstream 60792 4907933 ~ 4919259 (-) True scamp2l
XM_034308991.1 mRNA upstream 76222 4923363 ~ 5032894 (-) False myo9aa
XM_034308996.1 mRNA upstream 76222 4923363 ~ 5032894 (-) False myo9aa
XM_034308995.1 mRNA upstream 76222 4923363 ~ 5032894 (-) False myo9aa
XM_034308992.1 mRNA upstream 76222 4923363 ~ 5032894 (-) False myo9aa
XR_003403708.1 other downstream 740322 4100371 ~ 4100426 (-) True LOC113536798
XR_003403707.1 other downstream 740897 4099795 ~ 4099851 (-) True LOC113536797
XR_003403699.1 other downstream 743978 4096714 ~ 4096770 (-) True LOC113536789
XR_003403709.1 other downstream 745486 4095207 ~ 4095262 (-) True LOC113536799
XR_003403701.2 other downstream 787981 4052589 ~ 4052767 (-) True LOC113536791
TU208693 other upstream 232676 5079817 ~ 5080895 (-) True G176307
TU208689 other upstream 292469 5139610 ~ 5190522 (-) False trip4
TU208736 other upstream 344823 5191964 ~ 5196818 (-) False trip4
trnai-uau_1 other upstream 443361 5290502 ~ 5290594 (-) True trnai-uau_1
trnai-uau_2 other upstream 467021 5314162 ~ 5314254 (-) True trnai-uau_2

Expression Profile