RNA id: TU216450


Basic Information

Item Value
RNA id TU216450
length 9568
RNA type TUCP
GC content 0.41
exon number 2
gene id G182877
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 16913258 ~ 16922922 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

CTCATACCTGATGATGCTTCTACCAGGAGGTGTGTGAGCTTAGGGATGAGTGCAAATAACACATGGAGGTAATGTCATATGACAGAGTGAATTTACccatctgttttatttctgtaaaaagcACTTGGTATCAGTTCATATTTCACcactttctgttttattttggtgCAGTctctgaaatataaatatgaaggtGTGTATAGCGAATGTATCAGTAAGATTTGTTAAGTTGAGAAGATGAGCCAAGCACGTAttgatattgcaaaaaaaaaaaaaacaaatagtatGGTATCTCTtgaagtaaaattttaaaactggTTACCCAAACAGCACACAAGGGTTAAACATGGGATGGCAAAAAACACAGACTCTGTCCATacagaattattttacaaacaaacaatatataTGTCTACAATAACATTTTGCTATATTTTGGTgccatagtttttttttatttctgaactttccatgCAGCTTTATAAAAATTGTGCTTAGATTGTAGTTGACGGTACTTAGAGAGGTGTAATAAAAGTAGAAAATCGtggagcaacagaaaagcgttctcCGTATCATCACGAGATTGCATGTTCAAATCCCGCCACAGCCATCTGCGGTCAGGAGCCAAGGGATCccaattggccatgctctctagGTGGGAGGGGCTGCATgctctctgtcaatcacagcaacactaggcatgtatgtggaagagggcagaaagCCCTTTCTTCTGAACGTGTTACGTGTgttgcagcatgagcagcagtttggtAGAAATCTGGTAGttggtttcatgtgtctcaCAGTacgcacgtgttagccttcacactCCCAGGTCGGGAGCTGGCGTATGATGGGGAAAGCAGACTGGCAGGGTGGCAATTCCCAAGACCAAGATGGGGGAAAGAAAATAATGGCTTTGCTTCACTGCTTCTTGGAGGTTTTCAGACACCACTTGGAGAGCCATGGATGTGTAGCAGTTATTCGTATTGTAATTTCGGTAACATTAGCAGATAAGTAAGGTCATTATACCAACGGATCTGCGCATTTCACGTTAATTTCCACAACCATAACCTCATTATTCCAGAATGACGTACAGATATGAGCTGCTGAGCAACCTTTCTGCACTCACaaactcttcttctctctgACTGTTTAATAATTACACTTGGATTAggttttgttttgatgaaaatgatttaaaacccAAGCAGCGCAATTAAAAAGCTGACGAGATGCACTCATGAGacttgtgcatttttatttatggtAATGTTGACACCAAAGCCCACTCTCCCCATGCGTATAACTTATGGATCGGATCACATGTAAAACACTCTGCATAGAACCTGCATTTGTAAGAATGTGCACTTTAGGATACATATAAACAGTTAATTCAGAATCTGCAATCAGAAGGAATTTGTTCAGGTTGTTAAATCTTTAATTGTAAACATAGCTACTGAGTAGTGCATGGTATGtgaaagttagctagctacccATATGGAGGTTTAGCTGTGGATTATGTTTTGAGGTCAGTGTCCGGGAAAGGTTCTGATTTGGTGCAGATCACAGTCACAGGCTAAAGAGTGATGTATGCCATGTTTGCCACTGCATGCTGAATACCAGTAAAACTGACACACTGAATGACTGGTTAAGTTGCATGTCTTTAAATctcattttaattgaatttgaaaCCATGGCTTGAATTCAGTTGGGGAAAAgtctgatttctgttttttcctgaaAATCATTCCTGTGTAATTCAGAGATCAAGAAATCAGATTTGAGTTTTTAAGTTGTAAAGGAGTACTACACCTCTCTGTGAAATGAATTTAGGTGGCAAATGTGGTggcaagtttttattttttaaatgtggctGCGTCTCGTGTGACCACTCCcgtttttataattttgtttccCAATAAAATAGTTACCTCTTCATTCACAACCCAATCCACTGTGCAGAACTGCAGTCTTGGTTGTGCTTTGCTCTCAGAGACATTAACGAATGCTGTTATGAATACATGTGAAAGGTAATAGCTGAAAATCAAATAGACAGAAGTTAATCAGTGAGGTTGCCATGTGATATGTCTCTGTGGACTTTTACATTGTTCCTCTGAGTTTGCGCTGAAGAATGTAGAAATGACGCAACTAATTATATCAGAGACTTAATGTGAATCTTGGGTTGAACATCAGCGTTGTAGGACATGTACCAAAATTAGTAACATAGCACAAAATTCAAACTTTCCTTCTATATAGCATGCAGACTTGAAGAAAACACTTATATTTGATTAGTcatctattaataataattgttttaaattgaTACAACGGGGTGGGTTACAAATGTGTCATCCAGTTTCTGATAGTAATTCTTTAATGGTTTGTTGATAGATTTGTGCAAATGGTAATGagagagtgtagtgtgtagttcAGCACATGGTCATGAGCCTGATCTTGTGCTGTGGTGTTAAAAGCATCATTAAAAGCCCTACCTTGTGCAGCTTGTGTGCTCAGTAAGTCCATACCCAGCCACAGAAAACACAAGTAGCTTTTATGAGATCTTTTGGAAGGGCAAAGAAAGAAGATACGCATTAAGGAAACAAGGCAGGAAGTTTTTGACCACTCAGTAACCGTTATTCACCCCAGTCTTCTTTCAGGCTTTCGTGAAGGTTCAGGATGTGGTATGCTTTCTGGAAGTGAGCACTGTTATTGCTATTGGTGGTTCACTATGTAAAATCCATTACACAACCATGTACTTGTCCTCGTCAGGGGCCAGGGCCTAAAGCTGATCTGGTGTAGTGGAGCTTATGGgtatattctttttctttctttgtttcccattttttcccccctgtttTGGTCACCTGCAAGGCGACTGAGGTGAGCAGGGGTGAGAGAGTATGCCAACtgtcccacccagagagcacggtcAGTTTGGCCGCAGatatggctgtggcatcattagGGTTCGAACTCGCAATCTTCCGACGATAGGGCGAACacttctgttgcaccactcaggagccctcTGAGCTTGTGTGTAGTTTCTTTGCTCTGGTAGCCctttttcacttaaaaaaaaaaaggatctggTTGTGACCTGATGCCAAATCTCAAACCAGTGTGTACATTTGCACTGCAAAAGAGCAGAGTCTGTGTTCAGTTCCAGCTTATGGCATGGCGTGATTCCCCAGTAGATCTGATCCCAGGTCTGTCTGAACCTTGGCCAAGTATGTGTGTCAGTTTCCCATCAAACATTACCTGTGAAAGTAAGAGGAGTGCCTCTGGAGCTTATTAGGTGGTAATTATTGATACACCGATTGTTAAAAAAGGGATTTTTCAAATTAAACCAGGCATCTTATTTTAAGGTGAAATATGTTGAACTGTTGAGacagaatgtgaaaaatattgAAGCTAAATTTCAACTAACAGTTATGCTCTCACCCAAATACAGATGAGTGTGCCAGTAATTCAGGtttttgtgctttatttctGACTGCCTGCTCCCACCAGCATGAAAGTCTAAACCACACGCTCCCACTAATTTTTTTGTAGGGTCCTATAGGATCCCAGTTTAGTGTATAGCTTAAGTATGTTTCGCTCTAAGTAGGACACAAAGTGAATAGAAATCCATTTGGGAATTGTCAGGTTTTACTTAGATCACGGATCAACAGAGATGAGAGAACATCACTATGGGTAACTAAATGACTTTAACACAAAGCCCACCTCACCCCATATAATCAGACCATACTAGCAAAACTGTGACAGAAAAGGTAAAGAAAGTAGTTCACTCATGTCATAATGCTATTTTCAGGTTAACCTTGACCTCAATGTCAAGCCAGTCTAAGGAATCACTAGGCCCCTGCTGGCTGCAAGGATTCGTCAATCAAGAAAGTATGAATAGTGATTTGATAGATTTTTCTCTcagaagtgtattttttttttttcctcactggCTTAAAAGTAATTTAGTATATATTAAATTGACAGGCCGaccagaactttttttttttggcctagCAGACTGAGTGGGTGGGTACAGCCCCCTTAGGCCTGCTCACCATGACAGGCCTGGTGAAGGATTTGACTTTCAGTGGTGAAATTCTAGCCTGTTATTAATTTAATGCTGTGCATTAGTAAACTCTCACACCTGAAATGccaactgaaaatggaaaaggGCTGTGGTTGTCTGAATTTTCTTTAGTTAAAATCATGTGGATGTTAAATGTagtttgcctttgtttgttttttatcttgGGGTTTACAGCCCTGCCCATGAAAAAGACTTTCACACTTGTATTTTTTCCAGACTCTGCAATGGTTGCCCCTAGAGTTTGGTGCATTTGGTAAGCTGTTTTTGATGCTCTTTACTGAGTAACGTGAACTTGTCACATGACTTCCTGAAAGCCTTATCGATGTATACGACCATGAGTTCAGAGGACTGGAGTGCTGCAGTTGGCTCACCTTTCTGGTGTGAGTGCTTGCACTGAGAGCATTGAGGAAAACGCACGTGTCATGATGGCTTGCATGGCTGATCTTCTTAGATGAGAATGATTCCTCATTTGCAGTTATTCCTGCAAGGTGACATgctgtgaatttaaaaaaaaaaaaaatgttcttcacCACTTGAATGTTGGTAcagaaggaaaataataaacaataaacagatgaacATAATGCCTTCCATTTTCAAGCCAGAGTGATGTATGGAATTGTGCAATTAATCCACAGTTCGGAAGGAACTCTTCTACATGAATGCAAACCGGTGACTGAGCCCATCCTCTAAAACAAGCCTGGAATCGGTCTTGGGTGCAGCCCCAACTGTTTGGGCCAAGTGTAGTCAAGTGCCTGGGCTATGTTTTGACCTGGAAGACTGGGGTTGTTTTATAGTACTTCCTGTGCTCAGAGTGTGTTCTGtcattaaatggttaaaatcaTTGTTTAGATGTTGTAGAATAATTGTTCAAAGATTCTAATAAGATTGTGTATCAGTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_004579047.1 lncRNA upstream 56121 16852408 ~ 16857137 (+) True LOC117598387
TU216395 lncRNA upstream 187731 16713713 ~ 16725527 (+) True LOC117598408
XR_004579080.1 lncRNA upstream 192510 16708625 ~ 16720748 (+) False LOC117598408
TU215985 lncRNA upstream 652942 16260058 ~ 16260316 (+) True G182483
TU215642 lncRNA upstream 904023 16006054 ~ 16009235 (+) True G182190
TU216484 lncRNA downstream 37737 16960659 ~ 16961299 (+) True G182906
TU216493 lncRNA downstream 66397 16989319 ~ 16989519 (+) True G182910
TU216515 lncRNA downstream 156715 17079637 ~ 17083529 (+) True G182932
TU216521 lncRNA downstream 198991 17121913 ~ 17134999 (+) False si:ch211-126j24.1
TU216605 lncRNA downstream 485623 17408545 ~ 17411425 (+) False kcnh1b
XM_026923600.2 mRNA upstream 51109 16858927 ~ 16862149 (+) True LOC113532286
XM_034308535.1 mRNA upstream 51109 16859207 ~ 16862149 (+) False LOC113532286
XM_026916547.2 mRNA upstream 66054 16814608 ~ 16847204 (+) True ap3d1
XM_026916555.2 mRNA upstream 66054 16814608 ~ 16847204 (+) False ap3d1
XM_026916562.2 mRNA upstream 66054 16826661 ~ 16847204 (+) False ap3d1
XM_026919098.2 mRNA downstream 26826 16949748 ~ 16975577 (+) True tle5
XM_026919107.2 mRNA downstream 26837 16949759 ~ 16975577 (+) False tle5
XM_026916486.2 mRNA downstream 77183 17000105 ~ 17066956 (+) False tle2b
XM_026916459.2 mRNA downstream 80776 17003698 ~ 17066956 (+) True tle2b
XM_026916476.2 mRNA downstream 80776 17003698 ~ 17066956 (+) False tle2b
TU216336 other upstream 328315 16583303 ~ 16584943 (+) True G182819
XR_003403746.1 other upstream 332955 16580236 ~ 16580303 (+) True LOC113537281
TU215983 other upstream 657406 16255063 ~ 16255852 (+) False LOC113532318
XR_004579090.1 other upstream 2201531 14708927 ~ 14711727 (+) False pdzk1ip1
XR_004579085.1 other upstream 2266436 14622543 ~ 14646822 (+) True si:dkey-121a11.3
trnak-cuu_26 other downstream 106950 17029872 ~ 17029944 (+) True trnak-cuu_26
XR_003402991.2 other downstream 273358 17196280 ~ 17215883 (+) False LOC113528769
TU216628 other downstream 516874 17439796 ~ 17445059 (+) False LOC113536271
XR_004579126.1 other downstream 675542 17598464 ~ 17636395 (+) True anos1b
XR_004579060.1 other downstream 749249 17672171 ~ 17751502 (+) True mcf2l2

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU221635 True 5147 lncRNA 0.38 2 CI01000046 764897 ~ 770106 (-)
bowfin (Amia calva) TU137257 True 1644 lncRNA 0.45 1 CM030134.1 4266827 ~ 4268470 (-)