RNA id: TU217567


Basic Information

Item Value
RNA id TU217567
length 11862
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 4
gene id G183798
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 18576732 ~ 18588716 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU217575 lncRNA upstream 6773 18568625 ~ 18569959 (+) True G183805
TU217556 lncRNA upstream 138771 18429506 ~ 18437961 (+) True G183787
TU217463 lncRNA upstream 339612 18166622 ~ 18237120 (+) False LOC113526284
TU217351 lncRNA upstream 660522 17916003 ~ 17916210 (+) True G183585
TU217344 lncRNA upstream 673748 17902785 ~ 17902984 (+) True G183578
TU217566 lncRNA downstream 4982 18593698 ~ 18597240 (+) True G183797
TU217565 lncRNA downstream 10002 18598718 ~ 18604922 (+) True G183796
TU217958 lncRNA downstream 302523 18891239 ~ 18894875 (+) True G184167
TU218141 lncRNA downstream 423691 19012407 ~ 19012612 (+) True G184309
TU218173 lncRNA downstream 492536 19081252 ~ 19081485 (+) True G184340
XM_026914759.2 mRNA upstream 25578 18427082 ~ 18551154 (+) True si:ch211-51h4.2
XM_034308949.1 mRNA upstream 25578 18460802 ~ 18551154 (+) False si:ch211-51h4.2
XM_034308548.1 mRNA upstream 167675 18190616 ~ 18409057 (+) True LOC113526284
XM_026928442.2 mRNA upstream 442751 17933916 ~ 18133981 (+) False nlgn1
XM_034308905.1 mRNA downstream 77860 18666576 ~ 18671367 (+) True LOC117598435
XM_026926001.2 mRNA downstream 130508 18719224 ~ 18741759 (+) False si:ch211-247n2.1
XM_034308927.1 mRNA downstream 130552 18719268 ~ 18741759 (+) False si:ch211-247n2.1
XM_026926016.2 mRNA downstream 134310 18723026 ~ 18741759 (+) False si:ch211-247n2.1
XM_026925993.2 mRNA downstream 140690 18729406 ~ 18741759 (+) False si:ch211-247n2.1
TU217312 other upstream 780113 17795445 ~ 17796619 (+) True G183549
TU217273 other upstream 794919 17773713 ~ 17781813 (+) False ect2
XR_004579060.1 other upstream 825230 17672171 ~ 17751502 (+) True mcf2l2
XR_003403373.2 other upstream 827441 17672171 ~ 17749291 (+) False mcf2l2
XR_004579126.1 other upstream 940337 17598464 ~ 17636395 (+) True anos1b
TU218227 other downstream 666241 19254957 ~ 19269222 (+) False adgrl4
TU218488 other downstream 943365 19532081 ~ 19553522 (+) False si:ch73-40i7.5
TU218486 other downstream 961666 19550382 ~ 19553522 (+) False si:ch73-40i7.5
TU218602 other downstream 1106528 19695244 ~ 19700274 (+) True rps15
XR_004579107.1 other downstream 1239270 19827986 ~ 19834414 (+) False tax1bp3

Expression Profile