RNA id: TU233737


Basic Information

Item Value
RNA id TU233737
length 6551
lncRNA type intronic
GC content 0.39
exon number 2
gene id G197397
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047606.1
NCBI id CM018552.1
chromosome length 26563515
location 15705132 ~ 15714087 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

gcaagacAGTGTCTAACTGATGACGTTGTTAGACTCACACTTTATTCAGCTGTCAATGTGAGTCATGTAGACAGGTGTGAGAGGTACATTACCTCATCTAATACAATCCACCATCTTTCtggacctctgtgtgtgtgtgtatgcacaagCAGCCAAGGTCGAAGGGTCACTGCCACACCACACAGGAAATTAAGACTTTACTCCCCTCCCTCTTTTCTCCCTCCCTTTCTGTCTTAGGGATGATattaagtttgtgtgtgtacacctgtcTAAACGACTCTTCGGCTGACAGCTTAAGTGGTATGCTCTGAGGGgaagggtgtgtgtatgtgtgtttgtgcatacacctgttgtATACAATATATAGAATTGCTGTATTTCTGAACAGGGTTAATATTACCAGCATAAATCTGTATCCAGTgctaactttattttatttgcttacttacttacttactcactTATTTACtcattcacttatttatttatttatttttgataaagCCGCAGTATTGGACTGACTGTTATTTATTCTGTGCACAAACTTCGCAGGTAGAGTTGGTCATTCAGAAATTGAGCCAAAGTACTGCTATCAAATGTCTCAACATCACATCCTCCTAGACATTTTGTACCACCATCTCatacatgcaaaataaacacagctaaTATCAGGCACTGAAACAAAATTAGAACTTGATCAATGTTATTAACTTGTTCATAAACTCTGCTTATACTTTCTGTCATGAAAGTATAAAACTTCACTGatgtaaaatacagtatattaaggGACAGATGTATTCTCCTAAACAGAGCTGATGGGAACACAGCCTAGATGTTGCTTAGATTTCGTTtgatataatatattattgatGTGTACATGGTTACAGGCCGAGAGACTTCTCTCATCTTGAGttttattcattcgttcatcctCTTTTATTATAGAATGATTGAATTAGATCACAAGCAatcaatgttttattccttccttcccttcttcATCCATTCATATTTCAGTCTAATCATGAACAGGTGGAGCATCCTGTAATTTGCTCTTTTTTCCAATGCAACCTGACAAGAAATTCCACAGCAAAGTGAATTATTCATGAATGTGGCTATGTGTGCGCGTGTTTATGGTGTGTTGGCTTTGTGCCTGTCACATGATGATGAATGTGTTTGGGAGGTGTTTAGTAAATTGTTTGTTCGTGCTATAGCGCTCCATATGTTAGATCAGTTGCCCACAGACGCCCTCTGATGTCATGTGCTAAATAGCTCACCCAGAATTTCTCACCTACACAGAGAGTAATTAGCCTGGAGTCCGACGGGACCCTGACTGCGGAAAATGCAGGTTTCAGTCACAGCATCTCACAaacatgttttacagttaaggAGAGATTAGGTATAGCCCCAGGTATTTCATATGTATTTCTTGCTTGCTCTTTCAGTGATACTTCTGAGTGTTCCTCATTCTTTtgctcattctctcactctctgtatgTACCTGGTACCTGTTGGTGCTAGAGACTCCCTCCTGTTAGTCTGACTAATGGCTATACCTGCTGACCGTTTGTTTGCAAAACACGCCAATTGGCCTTGCCAGGTTTACTCTGTGAGCATGCAGTTACTGGACTTGGATCGGGCGCAGGTTGTAAGTTGCAGGCCACAGGTGTCtactgtaaaaaattaaacataatgaatgtacagagtgtcccaaaagtctccatacataggggaaattaacactttttttagcaaaaggtctaattagtaataattagtttatattatatatattttttcagatagcctttaagagtgcctttgacaaaagaagaatgtattgaaatcattctcatggctggatcgggacgCTGTctcaaggttgcgatggactttaacaggaaagatggcaagcacatcacacacgaaactgttgccaaacttattaactaattcaaaaagactggaagtgttgcagaccaactgagaagtggacgtccacgaacatccactgacgaagacacaaccaacgtggtgctggcatagacagtcccctatgtatggagacttttgggacacactgtaGTGTCCTGCATGTGCCCTATCACTATACTCATCCTTCTCTACTAAATCACTCTTTGATATGGTAATATGATCAATGGCATTTCTTTGGCCAATGAATTTTGAGTGATTATGGGCTGCAAGTACTCCAGATTAACATGTTTAATCATTACcagtattaatagtattaaaGCTCACTTCATTCGTTTCTCACTGTGAGTCACTGTGATTGCTGAGTGGATCACATGAATGGGCTAAAGTCCTAAGCTGGGCTGTGGACTCAGGTGTTTGCATTCAAAATAAACTCTGGCCTTGTTGTGTTCACCTGTGTGCTGCTGTTTACCTGGTTACGACATCAGGAGGAGGTGATGACTGATCTTCAGATcaaacacagcaaaacaaagGTCGAAAATGAGCATAGTGAATGAGAGTAATTCACCTCCACAAAAACAAGCTTGGATTACAACTTCTTAGGGTATTTCCTATGTTTTAATATACAGTGCCCTTTGTTATTATTGCCACCCTTCatggaaatgaataaaatgaatatataaaaagaattacACATGTAGTAAATGTTACTTTGAAATCAAATATACAGGGacattgtatagttttattcaagcatgctttttttcttccccaaacacATTTTGACAAGAAGTTTCAATAATTTTGGATGGGAAATACTATTAtataaaaaagcagttttaatGAGAATGAGTCTTGTGTTAgaacaaataaatcattttagttttattatttttatgcattagtGCTTTAGAATAATCATTTGGTTTATTCAGATTCAACCCAAATGGCAAACAATATTCTAATGCTGGTCAAATTATTTTGTGCAAAGTTACACATCTAGAAAATCTAATACTTACACTCCCAGAACCTGTTAGTGTATCCAAAGTTACATTGCTCACTCATGttgcatatatttattattagtttctcTGCATCTACTGAAGATAACTAGTAACTACTGAAAGggaataactgaataattggTACTTTAAGGGGTTAAAGGCACCCAAACAAAGTTGTGGGATTACAGAGAGGGTCAGAGTCAAATGTGAAGTAGTTTTTATTGTGGTTAAATACAGATAACGAAACATTTGCAACGGAAACCAACCACAAAACACTAGAAACAGAACTATAGGTACAATTTGCAAGTAAACACCAACAAATACTTTGTAAGACATATACCGTATATAAACGTGTAATTTGATCATGACCTTGGTTTTGGCCTTGATAAAAAACTTAGCCTGTTTGCGTTTTGGAATAGTCCATTTATCCTTCATCACCGTGAAACAAAACCAGGAAGTTGTCAGTAGAGATTACCTACCCAGGATGCACAGCCTCAAGATTCTGCCcatagaaaaaaacaaggaagtGTGTATCCTGATCAGTGTGATCATAATCTATCTACAATTTCCACCTGTATACTACTTAGTTTAATGAAGAAAACAGGACAGCACCAGGCAGGTCTGGACAGGCCACAACAGAGCACTCTTTTCCCTTATAAAAGCCTTAATTTAGCAACATTGTAAATGACAATCACGCTTTTTATACACTTGTGACCCAAACAGCAGCTTTCACAAGCATTTAAAGCGATAAActattctaaaaataaatgcttacatGCATAACAGGGAGTCCTGTGGTTCTGTGCATAATGCTAACTGGCTCTGactatcttttattttttgttagcATCATTGTTATGAAAAGTCTGTGCAGTAAAAAGGCAAGGCTGTCTACTTTCAGCTGCATCACGTACTGTAACCGTTGCTCTGGGTACATGAACATTTCCCCAACACCTTCACAATGCTTTTCACAGTGCTTTCACAACATGGCTTTAATGTTCTTAGTCTCCTTCAACCTCCTCACAATGGCGTCTTAGTCCTCCCCTGCCGCTCGCAGCCTCCCTGAACAAATCCGCTCTGCTTTTTCAATATTCCTTTAATGTTCTCAGTCCTCCCCGAACGCTCAGGCAACATTATCAAAATGCTTTCTCAACGTTTCCCCCCGCACTCCCAAGGCCTAGCAGCTGCCTCTTGTGTCTCAGTCCAACTACAGCAGGTGCTGCGGGCTCGCAGGAATTCCGCTACACAACTCATAAATAACACctgacaaaagagagagagggagagagagaagagctgaGGTACCTTTTTGATACTGTAAGAGGTTGGAAAACGTGCACAGACATAATGTGTTGCATTTCTTTTACCAGTCAGAACcacagggaaagagaaagaaacactcTCAGATGGAGGGCGAATAGGAAATGGGGGAAAACACTAGATCAAGTAGAGAACACAGATTTCTGGTGGTTCTGCTGCTGTAGAGTTTTTGTGAGACTGTGTTTCATGTTGGATGTACACAGTGCCATTTTAGACCCTGCAATTACTATACAGCACAGCCATGTGCATGTAGCCTAAAACTTCATAATACTTACAggaaatgcttttaaatattgATGCCTTCACAAGCCAGTTTTAGAGCAACACGGGATTAAACAATTTATGATCAGATGTTAGTTCTGTCCATTAGAGTATCATACTCTTAAACCTAAAGCTCTTATGTTTTTATGTAGGCATTgcttttatatatgtttttctgCTCGGCATTAGGTGATGAAAAGAGACTTTAAAAGCCAAATGAACATGTTTGACTAATGGATCTATAAGAGAGAACCTGGGCACTCTAAAATTGTTCTTAAAATggtgaattaaaataaaagaaatgggAAGCATTAttccactttctctttcttctgatTTCATAAGTACAACAAAGATAACAGGATGAGTCTGTTAACTATGATGTTAATCTCATCAGCAGTGAGACTGAAGGAGAGTAAATCATTAATGTCCCTTCAGCCAATCACTGTCCATCCTGAATATAACTTCTGGCGTGATAGGTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU233452 lncRNA upstream 436392 15267299 ~ 15268740 (+) True G197174
TU232573 lncRNA upstream 1090475 14612293 ~ 14614657 (+) True G196387
TU233741 lncRNA downstream 7508 15721595 ~ 15722402 (+) True G197399
TU233783 lncRNA downstream 139847 15853934 ~ 15856543 (+) True G197434
TU233857 lncRNA downstream 332216 16046303 ~ 16046505 (+) True G197498
TU233860 lncRNA downstream 335509 16049596 ~ 16049892 (+) True G197501
TU234038 lncRNA downstream 784348 16498435 ~ 16498661 (+) True G197659
XM_026914901.2 mRNA upstream 90262 15605292 ~ 15614870 (+) True LOC113527272
XM_034309189.1 mRNA upstream 100636 15527593 ~ 15604496 (+) True svila
XM_026915979.2 mRNA upstream 100636 15543363 ~ 15604496 (+) False svila
XM_026915970.2 mRNA upstream 100636 15554630 ~ 15604496 (+) False svila
XM_026915971.2 mRNA upstream 100636 15554630 ~ 15604496 (+) False svila
XM_026915585.2 mRNA downstream 1057150 16771237 ~ 16777328 (+) True ppa1a
XM_026915913.2 mRNA downstream 1064202 16778289 ~ 16783706 (+) True sar1aa
XM_026915914.2 mRNA downstream 1064905 16778992 ~ 16783706 (+) False sar1aa
XM_026915555.2 mRNA downstream 1141602 16855689 ~ 16863437 (+) False anapc16
XM_026915554.2 mRNA downstream 1141625 16855712 ~ 16863437 (+) False anapc16
XR_004579176.1 other upstream 2146619 13483301 ~ 13558513 (+) False tcf7l2
XR_004579175.1 other upstream 2146703 13483301 ~ 13558429 (+) False tcf7l2
TU231182 other upstream 3231393 12472683 ~ 12473739 (+) False LOC113527673
trnaq-cug_16 other upstream 4418864 11286197 ~ 11286268 (+) True trnaq-cug_16
trnal-aag_8 other upstream 5640506 10064545 ~ 10064626 (+) True trnal-aag_8
TU234137 other downstream 1141683 16855770 ~ 16863495 (+) False anapc16
trnai-uau_6 other downstream 1863196 17577283 ~ 17577376 (+) True trnai-uau_6
TU234778 other downstream 2441064 18155151 ~ 18158629 (+) False pde6gb
TU235296 other downstream 2727799 18441886 ~ 18510159 (+) True G198737
XR_004579138.1 other downstream 3091998 18806085 ~ 18812262 (+) True si:ch211-221j21.3

Expression Profile