RNA id: XM_034300373.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_034300373.1
length 3022
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 11
gene id si:dkeyp-67f1.2
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 12204441 ~ 12213657 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

CTCaatcttcatgttttattcGTGCCGAATTTAGAATCGACCAATGATAGGTGCGATAGCTTTTGACGTCACTTCATCAGGAAGTAAACAACAATGGCTGTACGTTGTACGAATAAGTTACACTACtcgtatttatgtatatttgtagcggtgtgtgttttgtttggaaAGTCGGCCAGCTCTTTACCGTCAGCTAAACCTGGACATGGTGAATTCAAACATTTCCGAAGTTTTCGAAGTGTTTTAGAGCCTACAGCTCCACCTCCAGGGcTGCAGGTCAGGCTGCACCCCGGGGTCGTTGCGTCCGTCGTAATCGTCGCAATTGCTGCAACAGCGGctgcagtttttattattaggaaGTATTGTTTCCCTCAGAGTGATGCCACATACAGATACTCTGTGCTGAGGCAGATggaggagcagagagaggaagaatcTGATGAGGACCTTCTGGAGTGAAACCAGGCGTGATGTGGATtcgatttttttgtttttaaataattctggaGATTTTCTTCACAAACAGTTTGTCCTTTTCAGCCCGTCTTCGTTCTGTCCTTAGTTTTAATGCCAAAACCATTATGGGCTTTTAAAGGTCACATGGTGCTGGTAAACATTGTAGCTATGAATGGTAAGATTATTTATTAAGCACTGCCTTCAGGAACCACATTGAAACAATCACAAAGTGGGAATCTGTGAAACATAGCCAATGGATTTGtgatttttgtattattattgttgttgttgttgttgttggtatttgttacaggaaattacaGCCCACTATTTTTAAAGTTACTCTAATTTTTGAGTTTTAATAGGTTGGGAATATGTTTGATATAAAcctcaaaaactcaaaaacaactCAACTTGAacctatttttttctgtcagtggaaagttcaggaataaaaagttaCATGGCTCTGATAAATGGTCAAAATATGATTGTAcaagtttaaataataaatctatctatttgaatagttggatcatgtttaaataaatctgtattgaggaggtccatggaatttattaaagttaaaggggtccctggctgtaAAATGTTTGAGAATGACTGCTGTACAGTATATCACAATAGTTAAATGGACTTTATCACTCTCCTTAATCTGTATTACCACTAATTTTTTGGAACCttatgctgaatgttttttttttcctctttatttattgtttgtattgtatttacaagagttttgcatttttctcCCCCTATTCACATCAAGATTTGAggtgtcttttttgtctttgagGTGACTCCCCTTGGGCTTTTGCACATACTTGATTTAGTTAAAGGTTTTgcatttctttcagtttttttaaatgtgaacagcggttatgtaaatgtgtttggTCTACCAGTATTCCACTcctgtattattaattattaactgaGATGATTATGTTAAATCAGTCTTGGGTTATTCTATATTGTTAGATAACTTAAATAAGGTTCTTTCTGTAttcttttgtgttgtgtttgttttattttgctgtctGAGAATGTGGGTAGATTTCTTTGCGTTAAATTGTGTTGACTATGTTTTGCTGTAGTGTTATATTGTATGTACctctgaaacacatgaaacaaaATTTTAGGACCTGAAAATGTCTAATCAGTGATGGCTGAAAAATTAACCACTCAAGATTAAAGTTATTTCAAACTCTAAATACAACTGCTGTAATAAAAGATGGTTGTTTATATAGTGGACGGTGCAGTGGCACAGCCAGTAGCATTACCACTTCACAGCTCCTGGGTTCcgggtttaatcctgagctcgagttactgtctgtgtggagtttctgtgcatgctgTTCCTATGTCTACATATGTTTCATCTGggttcctcccatctcccaaaaacatgtcattaggtggattagctaagataaattgcccctagttttgaatgagtgtgtgaatcagGATAGGATTCGTATCCACTGCAACCCttatcaggataaagcagttaataaaAGTGGGTGacaatgtgtgtatataagtagCTTTAAATCAACAGATGACAGCTATAAATGGACTGACTCAAAACAcacagtggagaaaaaaaatatttgagttCAGGGTGTGTAACTGTTTTGGTAGCTTCTAGGCAGATTAATTTTCTCAAACTGAATTATTAAACAGCTCCTTTCTGTTGGTAGCCCAGTTTCAGAAATACGATGTGTTTAAAGTAGTATTGAAGGTAGACAAGATGAAGACAAGCAAGATGAGATGTCAAGATGTGCGTGGAACAGAAAGTTCTGCATCAGACTGTGTTTCTCCAGCTTTGTTTGAGCCTTCTCCAGGTTGCTGTCCTCGTAAAGTATGCCCTGCAGACCACTTCCCCTTCTTTCTGCGCAGTGGAGTAGCCAATGTGGTTGGGCCAAAGATCTGCTTTAACAACAGGATTATTATGTCAGGAGGACAAAACAATGTTGGATGGGGTGTGAACATTGTGACAGTGGATGGAGAAACTGGGAAGATATTGAAGAGTGACTTCTTTGCGATCTATTCAGAAGGATTGCTTGACTTTCTAAAGACAATACAAAAAGGAAATATAGTTTTAGTAGCCTCATATGAAGACCCTGCAGTACAGTTGACTGATGAGATCAGAGATCTGTTTGCTGGATTGGGCAGCAGTATGGTCTACTCTGTGAAGTACAGGGACAGCTGGGTGTTTGCAGGGGCAGGTGGACTAAATAAGGAGAGTCCATTTGAGAAGCTCATCGTGAATGATAAGCAGACGAATGCATATGGAGATTGGCCAGAGATGGGGGAGCTTGGTGGCTGCTTTCCCAGAAAGGTTTGATCAGCACTAAATGAGCCTGCTGCACCAGCCACCTGGAGAccattaaaacacagaacattGCAACTGTGGGATGTAAATCATGacatttttaactgtttcaAAATGTTCACATATGGATGCCTGGATGTATTAGCCATACATTGGCCTTAATTTGAATCTTAATTTGAATCAGAAATAAatccaaacaaatac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU30282 lncRNA upstream 166427 11946093 ~ 12038014 (+) True G25624
XR_003403381.2 lncRNA upstream 229452 11957228 ~ 11974989 (+) False LOC113533008
XR_003403384.2 lncRNA upstream 229452 11957253 ~ 11974989 (+) True LOC113533008
XR_003403548.2 lncRNA upstream 398982 11803590 ~ 11805459 (+) True LOC113534932
TU30103 lncRNA upstream 412316 11732424 ~ 11792125 (+) True G25452
TU30578 lncRNA downstream 61195 12274852 ~ 12275052 (+) True G25872
TU30588 lncRNA downstream 79266 12292923 ~ 12293129 (+) True G25882
TU30592 lncRNA downstream 81954 12295611 ~ 12296042 (+) True G25886
XR_004580102.1 lncRNA downstream 89267 12302924 ~ 12309500 (+) True LOC117599716
TU30616 lncRNA downstream 194664 12408321 ~ 12408523 (+) True G25907
XM_026911066.2 mRNA upstream 1269 12183047 ~ 12203172 (+) False cfap20dc
XM_026928903.2 mRNA downstream 32994 12246651 ~ 12259190 (+) True pbrm1l
XM_026928938.2 mRNA downstream 46665 12260322 ~ 12269807 (+) True stau1
XM_026928919.2 mRNA downstream 46665 12260322 ~ 12269807 (+) False stau1
XM_026928928.2 mRNA downstream 46665 12260322 ~ 12269807 (+) False stau1
XM_026928946.2 mRNA downstream 46666 12260323 ~ 12269807 (+) False stau1
TU29627 other upstream 1295869 10906200 ~ 10908572 (+) True G25029
XR_003403740.2 other upstream 1449819 10754515 ~ 10754622 (+) True LOC113537259
TU29055 other upstream 2005986 10197966 ~ 10198455 (+) True G24500
TU28879 other upstream 2297270 9895245 ~ 9907171 (+) False LOC113530691
XR_004577034.1 other upstream 2607587 9591941 ~ 9596854 (+) False LOC113532547
TU30617 other downstream 312513 12526170 ~ 12527491 (+) True G25908
TU31442 other downstream 1052370 13266027 ~ 13331868 (+) False si:dkey-238f9.1
XR_004577014.1 other downstream 1282199 13495856 ~ 13499365 (+) False tshba
XR_004577009.1 other downstream 1282200 13495857 ~ 13499365 (+) False tshba
XR_004577011.1 other downstream 1282200 13495857 ~ 13499365 (+) False tshba

Expression Profile