RNA id: TU308323


Basic Information

Item Value
RNA id TU308323
length 4695
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id G260431
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 24135794 ~ 24140619 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU308322 lncRNA upstream 3836 24131718 ~ 24131958 (+) True G260430
TU308299 lncRNA upstream 105459 24023376 ~ 24030335 (+) True G260410
XR_004579725.1 lncRNA upstream 122790 24010675 ~ 24013004 (+) True LOC117599260
XR_004579726.1 lncRNA upstream 132413 24002549 ~ 24003381 (+) True LOC117599261
TU308096 lncRNA upstream 217403 23917881 ~ 23918391 (+) True G260232
TU308326 lncRNA downstream 5371 24145990 ~ 24146339 (+) True G260434
TU308296 lncRNA downstream 18247 24158866 ~ 24161640 (+) False G260409
TU308297 lncRNA downstream 18247 24158866 ~ 24161640 (+) True G260409
TU308336 lncRNA downstream 29751 24170370 ~ 24171029 (+) True G260441
XR_003403195.2 lncRNA downstream 208358 24348977 ~ 24351472 (+) True LOC113530917
XM_026920901.2 mRNA upstream 4687 24091122 ~ 24131107 (+) True slc1a7b
XM_026920900.2 mRNA upstream 4687 24091122 ~ 24131107 (+) False slc1a7b
XM_026920938.2 mRNA upstream 80270 24048016 ~ 24055524 (+) True gpx7
XM_026921140.2 mRNA upstream 167908 23951661 ~ 23967886 (+) True mcoln3b
XM_034311701.1 mRNA downstream 26101 24166720 ~ 24184554 (+) False LOC113530931
XM_034311699.1 mRNA downstream 26102 24166721 ~ 24188371 (+) False LOC113530931
XM_034311698.1 mRNA downstream 26103 24166722 ~ 24188371 (+) True LOC113530931
XM_034311700.1 mRNA downstream 30445 24171064 ~ 24188371 (+) False LOC113530931
XM_026921040.2 mRNA downstream 158977 24299596 ~ 24306661 (+) True cltrn
TU308306 other upstream 103070 24032227 ~ 24032724 (+) True G260415
TU307780 other upstream 746480 23387538 ~ 23389314 (+) True G259993
TU307769 other upstream 752141 23371747 ~ 23383653 (+) True LOC117599309
TU307771 other upstream 752141 23371747 ~ 23383653 (+) False LOC117599309
XR_004579671.1 other upstream 1456244 22671625 ~ 22679550 (+) False LOC113530514
TU308384 other downstream 127958 24268577 ~ 24269267 (+) True G260483
XR_004579660.1 other downstream 484318 24624937 ~ 24634545 (+) False ddx58

Expression Profile