RNA id: TU355388


Basic Information

Item Value
RNA id TU355388
length 6573
lncRNA type sense_over
GC content 0.40
exon number 4
gene id erc2
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047614.1
NCBI id CM018560.1
chromosome length 21552800
location 1448442 ~ 1494645 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

CCCTCAACACCCCCACCACCCTCCTCATGTCGCTCCTCACGGGCCGCACCCTCGACATCCAGCCCCCCACCACCGGGCTCCTGCCCGTGGGCCGCCTCACACAGGACACAGACCCACTCCAGATCCGGATGACGAGGAGGGCATTTGGGCATAACCATTTCCAAACCAAAGCTGTGCTGATCTTTTATAGGATGAAAGTTGGAGGTGCATAGCCATGTCATACAGGTGAAACTATCCATTATCCACTTGGCCGGACTCTATCTCCTATCAGACTGATGCTTCAGCAGGGGCCCTTCACactgaggaagaggagcaggaggggtgtgagtgtgtgaggccAGTGTGCAGACTCACACCCAAGCAGATGAGAGAAGAGATCAGGATGGAGTGATGTGCAGGTCTGGATGTTGGAGACCCAAATGAAGCTGGTGCCTGATGGAATACCGATTTGGAGGACCTTTCTTGAACAAGAACCTGTAAGATGTCCTCACATGCAGTTGACCTGCTTTCATCCCTCTCACCTGCTTGTCTCCAGCCACTTATATGTGACTCTGTCTGCTTGTCCACGCCCCCTCTTTGACTCAGCTGCTGAGCCTGGATGATGGGTCCCGTCAATCAAAACAATAATCATTTCACCCCTCTTCGTCAACTGCCAGAAGGTTCCATGGTCATGACTTGAAAAACAATGTTtgacattgtttaaaaaatccattgtctagaatgtttttactgttttgttgCAAAATTATAATTTGATAAACGGTTCAGTTCATATTAGTGTTGAGTAAATTGGGGAAGTTTGAGGGAAGTTTCTGGTGTCTTGTTAGTGACACTGGGGAGTTAGCTGGACGTCATGGCAAGTTTAGATAAAGTACAGATCTATCCCATCATTGGATGCTGTCTGTGCAGCATTATGGTCGACTCTTATAATCTGTTTCTAGTGTGCTGGTCAGAAAATGCATATGTAACATTTTGAGAGTGCCTCTTGACATAATCCTTACAAAAGGACCCTTGAGGACTGTATCCAAGTTATGGtaatgagctagctagccatcTAGTGATGTGGATAATGTTTAGCTAAATTTTATAGTGAGAGTGACTAACTATCAAGCTAGCTATCTATTTTGCAATCTCTCTTTAGTTACTCAAATGCTAGACAGTTCTATTTAGTACCTTATTTAGGGTGCTATTAGCTGGCTAACtaattatgttttgtttactgTATGGTACTCCAATGAGAGCCCACTTGCTAGCTTACTTAATAGCAAGCTAACTCAATCAAGCTAGCTACAGCCAACCTTATCAAGATTTCCAATTTATAGTTTAATCTTGTACGTAAGCGGGATGGTCATTTATGCATTGTAATTAACTATGTGAGTGATTTCCTCCAACTGATTTCAGGGGGTGCCTCTATAATCAATATGTCAACTGTATTGGTTGCTCTTTCTGCTCAAGTTCCTCATTGGAGTCTTGGTTTTATGTGTGACACCACACACCTATGCACCTCCTCTGCCATCAACTTTGGGCTGCTGTCTCCATCCAAAgcatcaccaccatcattatGAGGTAAATCACCAAAATGggcttaaaaaaatgaaacagaatctCCTACCCGACTCCAGGGTTTTATTCCTAATGGTGCTTTTATTGGTGCTCTACACCTAAACATGGATAGAAACAGCCATCGCTACACTGACTGGTGTCCTGCTATGATGCGTTGTTTTGCTATTAATTGAGAGACACTTGATTGGTCAAGGTTCAAGTCTGTGATACAGGTGCTTGGAAACTATATCAGTATACTCACTGTTCAATTCAGAACAAAATTATCTGACTGTTGTTATTTGAAGTCAAAGAGTCGTGTAACCCACAGAGTCCAGGAAGATAATTAAGCTCTTTTTCTTAGAGACAGTAGACGTATACCCCATTTGATAAAGCACAGAGTGCTAAGGACCTGATCAAGTCAAAGGTCAAAAAGTCATAATGTCATGACCTGAGTATCTCATTAGAGGTCATTTCTTTCCCTTGCTGTACCATGCTTGATTCCCTTGACAACAACCCCCTAAATCCTAATCACTGCTCCTGTCATACATAGTGGCTAGTGCCTGGACAAAATAGATCTATACATTGGTGTATATCAAGTGGTGGTCAGAATGTTGTGCCCACAAATgcatattgcaaaaaaaaagtagaaaacatgttttatttcccAAGGGATAATTCTGCCAAGTGCTCTGGTGTCTCTACTACAAACCTTCAGTGTGAGGCCCTATTGCAAGATCTTGTCATGAAGATCTATGCAAAAGAAAtatgtgaattaaaaataaatagaaataaacaaatgcagtgGTCCTATGTTGAAAGACTTTTGTAGAAATAGCAGAATTTGCTTAACCTAGCTGGACAGGCACTTCTTTGTTGCAGCTTAAGAAAACACATAACAACAAGAGTCCCTCCCAGATAGCACCCAAACAAGGATAAACTGGTGTGTTCTCTCCCTCACTGTGATCTTTGGGCATCTTCTTGCCACGTGATAGGCAGATTTATCTCGCGTTACCTTCATGAGCTGCAACTTCCCTAACAATGTTGTTTAGCTCAAGAACACATGACTGAACACatcagaagatgaataaatattctGACTTGTCTATGCAAGAAAATTGGAATATTATAAGCATGCGTTAACAGTGTTGTGGTGATGTCTTACCAATGAGCAAATAAATtggcttttattttgtttgaaaagtaaATTACGCACATTGTGATGATGTTGGCTTGTTTGTGTGCCATCTTGGTTCTGGTAGCTCAGTTGACTGTGACTTTCTCTTGGTGGCTATTAAGCAAGAGGATTATACaaatttttggcaaattgccTGTGTTTTCTTGATGTTCTTAGCTGACAACCAGAGAATCTGCATCTGTGGTGGCTTGATTGTTCATTGTAGAGTAATAAGACCAAGACCTGACTGTTATTATTGATCTTTTTGTACAGTTACTGTGATTTCTTCTTCCGCATTGCCACTGTTCTAGACTGAACCTTTCTCAATTCTATAACATTCAAATTGTCACTTTAGTCATGGAACATCATGCCGCTGTTGTAGAATGTATCTTGCTCACTTCTAGGCTGCTTTTAGACACTGCTGTTATTGTTCACTCAATGCTGAATCTAGAACGTCTAGAGCTTTAGCGACTGCTGTTGTTCATGAACACTCATTTGTAGTCGTGACCCTTGAAGTGTCATTTCATCACAATTCGAGACTGCTGCTGGTGTTTAGAACATTTACTTGTTACCTTTACTTACCTGCGGTATCTGTGGAACATTCTCGCAGTTCTAGATTTCTCTTTTTCCAAAAGCTAGCCACTTTTTGTTGCTTTCAAATGTTTGCTTGTTGCTCTAGCTCTGGAATGGCATGTTGCTGTTCTACAGTGTGTCTAATTTTCCCgaaatttatttatgttatctAGAGTTCATCATTTTCCATTGTAGAATATTAGCTATGGAtgttttcctaaaacattttcttGTTAGTGTAGTTCCTGTAATTATTGTCCCAATGTACATCTTTCTCACTGTAAAACATGAACCACTGCTGTTCTACAAGGTTAACTTGAGGCGGTAGTTATGGAATGCCATGTTGTCACTATTTTAGAGTATCTTTCCTCATTCTCTAATGTTGTTTTAATAAGCTGACTTGCTGCCCTGCTTTGGAATGCCTTGTTGTCATGTCTGGAGTTCTAGACCACACTTTTCTCACTTACGGAGCATTCAGTGTGTAGTCAAACAGACAAAACGCTTGACAGTAATGCGGATAAAGTCGTGTGAACATTGTCACTTCACAACTGGGAAACATAAGCTgagcataagctagctaatgactgtGGTGAGTGAGTGAACATAGTAAAGCAAAGTGGTGGAGAAAATAAGCCAGAACTAAAAGTACAAAGGAAAGACATCCGATAAATGATACAGAGAAATCAAGAAATCAATGATACAGAGAAATCAAACTTAGATGTTTGTACTCATGTACttccttttaaaaaagaaaaaagttcaaCAAGAACATGAAATTGAAGTGGAATCTTCTCGTAAATACAATGTGAATACAACTTCACTCAAAAGCCACTAGTTGCTCTAGAACAGTATTCCTCAAACGGAGTTACCCATAGCCACGTGGGTAGTTGGAAATACTACAAACAATACAGAAATGAATATTCCTTTTAAGTGGAAAAGAACATAATGGCAAATGAGATGCTGCAATGactaaaattactaaaaaaagaaaactgaaatacTGACAGTTTCAAGATAAACACTGATTTACTCTGTTTATTGCATTTATGGTCTTTTtcctaagattttttttcctaaaaaatgTTACAACCTCAACTTGGTGTAAAAGATTGTTACCAGGGGATACTGCTAGCAAAacgtttgagaaccactgctctagATAGTCTGCTGGAATGTCCTGGAGCATCGTGTAACAGTCGTTGAGTGCTGTCTTTAACTTAGAGTGTTTCTGATGCTACGTGCTCCTCATCATCACCAGTACAGAGCCGACTCAGTCGTTTGAGGGATCTTTAACCTCACAACACAATGATCTTATGTGCAATTACGTGTTTGTAGTCTGTAAGTGTAACTTTtggacagaaatgaaaaaacgTCAAAGGATTTTTCTTTCAATCCTCCATTTTCAGGTTCTTTAACCAACTGGATACTTGAAGCAGGAGTGAAATCTCCTACCGTGAAAAACAGACATGTTATATGTGGGAAATGTAatgtagaatatatatataaacacacacacacacacacacacacacacacacatagatccGATGGTACATGTTGAATTCCGTGCCAACTGCTCGTCGTACTGGGGATGggtgtataaacacacacttcacactcctCTAATGAAAAAGACTATGGGTCTGAGACTGAGAaaaaactgaggaaaaaaaaaatgaacaaatatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU355383 lncRNA upstream 49193 1408502 ~ 1437257 (+) True G299851
TU355362 lncRNA upstream 129612 1356322 ~ 1356838 (+) True G299833
TU355303 lncRNA upstream 185046 1278848 ~ 1301404 (+) True G299786
TU355290 lncRNA upstream 187541 1255066 ~ 1298909 (+) True G299773
TU355306 lncRNA upstream 213777 1272147 ~ 1272673 (+) True G299787
XR_004580234.1 lncRNA downstream 106048 1600693 ~ 1604586 (+) True LOC117599906
TU355401 lncRNA downstream 126155 1620800 ~ 1622584 (+) True G299862
TU355461 lncRNA downstream 131448 1626093 ~ 1640428 (+) True G299916
TU356239 lncRNA downstream 325976 1820621 ~ 1822339 (+) True G300447
TU356266 lncRNA downstream 360056 1854701 ~ 1857401 (+) True G300467
XM_026935386.2 mRNA upstream 41825 1376479 ~ 1444625 (+) True bsnb
XM_026935387.2 mRNA upstream 41825 1376479 ~ 1444625 (+) False bsnb
XM_026935715.2 mRNA upstream 113706 1362472 ~ 1372744 (+) True bap1
XM_026935334.2 mRNA upstream 142194 1340445 ~ 1344256 (+) True LOC113539530
XM_034314255.1 mRNA upstream 142194 1340445 ~ 1344256 (+) False LOC113539530
XM_034314475.1 mRNA downstream 3070 1497715 ~ 1499172 (+) True LOC117599925
XM_034314499.1 mRNA downstream 113804 1608449 ~ 1620350 (+) True ninj1
XM_026935723.2 mRNA downstream 114061 1608706 ~ 1620350 (+) False ninj1
XM_026935724.2 mRNA downstream 115885 1610530 ~ 1620350 (+) False ninj1
XM_034314184.1 mRNA downstream 165563 1660208 ~ 1752294 (+) False cacna1da
TU355179 other upstream 621562 863338 ~ 864888 (+) False fbxo42
TU355161 other upstream 641639 842980 ~ 844811 (+) False LOC113539702
XR_004580271.1 other upstream 965563 518567 ~ 520887 (+) False cdkn1a
TU354978 other upstream 1126192 356762 ~ 360258 (+) False dram2b
TU355411 other downstream 2215 1496860 ~ 1498487 (+) False LOC117599925
TU355413 other downstream 2215 1496860 ~ 1497627 (+) False LOC117599925
TU358141 other downstream 2972432 4467077 ~ 4469174 (+) False LOC113539599
XR_003403967.2 other downstream 5169429 6664074 ~ 6779358 (+) False cpne5b
XR_004580199.1 other downstream 7006993 8501638 ~ 8558911 (+) False nfasca

Expression Profile