RNA id: TU358684


Basic Information

Item Value
RNA id TU358684
length 3347
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id G302585
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047614.1
NCBI id CM018560.1
chromosome length 21552800
location 5577633 ~ 5580979 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

ACTGTTAATGAAAGGCAGCATGGAATATAATTACAGAGACTAATTAAGTTCACACTGTTTGCTGTTATTAACTACATCCACACATAGCATGGCATAATTGCgataataataatgctgatgTAATACCCATTTAGACATCTTTGTAGAGAAATACTTTCATCTCAGAATTGTAAGATGTATTGCTTTGGTCTAGGCAACTGTTAACTGTTTATCTACAGTtgatccattcatttattcattcatcctcaggAACCACTTTATCCTTGGTCATTACGGtaaaatgctttcattttgaaattttaaaagcTTTACTGCATCATATATCATTTTGCCCAGGAAACaatcataatatatttaatgcCACATAAGAACTGCTAAACATTTAAGGTATGGCCACCCAACTGTAGTTAGTTAAATTAAGCCCTTAGGACACTGGATAAGGTCCCTTAATTGGATAAATGTAAACTAGATTGATAATTCTCAGTAAGGTCCAAAGTTATATTGTTGatactacaataataataagtgctTTGGCACTGTTTGAAGGCTatacattaaatacaataaGTCACACTACTTTCAAGCTCTAAACTTCTACAAAATGTGCTCATTTTACctgttttaattgttttgataaagatttaaaaaaatatatttaaactaatataattttaatgtgCAGATTTATTAGTATGTAGCCTATATGAAGCACTAGGTTgttttatgtaaagaataaaacatgatggggcatgctgtcAGTGATGACTTGGTGTGCTGTGGGGCAacgtgaagtggagttactgttgccaccctgaagttgattattttccaataacagtacagcccacagtgttttattcctcttatactatgGCAACTTGCccacgattacaattttttaaaaattaaagagcAATATGTCACATTTACAACACTTACATttaatgaaacaagttagttcctgtcatcacttatagcagctagaaacagtcgttccctcaacagcctcttttttctctcttgaagtcagtaaaacaaaataaaatgcagattGTCACGTTACCGAGTATCCACAAATCTCTCCATCCGTTCTCATGTTTTAACTCTGACTgtagtgctgacactggagactccttccaaaaatgctaaataaaacgtctcctcacagaaaactacatcatatcaatgatttcaGGATTTTTGCTTTCTATAAGTGAAAGCATTCTCTAGTGAGTAGTAAGAGACTTCCCCtgacaatgttttgtttttagcttATCATCTTTAATGTTACCCCTTATTCAGGACTTTCCATTCTCTCTGTGGTTTGGGTCTGTGAAGtggtagggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacccaacaaggTCAAACAAACTGGACTAAAACCCGTTTCACAGCTTTGCACTCTGAGAATGTGATCAAGTGATAAACACACTGTGCACTGACAAAGTTCAAACTCTAACCAAGCTCAGTTACGCCTTCACCGTGTATCGCTCTCATTACTACTGTGAGCATAAAACAGCACGTTCATTTATTATagcaaaaacatacaaaatgaaTGCAAGGTCATTTAATAAAGGATTTTATCTTCTACAAGCCACAAGGCAGTCTGCCAAAGTTCCTGAATAAAATGTGGATTAATAAGCCACACAACCAGTTCACAAGTCTCTATTTCACATAAGATAATTAACACTGTGAGCAAGCAGCATGACTTCATTAGTCGGGTCTCAGGAATATCCAGTATAAATGTTTGCCTACTTTTTAACTCGCTCGCTGGATTTGCAGCTGGGAATCGCTTTGGATATATGAGCAAATCTGACATAATGTATTAGGGTATtaaaacttaaacttacagcactgacactggagactttattttgtttatgtggaATATCCGACATACAGTTCCCTGTTTTAGTTGTTACCGTTTAGAAACTATAAcctattagaacaagtgcattaatataacccttaTAGCCGACACttctgtcagagccgctgttacagaaaattaatacACCGTTAtttaaacaccttctgatcagaaggtcctAGTGCTTTACAGTGCTGGGGTATAGcgaaataattataatgtataaagaCATAATTATATGAAAGAATATACACTATTcattaacacaaacaaaatttcCTGGATCTCTAATAACAAGGATCTTGAAGCACTTTTTGTCCCAATAAACTTCACTACAAAGTGTGCTAGTCTTTTCCAAACAGGACACAAAGGTGACGTAGTTGTTGAAAGTATTGAGCAAATAGTTATGATAACATAAGATAAGTTGATTACTAATCCCTTTTATTGATGCAAAACCAAGTGACTTTCACTAACGCCTTCTTAACCTACTGttaaagtgcaaaagtttacacaccctcACTTTGAAATGATGACATCAAGATGACATTTAAAGATTCCGTTCCCTCATCATAATATATACAGTGGTCAATATGTATTAttagtgggggaaaaaaagtgaattgAGAGTAAAGACTGTTGATTATGAATTTTTTGGGCTCTCTCCAGCAGTTTTTTCCAGTTATTTTTCTTAGACTCTttggttgtgtttgtgtattttctttacatttccgAATAGTTATTATCACTATGTTTATACCATTGTTAAGTTCTTTCTAAAAAGTCAGTATTTTCTATTTTAGGTCTTATGAGAGCCATTTGTCTTATCTTATTGACTCATGACTCGCATAGCCAGGGgatcagtgatttttaaaaaaagtttttaaaaattgttacaGCCCTGGAAATGACAAATTATTATTACCAATTAATATagttattattgcattattatagTTCTTAGcctatttgactggtcacttaaattgaatgggtttaacccaaacctcaaaaaaaaaaacaactcaaaaacaagtagcttataaataacaacaacttggacctaatgtgttctgttgatggaaagttcaggaataaaaagctctatggttccagtaaatagctaaatattattgtacacatttaaataatgagcctaatatttcaATAGTTGTAGTCTGTAAATTGTATTTTACACTTAAAATGGTCCCAGGGtgcaaaaatgtttaacagCCCTAAGTTAGTTCACAAGGTTTGAACTtgctaataaaaacagcatgtaACTTGAACTCGACTCCTGGAATATTTGTGTTGTAACAAGGTTTCAAATCATGGGATTTGTACATAACAGAATCAAATGTATGTGTTGTGGCTGTTATTGCATAAAAAACAAGGCTGTGAGTGGATGTGAGACCTGCATGCCCCCTGTGTTGTGTTGGATTGTATTGGTGGCAAAGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU358674 lncRNA upstream 12619 5522534 ~ 5565014 (+) True G302575
TU358685 lncRNA upstream 16109 5560613 ~ 5561524 (+) True G302586
TU358652 lncRNA upstream 106141 5427207 ~ 5471492 (+) False ptprga
TU358624 lncRNA upstream 360208 5175570 ~ 5217425 (+) True G302530
XR_004580245.1 lncRNA upstream 699258 4837152 ~ 4878375 (+) True LOC117599916
TU359310 lncRNA downstream 619467 6200446 ~ 6293749 (+) True LOC113539422
TU359311 lncRNA downstream 619467 6200446 ~ 6293749 (+) False LOC113539422
TU359315 lncRNA downstream 769213 6350192 ~ 6351096 (+) True G303181
TU359549 lncRNA downstream 917105 6498084 ~ 6502636 (+) True tmem167b
TU359550 lncRNA downstream 917105 6498084 ~ 6502324 (+) False tmem167b
XM_026935416.2 mRNA upstream 37 5557568 ~ 5577596 (+) True si:ch211-253b8.5
XM_026935341.2 mRNA upstream 33609 5520122 ~ 5544024 (+) True bmp7a
XM_034314405.1 mRNA upstream 60213 5514708 ~ 5517420 (+) True LOC113539468
XM_026935210.2 mRNA upstream 60213 5515520 ~ 5517420 (+) False LOC113539468
XM_026935774.2 mRNA upstream 66693 5506993 ~ 5510940 (+) True LOC113539749
XM_026935414.2 mRNA downstream 1537 5582516 ~ 5598239 (+) True taf4a
XM_026935415.2 mRNA downstream 1537 5582516 ~ 5598239 (+) False taf4a
XM_034314281.1 mRNA downstream 486075 6067054 ~ 6071054 (+) True LOC113539544
XM_026935347.2 mRNA downstream 486075 6067054 ~ 6071054 (+) False LOC113539544
XM_034314282.1 mRNA downstream 486075 6067054 ~ 6071054 (+) False LOC113539544
TU358141 other upstream 1108459 4467077 ~ 4469174 (+) False LOC113539599
TU355411 other upstream 4079146 1496860 ~ 1498487 (+) False LOC117599925
TU355413 other upstream 4080006 1496860 ~ 1497627 (+) False LOC117599925
TU355179 other upstream 4712745 863338 ~ 864888 (+) False fbxo42
TU355161 other upstream 4732822 842980 ~ 844811 (+) False LOC113539702
XR_003403967.2 other downstream 1083095 6664074 ~ 6779358 (+) False cpne5b
XR_004580199.1 other downstream 2920659 8501638 ~ 8558911 (+) False nfasca
XR_004580200.1 other downstream 2920659 8501638 ~ 8558788 (+) False nfasca
TU362120 other downstream 4931692 10512671 ~ 10513270 (+) True G305515
XR_004580251.1 other downstream 5183295 10764274 ~ 10773442 (+) False LOC113539694

Expression Profile