RNA id: XM_034314811.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_034314811.1
length 8801
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 24
gene id clcn2a
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 20129253 ~ 20281067 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

atgaaaatatatcagaaatgaattgtttaaaaaacataatattttttgatttattgtaGTTCCTGAGAGACGAGGAGGAGAATCCGGTGTGTTATCATTTAAGATGTATGGCCGATACACTCAGGAGCTCGGCACCTACGCCAAGGAGGAAGCGGCTCGCTTTCGGGCTGCAGGGGCTCGAAACCAAACGCCGGATCAGCTGGAATACGAAAAGAATCCGTGTGTCAAGTGCCAGCTGTGCACTTCGCGCTGTCAGAGGTTCCTGATTTCCCGTGTGGGTGAAGACTGGATTTTCCTGATCCTCCTGGGGCTGGTGATGGCGTTGGTCAGCTGGGTGATGGACTACACTATCGCCTTCTGTCAGCAAGCACAGAAGTGGATGTACGGAGGACTGGACAGTAACATGCTTCTGCAGTACCTGGCCTGGGTTGCGTATCCTGTGGTCCTCATTACCTTCTCCGCAGGGTTTACACAAATTCTTGCACCTCAAGCAGtggGTTCTGGGATTCCAGAGATGAAGACGATCCTTCGTGGTGTGGTGCTGAAGGAATACCTGACTTTTAAAacctttgtggcaaaagttatTGGTTTGACTTGTGCCCTTGGTAGCGGCATGCCACTGGGTAAAGAGGGTCCGTTTGTCCACGTTGCGAGTCTGTGCGCTGCTCTCCTGAGCAAATTCATGGCCCTGTTTGGAGGAATCTACATGCTGAAGGAAGAACCATTCGAGGGAACCAAGaacGAGTTGAGGAACACAGAAATGCTCTCTGCGGCGTGTGCTGTCGGAGTCGGCTGCTGCTTTGCCGCTCCTATTGGAGGTGTGTTGTTTAGTATCGAAGTGACGTCTACGTTTTTTGCCGTGAGAAACTATTGGAGAGGATTTTTCGCAGCAACGTTCAGCGCCTTCATCTTCAGAGTGCTGGCCGTGTGGAACAAAGATGAAGAGACGATCACGGCTCTGTTTAAAACGCGATTTCGTCTGGATTTTCCGTTCGACCTGCAGGAACTCCCGGCCTTCGCTGTGCTGGGaaTCGCAAGTGGATTCGGAGGCGCGCTGTACGTTTACCTGAACAGGCTGATCGTCGAGTCGATGAGGAAACAGAAAACCATCAATAAGTTTTTGCTAAAAAAGCGGCTGGTGTATCCTGCTGTCGTCACTCTTCTCATATCAACTCTCACTTTTCCTCCAGGATTTGGGCAGTTCATGGCCGGAGAGCTCACTCAGCACGAGTCGCTCGTGGCGCTGTTCGACAACCAGACGTGGTACAAGCAGGGCGTGTCTGAGGAGTTCGAGTACTCGAGTCAGCCTCAGGCCTGGAAACACCCGCAGGTCAGCGTCTTCATcaccctcctcctcttcatcgtCATGAAGtTCTGGATGTCAGCCGTTGCGACGACGATGCCAGTACCGTGCGGCGCCTTCATGCCTGTTTTCCTCATAGGTGCTGCGTTTGGTCGCTTGGTGGGTGAAAGCATGGCGGCCATGTTCCCCGAAGGCATTCACAGCGACAGCACCGTGTATCCCATAGTTCCCGGCGGCTACGCTGTTGTAGgtgctGCGGCGCTTTCCGGAGCGGTCACACACACCGTGTCCACAGCGGTGATCGTGTTCGAGCTGACCGGTCAGATCTCGCACATCCTGCCCGTGATGATCGCCGTGATTCTGGCCAACGCCGTGGCTCAGAGTCTCCAGCCGTCGCTGTACGACTCCATCATCAGGATCCAGAAACTTCCGTACCTGCCGGAACTGGGCTGGGGCCAGGAGAAGTATAATATCCGCGTGGAGGACATCATGGTGCGAGACGTACGTTACATCACGCTGTCTTCTACGTACCGGGACGTGCAGGAGGCGCTGGTGACCGGGCAGCTGAAAACTCTCGCTCTTGTGGAGTCTAAAGAGTCGATGATCCTGCTCGGCTCTATCGAGCGTTCTCAGCTCCAGTTCTTGCTCTCGGAGCAGCTCGGTCGAGGTCGACGGTTGGAGTACTTGAGAGAACGAGCGCAGGACAACGGCGCCCACGTCCCCTCGTCGTTTTCCCAGAATTCCTCACCGAAAGCTTGTCGCGGCGTCCGCTTCCTGATTTCCACGGAGGAATCCTCGTACAGTCCGACTCTCACCAACTCCCAGATTCCCCTCAAGTCCGCGCTGAAGACCGTCTCGTCCATCAGCAACACCGACAGCCTGAGCAGTTCTCCGAGTCCGTCCTGTGGAGAACCGGTGAAGGAGCAGGTAGAGGAAGCCCCTAACGTCGAGGATGACATGTCGACAACAGAGATGTCTTTACCCCAGATAGCTGAGTGGGAGGAGCAACAGCTGGAAGAAGCCGTCTGCTTTAACAACTGCAAGATAGACCCCGCCCCCTTCCAGCTCGTCGAACGCACGTCTTTGCACAAAACGCACACCATTTTCTCGCTGCTCGGTCTGGATCACGCTTACGTCACGAGCACCGGGAGACTCGTCGGAGTCGTCTCTTTGAAAGAGCTAGCGCAAAGCCATCGAGGGCTCTGTAACGGTCACAGGCGTGAAGGTCCGCCCCCCTCTGGCGAGTTTCCGTGACAGCGGGACCAGCAGCAGCGTTTCCGAAGTAACCGAGCTCCACAAGCTCTGGAGTCGCCACAAGAGCCTGTCGTTGCCGCGGGAACCCAAAACAGCCGCCGAGCTCTGCGACGAGCTGGAGCATCCGTCCGAGAGCAGCGTAATGAACGAGACGGACTGCACCGAGGTCTTACACAGCGaggaccaatcagaagcctCGGTGGCGGAGGAGACCCAGTCGGAGCTCGAGAACTTTTCAGAAAACTTTTCCGAACCGGCCGAAGAAAACGGCTCGGTCCAAAACGAGGAACTCACGTGCGAGGTTAACCCGTCAAACGCGGAGGACCAGCCGGAATGACAGCCGCTGTGTGTTAGTTAATGCACACTAACGAATCTAATGTACCAGGACATCCATGCACACGACCCTGccttcacactagcaagcgacaacATGGCAACACATCAACGTTTCTTCGTGTTACGCTAATTAGTTACGACGCTTTGAATCTGAATAATTAGCGCCACTAAATTCCAGTCTAAACCTGTATGTGATGTCATACTGGATTCGTtaacgttaaaaaaaattggccaGAATGCTAGCAGGCATCACTGTTGCTGTTGTCAAAATTGATAACTAACACTAATTTTCGATTGGAAAAGCACatggttaatatttaatattgataaaATGCTGCGTGGTGTAACAGCTACCAGTCTGGTAGGGTGAAAAGGAATGCTAACGCTAACAGAAGCTTAAGAGCATGTAATCGAAACAATATTAAAACagttaaacaaataattttaaaaaataacatggtAATTATAACGTAAAACCACAGGGGAGTGACCTGAGCATCTTGttgctttttgcagtgtgaacGCTGGGTGAATTCCGGGTCGAGGAGGAGCGTATAAACAGCGAGGCACACTCAACACGCCGATTCCGCTCACGTCCAAGTGAGAACCGAATGTATAGACGCCATAGCGTAAACGACATCTAGTAGGCATGTGCCGATGTTATCAAATATTATCACAACGTCGTCCTATAGAGGCAGCTGATAAACAGAATTATGGGGTTGCAACCTTTCAGCTGCCCTTGGGCTGTTCTCCAATTGGACACACTTTATTTCAGGAGCACAAAcgctggccaaaaaaaaaaaaggaaaaaagcagcCTACCCAGgcagggtgccaatatttttaagCAGCTACGATGACAAATATTGCGATAGATCGCACAACGGATTATCGGCGCATGGCTACATGTAGGTGTCAGAATGAATATCAGATTATGAAAGGAGgaactgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagtgtgactAACTGATGTGTGTGACTCAGCTGCACACCGAACCCACGTCCCCCCATCTGGAGCCAACACTTTTCATCTGTCTCCGAGAGCTAAGCTACAATTTGGCTCTAAATTTAGCCACTTAATCGCCGCAGTGACGATCAGAGAGAAGAACAGACGCGACAAAACGGACGGAGAGACAAAGAACGGCGAGAAGAACGGcgtgaagaggaagaggagaggtggaacgaaagagaaacaaagagcgAACGAGGCCTAAGGGAGGCAGAGATTTTACGTCACGTTGTAATTAGCGTATGGTCAACGGTACACACGCTAGCTGAAAGCGGACAGTGGTGTGGTGAAacatgattaacacacacacacacacacacacacacacacatacacacacacacacacacacacgttattaaAGTATGACATGGGATATAggaccttacacacacacacacacacacacgctgcatgTATTTCCACAGGAACCGGCCCAAACATGAACCAACAGAGTTCCAGATCATTTCTTACTGTTACCACGGCAACTGTGTCATCATTACATCACAACAGCGTTATCAACGTTAAGTCACACGTGGTAGATCCACTCAGATTAGCATCGTTCCTTCGTCTGATTGGATTGGCCGTTTGGTTCGCCAGCTCATATCGGCagaaaaaatatggaaaaaaattatttcatctgcgattttttttttacccaccaAAATCCACATtgtaacataataatataatataatttcaatTACAACCTGGTGATTATAGCAAGCTAGTCATGCGCTTCAATTTTCTTTTAGCAACATATGAAACCGTATAATTTAAAGAACGAACAAAATATGGGCGTGTCTCGATCAGCTCGCTAGCTCCCTCGCTGGTGAATCAGTAGATCGTGTGCAGGAGTTCGGGCACTAGGACCCTGGGTCACTACACACCGcgacactgatgactcaatttccgGCGCCATGACGACGTACTCGCGTGCTGTAAAACATCACCACTGGCGTTTATCACCAACAGGCAGGACCGATATCTTTCTGCCATTACATGTCGTATAAATCAGACTTCAAGCAGGATTgtaggctagctagctaatttataaaatcattaaacacttaaaagtcgtTAAACTCAAACAGTAAAaagaacattaaataaataaaaatctgacgtaagtaatcatttgagagctacaacaatCATAACAAGCTACTTACTTACATTTGTAGAggaagttggctgagagttcaTCCGCCATTTTTTTCCAGCTGAGAgggcttcagaaaatatgacgtCATTTCCTGTAAGGGAACGTAGCGAACATCGATGCTCCCTGTTTTtttgcggtgcattgtgggattttttagtGAGCAAACGTTCCAGAACTTAAAATGGCCGACGTCCTGATCAGCgtcctgactactgaactagcgagctgattgagacgcagcTAATGTTTTGGTTAGCTAGCAAACAATATCCTCCTACTGTAACTCAGACTCACTAGCGATGTCCCCTGTAGTGATTAACAACAACTGCTTGtcaacaaaaatacaacacaaacataaatgaaaataaaattgtaagaCGTTATCTCTGTGCTACAATTTCAAACAAAGTTGACGATCTAACAAAATATTATCTAAATACTATCAAAGTGTTCGGAGATCTTACTGTTGCtataaacagaatataatataaaaagttgtttttttttcattgggaGTTAGTTTCTGGCTTgctaggttagctagctaaatttaccTAGCTAACAATAATCTCCTGTAGTAACTGTAAGttaatttattactaaaaaatTACAGTGCAATTAAATGAGAATAACTTTGTAAAGACGTTatcaatgcaataaaaaaaatgaatacttgtaatttttaaaaatatatataaatatttttgtttgtgctgTGTTTCTACAATTTTAGTGTTGATCCAGGCAGCACGtaatatgaaaatgtgttcCATTTTTTgctaggttagctagctagcaagcaatAACTTGCTAACTTGTTATAACTTTAAGTTAACCAATTTGACCAAAATatcataaaatgaaaagaatgtttgtgttaatataCATAAAGATAAACtcactattaaacattttactaatatttgagtttgtttgACGTAcgtttgtttttcaggagtaGGCTCTTGTTTTCAAggctagcaagctagcaagcAATAACCTTCCTTACTAACttttgctagctagcaacaGTCTCTTGTGGTAATTGTACCTTaatcaaaatgaacaaaaccatatgaacaaaaaaaaacaatgctgtttatttctgtttggtatttttagaaattaaaacaCGAACATTTGTGCAGGTTGAGAAATAAAACCTGAGCAAACGAACAAATCAGCAGCATACCGTGTTGCATTGATATGTAGCTCCGCCCCCTAAAATACCATTCATCGGGTTCTGTTCCTGCCGATCTTGAGCCGGGTCCTTCAGAACTTGACGGAACGATGGCTGATTGGAAAAGCAcagttttatactgtatatgtgtatgtgtatatatatacacacacacatatatatccaGATCTTTGTGCAAAAGTTTTTACACCctcgtatacacacacacacacacacacacacatcatcatcatatgcAAAGCGGTGAAATTTTGGATTTAGGATTTTAAAAGTCTGAAGAAACCAGAACCAGAGCATGCAGTGCATGCAGACACCCGAATCCCAGGACGTCCACTTTACGTCCATTTTGAGTCCACTAGTGAAAGCCTCAGCGTAATTAACGCGGAGACAACATCTGCGAAAACAAAACCACCTTCACGAGTTTGCAAACTTGTATACTTCTGACACTTGTATAGTCCTCCGGTACTGCAGGTGGTGCTGTTAACATTTCGTGAAAACATCCACGACTACAGGAAGAAGATTGCCACTCTTCAAAACCATCCATCTTGGAACGAATCTGCTTGGGCGCACCTCTTTACGATCTTAAATCGTAACAGCGCCACCTACAGTACTGGAGGACTTGTACGAACCTGCAACGAGAACTCGTGAAGGTAGTTTGTTCTTCGCGTTATGTTAAGCTGAGGTCTTACGTAGGATTAGATGTGCTACCTAACTTTATTTACATGCAAAAGCTCTTCATCAGGTACTTGAAGTAATTCCGTGACTTTTTTACCTCCGAGGCCGGATTCGGTCAAAGCTGCAATGTTTGAGTTCCTTTAAAATAGCGTGTATTTAACAGCAATCGTAGTTACGCTGTAAATTGCACCATACAGTACGgtaggcatgtgccgataatcacttatatataattatataataatattcaaaATGCATGatgttgtaattgttgataattATATCTCATAGCTAGCATGTTTTCTTGATgttctgtaatgttttaaagAGCCATATTTGTGTTCGTTCGTATATCGCCTAAAGTCGTTTCCACGGTTACGTTAAGCTAGCTCACATGATGCGACCTAGACGTCATCTCCATCCTCGTGCACAAGTTGAGGTCCAGTGATGAAGAAAGCAAATGCTGCAAAGCGAACTTGATCTGATACAAATGTTGACGACACGCTGGTTGGCACTTGAAGCGGCATGTTACAATTTATcgagtaacaaaaaaaaagttcagaaattGTTGCACAGACGTTTAATATTTGCTAATTTCGGACAAGCAGCACCTAACAGAGAAGTTTCTTCCAACTTAGGTTCCTGTTAACAGGTTCCTGTTAGCTGATTTAAATAGCTAGCAATAACCTCATATGATAACTTTAATTAGCTAGCAATAATCTGTGGTAATTAGTTAGTTAACATAAACCTCTTggggtaactttagctagctagtaataACCTTCTGTTTtaactttagctagcaataCCCTTCTGTAgtaattttagctagctagcaataaacttctgtggtaactttagctaacTATCCATAACCTCCTgaggtaacattagctagctatcaaTATTTTCCTATTCTAGCCTAGCTAGCCAGTGTTAACTTTAGaggttttaatgtttatttttacaagaTAACTCAACAAGAACATTCTTCCCAGAAACACAAGTGTGTTCTTTACATTCTTGCCATACAGTGTTTGTTGCTAGCTAGCACTAGTTAGcattgtctgtgtctgtgtttgagcTAAGAAGAGGAATTTGTCAAGTTTACAGAGACAGATAAATTTgattctaaagaaaaaaaaaacagataataaGCGTGGaatagcaagctagctagtAATAACCTTCTGTGGTAACCTTAGCTAGCAATAATCTCCTGTTTTAACTTTACCTAGCTAGCTTTAACCTTGTGTGATAACTTTAACTTGAAGCTGCTAGCACGAAATGCGCTAGTGCAGCGCGTCTCAAACTCAGGAGTATTTCTGTTTTCGTGTCTTCGTGCAGTTGTTTTTACAAACTAACTCGACGATAACATTTCTCACAGGAGCTGAAGTCCGTTCCTCATATTTTTAGTATGAGAAACAATTAGCTAGCGCTAGttagctgtgtttaaaaaaaaaaaaaaaaaccagcaatGATTAAAGGTAAACAGAATCAAGACGAGATATCGGCACATGTCTACAGTACGCTAGCGGCTGTAGTGATGTTTTTAGGCCATATTCCACTCTGCTGCTAACGTTCTCCGTTAAACCCCTCACCTGTACTGTACATTTCACCTGGAGTGGGTCGTATTTAATCGTAACTTACCTGCCTTCATATGCACTTTGATTGCAGCCTGCATATTAGAACTAAATTTCAGCTGCAAagcttttttgttattatttaatttattttattttatttttcttaaaccaACTGTGCAATAATCACTTATATTCTTGCAACTAACGCTTGCCAAATAAGATTATTAAGTCTTCGAATGTCG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU383072 lncRNA upstream 56816 20129253 ~ 20186501 (+) False clcn2a
TU382947 lncRNA upstream 329302 19847999 ~ 19914015 (+) True G323358
TU382809 lncRNA upstream 582085 19660616 ~ 19661232 (+) True G323249
TU382800 lncRNA upstream 598747 19643823 ~ 19644570 (+) True G323240
TU382760 lncRNA upstream 659994 19582317 ~ 19583323 (+) True G323206
TU383131 lncRNA downstream 37890 20318957 ~ 20393150 (+) True G323499
TU383114 lncRNA downstream 51538 20332605 ~ 20353169 (+) True G323486
TU383134 lncRNA downstream 78900 20359967 ~ 20393712 (+) True G323500
TU383137 lncRNA downstream 81234 20362301 ~ 20395689 (+) True G323502
TU383135 lncRNA downstream 95866 20376933 ~ 20398720 (+) True G323501
XM_034314582.1 mRNA upstream 62683 20157318 ~ 20180634 (+) False cc2d1b
XM_034314584.1 mRNA upstream 62683 20157979 ~ 20180634 (+) True cc2d1b
XM_034314581.1 mRNA upstream 62683 20157979 ~ 20180634 (+) False cc2d1b
XM_034314583.1 mRNA upstream 62683 20157986 ~ 20180634 (+) False cc2d1b
XM_026946357.2 mRNA upstream 93088 20138945 ~ 20150229 (+) False elovl1a
XM_034297730.1 mRNA downstream 188458 20469525 ~ 20476964 (+) True zgc:110269
XM_034297731.1 mRNA downstream 224617 20505684 ~ 20525922 (+) True lifra
XM_034297732.1 mRNA downstream 250933 20532000 ~ 20572338 (+) True spef2
XM_034297733.1 mRNA downstream 291495 20572562 ~ 20589458 (+) True atr
XM_026911357.2 mRNA downstream 311799 20592866 ~ 20602531 (+) True amer3
XR_004580282.1 other upstream 1371957 18816009 ~ 18871360 (+) True slc44a5a
TU381842 other upstream 1820686 18415817 ~ 18422631 (+) False pex5lb
TU381774 other upstream 2016084 18226562 ~ 18227233 (+) False si:ch211-162e15.3
TU381775 other upstream 2016181 18226562 ~ 18227136 (+) False si:ch211-162e15.3
XR_003404718.2 other upstream 2611709 17570649 ~ 17631608 (+) False egfra
TU383181 other downstream 157635 20438702 ~ 20440561 (+) True G323534
XR_004580310.1 other downstream 356517 20637584 ~ 20659411 (+) False arhgef4
trnap-ugg_22 other downstream 634337 20915404 ~ 20915475 (+) True trnap-ugg_22
TU383298 other downstream 740122 21021189 ~ 21136847 (+) True G323615
TU383295 other downstream 854052 21135119 ~ 21136847 (+) False G323615

Expression Profile