RNA id: TU386740


Basic Information

Item Value
RNA id TU386740
length 7385
lncRNA type intronic
GC content 0.39
exon number 4
gene id G326369
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047616.1
NCBI id CM018562.1
chromosome length 21037487
location 4579550 ~ 4587322 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

tgaagatgaatgaatgaatgaatgagcgaTCTCGTGAGCATacttctttcctctttctcagaACAGCTGCTTCCTCACCATGGCTGGGGAAGCAGCTAACCGAAACAACTACGTGTGCATGCCTTTGGGTTTTTCTCATGCATTGGTTTGGAGGAATTTGTAATTccactgttttaataaaaaaaacccagtgttagtatggtgttcctaataaagtggatggtgggtgtatattagagagagagagagagagagagagagaatgaaggatACCGCCATTATATTGTGTTTGCTTAACTAAGAAACATCCACACTCCACATTAAACAGGATTAAGCCTTTCTTTTAGCCATTTCCTCTCGGGAAAGCTAAAAAGTGGACAGCTGTGTTTCTTTCAAAGAAACATTGCAGGTTTTCATATTACCATCAAAAGTTGCTGTTTAGGCAAAACTACGTGGGTGTATTAGGAAATAAGCTCatatattcctgcctcatgggTTTACACAGTGCAAGCGAGGTGTAGTTTgaaaatattattgtaatattactTATAAAGTGCAATATGCTTGTTTTACATACTTACACACCTTATTACTTCTCATTTATTGTTGTATTCAGTTGCACTGGGGCCCTTAGGTTTggtatttttttacatttcccttttttttgttgttgggaTCTGTTGTAACTATGCGATGTGTTAGATATATGCTAGGTTGCCCCTGGAGCATGGATGCTATCTTAAGTTACACTTGAAATCTCGATGTACGTTTAATCTATAAAGAGTTGCTGATTTCGCATACATCGCACACTGTAAATGCCACTGATGTGATTGAAGACTCTTGGAGGTCATCATCAGGTCAGTAAACAGAACGAACAGCTCCAGAGATCAGTATCTCTTCGACATGTGTTACTTTGTGTATGAGACTGAAGTTCTGTAGAGAGAAGCACATCTTGATCAGATCTAAATTCCCATTCACTGAAATGGCATGTTGAGTAATTTCCCCCGGACTTTCAGTGTGGAAGAGTTCCCGTTTGCCTTGCTGCAGGAATTGTAGCTCATTAGTTGGAAATGCATGGTCGGTGTCCCACTCGTTTCTCTCTGTGGTTTGGGTTTAGCTTAAAGCAGCCGTTTGAAACCGCACTTCTCCCCTGACTGCACTTGTCTATtgggaattgtgtgtgtgtgagtgtattggACCCTATGTTTCAATATATGCCCAATCTTAAATGCACTCACCTTTGGCAGCATAGTGTagtttAAtaaagtatctatctatctatctatctatctatctgtctgtctatatggAACATCCTTGAAAATGGTGATTCCAGCAGGGTGGAAGATGGCATGTGTGCTTTAGGGACAGAATTGGAAAAGACTCAATGGTCCCTAACCATTTCTATTCCATTTATCCAAAGCTTAACAATAAAATTTCAGCGAGCACCACAGGCAGGTTCTTTTTTCTATAGTTTTGACTGTATTTAACCTGCGAATTTCACTGAGCCTGTaatttaaacagaatttgaaagaatgggcaaaaaagaGGACACGTCCCTGTTATACACACTTCTTATCTGCTTAGccatcagttttatttttgcgCACACGGTGCCAGCTGACAGGGAATACAAAGTACCTTTTCATATAACAGCGCGATTTTAAATGGGGAGAAAACCTTCCATCTTCAGGACCTCCTGGCTGTGATATTATACAGCCATATTTGAATTTTCTCTGCAGGTGTCAACATTTTTATCAATCGTATTCTATGCGCTGTTTACTGGCCACATTGGAACGTTTCTCGCTGAATGTTACTCTACTCTAGAGTAACGTAGTTCTCTGCTAGGAACAGCCTAAAGCCTGCCGATCTTCTGATCTCCTCCATAATCCATCAAGACTAATGTGCACAGTGTTTAACGCGCTCTTTCCCCAGGCATGCATTCTGTTACTTTACCGCCTGCTCCCTTTAAGGGCcaaatgataataatagtgTAGCCTGAAGGTTGAGGGGTGAAGTGTCATGTCCTGCATTAAGCGAAGCCTAGTCAGTGTTTATTGTTATCCAATATAGActtaatatgaaatattgagCATCCAGGATCACAGTGAATTGTAAGGCTATACACACATAGAGATGGGTTCCACATTTAATGAGGATGTAATGCTGCAAGAGCGTGGAACGGAGTTTGACAAAAGCAGAGTCATGTCTTAGTTACGCACGATTGTGCTTTGTCAGTCCGCATTTTATATCCCTTGAtatttttcaggcttaaaggactgtgtgtgtatttaaagcCCATGGTCTAGACACGACTGAAAATCTCCTCTCCTACAAGCACTACAAAAGAAATATCTGGAAACCTTAGAGGTGTCAACTGCACgcaggtaattttaataatctaagTAAGCTGCCCAAAAATTCAACTTAAGTATGTGTAACCCgactgaatacgaggaactttctcAGTGTAAATATTGACGTATGAAGTTAATAAGCTGTATACAGCTCATAGTGCACATGGTATAACAGTGTAGGATAAAAACACATATAAGCATAATACAGTATTTACGCAGGTAGCTATTGGTTCCAtgatatatatcatgatatttgaCACTAAAATCGTCACTACCCATAAATTCTAAAACTCGAAGAAGACTGCCAACATAGGCATAAGTTTTAGGATGGTGTCCCATTCGGAAGGTAACAtaaaacagctgttttttttttttaaagttctttGTTTTGGACATTAAAGAGACATACAATAGTTGCATGAAtgtattttctattttgaaGCCAAATCGAAGTCTCTATGGACCCTCAGACAGGTAAGAATAgatgtacacactgtacaatgaATGTGTAGCGCATTGTCAGTGGCAGCCTTTAATGAATAAAGCTGAGTAACACAACATCTGGAAAGAAGGTCCTGAGTGGTAAAGGAACGAGAGATGTGACGAGcatgagaaagtgtgtgagcAGTCTCGATGAATGCTGATGTGTAGTGTTACTGTTAAGTTAAAAACAGCTCGTATCTTTTCGTCAGCAGCTCTCAGCTCTTCTGTGTGTTAGATCTCTCTCCCTgacaaactgtttatttttgctgggCAGGGCGGTGACGTGACCGGGATGACTTTTAGTTGAAAATCAGGCCTTTCGGTCAGCCAAAATAACCCTTACTCTGGGACAGCTGGAGTGGAAAGAAGATCATAAATCTTCGTGATCTTTTAAAAGGTTGCACCCACATTTCAGTAGCATGCTTCAGCAAGTTTTTCACCCCTCCTCGCACCGTCTGTCTGCATGTCCTCTCCTTTAACACTCAGATTCTATTTTGGAACAGTTTCTTTCCAAAAGTGGTGTTACTGCTGAACGGGACTAACTGACAGTGACACTTCCAACAGCCAAACCCCATGTAGCAATGACACActtagtgtgtgattgtatgtgATATGGTAATGTTATGAGGCCAGCTCCCTTTCACTTCTCACTTAGACTTCAGTCACACTGAAGACTTGTATGTTGTTGAAATGTGGAAGTGGAACTCACCATTGCCATAATAGTCAGAATAAACCATGACTTTCTCTTCATCACAGACCGGGGTTCTGTAGAAGACACTCCCTAACGTAATTTCCTCTGAACTGCTTCATTGTGTAAGACTTCCCATTTACCTTGATGTTGGAATTGCTGCTTGTTAGTCAGAAACTTTCCTTCCACTTCATGGTACTGTACATGGCTCTTGTATCGCTCTGCTGTTTTTGATTTGGCTCAAAGCAGTCATGTGAAACCAGGCAGTACCCCCTGGATTGGAAACATATGCAGAGATCCCATTTGGCTGTTAGGAAAGTGTCTGTGGATGATAAAATATTGTGAGTCTGAAAATATATGTCGCAGTAGTGTTGCTATAGGGATGTACGGCTCCAGTAGTAGTGCTGGTCTTAGATCACATCCActcatatttttcaaaatgtctatgtaaaaaaaatcctgtccaCACGCATAgtgttttttcataaatattaaaaaaagattcaaaaatGCTCACATGAGCAAGTCAGCCCAGGATATGTCATAAACTGTTATGTCAAACGCCTCAAGAATAATGGTAAGAGCATGCATATTGAGTGGTAGAGAAGGCTAAATGTGGAAAAACACCAAAGTTCAAAGTTCTAAAATGACCAAAGTGGCTGAAagttctaaaatgaaaaatgccaCACAACATGTGTGGATTGAGAATAAGGTGGAACTACTGCTTAAGTTTTCGAATTGGTCTTATCTAAAATCTCTGTTTGCAGTACTGTTTGTACCACAGGAACAGTAAAGTGTGCTTCATATTCTGGCGCCTTCGCACGAGGGTGTAATAATATGCTACATGGCCTAAAGTATGTGAaaatccatgaagacatggtttgccaaagctggagtggaagaactcaagtggccatCACAGAGCACTAACCTCAAGTGCAcaaaacacctttgggatgaattggaatgatggctgcacaccaggcctcctcacccggcATCAGTGCTCAGCCTTTTTTtgactgaatggacacaaatcgtcaaagccacactccaaaatctaatgaaaagccttctcagaagagtggaggctgttatagtaGCAAAGGAGGAACAAattcatattaatgcccatggttttggaatgggatgttcagtacTTAGATGtccgcatacttttggccatataatgtaaaacaaaatgaaattgcAAACATCTAATAGGAAATTACAAAGCACAAAGTAACAGTCTGGACAATCTCAGCAAAAATGCGAAAAGACAGGCTACTGTGAAAACAACAAAACGagaacaatataataaaatataattatgtatagTACAGACGCAATATTACAATATGTACAGTATTCACGAAACCTTAAATTAAAGTAAGGATAAGGATTGAgagagaaactttttttttttttttgctgtttcctAGCAACAAGTAGGTGTACATGTTTACTGCTAC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU386730 lncRNA upstream 36855 4542427 ~ 4542695 (+) True G326359
XR_004576935.1 lncRNA upstream 110700 4466508 ~ 4468850 (+) True LOC117595758
TU386681 lncRNA upstream 172989 4398678 ~ 4406561 (+) False LOC113532991
TU386679 lncRNA upstream 184766 4391584 ~ 4394784 (+) False hmgn2
TU386648 lncRNA upstream 220432 4319215 ~ 4359118 (+) True G326288
TU386745 lncRNA downstream 61703 4649025 ~ 4656515 (+) True G326374
XR_003403355.2 lncRNA downstream 213250 4800572 ~ 4803511 (+) True LOC113532560
TU386800 lncRNA downstream 216515 4803837 ~ 4804059 (+) True G326429
TU386812 lncRNA downstream 336856 4924178 ~ 4924636 (+) True G326440
TU386834 lncRNA downstream 396151 4983473 ~ 4983680 (+) True G326458
XM_026924511.2 mRNA upstream 34203 4501487 ~ 4545347 (+) True slc9a1a
XM_034298293.1 mRNA upstream 145299 4398659 ~ 4434251 (+) False LOC113532991
XM_034298292.1 mRNA upstream 145299 4398666 ~ 4434251 (+) True LOC113532991
XM_026924760.2 mRNA upstream 145299 4426586 ~ 4434251 (+) False LOC113532991
XM_034298294.1 mRNA upstream 145299 4430161 ~ 4434251 (+) False LOC113532991
XM_026923880.2 mRNA downstream 255137 4842459 ~ 4856152 (+) True ifnlr1
XM_026924871.2 mRNA downstream 277247 4864569 ~ 4918469 (+) True myom3
XM_026924089.2 mRNA downstream 333851 4921173 ~ 4923671 (+) False fabp10a
XM_026924600.2 mRNA downstream 337459 4924781 ~ 4930155 (+) False srsf10a
XM_026924263.2 mRNA downstream 397093 4984415 ~ 4988847 (+) True klf10
TU386582 other upstream 566012 4011410 ~ 4013538 (+) False hamp
TU385671 other upstream 2009811 2565700 ~ 2569739 (+) False G325435
XR_003403389.2 other upstream 2365251 2210222 ~ 2214299 (+) False LOC113533074
XR_003403390.2 other upstream 2365289 2210222 ~ 2214261 (+) False LOC113533074
TU385279 other upstream 2435039 2142506 ~ 2144511 (+) False bola1
TU386810 other downstream 333658 4920980 ~ 4923681 (+) True fabp10a
TU386814 other downstream 337464 4924786 ~ 4930154 (+) True srsf10a
TU387482 other downstream 744946 5332268 ~ 5338251 (+) True G326997
TU389428 other downstream 3314470 7901792 ~ 7902608 (+) False LOC113532663
XR_004576973.1 other downstream 3800865 8388187 ~ 8484833 (+) False LOC113532774

Expression Profile