RNA id: TU391071


Basic Information

Item Value
RNA id TU391071
length 7912
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G330132
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047616.1
NCBI id CM018562.1
chromosome length 21037487
location 10631160 ~ 10639145 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

TTTCCTGCCCCTTTAGGTGGTCTTAAATCTATTCACATTTGAATATGAACACAGTAACATATTGCAACTTCTACACAGCAGCCAAGGTTGGATGCAAATGACATACATTGCTGTATCATCTACAGAGGGAGCTGAATTAAACCTAAAGGCCAAAAATGTGGCTTCGGCTTTTGCTTCCACATACATTATAGATGGGGAGTGTTTTGGACCTCTAACATGGCAGAGCTTTTCGAAGCCACGGCTGTTAATGCTTACCATTTCTCCACAGGTCCAACATACACATACATCCCCTTTCACTGATAGACTCATGACTATCAGAAACAAAACtacaagacaaaaataattaaaataacaggTCAATTGGGATTCCAGACCTCTAGTCTGAAACCAGCAAAAAATGGCCACTGCATGTTGAACCAAGTACTATTCCATATGcaaaaaagagattaaaaaaaaatcacaaacataTGAAAATGGAGTGTTACTGTCCTCATCTTTGGctgcattaaaataaagatCATTGTGCCTAGCACCACTTATCATATATTACAAGTGAACAATAGATTAATTTCAACAATACAAATTACACTTATGAAATGCAATCCTGGATCTGCAACAATCTATGTTACAAAAGGCAACAGCATAAAGTTAAAATCAGCTTCCACTTCTGACCTATGCAGCTATCAAAAGGCCattttgtctttattgtccCTGATCCACTTGAAAAAAGGCATTCGCACAAAAAATGTGTCACATGACAGAATTTATCCATCCATTGAGGGAAGAATAGGGATGTGCATGCCATccagcatttacatttatggcatttggcagatgcccttatccagagcgacttacaaaagtgctttaaagtctatcaaaaatacattctgatattggctcactaggtaacaaactaggaatacaatcagtccaaaactctgttggggaggtaatagacaagcgtTCAGAcaataaatttttttccccagcacaCTGTAAATCTGTGGCACAAGATGCGCCAAGGAATTACGGTATGCAATTTCACTTCCGCTACATTCTGCAGCCTGATATAATGCCgcattaatttttctttaatagctctGCACGCAGCATATGCACATCGATGGACAGTCGTTTTACTTTCCCCTAAAGTTTCCCCCACTACTCTCTGCTTGGCGCACATTGCCAGCTTGAACAGGGCGATAGCAATTCACTTTCAGGTCAGAACCAGTGGTCGGTGGCAACCAGCTCTCCACCACTACCTCCCAGACCTATAGGCTTCGTCACATACGGGCAGTTACTTGGGGCCCTATCAGACGAGCAACTTCTCCCTTCTGATGTCATCTTCTGATATTTCGTACAACTGCGattatttgtgaaattaaaatgaaagtaagCTGGccaatttcatttaattttctcaGTACTCTCTCCATTTTACAAAGATTTGAGGACATGCTGGACGCAAAAGGTACACAATTTGCGACATACACAAAATTATGTATTGAAATGACTCATGGGCAGATTTCTTTTGTGATACACCAAAACTTTCAagacaatttgttttttttaaaggatgacATCATTACGCACACCATTTTATCGGTAAAAGGCCAATTGGATGGAAACAGGCAGgagacagaattttttttaagcactttCACTTTGTCCATAATAGAAAAGCACAAAAAGTGGATGGAAACTTGGTCtaatgtgaagtgaagtgaagtgaagtgacctttttttgctgcggcgcccagggagcagtaaggggtttggtgccttgctcaagggtctcacctcagttgtggtactgagggtgggagagagcactggtcattcactccccccacctacaatccctgccggaccggAGACTCAAATctacaaccttcaggttcaccctttggttgcaagtccaactttctgtccattaggccacgactgcccccaaagTATTATGGGAGGATGCAGGCATCAATCCCGCTACCTCTCGCATACTAAGCGAGCGTTCTACCATTTGAGCTAATCCCTGTGTCTACATGGCAACAGTTCTAAACTCCGTTACTACAGACCTTATGCATTCAGCATCTCACCATATCAGCCCAAGCAGGataatacagaaaaaagaagTATATGGAATCTCTAAGACTGAGTCTGAAAACCACTGGTGTATGCATGTCTGTAAACGCAGGTGAAACTCACAAAGTAACAGGGATACAGCAATGCATTTAACCTCAAGTAATCCTGGAGAGCCTGGAAAGTTCACAAGTGATGGGCTGAGTTAACAGAGTCTCTTAgtggtttatttctctttccctctttaaGGAATATAAGCCCAAAGAGCAGAGGTGTATAATATTTAAGtaattgtacttcattactaAGCATAAGTACCATTTAATGGGATTTGTACTTTGACTAACTGAAATtgaaaatcaattttaaaaaaacttccatgaaaaaatacacaatttttactttttcattttcatttagacCTTCCAAGTAATCACTGGAAGTTTCAAGTACTTATTAGCCTGGCTACCAATTCAATCAATACATtttcttaacattttaacattatttattaaattctgtgtgtttaaaacatCTAATCAAATCCATATTAATTTGTCTGGATATCATAATCAGTGATTTTTGCACAAGGACTGCCTATTAGCCTTGCATGCAGTTCATATATTTAACTTAAACTTAATCTCATACATTGAACGCACTGAAAGTTTTGTATAAATTtagagaacaaaaataaaagaaatttttaGGAGCaaagcacccagactcggtaAGCCGCACATTCACAGACGCACTACAATTGtcgcctaagcaatcacaggaaagcagagccataactttaggcaaagggattcaagagtgatttgtagtttcactcatgatatgtatgttttgaccacggacAGTGGTGAAATTCTCTGattgtaggaggaaaggtctagatgaacaaaggggcagcagggtggcattgctgctgcagctgccactactgctgtCATCTGTGGAGTTGTCTGTTGCTACTGCTCTgacctaattttttttcttcttgcagtTTAAAAGCATctaatgtatttatgttttttccccacttcatGCAAGTTTAGACAGGGCTCAatatgatgtgagccaaattttgTGAAGATtagacaaaatttggaggaggagtagcaaaaaatgGCAGTCAGACGCATTAGCATTTTCAGCATGTTATTGTAGCTCCTGACCAGTAAGTAGTGCTGTCACAAAAGTTGTTGTATagcctcagggcatggtcctgaagatgcccaccaagatttgtgtcaggGTGCAAGGTCGTTGCTGTGATACAGCCTcgcttcctgtttggcagctacgccgtcagatttgttggcacattaTGGGCAAACCATTTAGAATATCAttattcttttgataacttttgtccAGGTTGGTCTGAATATGATGTATGGCAAATTTGGTGTTGACTGGACATAACTTGCAgaaggagtagcaaaaaaaacacttttttttttttactatttttgacaaaatccaagatggtcaacaggaagtacacttgaattataggaaaaagactgtgaatttagcacaaactcttcaaatgatataagcaaaaaaataaaagttgttacagttcttgaccacaaggtggtcTTGGGGACATTCAGATCCAAGATTCATTGGCCCATTAAGGACAAACagtttggaatattcaaaacTCTTCTGATAAATTTTTTGAGGCTTCCTCTGAAGATGACgtttgccaaatttggtgatgattggacaaaatttgtaggagaagtAGCAAAAAAATAAGCGGGAAATCTAATTAGGCAGAAATTGACATCATAGGGTGGGTTGAACTTGTCTTGACCCAGGGAATCCAGagatgcctggcttttaaattttggacacacagtacaaaagttatgaccataaacgtATGCCCAAATTAGGCCAAAATTTGACCCAATGGTGGCGCTAGAGCATTGGCAGCACTTAGCCCaaattggtcagaatgtttCTTAGACcttccccaatcagtgtgccaaatttcacaactttttaccagatggttctatgggctgccatagacaacctagccagaagaagaagaaaaggtataATAACAATAGTGTGCCTacacaccttcagtgcttggcccttaaaaaagggaaatatctaaaaataattctaatgaAATTAACTTActaaaatattgtgataatatcAGCCCTAGCTTTGGAGGCATGTTGAGGCATGGACCAAGCACTAGTTACACCTCAATTAGCCCAGCATTTGCCATTGCCAAAAATACGAAAAAGACAGGTCATAAAGCACACTCACAGTGAAGTATTGTATTCTCCTAATTTTACAACTCATCCCATCTCTCTGAATACTTAAGATGCAGATAATGCTTATTTTTCAGGCAGTATGCCGCATGTCGCAAGTTGCTGCGGTGGTACGGGGGTGAAAAAATTGCTCTGTTGTAGCCTGATGGCTGGTCACAATCCTggtcacaatccaccattttgAAAGATCATTGGTTAATAACTGTGACAGGTAGCCTGGACATTCCAGAAAGTCAGAGCATGCCCTCACCTGAATTCTGAGTCACTTCTTCGCTTATCCCATGCACTTTCAGATTAAACACTATTAAAAATCACATGGACTTTTCAGTAGTTGTGAAGCCTTGCAGTTTGCCAGTTATCCCTGTAAGTTCTAAGCCATGTTTTTTTGGATTGCTTAACATGTACAACGTTATCTTGCCTTGCCACATTTTTGCCTTTGCCTAGTGCCTTGACTGTGATGTTCATTCTGATTTCTGATATTTTGACTTTGACTACATATTGGATTATGTCCCGGATTTGTCTCGTTATTAGAGTATTTTTGATATTGACCTAGACTGTCCTGACCTTGATTTGCCTGTCAATAAACCTACTGCACCTGGATTCTTACTGAACAGTGCATTGCTCTGGCCCTGCAGGATTTAAGTTTCTTGAAAACCTTGATCTAAAAGGAAGTTTAATCAAACTGTTCTCACTTGTCTGTGAGCCATTTACTGCttcagacagaaagagagctaCTAGTCTCCTTTaactggataaataaataaaatataaataattaatataaattataaaactaatataatcacataaatataaaactaatataaataagcaattaaataaattgcaaCCAATCAATTACTTTCAGCTAGCACTCAGCCACACTGACAATTTAACTATGATTCAGAAAGCTAAATTGTCTAGTTTTAGATTGGATAGTATAAAGTGCTGTATAATAAGGAACAAACTTTTTTCTATAGTGTATGAGATCACACAGAGTCTAAGGGGTTCTCTGTCTACAATGCTGAATGTGACTGCTTAGTCATGCCTGTTACAGTTGTTGTGTCACAAGGGTTTTCTATGCAACATTTCAACTTTTGGAAATTcagaattaaaacagaaatgtcagaaattgactataaagttatttttatgcTGGTATAGACTTAAAAGTATGCACTTCACGCACATCAATTATGCAtgaagttttattattaattttctgtgtgtgtatgaatgttatTGTCATGTCAATGCTGGAATCGGCAATAGATTTCATTACCCATGCTGCACCGTGGcttaaaaacatggctgctcCAGACTACAACTTCCAACTGACATGCTCCAGCTGCCTTGACTTCTGATTGTACACACCTGATTTGAATCAACCCCCCACTATAAAAACAGACTCCAAACTTCTACTTACCATGAAATATTGCTCAGTGTCCAGATGTGCCAAGTCTTTATTATTGTGATTGCTATTCCAGTATTTCTGGCTTTGCTATTGTTCATTGGTTTTTGTTATTCTTGGTTTCCTAGTTTGTtctgtttgctgattgcctgactTTCTGCCCATTTTTTGACTCTGCCTTTGCCTAATGTATTTTTGGAACTGTTTGCCagtctgtttttaaataaaattcattttttcaaCTGCATCTGATTCTGCCACATGACATATGATATTCATAGACATCcaatgatttacattttctttcatcaGCTTTTTCAtaagtttgtttaaaatgtgtaaaaatcaccATTTAGTTCTAGTCATTAAGGGGTCAAGAACAATACAGCTTTAGTTAAGAACTGATCACAATGTGTTGAAATTAAGAGTGTAATGGGTTTTTTGGTTTATTACGAATATGaagaggtttgtgtgtgtttctagcaGCTTGTCCGAGAGGGAGAAACACATTTTCATAGTAACTTTCTTACACTTGAAACACAAGACACAagtaatattttcattcatcGCTATGACCTTAACACATAACCATtagtgatataaataaatagatatgaACTAATCACTATACCTATTATGCATTTGCACCTcacattaacactttttacTCATGCCACAgcctctgaacagatgagatatGTTTCAATCTTGAAGtggagaataaatgcatacatcTCTGTCTAATCATCtctaaacattctgttttcactgtcaactttttttttaacgtcatcacttcactaatcaaaccagagagagtaaatgaaataaaaaaaatttatgacagtctgtgaaaactctttccTTTCTTAATGAGCTGCCTTTAGCTAACTACATAACTGTATGTGACCAGCTGCAAAAACCCACAACAGTAGATCTGCTGCAGAAGTCTTGATGGCTCATgtttaaaaagttacaaaaaaagtttaaagttcTTATACACTgactctgctacagtattttgaAGTGCATAGTTCGACCTGTTGAAGTTTTTGCATCCAGACTGCACCCGCGACTGCAATCAGATCATGGTCTGCCAGTTGACAAGCCATGACCTAGATGTTGCGCTAAATACTGGCCTATTTAAACATGGTTTTATACACTTAGTTGTCCATTTATTAGGTACATCTACACTGTATCTGTAACTCCTTGCCCATGATTGCAGGTAGAAGAGACCTGACAAATACACATAGTAGCAGATGGGTTATAGATGGGCTATAGTCAGTATATTTTATGCCTTCATCAATGTGGTGCATCAGTACAAACAACAGCAGCATGGAGCACTAAAATAGAAGGGGTCTGACCTGGTTGAAACTATGCCATCACTGAATAATCTTAGATAATATGTACCTGCTGAAGAGATGGTTCTTTTAAACTTCAGGTGCACAGATCAACCCCTGATTGGATTTTGTGCTCACTGACcagtaattacattaattaaaatccTCATTGGAGGAAAAATATCTTGAGTTGAAGCCTGTATGTCTGACAATAAacctgtatgtctgtatgtctgaAAAAGTAAACTTGAAGAACTATTACACTGGTCTAAAATCAATCAGGTGAGACAAAATCTGTAGTCCAACAGCTGTACATTTCTAGCTACTAAATATTGCTTcatcattgtgtgttttttgtcattttttaacaaGATATAAGTTTGGTTTTCATTCAGCAACAAGTTGGGTAACAGGTAAGAGGGTTATTCATTTTGTGAAGCTTGTGTTTGACTAATCAGTGGTCTTCGGCAAGCTCAATTCACTAAGAACCTACTATGAAGCAGCAACTTTAAAAGTTCCTAGCACTAGGGTCCAGAAAATAAAATCTGCCATAGTCCCTAGATTGATTGGAAACAAGCCTTAAATTCCtgggtccttgaaaaggttccTGTGCTGGAAACgtgagagaaaacaagagaagGCCACTAGTAGAATGTGTGCACAGTAAGAATAAAAGATGCATGAATATTCAAGGAAATAAGAGTAAATGGGAGGGAGGGGAGAGTACAGTGATACAGAAATAGTGataagagagaaaggaagagaaaaga

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU391126 lncRNA downstream 111763 10518865 ~ 10519397 (-) True G330182
TU390955 lncRNA downstream 311767 10317593 ~ 10319393 (-) True G330030
TU390916 lncRNA downstream 417296 10208581 ~ 10213864 (-) True G329996
TU390917 lncRNA downstream 419583 10208739 ~ 10211577 (-) True G329997
XR_003404158.2 lncRNA downstream 448329 10179575 ~ 10182831 (-) True LOC113541201
TU391166 lncRNA upstream 104286 10743431 ~ 10743993 (-) True G330219
TU391176 lncRNA upstream 120852 10759997 ~ 10760802 (-) True G330229
TU391177 lncRNA upstream 122800 10761945 ~ 10762347 (-) True G330230
TU391180 lncRNA upstream 124362 10763507 ~ 10763892 (-) True G330233
TU391179 lncRNA upstream 125447 10764592 ~ 10766784 (-) True G330232
XM_034297838.1 mRNA downstream 474360 10151497 ~ 10156800 (-) True LOC113541109
XM_034297837.1 mRNA downstream 811627 9796334 ~ 9819533 (-) True LOC113532851
XM_026924858.2 mRNA downstream 913594 9687555 ~ 9717566 (-) False mppe1
XM_026924857.2 mRNA downstream 913596 9687555 ~ 9717564 (-) True mppe1
XM_026923982.2 mRNA downstream 1058955 9552595 ~ 9572205 (-) True elovl2
XM_026938042.2 mRNA upstream 286402 10925547 ~ 10930775 (-) True ackr4b
XM_034298149.1 mRNA upstream 336629 10975774 ~ 10980139 (-) True si:dkey-12l12.1
XM_034298200.1 mRNA upstream 467269 11106414 ~ 11109555 (-) True LOC113541107
XM_026938249.2 mRNA upstream 669609 11308754 ~ 11310736 (-) False prlh2
XM_034298214.1 mRNA upstream 669609 11308754 ~ 11310736 (-) True prlh2
TU391129 other downstream 107897 10522732 ~ 10523263 (-) True G330185
XR_003404173.1 other downstream 346223 10284834 ~ 10284937 (-) True LOC113541360
TU389089 other downstream 3244854 7378780 ~ 7386306 (-) False sec61b
TU388974 other downstream 3568732 7056794 ~ 7062428 (-) True G328342
trnam-cau_47 other downstream 4201228 6429860 ~ 6429932 (-) True trnam-cau_47
XR_003404157.2 other upstream 283981 10923126 ~ 10930775 (-) False ackr4b
TU391338 other upstream 443123 11082268 ~ 11083151 (-) True G330379
TU392350 other upstream 2037436 12676581 ~ 12677933 (-) False LOC113541288
TU392351 other upstream 2037436 12676581 ~ 12677933 (-) False LOC113541288
XR_003404167.2 other upstream 4297741 14936886 ~ 14937404 (-) False LOC113541102

Expression Profile