RNA id: TU394629


Basic Information

Item Value
RNA id TU394629
length 4826
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G333244
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047616.1
NCBI id CM018562.1
chromosome length 21037487
location 16893006 ~ 16897855 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

tatttattccaATGTACAAAATCACTTTCAGAATAAATGTGTTCTGGTTTTATCATAAAGGCAATAAAGAATTTTTCATTCCTAGCCTCCTTCAAAAACCTTGGAggtcattttatcatttactcAGAAAAAATCCAGCTCTACAAGTTTCGGTAATATCATGACTAAAGTATCtggaatataataaaacatcttGTAAAAAGTGCAGTACAATCTGTACAGTGCTTACAGAAAACATAGACACCCTTTTCGCCGGTTCGGTTCAGATTTTCTGCTCTGGCACTTGGTCAAATGGTTAAGTGACAGAACATTAACACTGTTTTTGAAAACAAACctcaaatacatacatattttctTCCTTCTAGTTTCCTCCTAATGTGTGAAAGGCACAGACGTGTGCACTGGTGATGTTGTATCAGGTGTATCAGGCGTTTCATACCTGTCTTGGTAACATCATTAATTACTTATAcgatgaatattttttaaaggtcaagtttgtcatttttaaaagtgcatCTACATCTGTAATAATCACAATCAATTTCAAAGATACCTTAGACaaaatgtgtgatattgctaTGCAATGGATTTGGCTAGTTTCATTTtaagtttacatttttctggcctggACATTTCTGGCCTTACCCTCACCCCAAAAAAAGATCATCTCAGATCCACCACTATTACCTAGGAAGTTcatatagaaaaagaaaagccaaCAGGTATATATAGTTTCAGCACAGGGGTGGGGGTTGGTTAGGGGATGaggcgaagtcttgccaatgtTTTCACTGCAATTACAATTTACCTCACAGGCAGCACTTCTAAAATTTACAAActgcttctttaatttttagAATTAATTCCCCTGATAAGTTTAAACTTAAAGACCTTTGCACTGCATTTTGCTGTATATCAATGGAATATGTTTAAACATCAGTCTCAGgcttttatgattttaaaagGTGTCTAGCTTCCTATAAGCTCTGTACTTACAATACAATCTTTATCACCTTAGCAAGTCTGTATatcaaaaatacagcatcacTCACGGTCTTTAACAAGGACAAGTGAACGCACCATTAAAAACGACTGTGgtcattttcataaaaaaaaaataataataaacaggaaTAGCTCCTATGGAGAAGGCACAGGTCAGGGTGATCAACAAACTGGAGGACATTTGTATTTCTGTATAGAAAAAAAGTACTGCAGCAACAAATGTTTCTGATTCCCACACAACACTGATGACGGAATCTTCACTGAAGGATGTCaagcctctttttcttttcttttcttttctttttttttttaaacaaaattaccTCAAAATTTCCTAATAATACCACATTTCCTATGGTATAATACAATTATGGGTGAAAGGGTATGAATAATTATGATATGCTCATTGCACAAACCATTATAATGGTTTTTGATACATACAGTCACTAATTATGACATTATGTCGTAACACTGCCACAATGGTGCTAGGATAAAAATAGCTGCAAGCAGtgatttaggggtccaagcactttgCAATGCATTTTGAAATCAAGTTTAAAGCAAGTATTTTTCAATGGACTTGGACAGTCTTCATGTATAATGACAATGACATGGGTTTTGCAGATGACATCCTACAGCATTGCACATGGAAATGACTGTGactattacagatttatttattttttgttaaaagtgaaacttttaaattttattataccTTCATACCAATATACAGTCACACccataattgtaataattgtaaaaattgtaaaaacagACCTAACCTCCAGACATAGCTGCATACTCTATGCAAATGTGCTCTTTGGTTGTTTCTGACGATAAGAATACACTCAGGTCTGAATAAATGACTGAACCTATGAGGAATGTTGATCATTCAGTCACACTATAGTATTCCTCAGTACTATTGCTTAGACGCAGTAAgcattcttttaaaataatacaaaaaccaGGATAAAAAAACgctgatatatatttataaaaataagttTCTTCAAATCTCAACTGATTATCCTGCATGTCAAAATTGGATGGATACACATGTCAAAATGCGCAACCACTACAGTGATTAAAATACGAGTGCTTCCAAACGTCGAATAACAGAATGAGCTATTAACCTCAtatcatgtaaaaaataaaaaataaaaaaataataatccatgATGATTGTTAGCTGAGAGCACAGTGCAGACTTGCATGGAAGAAACGCACATCTGTTCCTCTGGATTTACCTATGTGGTGGTCGTACAAGTGCGGCTCTGTGCCATTTTTCCCCTTGGTTAGATTCTAACCATCACACAGTGAGCTTAAGAGAAATTACTCAAAGAGTATCTTACAGTATCGATTTGCTCCAGGCCGTTGGTGTGGACTCCAGTCAACGGCACTAAATTCATTATGAACAAATTTCACCCGAGGGTGTGAGGGGGGAGGGAGTTAATTTGGATCTATTAAAGGCAGTAAACATTTATTCTGCTGCATTTCTACCGAGCCACATTTCATGGCTGAGAGTCTTAAAATGAACTCTTATTCACAATGTTTGATTTCTGCAAACTCGACATCCTAATCTAGAATACTTGCACCATACATTTAAAGGAGTACTCCATTATTTTTCAAAGTAATCTCTATGTATTtccactgtagtgtgtgtgattacctcAAACAACAGGTTACtttgtactgagaaaaaaaaccaactgtttactcaaaactcacttataatgaaaGTTTAAACACAGTTGTTAAATTTAGTAGAGTATCATGTGAAAGATTTCAGCCAAAGGTATTACTAATTTATGCtctaaatgtatataatttgtcCTCATGACAAATGTGATGTGATTACTTTTACAGACAGAATAATTTTCGGTTATGAATAcatgataaatataaatgagaACATACTTCAATTACATTATGTTTCACAATGTTCAGAATTTCTAGGGCTGCCAATAATTAAAATGagctaaaatacattttgataagggtttttattttcttagaatacTTCAGGtaaaggttagatttctctcatatttgGGGTGTGAGATGAGTTCATTAACCACAAAGACGTTTAATTTTTTCATAAGCTTTTTTATCCAGCTTTACCAAGGGGTGCCAGTAATtatggagctgactgtatagttcatattttaaatatatatttgttaatataatatatattatatcaaCAACCTTGCTTAGGCTTCCATTAATACgagtttggagtaaacaggttttcttttctcagtacagggaaatgtgCCGATTCAGATCGGATTCGTTTTCTGTAAACGTATGTATTAAGTCGGATGACGTCTGTAGAAGTTAGGACTGATACGCACGGGATAAATCAGAGATGTACGCATGATTGTCACATTAAAAAATCCATGTGTGCTACATAcacatcattttaatacaaactgatcGCTCTGATTATCATTAGAAGTGCTtgttgtagggggcgtggccacaaGTAATGCATGTGACCactagtaggtcacatgaccctcACATGTATGTAGGCTGTACCTGGTACATACCTAAAACCCCCCAGTAGTGTGGCTTGTTTGGCAAGTCCTTTTAAACgtcatctatattttattgttctgcattttaaactcgGACTTGGTTACGTTTTGCTTTTAGATGATAGAAAACAGTGAGCGTTTTGTGGAAACTTCTTTTCCCACATGATATAATGGCAAACATATCAATTCAGACAGAATATATGACCTGGTGTTATTTctactggtcattttatagaagtTAAAATACAGTGTAATCTTTCCAGACGCATCAACGCAGAGTcagtaaaaatgtttgttgtaaTCACATATACGCTACAGATGGATAGAgattatgttaaaaataaacgcTAAGGTATTCCTTTAACTTTCTCAGTGATTaatccaatccaagcacagagctgagcaggCTGAGGGTTAAGAGTCTTGTTTGAGGGCCCAGTCATCGCTCTCTGgcagttctgggatttgaactcacaaccttctagCCACTATCACTAATGAATCAATAAGAGACCAGTGGTCCTGATAAACCTCATTCCTACATGGCGGATAAAACCGAATGAGCTTGGCTAAAAAGAATCTAAAAAATCTAATCCAAGCTCTAAACCTTCCTCTTGTGTACTTTATTATTTGTGCAAAGCCAATTAGACATGTCACTATTTATGTGTTTGAATGTCATTGTAAACAACAGCTTCTTTGTGCCAtgcctgctctgtgtgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttaatgcagATAAATCTGTAGACCACAGGACTCTACAGCCTCAACCCAGATGTATAACGCTGCttaacaggtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggtgggagtGTCTGAGATACACAGCCCTTGCTGAGGAGTCTGCTTTGTTCTGAGTGGGCTGGAACAGGCGCCAGTTTCCCCTGGATGAAGGCAGAGTGGTGATCATTAGTGGGCAGGAGTGGACTGGCACAGGGGGCGTCTCCGGGAATTTCAGGGTCCGGAGCGAATCAGAAGCCGCCCTGGACGAACGGGTGGCTGAGCAGCACCTCTGCGGTGGGACGCCATTTCTCCTCCACGAAGACCTGGCGTAGGAAATCCCGGCACGCGTCCGATACACCCTCGGGCAGGTTGGGCTTCGTGGGCTGAGTGGCGATTTTAAAAATGGCCGCCATCGCTTCATATTCGGCCCATGGCGGCTTCTGGGTGAGCATCTCCACCACCGTGCAAGCTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_003404172.2 lncRNA upstream 2845 16888937 ~ 16890161 (+) True LOC113541357
TU394631 lncRNA upstream 3277 16888906 ~ 16889729 (+) False LOC113541357
TU394614 lncRNA upstream 63027 16732916 ~ 16829979 (+) False G333232
TU394612 lncRNA upstream 63027 16772003 ~ 16829979 (+) True G333232
TU394501 lncRNA upstream 259223 16605148 ~ 16633783 (+) True G333148
TU394762 lncRNA downstream 288274 17186129 ~ 17186675 (+) True G333360
TU395018 lncRNA downstream 465016 17362871 ~ 17363075 (+) True G333548
TU395063 lncRNA downstream 548330 17446185 ~ 17447043 (+) True G333582
TU395113 lncRNA downstream 642782 17540637 ~ 17541761 (+) False rnf6
TU395303 lncRNA downstream 769781 17667636 ~ 17667844 (+) True G333787
XM_026937855.2 mRNA upstream 74567 16805649 ~ 16818439 (+) False LOC113541068
XM_034297857.1 mRNA downstream 55829 16953684 ~ 16960846 (+) True acaa1
XM_026937977.2 mRNA downstream 87192 16985047 ~ 17014794 (+) True plcd1a
XM_034297855.1 mRNA downstream 87557 16985412 ~ 17014794 (+) False plcd1a
XM_026937976.2 mRNA downstream 89059 16986914 ~ 17014794 (+) False plcd1a
XM_034298161.1 mRNA downstream 176358 17074213 ~ 17085476 (+) True spag6
TU393912 other upstream 1326343 15566175 ~ 15566663 (+) True G332636
XR_004576981.1 other upstream 1628419 15251635 ~ 15264587 (+) False si:ch73-173p19.2
trnat-agu_17 other upstream 3507732 13385201 ~ 13385274 (+) True trnat-agu_17
TU392569 other upstream 3634590 13257894 ~ 13258416 (+) True G331476
TU392341 other upstream 4180328 12706939 ~ 12712678 (+) True G331263
TU394735 other downstream 209617 17107472 ~ 17110027 (+) False hhatlb
TU394736 other downstream 209617 17107472 ~ 17110027 (+) False hhatlb
TU394798 other downstream 387227 17285082 ~ 17300011 (+) True G333388
TU394792 other downstream 389305 17287160 ~ 17302004 (+) False G333388
TU394797 other downstream 389305 17287160 ~ 17295054 (+) False G333388

Expression Profile