RNA id: TCONS_00010863


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010863
length 2890
lncRNA type antisense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_004436
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 1074403 ~ 1078180 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtaacaccaaCTATAGTacttgatctgttgtggcgattctagttgctatggtaacacaacaactaaagtactTGAGTTAATCTGTTGTGAcatttctacagttgctatggtaacagcaacTACAGTACTTGATCTGTTGTGccgattttacagttgctatggtaacacaccaaCAATAGTACttgatctgttgtggcaattctacagttgctatggtaacaccaactttagtaattgatctgttgtggcgattctacagttgctatggtaacacaacaactacagtactcgatctgttgtgattctacagttgctatggtgacataTTTAGTATAATTGACTGTATGAGGGATCTTTGTGCCATTGTGCATCGGCTCTTGCCCTGAAATCACAATCTAAATGTCAACATAACAGTCGAGCACGCTGCAACAACTGCTCAACAATAAACACCACAATGGTGTTATAAATCAAAATCTTACCAGACTCTACATTTTCCTGTACGCTGTCCAGTTTTAGGACCCAATAATGTCAGCGAGCACAGTGATGCGTGCCGTACATGTCAACGCCAAttacattcttcaaactatcaaTGCAATAGAAACGTAGTGAAAGCAAAAGAAGCGGCGGTCCACCCACAGCCATCTGCTCTGGAGACTCTGGCTCATTTCCACAGCATGAAGAACTTATTCGCTCGTCCTGCACTCAATTTATGCATGTTCTGCCGCTTTTGTTGCTGTTTATCCAAACAGCAGAGGGAAGCGTCTGTTCTTCTGCTCCGCTTTCATGTAACGGCAGTGGTAATGATTTTCTGCTTTGTATTTGTTTGGTTCCCTCCCTTAATTAATGCCTCTTTTATAATGAAAACAAAGAGGCCTTTGAGCTGCTGTCATTCAGAATCACTTCACTCTCTCCTCTGCTCTCCCTCGCCGTTTTTAGGCCTGCGTTACTTCAATAGTTACTGTAGATGCAACTCAAATAGTAGCTTGACTAGCATTAAAGACGTCAGGCGTTACTGCGTGTTCATTCATTCTACGGTTTAATTGCATGTAGCAAGACAAATCCATGATTGCATTTAAATAGCTGACAACAGAAATTGGTCTATTCTCACTCtgaaaaccaaacaaaaccaaacgaaaaacacacacttttatgCAAACAATAGTATAAAGAAAAAACATTCGATATCAAACTTGAAGTAAATCAGTAcgactttacagtaaggtttaaATCAGTGAGTTAAAATGAACTAACACTCCCGTAGAAAAATCTGATGCCATATGAACATGTAGATCAGATTATCGCTATTACATGTGAACATATACATGTTCGTAATTCTAACTAGTGAGGTTTGcacattttgaaatgtatttgcatatattgccatacTGCATATCAGACTTCTAGGGTCGAACAACACTCCTACATCATTTGTTCAACATTTATGCAATGGCAGTTTAATATCCAAAGGTGTGTCTAACAACAATTGTTGTTCAACATGTTTTACTAAACACAGTGTTTGTTCATTTCAACAAATAAACCTTATATTATCAGGAAATCTAAAGGTCGCAATTACCAGAAAAAAAGGAATGAAATGTCACGATAAAAAGTACAgaatgcatacactgtaaaaagcgattagttgactttgcatCAAAAGTCAGCAAACCCATTtcttaaagtgattagttgactaaaaAAATGGGTGTAAATCcaatgcttttaaagcgattagttgactttactttaaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgactttactttaaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgacttaaaaaggTGTGTAAACCcaatgcttttaaagcgattagttgactttactttaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgacttaaaaaggTGTGTAAACCCAacgctttaaaagtgattagttgactttactttaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgacttaaaaaggTGTGTAAACCCAacgctttaaaagtgattagttgactttgcatCAAAAGTTAGCAAACCCAATTCcttaagtgattagttgactaaaaaaatgtgagtaaacccaacgcttttaaagcgattagttgagtctGCTTAAAAAATCTGTGTAAACCCAacgcttttaaagcgattagttgagtctGCTTAAAAAATCTGTGTAAACCCAacgcttttaaagtgattagctgACTTTACTTAATGAAGTGgataaacctgctgcttttaaagcgattagttgagtttaatttaaaaagtgagtaaatccaatgtttttaaagcgattagttgactttatgtTGAAGAAAGtgggtaaacctgttgcttttgaaGCGATTATTTGAGTCTACTTTAAAAAGTTGAGTAAATCCAATGttttaaagggattagttgactttacttaaaaaagtgagtaaacctgttgcttttaaagccatttgTTGGGTCTACTTTAAaacgtgagtaaacctgttgcttttaaagggattagttgactttacttaaaaacatCAGTAAACCCAATGCATTTAAAGTAACTAATAGAGTCAGCTTTAAAAAGTAAACacaatgattttaaaatgattaattgaatatacttaaaaaagtgagtgaacccgttgttttaaaattatactTTAATTGAGCCATATgcataattacaaaaattaagtcaacttaaaaaGTTCCAAGTTATAACTGCTTTACTCTTATAGTCATAACTAACTAGTGAactaactaatcactttttacagtgtatcatgtGCATCAAATGTATCACGTTCAATCACCTCTGTCCCATAGTTCTCTGCATTTC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010862 lncRNA upstream 170751 902588 ~ 903652 (+) True XLOC_004434
TCONS_00010860 lncRNA upstream 178760 892178 ~ 895643 (+) False XLOC_004433
TCONS_00010861 lncRNA upstream 178760 892180 ~ 895643 (+) True XLOC_004433
TCONS_00008899 lncRNA upstream 291531 780999 ~ 782872 (+) True XLOC_004431
TCONS_00010714 lncRNA upstream 531393 542709 ~ 543010 (+) True XLOC_004429
TCONS_00010864 lncRNA downstream 109313 1187493 ~ 1206195 (+) True XLOC_004438
TCONS_00010715 lncRNA downstream 888493 1966673 ~ 2004160 (+) True XLOC_004444
TCONS_00010716 lncRNA downstream 1499840 2578020 ~ 2607032 (+) False XLOC_004450
TCONS_00008921 lncRNA downstream 1499840 2578020 ~ 2607032 (+) True XLOC_004450
TCONS_00010865 lncRNA downstream 1691385 2769565 ~ 2772390 (+) False XLOC_004456
TCONS_00008901 mRNA upstream 63987 1000323 ~ 1010416 (+) False XLOC_004435
TCONS_00008902 mRNA upstream 67777 1000526 ~ 1006626 (+) True XLOC_004435
TCONS_00008900 mRNA upstream 265960 804314 ~ 808443 (+) True XLOC_004432
TCONS_00008897 mRNA upstream 287595 695619 ~ 786808 (+) False XLOC_004431
TCONS_00008898 mRNA upstream 294856 763051 ~ 779547 (+) False XLOC_004431
TCONS_00008903 mRNA downstream 9083 1087263 ~ 1132683 (+) True XLOC_004437
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TCONS_00008905 mRNA downstream 208462 1286642 ~ 1386682 (+) False XLOC_004439
TCONS_00008906 mRNA downstream 307012 1385192 ~ 1388444 (+) True XLOC_004439
TCONS_00008907 mRNA downstream 320224 1398404 ~ 1400009 (+) True XLOC_004440
TCONS_00008894 other upstream 552581 509947 ~ 521822 (+) True XLOC_004427
TCONS_00008960 other downstream 3419184 4497364 ~ 4497479 (+) True XLOC_004480
TCONS_00008972 other downstream 3973382 5051562 ~ 5051697 (+) True XLOC_004492
TCONS_00008973 other downstream 3974263 5052443 ~ 5052578 (+) True XLOC_004493
TCONS_00008974 other downstream 3979041 5057221 ~ 5057356 (+) True XLOC_004494
TCONS_00008975 other downstream 3983387 5061567 ~ 5061697 (+) True XLOC_004495

Expression Profile

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