RNA id: TU186962


Basic Information

Item Value
RNA id TU186962
length 6752
lncRNA type sense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id AMCG00000180
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 6004186 ~ 6012637 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CCAGATGCGGTGGTAAAATGGCGGAGAGGGGGATGTAGAGAGCTGGGGCAAGAGCTCCGGCTGCTGGCCACAGGCGAGGAGAAGAGGCTGATGCGCTTGGCTTTCGACTTTCCGATGCGGGCTGCTGGCTTAATCCCCGGTTCTGTGCTAAGGTCCTGGGggattttacaaaataatctaCATTGGTTGTGCCTGGACTGATGACCTCTTCAGATTGTTCCAGGGATCAGCCTGCAGGGAAGAGAGCTGAAGGATCCAGAATTGTATCTTTGATTTTGGGAGGTCAGTCCCCAGGGTTTGATCAGTGTCCTGTGAAAATGAGAGGTGGGCTGCCAGGATTCTCCCCCAAGCCCAGGAGATTGGCCCTGGAATTGCAGTCTGAAGCCTGGGGAGGCCTTCTCTGAGATAGAGGAGATGATGCCCCGGCTGCGGGGACAGATGCCCCTTCTACCAACCCCCACCACTCCCTGGGCCAACCATCATCATCCTTCATCCCCTCTTTTCAATGCAAACTTGAACTAGCAATACAAGGTTTAGTTGTTTCCTTCAACATGATGGCCTGTTTGTGGAATGTTAATGAAGACTGGAGAGTGTCATGTCCATGAGTTAGATTAAAatcattagaaaatatatttaaaataattacatcttAAGATCCCCATTATAGGAGCACTTCTACTCAAAGTGTATAGCCCAACGTTAACTTAGTCAGCTTTGTAAAATGGGTGCAGTTTTTCTCTGTAGGGAACTGGTGGAGATCTTGCTAACAAACTGGTGTGGAAATACAGCAGTGGGTTTCTGTTTAGTTAATCTTCatcgttttattttattttttcttctccatttgTATGGTTTGCCACTTTTGTACTAATATTGAACCATTTCTAGATATCAAACATAATAAAGATACAAGATgcatctcatttttattttacaaagcagtGCTAGAAATGCATATTCCACGGTTCTGCTATGCCTAATGCAGTTGTTGAAAGCTTAATTTCCCATCCACACCTGTACTAAGTAAATATTTTGTGCATATTGCCAAGGGCAGTGGACACAGCAAGAGTGCTGTATACTAGACCAGAGTTCAAACCATGATGAAATGTTAACAACTGAGTGCTACTGATATAAAGCTGTAGGAAACACTGGCAGTTTTGTTGCCAGTATGACTTGAGtcctattttgcattttattggaTTCCAGTCCTAGATtttcaaaaccagaaaaaaacataatgtggAAAACAGCGGCACAGGGTCATGTAGATAAAGTGTTCTGTTGTGTGACTTTGGGTTGTAGTTTTCACGTTAGTCCAAGATTTGTGTGAAACCACATCCTCAAAAGTTATTGGAACTTCACATTATAATCTGCTAAAGACCTGGGAAGGCATTGAGTGTACTAACTTAGACGAGTCATATATTCACCTGAGGGATTAGTTCAGTGTTCAGGGCCCTTGAAGACCACCAGGTCTGGTCTAGGGTTGATAACTTCTCCATACAAGCCACTTGCTGTGTGTCAGTTTTTGTGCGTAGAGTCTTGGAGGCTGTTATTTTGGGGTTGTCCCTGACATTGATTTTGAAGTTCTAGAGATATCCTACAGCTTTGCATGCCTCAGCCTCATGTCACCACTGCTCTATCATTGGGGAAAAAAGGTAAAGggattgaaataaaataagttttgctTCTTTGGCAGCTGTTGATTTCtcatacattgaaattaaatttattCCAAACTGAACAAGGTCCCAGGGCTCCAGTAGATGTATCTGGTATCTTCAGAGGGTCTTCACCCAGTAGCATTCCCTCCTTTCCCTCCCCCTCACATCTTTCCTAAATATATGGGCATgtgcaatatgtttttctttgttataaatatatatatatatatatatatataaacaattgtgAAACAAGTGACAAGTTGTTCAAGAACAACAAAATCACCAACGTCTTCCATTATAAGATGTATAGTTCCATGCGCATTAGCTTAATAGCAAACAGTAGTGCCACTTAAGTGGCCATGCATGAAGTTAGTGATGcttgcaagaaaaaaataataagtaactCGGATCTGGCTGAGCAAGTTACTAACCAGGATGAAGCATCCCTTTCTTACAGCAAGCTGAGATCAAACTTAGAGCATCCAGTGCTGGAAGGAGTTGGGAGCAGGGAGACAGTCGGAGTACCTGACTCGGCTTGTACATTTCTTGTTGGTCACTGTGTTACTGTTGAAGCAGCATGTTAGCTCTGTCTGGTCTGGAAATGCAGAAAATTTCAAAAGGGCCTTTGTTGCAATGTAGAGGACTTAGTGGGCAGGCTGAGATGCCACATGCCAGCCAGTTAGCCtagtgaaaagaaaagcagctgGCCAAAATGAAGTTCCCTGCTTTGACCTCAGCATGTGAGAAAGTcccaccaataaaaaaaaaaagacattcctCAACATAACACTCGCTCCTTTCTCAGTCTTAAATATGTACTTCATTTGAATCTGTCTCCATTCCTTCCTTTCCTTGTACACAAAATATAGCGAGAACAGGATCCCCCTGTTGTGTTTCGCGAGGAGGTTGTTCTCCAGATGTTGCGTTTGCACAAGACTAGACTTGTAGGCGTCCATCTCAGAAGACAGCTGTACTCTGGTTGGTATATGGATGGTTTACAATTGCTGCTCAAGCAGTGAACTGCCTAGTTTCCATGTTGCAATGAAAGATTGTTGTAGCAATCCATTAACAGTATAAAGTGGAGTCAATCAAAATCTTAACATGAAAAcgaaccccctcccccctcatTCTAAAAAGTATTTGTCAATATAGGATTATGAGTATTCAAGCACAAATCGGTTTGATATGCAGTGTGAAATGTAGTTGACgatacacaacaacacagacaaTGGCAGTCAGCAgcacagtgttgttgtttttttagtatGGCTGTTTCTTAAATTTGAATTTCTCTAAGTTTTTAGTCTCAGTCCAAGGTAATGAAGGATGCATCATCTGTGTTAGCAGATTACATTATATGCAATGAGCAGATGTAGTGTTAGCTGTATAATACTAACACAATGGTTCTAGTATTAGTGAGTAGACTAGTGCTTAGctaaaaatatagtttaaattaaatacctCAAGGTTCGGAATGCAGAACATCTTGTAGGCATATCCTAATGCAAACAAAGCCATAATCGTAACTATTAGAATTTTAgaagcaataataatgatatgcatggattagttttttttcataatatatatatatatatataggaattTCTGTAATGTGGGTATGATTAATTATCAATCTGTAGTTGTGAGTAGGGAGTAGAGTGTTTGCCTAGTTAAAGGTTTTAATGTAGAGATGTGTCTGAGGGATATATCTTTTTGTCTTAAAAATTACCAAGATATATCTTCCTGCAATATTCAGAGAGGCAACAGTTTCTTACACCCCTTTCAGattaatagaaaataagaaTGTTGAGAATTGATAACATAAACTTAGAAAATATTTGACTAACCCTAGTTATACTTACTcttagtatgcattttttttaatatggtctaatatttgaacaaaaaaaaaactcaaaagtgTTGTActgcttttaatgtttcatgttaTGCAATAGGTAAAAGGTTAAAAGTAATACACCACCCACTTTAGATTTATGTTGTAGACAAATTCATACCACAGAAAAGGCTTGAATGTGTTTGCACAGTAGTtgctacattatatatatatattaaatatatatatatatataatcattatggTGAGACTGAAACAAATTAGTATGTTATCTGTATCTCAACTTTCCTCCATAATTTGATAAACTGAACTTTAATACAGTGTAGATTAATCAAAACTGCTtcactgcttttttcttttccttgcagaGGTCTTTacgtgttttactaaaacagGTTAAGACAAAAGAACTGCTTGCATGAAGGCAATGGGGGAATAATATTAATCCTTATTATTCATCATCCTATTGGTAttaaaagatttttattttcttgagtGAGATTTTGATCCTAATAATAAGTCTTAGAAGGATGTGTGCAAGAGTAGTTTTAAACTTGTTTGACTTTTAAACTAGTACATTTCCATTGTATTTGGAAACTCATTTGGGCAGTTATTTAGATCTGGCCCTGGTCACAAACTGTAGTAAATGTAGATTTATATgtatactaaataaaaagacCATAGGATTCGTTTCTGCAGTTAAGTGGCTGTTTGTCAAACTGAGTTGGCCACCTCTTTGGAGTAGAATTGTTAGTGTTTTGAGATCATGATATATACCAGTATATAAAGGTTGTAAGCTGTATGTAGCAATTGTCttttaacagcttttatacCAATAGCTTCATGATCTTAAAATTAAACGTATTTGAAAGTTGTTCGTTTGTACATTAACTGAAGCCACAAACGGGTACCACCTGCTGTACAGATATCTGGACCATGTGGTTTGAGAAGGTGGTTTGAAAAGTAACCTAGGCAGAAGACCGCTCTATGCCGTTATGCATGTAGTTATATATACAATGTCGTCTAACTAGGTGACACTTGCAACATATATATGCATCTTCAAATTGAAAGCAATAGGAAATGTCTAGTGATTTTTCAATAgcaattgtttgtttctttcaataaGGAGACTAGACACAAAACTGTATAAAATCTATCACTGAGACCAATTTGGCACAGAGTGAAAGCACTTGTTGCATTCCAGTGGGTGATGGgctctgtgtattttatgtagttTGACAAGGAGTATTTCACCCCCCAAAATCAGCAACACCCCAGGTACTTACTATTGggttgaaagtttttttttttgttgttgcactGCTTCATACTGTACTTTTCCTTATGCTGCACAGTACTTGGATAAGTGCTAATAGTGGACAACAACAATTTAATATATCAAATGAAATATCAGCGGGGGCATTGCGTTGGTCACTGCAGACTGTGGACTTTGCACATTTGGAATTGCAGAGATCCCCGCCAGTGCATGTTAATCATTATGTAGGGTGTGTAAGAATAACAATGCATGTACTATTCACAGttggcttttcttttccatttaatgTGTGAGAAATCGTGATCATTGTTATTGCACCATTGTGATAAAGAGGACAATAGTGTCAATGACATAGGAAGAGCATGCATTCATCGAACTTTCTAAAATCGTGTACCCTTCTGTAGGTTTTTGTCCTGCATCATGATACCTATTTCAAGACTAGCCCTGTTTAATCACCTCGAGGAGTCCAGTTTTGAGTGATTGGCACAACCTGGTTCAGGTATTAGCgtggtgtgtgtgtagtgcatAGAGTTTGTAGGAAACTACTTGTAAAGTAAGCCTTACTTAATAGTTTCTTTGTTACAAATGTGCTCACACATCCAtaaagcacttaaaaataaCTCTAGTTTGACGATTCATTCTGGCAAttgttatttgtaaaaataGCATGTTACATTGCAGGGGTGGATTACCCTAATCACTAAATCACTAATCATTGGATACCTTGaatacagggacattttgcctaattaagccCCACAATTGGtgcaattaagcagttaacaatctggatagaacaaaaccCTGAAGGCCCTGTGGCTAGGTTAGCTACCCctgttattatatatgtaacaaTTGTTTCTTATTTCCACTAAGAAAacagtaattattttgaaatcagaCTGAGGTTTTCAGTTCTCACATTGCCAGATGTATTGATCGGAGGTGAGAAGATATAGTCACTGTACAGCAATGCTACTCTTGCTCCTGGACAGCTATGGGCCTGTTGGTTTACAGGTAACTCAGGATGCTTAATGACTAAAGACCTAACAACAGGGGTAAAATGGATCAATTAAGTCATTAGGATTCTGTACCTGCAACCAGCCAGGAGTTAGTACCAGTGCTGTAGAAGTGTTCGAGTGATCCTCACATGTAAACAAGCCTCCGCTCTAGTTTCTCACTGCTCAGCAACTGAATCACAATAATCTCTTTGATCAGTTCGTTCTCTCTGGGTATCCTTGCAACTTGTGAAATGAATCAATGGCACTGGGTGAACCCTTCcctagaaagaaagaaaataaaacattacaaaataaccgattgccaaaaaacataaatctttcTTGTGCCACTGATGAATGGAAGCAAGTGAAATGTAATAGAATAGCACTTCTTGAATTTTGAACAATATTTGTCCAACATGTATTCCTAATCCTAGATTTACTTGTTGCTAAATTGAAAATTGTAATTGcaattataatgatttaaaacaaaaacaaaatggaaagaaaaatgaacaacTGGTATTCCAGGTCCCAGTGGTTGTATCCTGTAGACAGAGGATGCCATTTTACTCTGGGTCCTTCTATGATGTTATAATTCTAGGATATGTGTAGGTATATAAGCATGCTGTTGTTCCTCCCTTTATTAGGGTGTTCAGGTTTTATCTTTCAATTCCCATTTGTACTTTGTAGAGGAAGTCTAAAAATAAGAGGGTGTCTGTGATTAAATGTGACATTCTGTAGgtatgtcttttttattttattttctttaatcactGCAGATTAACAATTGATTCTGTATTGAGGAAGTTTGGATTAAACTATGCACTACAGAACGAACGCAGAGATGTAACAGCATTGGAATAGAAGTCTTTTGACGGTTTTGTAAAACTGTGAACTCTGCATCAAAACTTcagcaataaaagcagcatgGTGCCAATTGCATAATA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU186854 lncRNA downstream 292310 5711019 ~ 5711876 (-) True G148486
TU186776 lncRNA downstream 548697 5455246 ~ 5455489 (-) True G148417
TU186775 lncRNA downstream 549938 5451000 ~ 5454248 (-) True G148416
TU186757 lncRNA downstream 624058 5377749 ~ 5380128 (-) True G148400
TU186748 lncRNA downstream 661695 5340755 ~ 5342491 (-) False G148395
TU187002 lncRNA upstream 135292 6147929 ~ 6148286 (-) True G148610
TU187110 lncRNA upstream 544068 6556705 ~ 6563305 (-) False G148692
TU187113 lncRNA upstream 545205 6557842 ~ 6563305 (-) True G148692
TU187241 lncRNA upstream 1127725 7140362 ~ 7140968 (-) True G148801
TU187436 lncRNA upstream 1746045 7758682 ~ 7758963 (-) True G148962
AMCG00000178 mRNA downstream 3524 5992473 ~ 6000662 (-) True AMCG00000178
AMCG00000167 mRNA downstream 19613 5971780 ~ 5984573 (-) True AMCG00000167
AMCG00000172 mRNA downstream 182060 5791583 ~ 5822126 (-) True AMCG00000172
AMCG00000171 mRNA downstream 212748 5767538 ~ 5791438 (-) True AMCG00000171
AMCG00000163 mRNA downstream 262148 5714870 ~ 5742038 (-) True AMCG00000163
AMCG00000176 mRNA upstream 4909 6017546 ~ 6029796 (-) True AMCG00000176
AMCG00000177 mRNA upstream 33028 6045665 ~ 6067173 (-) True AMCG00000177
AMCG00000179 mRNA upstream 55018 6067655 ~ 6069832 (-) True AMCG00000179
AMCG00000169 mRNA upstream 113157 6125794 ~ 6126360 (-) True AMCG00000169
AMCG00000168 mRNA upstream 138086 6150723 ~ 6154301 (-) True AMCG00000168
TU186746 other downstream 661695 5338809 ~ 5342491 (-) True G148395
TU185384 other downstream 5518603 484720 ~ 485583 (-) True G147324
TU185352 other downstream 5611704 387118 ~ 392482 (-) True AMCG00000037
TU185350 other downstream 5612051 387118 ~ 392135 (-) False AMCG00000037
TU186991 other upstream 48685 6061322 ~ 6067184 (-) False AMCG00000177
TU187005 other upstream 138083 6150720 ~ 6154266 (-) False AMCG00000168
TU187023 other upstream 196637 6209274 ~ 6209957 (-) False AMCG00000189
TU187026 other upstream 203119 6215756 ~ 6216441 (-) False AMCG00000190
TU187117 other upstream 545205 6557842 ~ 6563305 (-) False G148692

Expression Profile