RNA id: TU185988


Basic Information

Item Value
RNA id TU185988
length 4335
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id G147823
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 3010249 ~ 3014583 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TGTAAGACAGACACATCTTCAGATTTTCTGCTTTGCAATGCATTGAAGCATCTGAGgtgtacagttttttttgttttgtttttttaaatctagtttTTTGACTGAAACATACTGTGCTGAAAAAAGCctttaacaaaattaaaggtatttttctgttttcaatcaAGTATTCCAGAGTGAAGGGTATTATTGAGCATAGTCCTGAGTTTTCAGATAATTGTTTTTAAGGGcgaatgtttttcaaaatatggcAAGGCAGAGCTGACTGGTGCGGAGGTTCTCTTTATTTAACCACTGGACCTCTCCATAAGATACTATTCAATGAAGCCTCTGTGAAATAACCTGATGACCACAGAGGCTTGTGTGCACTAGGCTTTCTCTTCTTGTGATTTCAAGTTTTGTCATGAATATGACCTAGATGTCTGTGagtgatgttgttttttgttgtataaAGTAAGTGCTTTGAATTGTGTTCAAGCCGAAATGTGAATTCCATTTTTGACACTTTCTACGCAAACTGACTGGTTGCCACTCCTGAAAACGAGAAGTCTCTCCGGTTCAGAAATTTGCTTCAAACCAGTGTGTCgtacagttgttttatttttgttttgtttttatgttgttgacAATGGGTTGCAGGAGTAGGTGAAATTAAATCGTGTCGTTTTTCTCTAAAGATGGCACATGCCGACGCATGCATTGCAATCTGTAATCATACTCTTCAGGATGTCTTGGCATCTCCTACAAAGATGAAAGTTGTCTTTATTGGAGGAAAGATGTCTTTCTAAAAAGATATGATAAGGAACAGTAGTAGAAAGGCATAGATTAATGTTCCATCCAAGGTCACAACACTGTAGTTTACAGTGTGTATGGCACACTGGTTTAAATGCAGATATCCCCTGCTAATTATAGTTATgttaatgataatttattttccagttctttaaaaagaaacctCACAGCAGTAATAAGAGTTCAGATTACATGGGGTTGTCAGCCTTTTCCATAGACCTGTCCAAAAATGGAATTAAGTTTCTTGGGTTTTGAATTTGCAGTGCTGAAAATGGCACTAAAGCTCATCTTTGTGGAAAAACTCAGTTTTAAGTCCTAAATATTGGTAGTTTTGACTATTGTAAATGTCCTCATTGGTTACGGTGCAATTTGTTTGAATCTGGTAAATGTGAGTTTTTGTTCTGGATTGTGAGTTgactttaaaactgtaaaaagagACCTTTATACCTGTGAGATAGTTACCTGTATGTTTCTTTCAAGGTCGTGTGATTTTTGACGTTCGGAAACTAAATCAGTGTGATCGAACCTCCTGGACTGTAGCCTCCCTTGTGCCTCTGAGGTTTCAACTTTTCATGGAAATGTTTGAACGAATTACTAAACAAATCTAGCACTGTCCGTTTTAGGCATGACTTGGAGATCAACGAGGTCATGTGCatcaaatgaaatgtgaatgaTATGGGAATACTTTTCACTGTCCTTTACTGCAGCAAAGGAAAAGTCTGTAGAAATTGCCAACAGGAAGCCCATTTTCTGTTAAGtggtgtttatatatttcagcAACAGCTGACACGTGCAATGTCTGAAAGCTTTTACAGGAAATTGATACCTCTAATTGCAAAAGGTATTCAACGTGCATATTTACAGTACTGCTGTATTCTAGTGATGCGGGTCGTGATCAGATTTGAAGCCGACGTTGGTCTGATGAGACTTTGATGGGCAGGCGGTTTGCAGCAGTCTCCCTAAAATCGGTCACTGCAGTGTCAAGAAATGaatctgtttaatgtatttgcttcattttatataaacacaatagCAACTTTTCTATTTATTCTTGGTGACAGAATTTAATTgtactaaatgcaaaatgagcaGCAGTGTGACACTACTGAACAATTAGCCCAGGGCAGGGTTGCTTCTTAATGGAGGGGAACAGACCTGCTGCAATCTTTTGTGCAGCTGCTCTCCTGGCCTCATCTGTGCTGAAATTCAGACATCCTTTGACGATAATGGGAAATTGCCAGTCTGGAGGTGCAGCAGGAATACTCTTTATACATTGAGAACTAATCTAGTATTGATACGTTTCACACGTtcagctctgtgtgtttttccctttgcttttgaaaatgcagtaCATGGTTGCAGTTTTCCCAAAGGACAGAAAAGCTGTATTAGAACTGGGGCTTGGAAAGCTGTAccaaaaaacagtaaaaactaaatattttttcgACACCAGAGGAAAATATATGGTTTTATTGTTGCACTTTTTACAGTTGTGACCAAAAGACAtagataaaatattaatgttaatcaTGAAGCTTTTTATCATTCCTGCTACtagtatcatttaaaaacatgtatgtatgtttttgctCACTTTGTGTGGTTTCTGCAACAACAGCagattgttgttttctgtaatcTTCACTAAATTAGGAGACCGAGTTGTGTTCAGTGAGCAATTTGTTGTCTACAAGCTACACAAGCTATTGGTAACATTATTTTATCCCCAGCTACTCAGAAATGGCACACCGCAATCAATACAGCAGTAGTGGTGGATTTTGTCCCCCCTCCCATAAAGATAACTTGATTTCTGGGAGACTGCTTGCTGACTGCAGTTTTAGCACAGAAGAAAACACTTCTCGTCTTTCAGCTTTAAATCTTACATATGCTGTTTTCTGAATACTCCTCGTGTGTACCTAATCACACTTAACAATCACTTAATCacgttttattttaacaatgctttaaaatgcagttgGCCTTGTGTCTAGGATGATTGGTAACTTGCATGACAACCAATTTGAATGATATCTTTCCATTCAAAACCGGCAACAATTTGAGGTTTTGGAGATTTTCATATTGTGCCGGTGTCAcgtaaaaattaaatattaggaGATCAGCCAATAGCTTATGGCGCTGTATGACCCAGACCCCAGTTTTTTTAACGTGAAGgttctgtattttctgtctgtcGTTTTTTAAAACCCTGCTCCATTGTGGACATATTTTAGATTGTAATATGTTCAGTATAACACAAGGgttgctgtttttgtgaaatgCCATTGTGGCCAAAAGATAGATTGTAAGTTACAAACAGAAATTACTATATGCAGTGTTATTACGATTGAATGGGctaaatgtatcttttaaatgtataataactgCTGTTGTGATAAAGATAACTTTCATGTTTAGATATTGACAATGGGTTTGAGACGCAATGTTGGAAAACGTTGACATGTGACATGGTAAAACAGTTTCCAGGGGGATAGATAGACTACTTTTACATGACACCGGTGGTTGACGTCAGTCTACAGTGAAATAAGTTCTTCAGATTTGTGAATAACAgctttaattcattatttaagtaCATGAatcaattgcattttaaatgagaataaaaGCAGTCCTGGGACCATTCCTGGGAAGTCTTGGATATGCCTCCCGCATGGCATTCTGCATTAGAGGACTTCCTAACAACATGTAGCAGAACTCACCGTCAGTGGGTGATTCATTTACAGATGCCTACTTTCCAATGTAGTTGTTGAAACACTTGAAGTTGCCAGAGTGCATAAATCTTCCTAACCTTTGGTGATCTGTATACACTGTGGCATATTCACTTCAGATTTATACAtagtaaatgcaaatattagGGAAAATGAGTACTGatagtcatatatatattttttttttctagctgGGCTAGAACCTTTGTGTATTAACTTATTTGATATTTAACTTTGTGGATCTGTCCCACAAATATGAAACCAAGGTAAAGTCTTTTGTTCCCTCAATGCTGTATATAGATGCTAAGccataacaaatatataagtatgtatgtatatttatacgtatatgtatagatatataaagTTGCTCTATAATGATGGTGAATGGTATAGACATGTATAAGGATTTATATGGTTTAAAAGGAttttataatgcaaataatttatttaaagtaatgaaGAATATGTGGGTATTTTTCAAGAGCATACCTTttaaagaaagacatttaaaagctaAGTAAAGTacttgtgtttgtgatttgtcTGATATGTTGGGGAAAAACTACCTGTTTAGGGGGCTATTGAATGAGTTGTATCAACTTTGACATGCTTTGTggggatttattttgtaaactagtcatgtttaaataatgtttgtgtttgcgTATATTGCTTGCTTTTCTTGGTTCAAAATGAACATTATGTGTGGGTTTAATAAAcatggagaaagaaaagaattttaaaaaacattttaagggCTTAAAGTTTTGAAacctttatataaaaaaaaaataaaaaaaaagaactgttCCCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU185941 lncRNA downstream 216920 2790287 ~ 2793329 (-) True G147782
TU185877 lncRNA downstream 606631 2403398 ~ 2403618 (-) True G147725
TU185874 lncRNA downstream 627035 2383014 ~ 2383214 (-) True G147722
TU185855 lncRNA downstream 646007 2301198 ~ 2364242 (-) True G147704
TU185827 lncRNA downstream 890285 2086358 ~ 2119964 (-) True G147681
TU186125 lncRNA upstream 292586 3307169 ~ 3308801 (-) True G147921
TU186147 lncRNA upstream 448720 3463303 ~ 3463632 (-) True G147941
TU186193 lncRNA upstream 537576 3552159 ~ 3557837 (-) True AMCG00000084
TU186213 lncRNA upstream 627782 3642365 ~ 3642669 (-) True G147997
TU186232 lncRNA upstream 673380 3687963 ~ 3688231 (-) True G148011
AMCG00000087 mRNA downstream 190729 2807694 ~ 2819520 (-) True AMCG00000087
AMCG00000069 mRNA downstream 656173 2353000 ~ 2354076 (-) True AMCG00000069
AMCG00000068 mRNA downstream 1106494 1888250 ~ 1903755 (-) True AMCG00000068
AMCG00000063 mRNA downstream 1274148 1723650 ~ 1736101 (-) True AMCG00000063
AMCG00000061 mRNA downstream 1345402 1654325 ~ 1664847 (-) True AMCG00000061
AMCG00000100 mRNA upstream 5834 3020417 ~ 3050033 (-) True AMCG00000100
AMCG00000095 mRNA upstream 98536 3113119 ~ 3114141 (-) True AMCG00000095
AMCG00000098 mRNA upstream 121447 3136030 ~ 3177119 (-) True AMCG00000098
AMCG00000096 mRNA upstream 184296 3198879 ~ 3207812 (-) True AMCG00000096
AMCG00000099 mRNA upstream 202129 3216712 ~ 3236877 (-) True AMCG00000099
TU185384 other downstream 2524666 484720 ~ 485583 (-) True G147324
TU185352 other downstream 2617767 387118 ~ 392482 (-) True AMCG00000037
TU185350 other downstream 2618114 387118 ~ 392135 (-) False AMCG00000037
TU186746 other upstream 2324226 5338809 ~ 5342491 (-) True G148395
TU186991 other upstream 3046739 6061322 ~ 6067184 (-) False AMCG00000177
TU187005 other upstream 3136137 6150720 ~ 6154266 (-) False AMCG00000168
TU187023 other upstream 3194691 6209274 ~ 6209957 (-) False AMCG00000189
TU187026 other upstream 3201173 6215756 ~ 6216441 (-) False AMCG00000190

Expression Profile