RNA id: TU158667


Basic Information

Item Value
RNA id TU158667
length 5358
lncRNA type sense_over
GC content 0.33
exon number 2
gene id AMCG00000838
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 4957138 ~ 4982651 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CCGGTGGAATATCATTTCTTTAGAAGCTGGGGAAAATCACTGCCCTGTTCTGTGGAATGGATCCACTATTGAAGCACTGCTCGTGGACCAGCTTTTTATGACAATCAGAAGAGTTTTGTTAGTCGATCCCACGCGCTCCTCTTCTCACTTTAGCTCTTGCGTTTTGGACCGTAGACATTCCTGTAGTGTAGTGCAAAACGGTTCCTATTATAGGTGGTCAAAGCTCTGTGGACAACAGTTCCAAAGCACCgaaaagaaaacatgtctgttttttcaGTCTGTTCAAggcatttacatatatttttttcttttttctttagcATGTACGCTTGGCTAGGCTACTGGGTTTGCACAACTGTTGCTAAGTTAGAAAATCctgatacattatttaatatatagatCTACACTTCAGAATATATTTCCTGCCCTGTTCAAAAGGTGCAGGTGCTCTGATTTTGACATCGGATATGGCAAAAGCAAAGGATATTTTCTaccatattttcaatttaacaaACTTCACTCGAGACTGGATAGTAGATTTTTGTCTGAACTGACAGAGACCCCTATTTGTTCCACAAAgcaattttaaagttttttaatacacttgaagtgtgaatacaaaataaatgtctgtgaGAGTTATCAAAGCagtttatagatttttttagaaatactattttgcttttttggggtgggtggggggaaTAACATGCTGTTATTCAGAATTGCAGTATTTCAGTTAACTCTGGTtctatagattaaaaaaaaaagaaacataatggACATAATTGAACTTCTGCCATAGTATGCCAATAACCTATATCTAATGCCTTACATTTATCATTCTGTAAACTTGTTGCGATGTTTTGCtgccaaattaaaacatgtattgccTTTACACTTTGATTACTTAGGAATACTGCAAAATAGATGTTTGGATTCCCCTGTGTCATGTGTACTGATaattatccttttttatttgtttttaaaatagagGAACATCTTTGGATTAAGGATAAAATAGCACATTCTGATATAGGGATTGCACATTGGTGATAGCACAAACTTCGACTAGAGCTACTTTTTTCTGGATGTATTTAGAGAAAACGTATTAGGAGTTGGAAGTAAGGAGTACACCCATTGGACAAAGATTATAATTTTTCGTGTATATGATTTTCTATAAACCTTgcagatacaaattaaaacagaattatgtctgaaaactaatttaaatatctaaatgtTGGTACtgtgccatttttgtttttttaatgtttaatttacttacAGCAAGGTATCTtctgatttacatttacaacacaTACTGTGTCTAGCTAAGCTATACCAATTTGGTAGGAACCCCTTCGATGTCCATTGtcacaactttattttatttttgtgggagGGTTGTTTTATCATTGGTAGACTGATTAATTAACATATACATAGTCCAAATTGACTATTTAAACatggatttttgtgtttatttgttatttttaatttttatttagtttattcttGCCAGTTGAGTATTTCTTCTCTGGTGCTACTTTCTGTGCTTGGAGTTTTATACATAGAAGAATATATTGTATAGCAGCCCAAATAGCCACATGTACTTTTGTGAGAATACGTATTCTGGAttatcatctttaaaaaaacgTATCAAAAAGGGGTAACCATGCAGACTATAAGAGCATCCACATCTTGATACAGTGTGTGTCTGGAACAAGTGACCTTAGaggattcattttatttattttatttgcttaaaGTGGTGAGATCCAAACATCgatcttgtgttttgttctaaCCCTAGACACCTTGGCCACGTCTTGGAAgcccacacttttttttttttttttttatccccccaTATTgaacctgaaataaaaaatcttgGAGATTTTATATTAGCGCTTCAAGCACTGcaataaatgttcaaatgtttcCTCTTCGCACAGCAGTTCTGTGAATCCCTAATGTTTGTTTCTTACACATACATTCACTGAATTTGTGGCATGTGATTCTGTAGGTGTGTAGTAGCGGAGTGCTCTTATTCTCAGACACAGCATAGTGtgccaagatgtggcaaaaaaAGGAGTAACTGACCTTCCCCTGACACTGGCaaatagctatatatatatatatatattattttagctcattacacattttgcatttgtacatatatatggcATTCAGGCATGCAATAATTTATAACTGCACTATAGAATGGCTACTGGAACTTTTTAAGATAcctatttaatatatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatatacacacacacacacactaataaatACTGTCCGCTTTTATTTTAGTATGTCCAGTGTAAGCCCAATTCATCCAATGGATGTACTGTATACTGAAGTTATTAAAGAATAATGTGAAAGCCCTAAAAAATTATAAGAATATACTTTTGTACATATATgattattgcttttattgttgttgttgttattattatcattccCATTCCTCAGTACATAGGTGTTCACTTTTTCATCAACAGCAAGACAAACTCATTGAATTGGAGATCCAATCTTCTTTCCAAGGTTGCACTGTTTAGCAATATTGCAGTTTTATATCACCAATTaaaacctaataataataagttaggATAATAAACTCTCCCTGTCTGACGGGTAAATTAGCTTCATTGACCTGTTCAGATAAGacttaatatataattaagcaGGAAATGTGATACACTCCagatttgttatgtttttgtaagAATATTAATTGTTAGATTTGAGATACCAATCTGATACAGATCTGAACATGAAATTCAATAAAAGCTGACAtcagaaacataaataacaaatctaATCTTTGCCGcccttaaaaaacaatacaatttgtgtatttttagccctgtacattttaacatattatacatattatataattggATCCAATTAAAACCTCTCATGCTCTGAATATGTCTTGCTGAACAAGTGAAAATGGGACAGGGGTGTTTAAAAcgatcagaaatgtaactgtcAACTCGGCACCTGTTCCCAATTCTGGGATGTGGGCCAGCAGTTTATTGTCCCCTTGGgatggaaatatgtatttgtttttttattattatttgaatacatgTTCAAAAAGGTAAGAATATATTGTGGacttaattctgtttttttcttcttttcctttgtaCTGTTTTTGATATATAACCCTTAAACCCCAGCCTGAATTAACCAATTACTCAAAAatagtgaaaataatatatattgggCAGTTGGTTAAAATAGTTTAGCTCTAAATGCAGAAagcttcatttaattttaaaataataataatatataaagatagtgaatacatgtgtaaatatgttaaaatacatatctgtcagatatttatgaaaaagaaaagcagggctacaggtttaaaaaaactaCCTTCGGTTTCGTGAATTATATGACTGGTTGATTGTGCGGAGTCACCATCAGCCTTTCTCTGTGGATATTAGAGGATGCTTTGATGGCATGATGTTTATGTTGCACCCTGCATCCTCCTGTGCAGCAGCACCTCTGAACTCTGAATGTGAGGTCTGGGGCGAAAGGAGGCAATCACTTGCTACGCGTCTTACTCATTTTGTGGTTCTGAAGCCAGCAGGGCTGCAAAAGACGTGGGTTTGTGTGTCTCAGCCTTGCCTCACCTTGAATGAAAAGCCTGTCAACACGATGAGTAATGACACCTCATTCTCCAGGGGaggtgtgaaaacaaacaaactttccCAACTAGAAATGAAGGGACATATTTCCCAACAAGCGCAATGGTAAAGGCACCTTTTCTCTGGtaggaataaaacaaactttctAATGCATAGATTGAACCACTCTCCCCTGAATCCAGACATGAATAGATACTGCATATCaggggttgttttttttggtttgtttttcttattaatctATCAATTGTTTTGTTACTTTCAGAAAATTTGCGTTGCCTTTCCACTTAATATTGCTTCAAATTTTATAAAGCCTTTTATCTTCTCTGTTTACAGTATTCATTCAGCATTTGCATACCATAACTTTCATTGCGGTTACATGCATTTACCAGCATGCAAGCAGTTTTATGAATACAGCCTATTCACTACATGTCTTGCTATCTAGTTTATTGTGCTGCTAAACAGATGCTCTTTTAACCACTGGGAGGAGACctggaaaaagtaaaaataaaggtgccatcataatcattattaaatatgaGTTGAGCAGCACTTCAGACTGAATTATTAAGGCCCTTGTCGAGCACATGACATAACCTAGAGGTATGATAATTGGACTAGTATATGATGCCATCGATATCTCAATTGATCATACCGTTCTGCACTGCCAATGTCTATGGTGCGAATTAAACACAAACCACTCTGCGGTCAAAAATGGTAACATCTAAGTTATGTATAGCCTAAAATACCTctgtaagaaacaaaaaatgatgaCTTGTATTTCCTTTGAAATACGAGAATAAAAAATAGTACCTTGGAAGGAGAGGTTTCtgttacattataatttatagGTTTTTAGGTAAGAACTgatttttttgatttttatttacttatttttctacAGAAAAGCCTTAATTTAAGGCAGTTTAGTGGTTATTGCATGCCTAACTTAATGGTCCATTGTGTTTCTGAACTTGCTTTGTTGCTACCTAGCAACGTTCctattgcatattttatatatgtatatgtaataaagaaaaactcTTTCCCTTACATGAACAgcatatgtaatatgtaaagaTTGTCCAggttacacacaaaaaaatgtttcatattatttttatgtgaaatatTGAGCTGTTTTATCTAATGTTCTAGAGGTACTGTTTTCTAAATTGCAGTCTATTGACATAATTACTAAAGTTGGAGGTAATGCCCAGAGTAAACAATTAACTACACGtctcatatatatatatatatatgtttgacattttcttatgt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU158563 lncRNA downstream 179354 4773581 ~ 4777784 (-) True G126476
TU158562 lncRNA downstream 179354 4774848 ~ 4777784 (-) False G126476
TU158524 lncRNA downstream 248287 4703139 ~ 4708851 (-) True G126445
TU158508 lncRNA downstream 313672 4642680 ~ 4643466 (-) True G126432
TU158506 lncRNA downstream 315797 4641058 ~ 4641341 (-) True G126430
TU158674 lncRNA upstream 51338 5013868 ~ 5034697 (-) True G126554
TU158684 lncRNA upstream 153524 5116054 ~ 5119036 (-) True G126563
TU158766 lncRNA upstream 409719 5372249 ~ 5372459 (-) True G126631
TU158803 lncRNA upstream 500037 5462567 ~ 5464052 (-) True G126665
TU158854 lncRNA upstream 607414 5569944 ~ 5572133 (-) True G126698
AMCG00000835 mRNA downstream 2964 4944217 ~ 4954174 (-) True AMCG00000835
AMCG00000836 mRNA downstream 18350 4864200 ~ 4938788 (-) True AMCG00000836
AMCG00000824 mRNA downstream 273497 4669268 ~ 4683641 (-) True AMCG00000824
AMCG00000825 mRNA downstream 306025 4646961 ~ 4651113 (-) True AMCG00000825
AMCG00000820 mRNA downstream 492394 4429747 ~ 4464744 (-) True AMCG00000820
AMCG00000839 mRNA upstream 51839 5014369 ~ 5024891 (-) True AMCG00000839
AMCG00000842 mRNA upstream 158577 5121107 ~ 5132844 (-) True AMCG00000842
AMCG00000843 mRNA upstream 175427 5137957 ~ 5174410 (-) True AMCG00000843
AMCG00000846 mRNA upstream 317014 5279544 ~ 5316096 (-) True AMCG00000846
AMCG00000854 mRNA upstream 391856 5354386 ~ 5370155 (-) True AMCG00000854
TU158503 other downstream 320622 4636096 ~ 4636516 (-) True G126427
TU158313 other downstream 1300577 3652657 ~ 3656561 (-) False AMCG00000804
TU158094 other downstream 1807886 3131714 ~ 3149252 (-) True G126096
TU158093 other downstream 1823321 3131714 ~ 3133817 (-) False G126096
TU158081 other downstream 1907187 3044257 ~ 3049951 (-) True AMCG00000771
TU158856 other upstream 610175 5572705 ~ 5573027 (-) True G126700
TU159187 other upstream 1749428 6711958 ~ 6733817 (-) False AMCG00000888
TU159288 other upstream 2667385 7629915 ~ 7645722 (-) True G127039
TU159607 other upstream 4456466 9418996 ~ 9419325 (-) True G127292
TU159787 other upstream 5312157 10274687 ~ 10278211 (-) True G127443

Expression Profile