RNA id: AMCG00000972


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00000972
length 8764
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 10
gene id AMCG00000972
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 11286495 ~ 11303124 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATTGTGCGGATTCACACTTTCATGCACTGCCGGATTCAATCTGCTTTTCAGAGAAGACGCCAATGAGTTTGAGCTTGAATCGCCAGTCACCTTTTTAATACCTCGCCTCATTAAAACTGATATCAGGAACCAGtacTGGCTACCAATGATGCAGCAGACCTTGTGCATTTTCTAACTCTCTGCCTCCAAGCCttaagtatacatttatttccagaaACTGGACTTTTTAAGTAAAAATGATTCTCTTACGACGTTTGTTACGAAGGCGATTGTTTCCTTGGAAACTGGTCCTCGTTGCCCTAATTTTTATCACTTTCTTGTTTCTCATCCAACGTGAAGTTGTGAGCCATAGTCCAAAAGAGGAACCCTGGCTGAAGGACATTGTAGACAAGAGAGATGCTGTGCTGGGAATGATGATGGGGGCAGTCAATAATTTTAGGGACGCAATgccaaaaatgcaaattaaggcTCCTGTTCGGCAGCCAGGAAGTGGTGGTAGCCACCCCTGTCTGCCAGGATATTACACGGCAGCAGAAATGAAACCAGCCTTGGAAAGACCGCCTCAGGACCCCAATGCTCCTGGAGCCTCCGGGAAGCCTTTCCACATGGATAAACTAACCCCGGCAGAacagaaggagaaggagaaaggagAAGAGAAGCATTGCTTTAACCTGTTTGCCAGTGATCGCATTTCGTTGAGCAGAGACCTTGGACCAGACACAAGACCACCCGAgtGCATTGAACAAAACTTCAAGCGCTGCCCACCTCTTCTGACTACAAGTGTGATCATTGTGTTCCATAATGAAGCATGGAGCACACTGCTGAGAACTGTGTACAGTGTGCTGCACACTTCTCCTGCGATCTTTCTGAAAGAAATCATTCTGGTGGATGACGCAAGTGTTGACGAGGTGTTGAAGGATCAGTTggataattatttaaaacagctGCACATAGTCAAAGTAGTGcgtcaaaaagaaagaaagggactTATCACAGCACGGCTTTTGGGAGCTTCAGTAGCGACAGGAGACGTCCTCACTTTCCTTGATGCTCACTGTGAATGTTTTCAGGGCTGGCTGGAGCCCTTACTTGCCAGAATAGCAGAGAACTATACAGCGGTTGTGAGTCCGGACATCACAACGATTGACCTCAACTCCTTTGAGTTCATGAAACCTTCTCCTTATGGACAAAATCACAACCGAGGCAACTTTGACTGGGGTTTATCGTTCGGATGGGAAAGTATTCCTGATCACGAGAAACATAGAAGAAAAGATGAAACCTACTCGATCAGAACTCCAACATTTGCTGGGGGACTCTTTTCAATCTCAAAGgactatttttattatattggaAGTTATGATGAAGAAATGGAAATATGGGGAggagaaaatattgaaatgtcttTCCGGGTGTGGCAGTGTGGTGGGCAGTTGGAGATTATCCCTTGCTCTGTGGTGGGTCATGTTTTCCGCACTAAAAGCCCACATACGTTCCCTAAGGGCACCCAGGTTATTGCGCGCAATCAAGTCCGCCTAGCTGAAGTCTGGATGGATGATTATAAGGAAATATTTTACAGAAGAAACCAGCAAGCTTCACAGATGGCAAAAGAAGTGAAGAATGTAGGTAAAGACCTGTGTCTCGATGCTGGGGAGAACAATGAGGGAGGTAAACAACTGATCATGTATCCATGCCATGGACTTGGAGGGAACCagTATTTTGAATATTCTACCCATCATGAGATACGGCACAACATTCAAAAGGAGCTGTGCTTGCACGGGACAGAGGGAGACGTACGACTGGATGACTGTCAGTATAAAGGTCACAATACCGTTGTTGGAAGAGAACAGAAGTGGGAGTTAACGGAGgACAAGCTTTTTTTTAACCCGGGATCAAAAATGTGTCTGTCGGCACGCGCTGAGCACCCAGGCCTGGCCCCATGCAATTCTGCAGACCGGTTCCAGCTCTGGGTTTTCACCTGATCTCCATGACTCTTTTtaagaaatgaagaaacagcTGATATTTTCATCAACTGCTGTGGAAAAAGTGGAAGTACTACAACTTTTTAacatcttttatattttaatttgtatgcagTAAGAACGCTGCTGGAAACTGATTGATCTACTTTGTgggaaacaacaacacaattgcACTTGTGGAAAGGAAAGTGATTTCTTACACAACCTTTTGTCATTTACAGAGCtacaggaagaaaacaaaagcttatTTTAGCTGAAATATACAAGTCATTACTTTAAAGGTCAAAGAGTACCAAAGAACTTTGCAAAGTGGTCAATATTTAAgaagtttcttttaattatagaATGTATgggatgattgtttttaatggttatttaatttgtttaacaaCTGCGagaatgtaataatttatttgtaacatttcacaGCACCCAACGTCGTGTGTGTGCAGTAGGTTCCTTTCTATATTTAATGCAGCGTTTTTCCAGAGATTAAAAGATTGTACCAAGAGACCGTctcaaaaatgcattataaaaaaaaaatatatatatatatagactgaAGTAGGTGTGTAACTCTTAAGGTGTAATTTCTTGAGGTAATCAAGCTAGAAGTTTGTAATGTTTCATGGTGGAACAATATCCGAGTTAAGCTGAAAAAACTGTCCAAGTTAACGGTATTATTTGCTTGATGGACTGAGATTTGAATTCATAATAATGTTTTCAAGCAGTACTGATTCATTCAGGAAACCTATTTTAAACTCTAAGTTACAATGAAACCCAATTTCTCCTGATAATCCACAGTTTTTCAGATCCAGTGAGACTTTTGTGAATTGAGGCAGTCTCTTCTCTTTGCACTGTTACACTATGGAAACCGATGTGTTGTGGTACTATCATTAAAGCACCAAGCTTTAAGAGACAGgcaatttttattaaaatagtgTTGTAATTGTATGTAGATGTAGATGACTTATTAAACCTAGGTTACTTTATGATGACTTTAATAGAGAGGGCTGTAATCAATTTCTGCTAGGTTCCTTTCAGGTTGTGAtgtgctgtattaaaaaaaaataactgtgatAATGGATAATCATAATAGTCCTTAAGTGCCTCATCCATGCACCGCGTATTAAACCAATTCAGAACATTACACTCCAATGTTTAAGATTGAAAAAAatcttatgtatttttcaaatccCCTTTTATAAAAGGTATGCAAGGAACTCCAAACAGAATAAACTGCAGCGATCATTTCTGTGTGCCCTACTGTGGAATGAGACGTGTTTCACGTGCTCAACTGTTTGGCAAGTGAGACAACGGGTGTTTGCATCTGAAATGGAAGAcatggtttcattttctttatctgaGGAGTTCTgttgtttaaattgaataatagtttttctaatttgtttttctggagGGGTCTTCAACAGTTAGAACAGAATAAATTTGACATCTGTGGGACTAGGGTAGGCTTGAGGATTTCTTCAGTAAAATGTCTTTGAGATCAAATAGATCAAAGGACattatcaaaaaaatatatactggattctTGCATTTGTTTGCCTGGGTAAGAATTAATTGTTATGTGGGGAGGTTGTTGGCATACTTGAAGTACTTCCTTTATAGTGTCTTCAAGGAAAcaagttttgaaaatatttcttcTGATAGTAAGTAATAATCTAAAACCAGaccaaaatgtgtgtgtgagtcatgcatttatttttttatgctggTGGTTAAGGTTTCCTTTGTGGATAGGTGGGTGGgagggaaatatttttttattgcaataaaagcaaaaagcagACTCCGTTACATTAATTCACCTGTAGGTGGCAAGCTGTTCCCAAATGCAGGGTCTGTGTTACAATAGCCAAAAGAGGGCACTGTAAACCTGCTGAAAGAGCTCTTCTAAGTGCTTCTTGGTCAAGTATTTTAGCTTAAAACAGAGAGTAAAAATAGAACATTGAACTGATGCAAATTTAAGtagcaaatgtgtattttttttaaatgtattttattgcctGTGTTCAGAATCATACTTATTTCAATGATACCCCTTTAGAAATTTGGACTGACtactttatttcctttttttgtttttactgaattataatttattttaaaatgcaggactAAGTGCTTCCTTTGCACCAgcatatgtttgtgtttctcttctagGTCTAATGGCATTGGTGTGGATATTAAGTTTATAGGTTTCTCTACATTAGCCTTGCCTGCAGCATGCAATCTGGTACAATACTAAATTTTGTCTTCCCTGcagcctgtttttattttattttttcttatggGGGGGGTTGAggtattttctgtcatttaacACATGACAATTTTGAGTATTTTGATGTTCTTATCTTACTGTAGGAATACATAACATTGTAAAATCTAAAGAAACAATTAAGGGCTAGTGCTGTCTCCTTAGCTTACAACGGTGATATGCATAAGTGATCATGTACATATTTAATCCAATATCCTgctttttttgtaacatttgttttctcaatGTGTACATGCACTGTGCTGAATGAATAATACGACTGGTGAAAGTAAAACAGATAATTAAATGCCAACAAATGATTAGTtccatgtacattttatttttttccccaaagtcTGATCTTggtggaaaaacaataaaagtcaACATAATTGCATTTTGGCTCATTTttcaattgtaattaaaaaccgAAAGACAATGTTATACATCTACATAAAAGCAATAGCTttctgtgcaaaaacaaaacaaaacggaaCTAAAAACTCACTTTTCAGGTTCATGGACTTCAAAGATTTGATAAATCCATTTGAAAGCTGAATTGGACAATAACAGGCTCATAcagtgtaaaagaaaaatacagtctAGTACAATTTACATCAATcatgaaacaaaagacaatttaagactaaaaaatgtttttttttctccaatacAGACTGTTGTAATAaaccacaataaatacatatttttataatatcattcataataaatactgaaaa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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K00710 GALNT; polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU159869 lncRNA upstream 841558 10442993 ~ 10444937 (+) True G127509
TU159589 lncRNA upstream 1908906 9363107 ~ 9377589 (+) True G127278
TU159484 lncRNA upstream 2203614 9081327 ~ 9082881 (+) True G127206
TU159408 lncRNA upstream 2646672 8638596 ~ 8639823 (+) True G127144
TU159357 lncRNA upstream 2991622 8294518 ~ 8294873 (+) True G127096
TU160196 lncRNA downstream 368644 11671768 ~ 11742750 (+) True G127774
TU160371 lncRNA downstream 791017 12094141 ~ 12096863 (+) True G127924
TU160510 lncRNA downstream 1057791 12360915 ~ 12362152 (+) False AMCG00001022
TU160511 lncRNA downstream 1057791 12360915 ~ 12362152 (+) False AMCG00001022
TU160571 lncRNA downstream 1236957 12540081 ~ 12540318 (+) True G128074
AMCG00000973 mRNA upstream 2814 11259400 ~ 11283681 (+) True AMCG00000973
AMCG00000976 mRNA upstream 33272 11242598 ~ 11253223 (+) True AMCG00000976
AMCG00000974 mRNA upstream 44112 11213271 ~ 11242383 (+) True AMCG00000974
AMCG00000975 mRNA upstream 73456 11211761 ~ 11213039 (+) True AMCG00000975
AMCG00000966 mRNA upstream 526998 10753086 ~ 10759497 (+) True AMCG00000966
AMCG00000986 mRNA downstream 75859 11378983 ~ 11393332 (+) True AMCG00000986
AMCG00000980 mRNA downstream 93763 11396887 ~ 11410209 (+) True AMCG00000980
AMCG00000989 mRNA downstream 205624 11508748 ~ 11509983 (+) True AMCG00000989
AMCG00000981 mRNA downstream 255617 11558741 ~ 11597550 (+) True AMCG00000981
AMCG00000982 mRNA downstream 297144 11600268 ~ 11611654 (+) True AMCG00000982
TU159756 other upstream 1132308 10147857 ~ 10154187 (+) False AMCG00000949
TU159397 other upstream 2666300 8617199 ~ 8620195 (+) True G127134
TU157662 other upstream 9590248 1668845 ~ 1696247 (+) True AMCG00000729
TU157655 other upstream 9685856 1599696 ~ 1600639 (+) False AMCG00000723
TU157377 other upstream 10944724 339640 ~ 341771 (+) False G125561
TU160309 other downstream 696540 11999664 ~ 12011425 (+) True AMCG00001002
TU161370 other downstream 3866787 15169911 ~ 15174147 (+) True AMCG00001098
TU161504 other downstream 4105988 15409112 ~ 15420880 (+) False G128823
TU162207 other downstream 6719936 18023060 ~ 18044251 (+) True G129365
TU162326 other downstream 7242769 18545893 ~ 18547915 (+) True G129453

Expression Profile