RNA id: TU163533


Basic Information

Item Value
RNA id TU163533
length 4663
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id G130482
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 23745753 ~ 23751110 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CAAAAACAAAGATCAATTTTTGTCACACTATATACAGATATTACATACAGTGTTTATACACATATTACATAATTTgtacacaagaaaaatatacataaaaatgtaaacttttgtatacaaaaaataccttaaacaaattaaacaaggaCCAATAACAAAAGGTGACTAGATCTTTATTAGCTCAtcctattatttaaaaaacagtaatacaGTACATTCAATGAGTATAGGAATTTGTAAGCCACCTTTCTTATATTTAAGCAGTTACAAGTGCCTACAAAGCTTCTTTCCCtgctacatatttaaaatatatatgaagggTTGGTGGGAGTgggattacatttatattactgAATCTGTGCTTCCATGCAGGTGTTTTAGACTGGtatagaataataatttaagaaaaaatgcccagcatggaaaaaaaaacaggggaaATACCAGAGCTCCTGCACATTCTCTGAAGAGTTTATATTATAATGAGACATAAAGCTGTGGTCAGATTTAGCCGAATTACACAAATGCAGAAAAGTAAATGGATATATTTGGATCTTATAGTTGAAAAGGTCTAGGAGTTTCAACAATGATATAAATACTTGAAGATATTTCAGAGAATGTCATTCTTCAAATCCACTGTTCTCTACACTGAAGGTGGACCCTACATTTACAGTTCCATAATGCTGAGTAAAGACACCATACCAGTATGTAATTGCACCTTCAACAAGGGCTTCAAGACTCCAATCTGTATATAGAAATAGTTTTACTTTACTAAAAATCTAGGTTTTCATTCAGTATTTCTGCATAACATGATATATATTGAAACTCTCTGTTCATCCTGTTTAATGATCTTTCAAAAGTTCAATCATTGAAAGACATGAGTATATCTGCTAGTGGAACATACTGGGAGACATCTTACACAAAACTCTGATTAATGAAGTGAGTATGCCGGCACTCTTGTTGCCTAAAGCCATTGTTCATGTTTCAGAAGTGAGGAGCACTGCAGTAAGGTGCAGCCAGAATTGTATAGAAGATTCAAAAAGGCACAAGACTTTAGCCTTTAGGTATTGGATTAACATATACAGCATACAATTAAGTCATTATTTCTCAGCAATCCAAAAtaaatgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggtggggggggcgggtggTAGTACGTATCAAACACTAGTTGatcatataaaaaacaaacaaaacaaaaaaatagtgCAATTTTTAGCAAACAATTTTATCATGTGCCCATACACAGGACCAGTGATGTGACTTTGCCACAACTGACAAGTTATTGCAGTAGTGACAGTTGTTCAAGCAGAGGGAAAGCAAAAGCTCTCTGTTTGAGTACAGAGTATTTACAAGTCTTCCTGTGGTGTTAAGGCGAAATAAATAAGTATCCTGACCACTCTCTAAAGAAAACAAGATGGAAATAGACGGGCAAAAAGTATTGTGATTAATGATAACAAAACAGATAATAAGTTAGTTTGTAAGCGAACAACATTAATGTGTCTATCCTACTGTTCTGCTTCTCACTGcttgtacttttttgtattGGGGTTGTGCTGGGCGCTGCTTAAAATTTGAGTCAATACTGTTCTTCCCAAAGAAAGGTAAGCATGGCAGCACAGACCAACTAGACAAGCAAAGAAAAGGGAGGGAGATTTCCCTGTGTCCCATTGTGATCCCCTCCGCCCTGGCCTTAATTTGGTAGAATTTAATAGctatcaaaaatacaatacataaaacattcatacacAATCACAGCCTTTTCTTTGATGAACCAGTTgaacaaaattgtaaaaaaaaaataaaaaaaaaaattacacaatcTATGGCATCCTTTAAATTTGTCAACAGAAGACAACTATTACCTCACAACATGTTTTGATAGCTATTAATATTGGGGATACATTTTtccatgaaaatgaataaaacaaaaaacattggctccattaagtacattttgcagatgataaaaaaaataggtcagattttttttttttttttttaaattagaagcaggaaaggaagttatgcatttttttctatgaGACAATATTCTTGGCTTCACTGGTTTTCGTGATGTAGTCCTACTTAATCTAAATCATTTTCCTTACAGGGACATTGCACTTTCCTTTTATGTTCCCTTCAAGGCCACTGGTTGTATAGATTCCATAAAGCACCATAATGAGGATTGTACACATTTTGAACCCTATTGTTTGGCTGTTGATTTTTACTGGGGCATATGACATTAGTAACATGTTTGGGCTATCCctgaaaataatgcaaactGTTGTTCTTTTGCTTCTGTTGTGATACGCATTTCACATAAAAGGGATTTACCGGAAATAAGAAGATCCATTGTGTATATTTAACAGACAGCCCAAAACATGTTCCTCATCTACTTTCTTCTATTTATCAGAAAACAGTCTGCATTTTAGGCTTTTTGTGTAGacttaatacaattttgttgtCCACTTTTGTatggaacaaaatacaaaaaagtatgtTAAAATACTATgcaaggaaaatatataatcgGTGAAAGTTTATTGCTTAAAGAAACCAGATTTATTGTAATGTGAGGCCCTGCATCAGTCCTGCTATAGCAATGGTGCACAAACAAGAGATCTAAGATCAATTTTTGCTTCTTTTGTCCTGGAGTTGGTCAATACatggtttaatatttacaatataaaaactactgctgatttaaaaataaaaataaataaatggtgtgaCAATATCTACATTTTGAATACATACTAGAGaaaaagggagaggaaaaaaaaaaaactattctccTTCATAGTGTGAAATTGTGTACATAGATAATGGGCCACACATATTGCATGTTATTCAGCTTATGTCTAGTGCAATGGATGCAACTGTAGGAAAAAAGATATCATCTACAAACAATTTGAAATACTGTAACTGAAACACACAATCTTTCAATATCCCTTGATCTCTTAAAATTTTGAAAGACACGCACACAAATGCTTCATTCTCAAATGCAAAAGTCACATTTCACAATCTCCTACATTTCTGATACAATGCCAGCtacttttacaataataatgataatgcaatttaatattCAAGATTTAAGGTCTGCTATCAGTTTTGCTGCATATAAACCTAGAGGTgtgaagattaaaaataaaattttattGCAGTGCATCTAGATATGTTTGCAGCCTGCAGTTCTGTCTCTTTAAATGGTTCTCTTTATTAGAAGGTATACATTTTCCTGCAGGGATTTTGAtcagaaatgtgtaaatgcTTCAACAGCACTAATTTGCCAAAATATACAAGAaattcattatttcacattcatattcCCAAATGGTCTGCACAATGCAACATGTTGGAAAAACATCCAAGCTGTAGGATACAGTATTTCATAACTAGTTTTAATGTGAGGCTTTTAACCTTGACACAGTTAGCACCCATGAGACTGACATTAACTGTAAAACAATACGACTTCTGCAAATTGTCAGTTTTGTTAATTCAATATTGTTAATCTTATAGGACTGTTTCTTGATAAATACAGGTACCTTTTtcaccttcttcttcttcttcttaaggAGAACAACCATATATTGCTCCCCAGCAGTGTTTGCTTCCAAGCTTTGCACTGTGACAACCCTCCTTCAATCCATATAGGATTGCAGTGCTTGAGTTTCAAACAAATCTAAAAGGTGGACTCACATGTATGTTGACAGACAGCATGCCgttaatttcagttttagaTTATCTGGATTAGCTGCTTACCCTTTATCATAAAAAGCAGCCCCTTTGAAAGAATCAACAGGcagttttcttaaaatatataagctGATATTTAGAAACTGGGGGCTTCCAGTTTCTAGCTGATCTATGAgccttaaataaaaataaaaacacagccatGCACAGTTGTGGTTGAAAGTATTCAGACTCTTCATTTGAAAGTTATTCAGTGATTCACTGAGTGTAAATCAATATtgttctttaaattatatttatcaattgcACTCTcaagagtttgttgaacactgactGGGCCAtgagaaaatgttaaagtaGGGATGTCAAAATCCAGTACTGGAGGGcttctggattttgttccagcaCAGCTCGAAATTCCTTAAGGTCTATTTAAATGATTGAGTGGATGAATTGAAcacttttctaaatgttttgtgGGTACAATATCTGGAGTAATCACCATATTTTAAGTTAtcagctgtaaaaaaataataaataataatttgagtaATGTTGGGACAAGAGCCAGGTGAGACTGCAACCCTCAAGGATCAGTTTGAAGCCCCTACTGTAAAGTTTCCAGCAAATTGAACTGAGCCAAGACATTGGGTGTGTAAACTATGGTCTGCATCTTTCTCTGTCCCAAATTAAATCACTGAATAATGTGTGCTAACATTTTCAGATacatctgtatgtatatgtcaCGTCTTTAACGAATTGTGGATTTTTAAACTATGTCACACTAATCTTAGATGCTATAGGAAGCTCCTGGTATAATACTAAATATATCATTATCCAATATAATTTTGTGACTAATTTTCAATaaatgaaacacaacacaggccCAAACTAAGTCAGGCATTCAAACACCAAACATTAAATTACCTTCCCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU163531 lncRNA downstream 6493 23738979 ~ 23739260 (-) True G130480
TU163530 lncRNA downstream 7315 23738136 ~ 23738438 (-) True G130479
TU163529 lncRNA downstream 8775 23736680 ~ 23736978 (-) True G130478
TU163528 lncRNA downstream 9161 23736234 ~ 23736592 (-) True G130477
TU163527 lncRNA downstream 10843 23734686 ~ 23734910 (-) True G130476
TU163534 lncRNA upstream 19299 23770409 ~ 23770863 (-) True G130483
TU163588 lncRNA upstream 165883 23916993 ~ 23917218 (-) True G130528
TU163646 lncRNA upstream 439889 24190999 ~ 24194404 (-) False G130574
TU163645 lncRNA upstream 441357 24192467 ~ 24194404 (-) True G130574
TU163667 lncRNA upstream 579140 24330250 ~ 24354241 (-) True G130591
AMCG00001293 mRNA downstream 124831 23616471 ~ 23620922 (-) True AMCG00001293
AMCG00001291 mRNA downstream 198444 23509831 ~ 23547309 (-) True AMCG00001291
AMCG00001290 mRNA downstream 346772 23342817 ~ 23398981 (-) True AMCG00001290
AMCG00001289 mRNA downstream 477802 23247525 ~ 23267951 (-) True AMCG00001289
AMCG00001287 mRNA downstream 556806 23176343 ~ 23188947 (-) True AMCG00001287
AMCG00001295 mRNA upstream 115511 23866621 ~ 23884688 (-) True AMCG00001295
AMCG00001296 mRNA upstream 363190 24114300 ~ 24142020 (-) True AMCG00001296
AMCG00001301 mRNA upstream 603979 24355089 ~ 24365595 (-) True AMCG00001301
AMCG00001304 mRNA upstream 623565 24374675 ~ 24375851 (-) True AMCG00001304
AMCG00001308 mRNA upstream 624794 24375904 ~ 24382811 (-) True AMCG00001308
TU163521 other downstream 20474 23723392 ~ 23725279 (-) True G130470
TU163259 other downstream 1131467 22611486 ~ 22614286 (-) False G130244
TU163107 other downstream 1443305 22259443 ~ 22302448 (-) True AMCG00001270
TU162984 other downstream 1922933 21789208 ~ 21822820 (-) True G130004
TU162985 other downstream 2097245 21610307 ~ 21648508 (-) False AMCG00001264
TU163698 other upstream 653680 24404790 ~ 24419606 (-) True AMCG00001303
TU163711 other upstream 683979 24435089 ~ 24439649 (-) True G130622
TU163736 other upstream 875732 24626842 ~ 24646001 (-) False AMCG00001316
TU163741 other upstream 917836 24668946 ~ 24685570 (-) False AMCG00001316
TU163769 other upstream 1075183 24826293 ~ 24836873 (-) True G130667

Expression Profile