RNA id: AMCG00002574


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00002574
length 6724
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 12
gene id AMCG00002574
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030136.1
NCBI id CM030136.1
chromosome length 27394605
location 20370543 ~ 20396006 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGCACATTCCTCAGCTCTTAGAGCATAGTGTTCCAGCCTTGATTAAGTACATCCGACCAGTGTTTGTGTCGCGGTCAGATCAGGACTCCCGAAGGAAAACGGTTGAAGAGATCAAACGAAGAGCTCACTCAGGGGGAGAGTGGCCTCAGATAATGATATTCCCAGAGGGAACGTGCACCAACAGGTCCTGTCTGATCACATTTAAGCCTGGAGCTTTCATTCCTGCAGTGCCTGTGCAGCCAGTTGTGCTTCGTTACCCCAACAGAATGgatacAATCACATGGACGTGGCAAGGCCCTGGAGCgTTTAAGATCCTGTGGCTCACTCTGTGCCAGTTACACAATGTTGTGGAGATTGAGTACCTACCAATCTATACTCCATctgaagaggagaaggagaatcCTGCTTTATTTGCAAACAATGTGAGGAGTGTGATGGCAAAGGCTTTGGAGGTTCCTGTGACGGATTACTCATTTGAGGATTGCCAGTTAGCCATGGCTGAAGGCCAGCTCAGGCTTCCTGTGGACACGTGCCTCTTAGATTTCGCCAAGCTTGTTCGAAGATTGGGaTTGAAACCTGAGAAGACTGGTAAGGCCCTTGAGGAATATGCCAGCGCAGCACGGAAGTTCAAAGGGGAAAAGTTGAACTTGGAGGACTTTGCGAGATTTCTAAACCTCTCGGTCTCAGATACACTAAGAGAGATGTTTGCACTTTTTGATGAGAATGAGGATGGGAAAATGGACATCCGAGAGTATGTGATTGCCTTATCAGTAGTGTGCAGACCGTCTAAAACTCTGGAAACAATAAAGCTTGCCTTTAAGCTGTTTGTGGCCGAGGAAGATCGGGCAATTTCAGAAGAGGATTTAGCCTGCATTTTAAAGACAGCCCTGGGAGTGTCAGAGCTGAATGTAGCAGATCTCTTTAGTGCTATAGATGTGGAAGACCAGGGAAAAATCTGCTTTGATGATTTCAACAACTTTGCGGAGCAGCACCCCGATTTTGCCGAGGAGTACCTCTACCCGGAGCAGACCAGGTTCGAGAGCTGCGCCGAGACCCCAGCGACGACGGTGGCCAACGGCTTCTGCCCGGACTTCACTCCCGAGGGCCATGATGGTGTAAGAAACCCCCTGCGCAAGAAACTGAACTGAATGATCATCTTGGTCGCCCGAGTCGGCTCTCCTGGTGAGAGAAAGTGGCTTCTTCTGAGGGTGTGCACCGCGGTCATTCAGACACATGAGGGATTTATTTAACTGTGTGAACATGCGACCCCCTTCCCACTTGTATATACGACCATTtctaaatagttttttgttttgttttgttagggttttgcatttcttttttgcttgggatgtttagtttttttgttttttgttttttttttgttagagaGGGAATTCGAAAGCCTCAAAATGTGAATGTGCTTCATCTGTTAAAGAATACTTGAAGGGAAAccaagcattcatttttttaaatgttcctttccttctattttcctttttaaatttagCGAACAGTGTAACATACTGACTGtgcatgttttaaacaaaaatcaaatggggagaaaaaatatatatagctctggttGTGTTTAGTGATCTCTGTTAAGTGAAATagtgatgtattcattttgtgagatgtttattttctttgtgttagATTTACCATTGTTTTCAAGAAGCCTTTGAAaacaatggggggggggggagtgtttGCATAGGATGGTCTTGAAATGCAAATTTCAAACAGTATTGGACTAAAGAACAAGAATCTGACTGAATTGCCTTCAACTTCCCGTAATAATATAACAACCTAGCAATTGTGTTTTCGTTAGGGACTAGACACAACAGATCAGTCGGATGTGAGAAGCACTCAGACAAAACTAGATGCTGGTTAAAATAATCTGAGCCAGTTCAATTTCAACCTCAGGGGATCATAAATCAGAATCGGGacattaagaaaaagaaaaacaataaatccatTGTGAGTCACAACCAAGGTGATACAAATTCCTCTTCCTTAGACCAGGTGTATGCTTTCGTATTGTATGACCATACAATATGTTTGTACCCTTTCCTTCTCTTATCAATATCTTCATCAAACTGTACTGAAAGAGatatttgtgttacatttaagttaaatatgcacaagtttttttttgtttgttttttttcttttcctcaaaTGCTTATGAAAATAGTCTCAGTGGACCaaaaactgaatgaatgaatgaatgaatgaattgaaTGGTTGTGTGTTACGGGGCAAAAAGACCAAAATCTGAGCAATGATGACAACGGCAGTGCAATGTCTGAAACGTTTTAAGATTTTGAAGGTATTCTTTTAGAGAGTGCTTATGGTATTGTGTCTTTTGTTTCATCAGTAGCATATATGCACATGGGGTACCGTGTTCTGTCAATACACGTGATCCAGCAAACACAATTTCGAAATTCCATGACATGACGTTGACTTGACCTTATACATGCCTCCTTCATGCCTTACAGATAGATTTGAaattttcatttacattctGCTCCCTAGCGAAGATGGCGTACAGTTCAGAAATATTATTTGTTgcaatttcatgtttttttttttaatccacctTGAGCCTAGCACTGCCTTTCAGATCTTCTCAGAGTTTTAAACAGTCATTCCAATTAAAAAGAtgctatattatttatatagacAACGCAGAAACTAATCAATCATTCAGATCTCATTTTTCGTTTTGTAattctctgtgtatttgtgtaactCGGCTCCCCTGGTTGGCTGTTCTTGTTTTCATGTGAATACACACTGCAATATCCATGTGTTCTGTGTGATGTAATAGTCATGCATTAAGATTTATACAAGTTTAAAACTGCTTGTTTGGTTCTAGAGGAAAAGGTTTTTGAAGTATGAAAATTGACACAACTTTGAACaccctgcatttttttttaatgcaagcTGTTTAGGGGATTTAGACGCGGGTGCACTACTgtataatgcaaataaatacctGTAGTTATCAATAGCACTAAATAGCGTGGAATAAAGTAATTTGGTTAGAATTAGTAGTACTGTAAAACCTTAAGTAAGCAAGGAAGCTGGTTTTCAGGACAGAAATACCTGCATCATCTCGAACTTCGGTGTCGGATGATGGAtttccccatttatttatttatttatttatttttctttccatgaaCTTCATGTGGTCGTACCTCATCCAGTTTAGCTAAACATTTATTGGGTTTCTGTCTGGGTAGTTTTTGTTACAATGGGGCCACGTTTTTTGATAAGACATTGCAATGGTTCTTTTTAGAGCTGTGTTATTGCAATACATGTTTCCATGTTATTTTGGGTCATCtaattttttattgtcattcaTACATTTCCACTCCTTGGTCAAAGGCTTTCCTATTAAGGCGCTGAGTTAAGGTGCTGAGGACGAAGTGCATATGCTGCCACATTGCCTAAATGGTAATATCTGGGTGCATTAAAGCTCATACTGTGTTAAAGTTATTGTTAAATGaatataacatgttttaaaatataattgaataacGCAGTGGTTTCAGAATCTGCAAAAACTGTTACGGTTAAGAGATTTGCTTGTCTGCGAATTCTCAAGTCTTACAACTTTTGGTCactattcattacatttaatttgtgttgaatttaatgtttaaacgTAGCCCAATTAGGAAACCAGATATTTAAACCCATGAAACAGATCGGTATATGTAACGTACATTCGCACATTAAAAGGGGCTTAACATACAAACACGCTTATAAAATTATTCATTCGAAAACATTGATTTTGGTACTTGTAATGTCATCCTTTGGTCTTGCGCTCCTTTGCTTTCcctttaaattgtaaataaaatgctgtGTAATTGTAAGAAAAATAGTTACACATGACACCTGTTCAAGCAGCATGTTCAAGCACGCCAAATTATTTAcaggtctttttttaaatgatttttgttgtatttttaagtgttttaattaacattctTGAGAGCCTAAAATGGAAAATCTAAAGCAACATTAAAGCTCGTTCAGACGATCTAAAACGTGagttaatttagatttttattgtCCATGCCCTGATTAAGAGCAATATGCACCTAGAGAATGCAGTTTACACACTATACTAACACACAACCCAGAATAAGATCAGTTTGGATTAAACCTAAAAATGGCAGTTCTTTACAATGGTTCTTTCACGTACATTTTTGCACTGAAATGGTCTTTCAAGTagaaaatacaaagtaatttcTAGATGGTTTGTTGGGGCTTTATGGGAGTGGCATCATAACTTGTCTTCACCAGGTAGTAGGTAGAATTACCAGGAAggataaatatgcaaaaaagcaaaatgcaatttaatgtaAGTAGAAATActaacaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaatggtgATGTTAAAAACAAGGATGTGTAGTTGAAAGAGTGCATATTTTGTGATCGGTAAGAGTAGTTCAACATTGCACAATCTGTCTTTAATACTCAAGTGTGTGTACTGCTTCAGCAAAACTGTATTTCATCACGTTGTACACATTGATAACATCCATTGCAAAATCTGTGAAACCATGAGAATTTCCTGACATTGTGACTGCATTTCTTTGGTGCATAGTTCTACCAGGTCCAAAGTTATCCCAGGGGGtgcatttacaatttaatgtCCTAATATCTGAACCATAGAATGCACTGACGATCTTTTATAGTAGCATTGTTACATACTTTTTGCTCCATTTGAAAACAacttgtttatatgtattttggaGATTCCATATGCAGACTTATatcaatttaatatacatttaaaagatgtaGATTGTTCATGCCATAACAAAGATTACGGATTCCTTCATTACTGACAAAGAATCTTACCGATTCCTTCACTAGAtcttacttttttctttcagcatTCCACACTAAGAAATGATAATGGTTTTTCTggtcattattaatattattaat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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K13510 LPCAT1_2; lysophosphatidylcholine acyltransferase / lyso-PAF acetyltransferase

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU155690 lncRNA upstream 10848 20359323 ~ 20359695 (+) True G124178
TU155676 lncRNA upstream 129664 20240585 ~ 20240879 (+) True G124165
TU155657 lncRNA upstream 208790 20161547 ~ 20161753 (+) True G124150
TU155588 lncRNA upstream 975819 19391123 ~ 19394724 (+) True G124094
TU155559 lncRNA upstream 986309 19333799 ~ 19384234 (+) True G124070
TU155746 lncRNA downstream 165616 20561622 ~ 20562263 (+) True G124232
TU155851 lncRNA downstream 729009 21125015 ~ 21170354 (+) True G124331
TU155889 lncRNA downstream 1257776 21653782 ~ 21654725 (+) True G124364
TU155936 lncRNA downstream 1398988 21794994 ~ 21795202 (+) True G124403
TU155939 lncRNA downstream 1399309 21795315 ~ 21795957 (+) True G124405
AMCG00002573 mRNA upstream 37513 20241848 ~ 20333030 (+) False AMCG00002573
AMCG00002572 mRNA upstream 131603 20229727 ~ 20238940 (+) True AMCG00002572
AMCG00002571 mRNA upstream 336683 20030158 ~ 20033860 (+) True AMCG00002571
AMCG00002564 mRNA upstream 960144 19407058 ~ 19410399 (+) True AMCG00002564
AMCG00002565 mRNA upstream 985242 19367316 ~ 19385301 (+) True AMCG00002565
AMCG00002575 mRNA downstream 15830 20411836 ~ 20426798 (+) True AMCG00002575
AMCG00002576 mRNA downstream 61737 20457743 ~ 20463329 (+) True AMCG00002576
AMCG00002577 mRNA downstream 291344 20687350 ~ 20868956 (+) True AMCG00002577
AMCG00002581 mRNA downstream 625930 21021936 ~ 21054156 (+) True AMCG00002581
AMCG00002582 mRNA downstream 658500 21054506 ~ 21070496 (+) True AMCG00002582
TU155679 other upstream 94288 20274089 ~ 20276255 (+) True AMCG00002573
TU155541 other upstream 1238185 19130403 ~ 19132358 (+) False AMCG00002561
TU155458 other upstream 1532012 18832014 ~ 18838531 (+) True G123989
TU155222 other upstream 2385813 17915436 ~ 17984730 (+) True G123807
TU154987 other upstream 3410461 16958161 ~ 16960082 (+) True AMCG00002500
TU156269 other downstream 2672118 23068124 ~ 23180043 (+) True AMCG00002623
TU156281 other downstream 2756642 23152648 ~ 23290535 (+) True G124689
TU156391 other downstream 3281929 23677935 ~ 23681385 (+) True G124769
TU156498 other downstream 4026246 24422252 ~ 24422613 (+) True G124863
TU156924 other downstream 5879585 26275591 ~ 26278973 (+) False AMCG00002684

Expression Profile