RNA id: AMCG00003257


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00003257
length 9635
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 19
gene id AMCG00003257
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 16464294 ~ 16500994 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

cAGGGGACAAGCACTATCATCCAAGCTGTGCACGATGCAGCAGATGCAACCAAATGTTCACAGAAGGAGAGGAAATGTACCTGCAAGggTCAACAGTTTGGCATCCAGATTGTAAACACTCTACCAGAGCAGAAGAGAAGCATAGGCCCACGAGATCCTCATCTGAAAGTATTTGTTCCCGACCTGGTTCAAGCAAAAGTAGACAATGAGATCCTTGATTATAAGGATTTAGCTGCCATCCCCAAAGTCAAGGCAATTTATGACATTGAGCGCCCAGATTTGATTACCTATGAGCCCTTTTACACCACATCCATGGAGGACAGACAGGAAAGACAGAGCTTGGGAGAGCCTCTGACCCCAAGACGTGAGCAGTCCCCCATGCCAGACGAGCGACCTCAGACTCCAAGACCTGACAACTCCCCCATGCCAGAGGAGCGACACCCACATATACATCATGTTCATGCTTATTTCAAGGAAGGTTTAACatggatttcatttttcttgCAGTCCCCGAGGACCCTGTCCCCCACACCTTCTACAGAAGGTTATCATGACTTGAGGGACAGAATTATCCACAGATCAACCAGCCAAGGGTCGATCTGTTCTCCAGTCTACAACCGCCATAGTTACACACCAACCCTGTCGCGTTCTCCTCAACACTTTCACAGACCTGAGCTGCTCTCCTCTGGCGTGCAGCGCCTCTCTTCTCTGCGCACTAGCAGTTTCAGCTCCAGCCAAAATGACTCCCGCCCAACCTCCCCCTTCCGACACCACTTCATCCCCTATAACAAAGGCAATGAGTCCTCCAGTGGTCGGAATTCCCCTCTCCCTTTTCAGCCCGACAGCCGCCCTCTCAGTCCAGCTTTTGCTCTGACCACTAAACATTTCCATATTCCAGacCAAGGCATCAACATTTACAGAAAACCACCCATCTACAAGCAACATgATTCAGCTGCCATGGCAGCCCAAACCAAGTCTGCCGAGGATATCATCAAGTCTGCCAAGTTCCCTGCCGCCTACGCGCCCGGCCCTGATGAGACACCAAAGATTGAGACAGACTACTGGCCCTGTCCACCCTCACTCGCTTCCTTAGGAGCTGACACAAGGCGTAGGTCAagggaagaagaagaggaggagataATTAAACGCAGACAGATACAGGAAGAACATCTTAATAAGATCCAATCGGGATTGGGGAAGCTGATATTGAAAGAGGAGATGGAGAAGGAGATGAACCGAGAGCGTTATTCGCGAAGCCTCTCTGCCCAGCGCTATGACTCTCAGCCGCACACCAACTCCTGCAAGACGGACCCCAACACTCCTTCCTCTAAAACCTCCTCTCTTCCGGGCTACGGACGAAATGGCCTCCATCGGCCGCAGTCGACTGACTTCACACAGTACAACAGCTACGGGGATGTGTGTGGAGGGCCCATTCAGGATGGACACGTACCAGTAACAAGAATGGACAGGGGAGTATCTATGCCTAATATGTTGGAACCAAAAGCAAGTATTTCATTTCTTTATCTTGTTGGAACAAATTTTTTCAGGGACAAAGAAAAAGCGTCACGCTCTCATGAGGGTCtttataaagcaaacaaaacagagctgttcaatattttatttacctgttattaaaaataataataatcaaacagCACAATTGAAGTAGAATGGTGACTTTCACTCTAGACTGCTCATTTGTGACACCATTGTCCAACACATTTGTGATCACACTGCAGAGAAAAGAATCACACAAGATCTCGGCATGGGACCATCCGTCGCTGCAGATGTGTACGAGTCAGACACGGCTAAAGTAGTATCATGCTGTTTGGAAATGCTGAATTTCAAACTTCAGAGTCAAGCACGACCGAATCAATAGGTTTTACACGTAGCTTTTGTGTAAGCATGAGAAGTTCCTCTCCAGCATGCTTTTCTCATGTGGCTGTATGTGCCGGAGAGGGTCTGTGTAGTTTAGTCTGGActcataattgtgtttttttagcaTGGCATGCCAGCATTTCCATGCCCATCTCAATCAGCTTATCATGTAAGGTGTGTAGAGTTAACCGCTTCAATGTGGGCAACTGCTCCTGACAGTTAACGTGTAAACTACACTTTATTTCACGTAAGACGTcttctttctgtctgttttgcAGAATTAGACAGAAGCTGGAGTTGCTGGTTATAATGAGTTCACAAACTAATACAACAAACTGGGCGTTACTCTTTTTCTTCACAGTcaagtgattttattattggGTTAGCTCTTCCTATTAACAGTGGCTTTAGTTCATTAATTAATcttctttaagaaaaaaaaagtcaatatgTGGTGGTCAAATCAAACTGCAATGTAATATGATTTATCATATATCATCATTCCAActgcagcaaaagaaaaaaactaaaatgtcttctctataaaagtataaaaataaatagataaataaatgaataaatgtcaaaatgccCTTACAGTTGAGATAGACTTTTATGACAACAACAACCTTTAATATTAGTTATCCTGTATTGACTTACATTTACATCACATGATGTGTTTGTGCAAGTCATTGGGTGAACTGATTTGTACTGCATTTAAGCCATTTATAACTGTTTGACTTTCAGTGGCTGTTTTATTTGACAATTTTAAGgagaattgtattaattataaggGGAAATTGGTGAAGTCATATAAAATCTTACCTGCAATTAGTGTGCTAATTATCTTCCagcttttgtttctgtatgaTCATTTAAATTTCCCAGGCGTTGCATCGCGTTGGCAGGGTCAGggtattttgaaaaaacaatggtAGCATACTATTTGCAATGGTATTGTTTCCATGCACAAGTCTCCGCATGTCAACAACATCTTGCATGTGGTCATGCACTCCCCCTCCCCTCATCCCTCTCTCAAGTGTACTCCAGGCCCATGTCACACATGCCTTGTCCATACCATGTAGGATAGTAGGGAGTACACTGGTTCCTTAGTCCTTATGAACTGTCAATCCAGGATAGCTATTGGCCACTCTTCACATGTTGGCGTCTGCGATATTCCCTTCTGTACTTGGCTTTGACTGGAGCCAATTACCTTAGAGTCCTACAGTACCTGATCAAgtaaggaaaaaaggaaaaacaggtgTGACTCTAGCTAGCCATTCGGGGCGTTAGATGtctaaataataaacatgcatCACTGGATGATATCTATCAATTTTGTATCAAACGAATTAGACTGTGGAAATAGTGGCAAAGCTGAGAATACAGTTAAATCCCAGGATCTTGACACTGATGGGTTCAAGAGCATTTTTTAAGTGTTCTTTTCTCACTTTagatgcatttttgtattattataatagattCAAAACATATAAAGAAATTGCCGGATAAAGTTTTTTATCTAATTGAAATTGCTCAAAACGCAGaagtttaatataatttcttgCCTTTAAATGAAAAGTTTCCAGGCcccacttttgttttgttcttgtcagATGAGGATGGGCAGTTGTCTTATTATCTCCCTTTATTGATTGTTAACAGTTACAGAAACCAACCTTTTCTCCCCCATAGATATACCCATATGAAATGCTCCTGGTGACCAACAGAGGGCGTGCTAAACTGCCAAGAGATGTGGACAGAACAAGAttggagCGCCACTTGGCTCCTGAAGTTTTCTTTGATATATTTGGAATGCAAATCCAGGAATTCGATAGGTTGCCTCTCTGGAAACGCAACGACATGAAGAAAAAGGCGAAACTCTTCTAAAGATCAGACCatgcatgtgttatttataaacaaaaacaaagttatcACTCAGATATTGTAATATACatgtagagtttttttttttttgatgataTTGACAACCACAAAGgaagcaaaaacaaagcaaaacaactctcttcttcttcctcctcctccttttcaaTTTTCTTCTTGCTTCCGCTAAAACGGGAAGGGTCGGCCTTGTCTCGGGCAGCTACACCTGGGTTACCGACCTCTTTGCAACGCCCGcgaagagggaaaagaaacGCATTTATTCTGAAAGTGAAAATCCAaactcataaaacaaaacaatcctaACGACACGCGAACCTTCATCTGTGTGCTTGTTTTCTAATGGCTTTGAATGGAAACggcttccttttcttttgtcaTATTCATTTCTTGCCCTAATAAAATGGAACTTTATTAGTAGAACCTCAAGGCATCCAAATGGGTTTCCATGCTAACGAGCCAATTAAAGCCAGCATCAGGAACTCTAAGGCCTGGCAGCTGTTACTAATCTGCGAGATATAATTTAGCAACAGAGAGAGCCTCACAGTTTGATGTGGAAAAAAAGGCGTTGCTTTATTACTGGTGACCTGCTTGTATTTAGGTGttttgagagaaaacaaaaactgcctGAAACCACTAGGTGTCCTTCATGTTCAATATCTATCTCACTGTaaatacaagcaaataaatCGAGGCATagaaataggcttgttttgtgcTGGGAAATATTCCCACCCGCTTTTCACGAATTTGCTTTTGTGTAATCCTCGTACCCGTCCTTAAATAACCATGTCTGTGTACCGAATGCTTAACTACTCAGTACGACGCTGTTAGCGAAAAGTTGCATTTGATATGACTGTGTTTTTTATCTGAATTTCTACCTGCCAGAAGTGCTACTGTTTTCTGCAGAAGAGCTGCAGCTATACTTAAGGCTACTAAAGACTACAAACAGATTACAGAATGATACTGTCACTTCCGAAACTAATGAGCCATATCTCTCCCTTAAGATATGAATTAACATGTATCTGGTGTGGTAGTTGTGCTGTGTGCTGCGCTGTAATGTGCTGTCCTGCTGGGTGCGTCGCTCTCGAGCAGGTTCTGTGGGACCAATTGGCACACTGGTTACCATGGAGATACTCAATTCTAGGCCTGTACCCATCACCAGTACAGCCTTTTGTTGTAGTTGAAAATGAAGAGCAAGCAAATGATAGGATAAGATTATATGTACCTCCCATTTTGTAATAGCATTTCATTTAACATAATGCAAGCAGAATATTTTCAGCCTGAGCAAGCCGTTCTTTGTTATAagagaataatatattaaaaaaatgtattaaaatatgagGTTCTGCCAGTAAAGGGCCATTAGAAAGCTATTTCCCATAAAAAAATTTAAGGATAATGGGGGAGATTGTCatgctatttttatatacataaatatatattattttattttattttcctttggaaGAGAGATTTGAATAATGTAACAGTgctactgaaaaataaacagcaattacttactgttattattattattatttttcctacCTTTCTGCCCAGCACTGAGAGCATGGTTTGTGGAAAATATAATAAGTGTAGCTAATTTCGCATTTCCAGTTATGCTTTTTCGGTTTTGTTCTTTGCTTGGCGGATCTTTACACTGTATGCTGTAGGTGAGTgaggtgtatctgtgtgtgtgggcacTGTAAAGAGAAAGCAAACTGGCAAGGAGCGGCCGCAGCCCTGGCACAGGGCGGCCCGGGCACAGGGCTGCCGGGCGGAAATGTCGAACTGAAAGCGACGAATGATCACAAAAGTAgccttttcttctgtttctgttaACACCTTTTCCGCTGTCTTTTAGCTGTTTTTTGAGGACTTTTCTTATGCTGCAACAATGTATGGAAGCATTAATAAatatctaaacaaaaaaaacacgaaCAAACCTCAGCAGCTACCTTCTTTGTTTGCAAAGTTTGAGGTATTTCGAGTTGGAAGTGTGGTGATCGATCTGTCATGCCTGTCTGCACCGTAGCTCTTCATACAAGTTGACAAATTAGCATTCATAGATTATTTTGCTGATGGACATTTCTCAGCTGGTTACTTTTGTAGTTTTGACTGCAGCCCACCTGGGTTCTTAAAAGCCATTTTCTGCAACTTTACTAAACCTACAAACGAATGTGAGAGAATTTATCCAAGGATCACAAGGACTATGATGTCATCTCTTTATTCCTTATCTCCATTTTCTACTGTGTATAATTCTGCTTTCGTAAAAAAGCTATATTGCCACTGACACGATACAtacttgctctctctctctctctgtctctctctctctctatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagtatcttAAACTACATGAAACATAACAAACCTGACACGTTTGTAAGGGAAAAAAGCTAAATATCCTTCAAAAGGATATTCTTGTAATACAGTGTCAACTCTAAGGCAGTTATGCTTTATCTTAAACATGCCTACTTTGTTCAAAACAgtaatgtattcataataacGGCCTGCTTTTGGTAAAGGTTTTACAAGTAAGGGCAATGCACATGTTGATTAGAGTTACTGTAACATCCTTATCTACTCACACAAAGTTGTTGCAAAAAGCCCCCATGACTGATCACCTTTTGATAACCTGCAACCTTTAATAAACTAAAGATCTAAATATCAGGCACATATCTATTTTTGTCCTTGAATATGTTGTCATATTCATATACTATAATATTCATAATCCTTTCTAAACTGGACTAGTGCTAAAATCTCAATCCATCTATTGTCCCCTCCTGGTGCTTTGGGACATAGCTTGGGACAAGACAGAGCATTATAGCAGTTAGTTGGGCtaagtattttcctttttttgcattataatatGATGGTTATACAATATTACAGTTTGCAGATAATGCAGTACTTTATCTTGCAGTTGCACATTTATCAATGTGATGCAAGAGCAATCTGGACTGTGAGAAACGAGAACCTTAGCCAGCCTTGCACATTAGCATCTTGTTTCCTCTGGTGAAATTTCAACGCAGCCCTTATAAAAGAGACCGAATTCTTGTCTTTTTCTGAATACAATGATCAGAGCTACAAGGTAGAATCACACTCCCTATCAAGGCTGCATTTTCACTTTCCCTTCATCTTGGttttcaatctgttttttttcattttgttgaaaTGCTTCTTTTTGacttttgtgttgttcttgTAATTGACATTGAACCACAATAAAGTGATGTTTATAAAgctgagttttttttaacattttataacaatatatatacacaacaacTTAAGCTAATCAATTCAAACGAGTCAAACATCATTTCCATTTAGCGTGTTTCTATCTGAACCAAGTGCATAATCGCTAAACAAGAACTTTTACAAAAATGCTGGCCTCATGTTTAGTCTCAGCAGCGTCCGTTCCAGAAAAGGGTAGCAGTTCGGTGAATGTATCTTTCATTAGCACGACACGTTTGTTTCCAATTTGTTTTACTGCTACTTTCAGGGTTCCTTGTAAATAGGCCGTTTTTATGTCATCAATTAAGTACAGTGCGGCCCCTACCCGGATTCCATTTCTGATTGGGATTTTTGAACCTGATGTTGAACTTCCCAGTGTGTTCTCCTGATTGCTTTCAAGCTATAGATTGCTTCAAAAAATTCCACAGTAGCTCGTAAAAAGGCTGACGAGGTCAAACACACTCTAATAATGAACATGTATTTCACATGAAATAGCTTTGTTTTAGCAGAGACCGAACATTGTGTATTAATTTTTGGCGTAAAACCATTTAACCACTattaaaaaggcaaattatTGGGACTTATTTACATCTTATTAAGGATTATGATTTGATAGAATGTCCAGCTCACAAGAATCCCATATCACACAACAAGTTTATAAGCACGtaactgtaaatgtgtttaatccATGCTTCGTGATGAATGACACTGCTTTTTGATATCTTTGAGGGGTAATAAAACTCCTGAAGACCTGAGAAtcctacacaaataaataataagggtAGATCACACAGGACTCCACGACAGATAGATACAGTAAACTGCATTTGTGGTTGGTAGCAGAAGGTAAACAGGTAACAAGTCTTCTGTGTTAGAGggcaaaaaacaaatcaaatcttcTCTACTGATAATGTCTTCTGTGTTCTTTGCAACTTCAAACAGTGCATGCGTGTTTTTCTTGGGGGTTTTTAAGGTGGAGatggtgggggaggggtgaTGGGTCAAAATGAATAAGGTGGTTGTACTGTACAGCAGCTAAGGAGCCTTTTGCAATGGTTCATTGTTCTCTGTGAAAATGTGAGAGAGCCCACCTACACAGCACTACACTTCAAAACAACTGCTAGCTTACCACGGGGGCAGAACAATAGCTTTTGGATGCCTTAGAGGTGAGTTGAAAGCAGGCCTTTCAAGACTCTTATATTGTAAGCCATACAGGAAGTGGAAAGGTCTGTATTCTTTTTAGAATAAACGTATCTTAGTGGGTATAGTAACCAAAGTACTATATTCTTGCAAAGGTTGGCTTTTATacgattattaattattaattttgaggtAGGAAATGAAAGAACATGTTTGAAGCTccaaaaactaaactgaaaacacagtTGTCCCAcgtttttgtgtctttgtgtcatctgtgctgatgtatttaattgtggcCCCATGctattgtgttttcttgttgctTTTGTGTTCTGAAACATACCTCTAGGCCTTATCAGATCtactgtattatgtattgtttcCTTGTTACTCTGTGCTTGTGGAAAAagtcatatatacatatatatacatatacacattttctttaaggTGGAGTGTGATTTGCTATGGTATTTTCGGGGAATACTGTCTTTCTGGGTGCTGAATTGGCCTGTCTCTTTATTTATCACAGACCATGTACCATGATCTCATACGTAACCACCCTCTGAGTTTATAACTAATTATGGACGTTCTGCTGAGTTTAACACAGACAACTAAATCAGTGTTCCAAGAAGACAAATATCTTCCTGTCTTCTAGGCCGAATTCAATGTTCAGACACAGTGTCTTCAGTGGTGGaccatttttgtttaaacaaattattggtcaatcattttatttcatttaatttcatttggtggtggtggtataAATCAAATTGGATGTCTTATTGGTGCATATGAATGTTATTACCAATGTTTGCCCCTCTTATAAAGAcccttgttttgtgtgtctggtATACATTTTGGCTATGAAATAGTACTCTAATAGTACTCTAAAGTTCTTAAAGGGAACTCacccttccttttcttttgctATGAAGCAGAAGTTTGTAGTTTCACATCTACTAATTCGCATACTGTAAACAATGATACACCTCCAAAACAGAATCTCCATATGACGAGGCGGGTTTTAAATAGATGAAACCACAGATATTTATTAAACCACTGATTTGTCCAGTCAATAAGAGACCACTTGATGACCTATGAAGTCAATCTACTTCTTTTCCTGATGACTAATGTGTCCATGCATTGTTGTACagtttctttttggttttatctTCATGCAAATTAACGTTGtcagtattgttattgtttaatatgttctgttttctgtgtgagaTAATAAAGGAAATGCACTGCCATTGATCTGGGCTATTCTGTGTAAATCTGCAACATTATACCGTCTTAATCTCTAATGTGTGTTGCAAAATGCACACAATTGTCGAATAACATAACATTATGTATCACTGTTGTATTCAGGCgatgaataaaaaatgacattgtgggcttgatttttaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU178111 lncRNA upstream 1209450 15252840 ~ 15254844 (+) True G141592
TU178099 lncRNA upstream 1246743 15217242 ~ 15217551 (+) True G141582
TU178085 lncRNA upstream 1273949 15189983 ~ 15190345 (+) True G141574
TU178084 lncRNA upstream 1277969 15186071 ~ 15186325 (+) True G141573
TU177879 lncRNA upstream 1955455 14500971 ~ 14508839 (+) True G141412
TU178408 lncRNA downstream 297965 16798959 ~ 16801312 (+) True G141829
TU178473 lncRNA downstream 531431 17032425 ~ 17035242 (+) True G141885
TU178576 lncRNA downstream 1016726 17517720 ~ 17517921 (+) True G141955
TU178590 lncRNA downstream 1202178 17703172 ~ 17703460 (+) True G141965
TU178591 lncRNA downstream 1211666 17712660 ~ 17712864 (+) True G141966
AMCG00003253 mRNA upstream 16033 16424886 ~ 16448261 (+) True AMCG00003253
AMCG00003249 mRNA upstream 471771 15971795 ~ 15992523 (+) True AMCG00003249
AMCG00003248 mRNA upstream 533263 15927768 ~ 15931031 (+) True AMCG00003248
AMCG00003247 mRNA upstream 572428 15887116 ~ 15891866 (+) True AMCG00003247
AMCG00003243 mRNA upstream 1163154 15288624 ~ 15301140 (+) True AMCG00003243
AMCG00003256 mRNA downstream 26195 16527189 ~ 16559195 (+) True AMCG00003256
AMCG00003260 mRNA downstream 89773 16590767 ~ 16610586 (+) True AMCG00003260
AMCG00003258 mRNA downstream 124456 16625450 ~ 16653567 (+) True AMCG00003258
AMCG00003259 mRNA downstream 164440 16665434 ~ 16671432 (+) True AMCG00003259
AMCG00003261 mRNA downstream 210278 16711272 ~ 16722062 (+) True AMCG00003261
TU177906 other upstream 1858857 14601317 ~ 14605437 (+) False AMCG00003207
TU177803 other upstream 2175552 14287807 ~ 14288742 (+) False AMCG00003195
TU177775 other upstream 2279651 14180780 ~ 14184643 (+) True G141331
TU177434 other upstream 3353660 13106456 ~ 13110634 (+) True AMCG00003158
TU177338 other upstream 3581296 12878685 ~ 12882998 (+) True AMCG00003141
TU178303 other downstream 53017 16554011 ~ 16559206 (+) False AMCG00003256
TU178585 other downstream 1175285 17676279 ~ 17678522 (+) True G141962
TU178734 other downstream 2165773 18666767 ~ 18692204 (+) False G142078
TU178857 other downstream 3034699 19535693 ~ 19537091 (+) True G142172
TU178898 other downstream 3117887 19618881 ~ 19633073 (+) False AMCG00003323

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00013233 True 1986 mRNA 0.50 20 NC_007124.7 43509803 ~ 43599898 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01180000_08123227_08149912.mRNA True 2079 mRNA 0.50 19 CI01180000 8123100 ~ 8149912 (-)