RNA id: TU178262


Basic Information

Item Value
RNA id TU178262
length 9026
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 3
gene id AMCG00003257
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 16464294 ~ 16500994 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU178111 lncRNA upstream 1236582 15252840 ~ 15254844 (+) True G141592
TU178099 lncRNA upstream 1273875 15217242 ~ 15217551 (+) True G141582
TU178085 lncRNA upstream 1301081 15189983 ~ 15190345 (+) True G141574
TU178084 lncRNA upstream 1305101 15186071 ~ 15186325 (+) True G141573
TU177863 lncRNA upstream 1974916 14462167 ~ 14516510 (+) True G141405
TU178408 lncRNA downstream 297979 16798959 ~ 16801312 (+) True G141829
TU178473 lncRNA downstream 531445 17032425 ~ 17035242 (+) True G141885
TU178576 lncRNA downstream 1016740 17517720 ~ 17517921 (+) True G141955
TU178590 lncRNA downstream 1202192 17703172 ~ 17703460 (+) True G141965
TU178591 lncRNA downstream 1211680 17712660 ~ 17712864 (+) True G141966
AMCG00003253 mRNA upstream 43165 16424886 ~ 16448261 (+) True AMCG00003253
AMCG00003249 mRNA upstream 498903 15971795 ~ 15992523 (+) True AMCG00003249
AMCG00003248 mRNA upstream 560395 15927768 ~ 15931031 (+) True AMCG00003248
AMCG00003247 mRNA upstream 599560 15887116 ~ 15891866 (+) True AMCG00003247
AMCG00003243 mRNA upstream 1190286 15288624 ~ 15301140 (+) True AMCG00003243
AMCG00003256 mRNA downstream 26209 16527189 ~ 16559195 (+) True AMCG00003256
AMCG00003260 mRNA downstream 89787 16590767 ~ 16610586 (+) True AMCG00003260
AMCG00003258 mRNA downstream 124470 16625450 ~ 16653567 (+) True AMCG00003258
AMCG00003259 mRNA downstream 164454 16665434 ~ 16671432 (+) True AMCG00003259
AMCG00003261 mRNA downstream 210292 16711272 ~ 16722062 (+) True AMCG00003261
TU177906 other upstream 1885989 14601317 ~ 14605437 (+) False AMCG00003207
TU177803 other upstream 2202684 14287807 ~ 14288742 (+) False AMCG00003195
TU177775 other upstream 2306783 14180780 ~ 14184643 (+) True G141331
TU177434 other upstream 3380792 13106456 ~ 13110634 (+) True AMCG00003158
TU177338 other upstream 3608428 12878685 ~ 12882998 (+) True AMCG00003141
TU178303 other downstream 53031 16554011 ~ 16559206 (+) False AMCG00003256
TU178585 other downstream 1175299 17676279 ~ 17678522 (+) True G141962
TU178734 other downstream 2165787 18666767 ~ 18692204 (+) False G142078
TU178857 other downstream 3034713 19535693 ~ 19537091 (+) True G142172
TU178898 other downstream 3117901 19618881 ~ 19633073 (+) False AMCG00003323

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU302482 True 4470 lncRNA 0.36 3 NC_035921.1 40245540 ~ 40255400 (-)