RNA id: TU179142


Basic Information

Item Value
RNA id TU179142
length 3756
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 1
gene id G142419
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 20767354 ~ 20771779 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tgttgcttgcataagtattcaacccccaCACATGAATACTTGGTAGAGCCACCTTTCGCTGCAATAACAGCTTTTGGAGTAGTTATGTACCAGCaggcccattcttcttggcagatttgctccaGGTTGTTCAGGTTGGTGGACAACGCTTGATGACCACAATTTCCAAATactgccacagattctcaatgggattgagtTCAGGACTTTGATTTGGCCAGTGTAGGACATTCACCATTTTGTTCCTGACCCACTCCAAtgttgctttcagttttgtagCGGACTGAAGCAAGTTCTCTTGCAGTATTTCCTTGTATTTTGCCCCATCCATTCTTCCTTCCTTAAATTTTAACAAGATGCcaagtccctgctgatgaaaagcATCCTCACAGCATGTTACTGCCACCACCATACTTCACTGTAGGTCTTGAGGCATGGGCAATGTTAGGTTTGCGCCATCTtggtttcatcagaccacaaaaccttttccCACTCGTTTTTGTGGGTCATTCTCATGCTTTCAGATGGTATTTTTGAGTAATGTCTGTCTTGTCACCGTCCCATACAGGCCAGTGTTATGCAGAGCTCTTGATATGGTTGACTCATCCACTTCCAGCCACTaaactctgtagctccttcaaaGTGATTGTTGGCATTTCTCTTTCTTGTTGGAGCACTGAGTTATGAGGGACGGCCTTTTCTTGACAGTGCCTGGGTGGTGTGATGCAGTTTCCACTTCCTGATTATTGATCTAACTATGCTCACTGGGATATCCAAACACATGGATATAATTCTGTACCCTTTTCCTAATCTATGCATTTATAAAGTTATCTCTAATTTCTGTAGAATGCTCTTTGGTCTTTAATTTTGCTTCGGATTCACAGCCTGACCAATGATCCTTCAACAGTGTGGGTTTAATCTAGAAAATGTGAAATCAACTTTAATTTCACACGTGGAGGCTAATGGTAAGGTAATTATGTCCTCATTAGGGCAATTTCTTTAATCTGTGTAAACTTggagcttccacagcacaggggttgaatacttatgcaacatatttcaagtttttaatttttcttagaactatttcccaacataaaaccaattgGTCAGGGGTCTTATGGTttttgggttgttgttttttacacttACAGACGCTACCAAACACACTGGACTCTCAGTTTAGGTGTAAACCTATACAGTGTGTATGGGTTcgtttttttgatttttgtatgcATACAACAATGTTTGTATAAGGGTGTGAAAGGAGGGAATTGTAAAGGTGTCTGACCATGCTAGGAGGGCATATCTCAAAAGATTGAATTGGCACTAAGTAAAGATTTTTGAGCCTGTCCCACTTTTTGTACATCCACTTCCTGTCCAATAATACAAAGAAGGACTTTTCTTTGTAAAATACACCTGTATTGTAAAGCATGTGAAGCATGTTCATGTATTATATCACCGGCTTAGCTTTTCCTTtgagttacattacatttgggTTGTTTATGgaatataaacatgtaatatatGATTCATATATCCTGACAAGCTTTCCCACAATCCAGTGCACATCCAAAAATctatatatgatataatataaAAGGAACAGCATCCATCTAAGGACTATGGCTTAGTTTAACAAACGTACCTTTGTATCAGAAAAACACTTCCAGAGTAACCTTTGGGTTTGTTCCCATTGCTATTCTTCATTTTGAGAATATGCTATTCTTAATACTGTAGGCATCTGATAAGGCCCACCAGAAAAATCAGAGAAGGATAAAATGGAcgtatttgtattgattgaaaCATGATGGCATTTGTCTAATTTCTGGTAGCCAGAATGGAGAAAACAAATTGATCTGAATTAAAAGGCAGATTTCTGATGTGACCAGGTTGGAGggcatttatttctttatgccACAGTGGATATATTTAACCACATACAATTTCAGAATTCTTAAAGTCagatgcatgtttttgtgtttgttctaaTATCCAAGTATTAAAGGCAGCTGTCTCTGCAAGGCACATACGCACAATAAGGCCAACAAAAATGGTTTGTCCAAAACTCAGAACATGACTATAAGTGCAGGGGATTTTAGACTATGGTCATGTTTTGCAAGCATTTCAGAACACTTTGGAATTTGCTGACGTGCCCTCCCAGTGTTTCACTGTTAAGGTGTGTTTCACTGGACTTTAACCTATGTGCATATTGCCATGGTTACCATTTTTTCAGTTCCCTTAATTTGTATCATCTTGAGAACAGTGACTGAACACGCTTTACTGTGCCATGGTCTCCTGTGTTCATATAATTTTGGTAGCCAGGTATTTTCATCAGACTGTCATTTTGTTGTAAGCATTTCTAGTATATTTAGGGCTAGACTGCAGtccagttttaaaatgatttgtaaatgttctaCATTTTACCCTTCTATTATCTTATCAACATAATCAGTTATTTATGCCCTAGAAGCTCTAAAGAAGTGGCAACAGTACTTTTGAGTGCACTTGTGCAAATAACTTTTGCTGTTATTTACCTTGAAAGATAATTTGACTGAAATTTTGGCCTAGTTTGAAGGgtgtattatgtacatttatctAACATTTTGGGTTGGTTAATACATGACCTTACTCCTACcaacagaacaaatattttgttgaagtgtattatattacataatgATTGTATCTATCTTATTCTTTGAAGGTTTCCAGTGCTACTGTTTGTGCCTTGAGCTTTTGCCTCATAATTTTGCGATTATtccactgtaaaaaataatattaaaaaaataataaagcaatatttcACTGGCTTGTACCTTAATTGTTCGCACTAACCACCAGTCTGAAATTAACAACCCAAAACTGTAAACCTTTGAAGATTCAAATCTAGAAAGACAAAACAGGCATTAAAAGAGTAAAGCaatggtttttttttctacaaaggaataaatgttaatttggaaaATTTTAGATAATTTAGTTTGGAGAAAAAAGATTGGACAGTTGCCTGATTTTCTTAAGGTATTCCCAGAAAAAGCCTGGAACGTCTCTCTTTAAAGGAACAGGCTGCACTAGGTTCGTTAAAGATCTGCTGCTGTACAATTCTGACCTCTTGATTTAAATCATCATTATCAATTGATTTGATGTCAATTTAAAGTGGGTAGGGGGGTATTTAAAGACATGCTTCAGGAGCAGGTAAATCTAGAGGGAAGCACTTCATGACAGTGCTCAGTCTGTTtttggaggagggggaggggaatcTTTTGAATGTATGGTTTTCAATAAGCCAGGAAAGCGTGAGCTGGATATTAATCCTTTACATGCTCACTGTGCAGCGAGGTCACTGCATGTCCTGCAGGCTTGCATATAGTGTGAGCTCCCAGTAcccagcatttttgtttttaaactgtgcaGGTTTGGAGACTGCCTGTTTGGAGTTGCCTTCCCCTTTTTATATGAGAGGCACTGTAACTCAGTAGGGtttaaaatctttttaattgtgaatCCAGGGATGACCTTGATGGTAACTGAGTGCTGACTGCATcacttttatgtatatatttttgttttcttgtaagcTACAGTGCCCCTGTGTGGTTGAATTGCTGTATTACACACTGTAGTTGCAACATGGAATGCAGGTTTTGGCTGTGTATTTAATGAgagacactgtgctgtgtgtttcattttaatttgtttgcaaatgtgtGCAGCTTGCTGTGATGTGAAAGCTTTTACACTACTATAACcaag

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU179134 lncRNA upstream 18660 20745545 ~ 20749364 (+) True G142412
TU179118 lncRNA upstream 123230 20644481 ~ 20644794 (+) True G142397
TU179095 lncRNA upstream 168479 20595470 ~ 20599545 (+) True G142376
TU179072 lncRNA upstream 493408 20274333 ~ 20274616 (+) True G142354
TU179058 lncRNA upstream 639309 20128367 ~ 20128715 (+) True G142340
TU179214 lncRNA downstream 332041 21103820 ~ 21143131 (+) True G142482
TU179313 lncRNA downstream 802335 21574114 ~ 21659778 (+) True G142556
TU179331 lncRNA downstream 994562 21766341 ~ 21766544 (+) True G142572
TU179340 lncRNA downstream 1029240 21801019 ~ 21806660 (+) True G142580
TU179384 lncRNA downstream 1219733 21991512 ~ 21994674 (+) False G142620
AMCG00003351 mRNA upstream 3339 20760320 ~ 20764685 (+) True AMCG00003351
AMCG00003348 mRNA upstream 174524 20492359 ~ 20593500 (+) True AMCG00003348
AMCG00003349 mRNA upstream 359340 20403696 ~ 20408684 (+) True AMCG00003349
AMCG00003343 mRNA upstream 640468 20126144 ~ 20127556 (+) True AMCG00003343
AMCG00003340 mRNA upstream 790109 19955769 ~ 19977915 (+) True AMCG00003340
AMCG00003359 mRNA downstream 380072 21151851 ~ 21177530 (+) True AMCG00003359
AMCG00003361 mRNA downstream 753858 21525637 ~ 21748601 (+) True AMCG00003361
AMCG00003363 mRNA downstream 981567 21753346 ~ 21755934 (+) True AMCG00003363
AMCG00003370 mRNA downstream 1274534 22046313 ~ 22067314 (+) True AMCG00003370
AMCG00003371 mRNA downstream 1363122 22134901 ~ 22144437 (+) True AMCG00003371
TU178898 other upstream 1134951 19618881 ~ 19633073 (+) False AMCG00003323
TU178857 other upstream 1230933 19535693 ~ 19537091 (+) True G142172
TU178734 other upstream 2075820 18666767 ~ 18692204 (+) False G142078
TU178585 other upstream 3089502 17676279 ~ 17678522 (+) True G141962
TU178303 other upstream 4208818 16554011 ~ 16559206 (+) False AMCG00003256

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) TU168670 True 5256 lncRNA 0.39 2 NC_047603.1 2564492 ~ 2571547 (+)